# TARGET T0476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0476.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.33036 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.012 0.022 0.419 0.012 0.092 0.085 0.003 0.002 0.016 0.129 0.113 0.036 0.060 2 A 0.010 0.025 0.344 0.010 0.073 0.074 0.003 0.002 0.019 0.150 0.200 0.054 0.036 3 K 0.011 0.049 0.344 0.011 0.042 0.031 0.004 0.003 0.019 0.210 0.190 0.024 0.062 4 C 0.004 0.018 0.679 0.005 0.011 0.009 0.001 0.001 0.011 0.187 0.026 0.023 0.026 5 P 0.005 0.024 0.597 0.008 0.049 0.023 0.002 0.002 0.015 0.118 0.102 0.020 0.036 6 I 0.010 0.036 0.273 0.008 0.143 0.039 0.006 0.005 0.033 0.126 0.252 0.025 0.045 7 C 0.002 0.021 0.333 0.007 0.062 0.022 0.003 0.004 0.024 0.231 0.255 0.016 0.019 8 G 0.001 0.013 0.397 0.003 0.012 0.005 0.001 0.003 0.009 0.376 0.159 0.010 0.012 9 S 0.001 0.024 0.549 0.002 0.012 0.009 0.001 0.001 0.015 0.298 0.057 0.022 0.009 10 P 0.002 0.076 0.389 0.002 0.047 0.088 0.001 0.001 0.020 0.137 0.192 0.003 0.041 11 L 0.001 0.070 0.466 0.003 0.024 0.182 0.001 0.001 0.017 0.155 0.044 0.029 0.007 12 K 0.001 0.023 0.609 0.002 0.014 0.188 0.001 0.001 0.006 0.097 0.015 0.005 0.040 13 W 0.001 0.001 0.010 0.001 0.025 0.955 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 14 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 15 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 16 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 19 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 20 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 21 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.944 0.001 0.001 0.001 0.004 0.040 0.001 0.001 22 I 0.002 0.001 0.024 0.001 0.015 0.821 0.001 0.001 0.001 0.014 0.113 0.002 0.005 23 I 0.001 0.002 0.042 0.001 0.019 0.824 0.001 0.001 0.002 0.028 0.073 0.003 0.004 24 E 0.002 0.005 0.144 0.002 0.020 0.537 0.001 0.001 0.006 0.104 0.158 0.010 0.011 25 N 0.001 0.009 0.250 0.002 0.024 0.478 0.001 0.001 0.004 0.105 0.104 0.005 0.016 26 F 0.001 0.001 0.045 0.001 0.014 0.912 0.001 0.001 0.001 0.015 0.008 0.001 0.001 27 E 0.001 0.001 0.005 0.001 0.062 0.907 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.001 0.001 28 E 0.001 0.001 0.005 0.001 0.080 0.874 0.001 0.001 0.001 0.003 0.032 0.001 0.003 29 I 0.001 0.001 0.013 0.001 0.060 0.885 0.001 0.001 0.001 0.006 0.026 0.001 0.004 30 V 0.001 0.003 0.019 0.001 0.032 0.881 0.001 0.001 0.001 0.009 0.046 0.004 0.002 31 K 0.001 0.006 0.035 0.001 0.024 0.811 0.001 0.001 0.001 0.021 0.090 0.002 0.008 32 D 0.001 0.002 0.069 0.001 0.014 0.801 0.001 0.001 0.001 0.054 0.052 0.001 0.004 33 R 0.001 0.001 0.011 0.001 0.010 0.961 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 0.001 0.001 34 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 35 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 36 F 0.001 0.001 0.004 0.001 0.020 0.961 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 37 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.029 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 38 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.036 0.868 0.001 0.001 0.001 0.003 0.087 0.001 0.001 39 Q 0.001 0.001 0.010 0.001 0.036 0.854 0.001 0.001 0.001 0.010 0.083 0.001 0.003 40 V 0.002 0.001 0.068 0.001 0.022 0.843 0.001 0.001 0.001 0.023 0.028 0.003 0.007 41 E 0.004 0.002 0.062 0.020 0.104 0.602 0.001 0.001 0.003 0.034 0.150 0.013 0.007 42 E 0.010 0.002 0.031 0.011 0.101 0.461 0.001 0.002 0.007 0.037 0.312 0.006 0.020 43 F 0.041 0.004 0.079 0.008 0.037 0.470 0.009 0.011 0.042 0.091 0.129 0.033 0.046 44 V 0.130 0.009 0.143 0.018 0.026 0.261 0.026 0.018 0.058 0.046 0.085 0.072 0.107 45 F 0.139 0.022 0.171 0.010 0.013 0.087 0.027 0.020 0.102 0.043 0.047 0.219 0.101 46 K 0.084 0.031 0.306 0.022 0.008 0.048 0.021 0.020 0.076 0.128 0.054 0.058 0.144 47 C 0.010 0.010 0.658 0.004 0.003 0.013 0.002 0.002 0.028 0.136 0.026 0.044 0.064 48 P 0.006 0.012 0.456 0.007 0.016 0.018 0.001 0.001 0.014 0.150 0.241 0.019 0.058 49 V 0.009 0.020 0.316 0.006 0.053 0.037 0.001 0.001 0.010 0.183 0.302 0.034 0.028 50 C 0.004 0.014 0.304 0.008 0.047 0.047 0.001 0.001 0.008 0.305 0.211 0.018 0.032 51 G 0.007 0.014 0.322 0.006 0.044 0.047 0.001 0.001 0.004 0.238 0.255 0.022 0.039 52 E 0.032 0.036 0.296 0.013 0.124 0.165 0.003 0.002 0.007 0.083 0.099 0.072 0.068 53 E 0.080 0.047 0.130 0.014 0.148 0.162 0.010 0.004 0.014 0.045 0.071 0.069 0.205 54 F 0.104 0.029 0.182 0.053 0.097 0.106 0.010 0.003 0.015 0.056 0.080 0.145 0.120 55 Y 0.038 0.017 0.188 0.038 0.061 0.096 0.006 0.001 0.008 0.083 0.289 0.037 0.138 56 G 0.020 0.009 0.245 0.020 0.054 0.045 0.002 0.001 0.003 0.185 0.277 0.072 0.067 57 K 0.028 0.013 0.262 0.006 0.064 0.066 0.003 0.001 0.009 0.153 0.145 0.167 0.083 58 T 0.017 0.047 0.329 0.004 0.054 0.065 0.003 0.001 0.010 0.110 0.165 0.021 0.172 59 L 0.003 0.029 0.544 0.004 0.009 0.032 0.001 0.001 0.010 0.235 0.036 0.087 0.011 60 P 0.001 0.017 0.743 0.002 0.009 0.048 0.001 0.001 0.004 0.096 0.029 0.004 0.046 61 R 0.001 0.010 0.133 0.002 0.081 0.656 0.001 0.001 0.001 0.050 0.055 0.006 0.005 62 R 0.001 0.003 0.034 0.001 0.102 0.779 0.001 0.001 0.001 0.013 0.061 0.002 0.004 63 E 0.001 0.002 0.028 0.001 0.071 0.847 0.001 0.001 0.001 0.008 0.037 0.001 0.004 64 A 0.001 0.001 0.010 0.001 0.018 0.955 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 65 E 0.001 0.001 0.005 0.001 0.015 0.959 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.001 0.001 66 K 0.001 0.001 0.006 0.001 0.013 0.955 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.001 0.003 67 V 0.003 0.001 0.006 0.001 0.010 0.957 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.007 68 F 0.005 0.001 0.006 0.004 0.012 0.947 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.004 0.004 69 E 0.013 0.001 0.004 0.003 0.022 0.912 0.001 0.001 0.002 0.003 0.025 0.006 0.008 70 L 0.015 0.001 0.006 0.002 0.019 0.898 0.001 0.002 0.003 0.006 0.030 0.004 0.013 71 L 0.015 0.002 0.027 0.007 0.024 0.796 0.002 0.002 0.004 0.020 0.082 0.010 0.011 72 N 0.011 0.006 0.094 0.007 0.040 0.456 0.001 0.001 0.006 0.071 0.261 0.022 0.022 73 D 0.006 0.009 0.167 0.007 0.058 0.271 0.001 0.002 0.008 0.132 0.298 0.013 0.028 74 F 0.003 0.009 0.200 0.006 0.033 0.122 0.001 0.002 0.012 0.272 0.309 0.017 0.016 75 K 0.003 0.011 0.266 0.007 0.041 0.060 0.001 0.002 0.011 0.217 0.346 0.012 0.025 76 G 0.005 0.013 0.285 0.007 0.033 0.039 0.001 0.002 0.012 0.302 0.246 0.032 0.022 77 G 0.016 0.048 0.421 0.006 0.028 0.046 0.004 0.003 0.029 0.196 0.088 0.043 0.072 78 I 0.031 0.090 0.407 0.005 0.022 0.044 0.008 0.005 0.033 0.115 0.042 0.067 0.131 79 D 0.012 0.031 0.581 0.008 0.016 0.024 0.002 0.002 0.012 0.094 0.026 0.070 0.122 80 W 0.011 0.011 0.214 0.017 0.133 0.114 0.002 0.001 0.004 0.093 0.302 0.020 0.077 81 E 0.005 0.004 0.063 0.020 0.118 0.048 0.001 0.001 0.001 0.097 0.591 0.039 0.013 82 N 0.011 0.005 0.136 0.011 0.078 0.036 0.001 0.001 0.001 0.158 0.472 0.012 0.079 83 K 0.033 0.010 0.297 0.021 0.017 0.035 0.002 0.001 0.005 0.260 0.101 0.179 0.040 84 R 0.114 0.013 0.263 0.012 0.007 0.038 0.011 0.001 0.011 0.036 0.029 0.059 0.405 85 V 0.221 0.007 0.084 0.020 0.004 0.026 0.025 0.005 0.031 0.015 0.006 0.397 0.160 86 K 0.355 0.004 0.046 0.053 0.003 0.037 0.059 0.009 0.028 0.009 0.005 0.115 0.275 87 L 0.387 0.003 0.023 0.018 0.006 0.054 0.064 0.013 0.035 0.006 0.006 0.200 0.185 88 K 0.295 0.005 0.049 0.054 0.008 0.143 0.049 0.011 0.035 0.019 0.019 0.096 0.217 89 L 0.081 0.004 0.066 0.010 0.012 0.556 0.016 0.006 0.020 0.033 0.042 0.047 0.108 90 N 0.011 0.002 0.061 0.015 0.016 0.741 0.002 0.002 0.007 0.040 0.063 0.018 0.021 91 D 0.005 0.001 0.015 0.002 0.022 0.903 0.001 0.001 0.002 0.012 0.025 0.004 0.008 92 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.002 93 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 94 A 0.003 0.001 0.002 0.001 0.020 0.959 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.002 95 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 96 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 97 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.956 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 0.001 0.001 98 M 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.974 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 99 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 100 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 0.956 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 0.001 0.001 101 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.946 0.001 0.001 0.001 0.003 0.035 0.001 0.001 102 W 0.001 0.001 0.012 0.001 0.017 0.928 0.001 0.001 0.001 0.008 0.033 0.001 0.001 103 D 0.001 0.002 0.055 0.003 0.067 0.771 0.001 0.001 0.001 0.020 0.072 0.003 0.005 104 R 0.003 0.004 0.057 0.004 0.064 0.651 0.001 0.001 0.003 0.034 0.163 0.007 0.010 105 R 0.005 0.007 0.110 0.003 0.049 0.541 0.001 0.001 0.006 0.046 0.202 0.008 0.022 106 V 0.010 0.012 0.328 0.005 0.036 0.345 0.002 0.001 0.018 0.063 0.107 0.034 0.041 107 K 0.009 0.020 0.435 0.008 0.020 0.169 0.002 0.001 0.022 0.112 0.098 0.048 0.055 108 R 0.004 0.015 0.523 0.005 0.014 0.094 0.001 0.001 0.014 0.161 0.093 0.031 0.044