# TARGET T0476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0476.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.33036 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.062 0.096 0.160 0.246 0.011 0.063 0.023 0.007 0.017 0.008 0.041 0.074 0.135 0.008 0.008 0.041 2 A 0.044 0.055 0.210 0.317 0.011 0.089 0.023 0.014 0.005 0.003 0.046 0.035 0.112 0.006 0.010 0.021 3 K 0.011 0.196 0.261 0.422 0.003 0.010 0.005 0.006 0.009 0.002 0.004 0.012 0.026 0.002 0.006 0.025 4 C 0.041 0.009 0.134 0.497 0.020 0.177 0.018 0.003 0.007 0.009 0.008 0.008 0.052 0.002 0.002 0.012 5 P 0.032 0.089 0.223 0.260 0.057 0.105 0.014 0.012 0.002 0.003 0.126 0.012 0.051 0.004 0.002 0.008 6 I 0.009 0.051 0.016 0.233 0.337 0.054 0.060 0.015 0.008 0.006 0.031 0.061 0.013 0.097 0.002 0.006 7 C 0.007 0.062 0.055 0.155 0.015 0.068 0.012 0.293 0.014 0.006 0.025 0.023 0.038 0.003 0.216 0.008 8 G 0.018 0.095 0.059 0.123 0.005 0.024 0.014 0.008 0.243 0.116 0.032 0.019 0.032 0.004 0.004 0.204 9 S 0.643 0.021 0.043 0.075 0.002 0.056 0.007 0.006 0.005 0.005 0.033 0.075 0.019 0.001 0.005 0.005 10 P 0.025 0.150 0.458 0.112 0.004 0.064 0.005 0.004 0.009 0.003 0.054 0.026 0.040 0.002 0.004 0.040 11 L 0.026 0.123 0.145 0.593 0.001 0.014 0.001 0.002 0.002 0.002 0.010 0.048 0.025 0.001 0.002 0.005 12 K 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.941 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 0.031 0.001 0.001 0.001 13 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.002 0.021 0.001 0.001 0.001 14 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.952 0.029 0.001 0.001 0.001 15 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.983 0.001 0.001 0.001 16 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 17 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 18 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 19 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 20 M 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.005 0.003 0.011 21 L 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.002 0.003 0.007 22 I 0.002 0.004 0.016 0.004 0.001 0.005 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.885 0.016 0.006 0.050 23 I 0.004 0.006 0.021 0.004 0.003 0.030 0.056 0.001 0.001 0.001 0.019 0.004 0.782 0.034 0.019 0.018 24 E 0.008 0.085 0.072 0.016 0.001 0.007 0.005 0.032 0.001 0.001 0.097 0.037 0.493 0.008 0.095 0.041 25 N 0.008 0.009 0.007 0.006 0.001 0.141 0.002 0.001 0.005 0.007 0.016 0.158 0.603 0.003 0.005 0.028 26 F 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.246 0.019 0.696 0.001 0.001 0.002 27 E 0.001 0.011 0.005 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.451 0.494 0.001 0.002 0.001 28 E 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.965 0.002 0.002 0.004 29 I 0.001 0.001 0.015 0.002 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.939 0.006 0.003 0.011 30 V 0.001 0.002 0.008 0.002 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 0.942 0.004 0.005 0.006 31 K 0.002 0.004 0.013 0.009 0.001 0.005 0.006 0.003 0.001 0.001 0.007 0.011 0.877 0.019 0.010 0.033 32 D 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.026 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 0.012 0.919 0.002 0.009 0.009 33 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.121 0.014 0.849 0.001 0.001 0.003 34 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.241 0.720 0.002 0.002 0.001 35 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.972 0.001 0.002 0.004 36 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.983 0.001 0.001 0.003 37 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 38 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.979 0.001 0.003 0.003 39 Q 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.926 0.008 0.001 0.047 40 V 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.953 0.003 0.004 0.002 41 E 0.001 0.065 0.010 0.004 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.007 0.024 0.863 0.003 0.005 0.008 42 E 0.008 0.007 0.011 0.071 0.001 0.003 0.004 0.001 0.002 0.001 0.005 0.012 0.799 0.010 0.019 0.048 43 F 0.011 0.005 0.460 0.021 0.001 0.005 0.015 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.398 0.007 0.008 0.063 44 V 0.018 0.035 0.266 0.280 0.007 0.019 0.030 0.003 0.001 0.001 0.009 0.007 0.277 0.021 0.005 0.023 45 F 0.009 0.039 0.090 0.452 0.023 0.123 0.029 0.008 0.002 0.001 0.008 0.007 0.169 0.010 0.010 0.020 46 K 0.006 0.173 0.094 0.597 0.005 0.010 0.007 0.010 0.007 0.003 0.008 0.003 0.029 0.004 0.006 0.038 47 C 0.030 0.016 0.070 0.284 0.022 0.454 0.014 0.005 0.010 0.012 0.007 0.020 0.041 0.001 0.003 0.010 48 P 0.022 0.149 0.095 0.098 0.033 0.103 0.009 0.012 0.002 0.004 0.398 0.013 0.049 0.003 0.001 0.008 49 V 0.015 0.066 0.022 0.103 0.183 0.082 0.044 0.019 0.008 0.007 0.065 0.277 0.020 0.081 0.004 0.004 50 C 0.004 0.046 0.048 0.064 0.004 0.098 0.005 0.296 0.006 0.007 0.078 0.050 0.098 0.001 0.191 0.006 51 G 0.009 0.045 0.016 0.038 0.002 0.047 0.003 0.009 0.201 0.068 0.153 0.103 0.168 0.002 0.004 0.132 52 E 0.231 0.014 0.023 0.031 0.002 0.027 0.007 0.002 0.004 0.001 0.118 0.238 0.292 0.002 0.003 0.005 53 E 0.006 0.038 0.162 0.042 0.003 0.034 0.011 0.003 0.001 0.001 0.026 0.122 0.529 0.003 0.007 0.011 54 F 0.005 0.018 0.038 0.066 0.087 0.050 0.163 0.003 0.003 0.001 0.015 0.029 0.306 0.176 0.005 0.034 55 Y 0.005 0.058 0.114 0.091 0.003 0.020 0.011 0.108 0.002 0.001 0.012 0.018 0.263 0.005 0.276 0.012 56 G 0.008 0.007 0.040 0.049 0.007 0.087 0.023 0.007 0.049 0.089 0.048 0.018 0.373 0.019 0.007 0.170 57 K 0.292 0.048 0.037 0.056 0.002 0.013 0.012 0.013 0.004 0.001 0.161 0.066 0.254 0.008 0.015 0.017 58 T 0.020 0.106 0.225 0.139 0.003 0.029 0.020 0.004 0.017 0.003 0.010 0.115 0.162 0.015 0.015 0.117 59 L 0.025 0.035 0.456 0.214 0.004 0.034 0.028 0.002 0.001 0.001 0.007 0.014 0.144 0.002 0.010 0.022 60 P 0.009 0.017 0.060 0.047 0.006 0.644 0.006 0.006 0.001 0.005 0.032 0.018 0.137 0.001 0.002 0.007 61 R 0.006 0.034 0.006 0.022 0.001 0.056 0.001 0.006 0.002 0.002 0.732 0.040 0.088 0.001 0.001 0.002 62 R 0.003 0.027 0.005 0.009 0.001 0.014 0.001 0.001 0.002 0.001 0.040 0.747 0.146 0.001 0.002 0.002 63 E 0.002 0.003 0.011 0.003 0.001 0.025 0.002 0.001 0.001 0.001 0.044 0.066 0.835 0.001 0.002 0.005 64 A 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.054 0.883 0.001 0.001 0.001 65 E 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.103 0.877 0.001 0.001 0.001 66 K 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 0.975 0.001 0.001 0.001 67 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.984 0.001 0.001 0.001 68 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.988 0.001 0.001 0.001 69 E 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 70 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.977 0.005 0.001 0.003 71 L 0.001 0.002 0.005 0.007 0.002 0.002 0.020 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.837 0.081 0.029 0.008 72 N 0.001 0.004 0.008 0.005 0.001 0.005 0.012 0.006 0.001 0.001 0.005 0.004 0.812 0.022 0.076 0.037 73 D 0.019 0.015 0.018 0.012 0.002 0.005 0.015 0.002 0.011 0.004 0.011 0.009 0.466 0.032 0.026 0.352 74 F 0.047 0.005 0.050 0.004 0.038 0.011 0.270 0.002 0.001 0.001 0.018 0.013 0.218 0.277 0.018 0.027 75 K 0.012 0.076 0.139 0.015 0.006 0.009 0.070 0.085 0.002 0.001 0.011 0.015 0.076 0.071 0.385 0.026 76 G 0.025 0.030 0.059 0.096 0.001 0.015 0.012 0.027 0.187 0.062 0.016 0.022 0.066 0.004 0.069 0.310 77 G 0.473 0.040 0.179 0.091 0.001 0.007 0.010 0.001 0.022 0.004 0.008 0.008 0.026 0.001 0.002 0.127 78 I 0.087 0.027 0.436 0.417 0.002 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.005 0.001 0.001 0.004 79 D 0.001 0.002 0.008 0.021 0.004 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 80 W 0.001 0.011 0.001 0.005 0.007 0.024 0.001 0.003 0.001 0.001 0.942 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 81 E 0.002 0.085 0.003 0.009 0.002 0.006 0.002 0.013 0.006 0.001 0.021 0.831 0.005 0.004 0.010 0.001 82 N 0.011 0.027 0.161 0.026 0.001 0.017 0.024 0.011 0.035 0.008 0.014 0.026 0.179 0.006 0.214 0.240 83 K 0.148 0.042 0.308 0.043 0.001 0.013 0.011 0.003 0.022 0.004 0.019 0.011 0.063 0.003 0.010 0.299 84 R 0.294 0.077 0.417 0.142 0.001 0.009 0.004 0.001 0.005 0.001 0.002 0.009 0.020 0.001 0.001 0.020 85 V 0.032 0.018 0.459 0.443 0.001 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.013 0.001 0.001 0.005 86 K 0.001 0.012 0.135 0.843 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 87 L 0.001 0.002 0.015 0.963 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 88 K 0.001 0.012 0.007 0.234 0.180 0.534 0.003 0.002 0.001 0.003 0.008 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 89 L 0.001 0.020 0.001 0.055 0.034 0.418 0.001 0.065 0.001 0.001 0.359 0.013 0.028 0.002 0.001 0.001 90 N 0.001 0.140 0.005 0.026 0.001 0.021 0.001 0.035 0.017 0.015 0.105 0.576 0.047 0.001 0.008 0.002 91 D 0.015 0.003 0.003 0.008 0.001 0.049 0.001 0.003 0.009 0.007 0.105 0.131 0.648 0.001 0.002 0.015 92 L 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.099 0.083 0.783 0.001 0.001 0.002 93 L 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.144 0.838 0.001 0.001 0.001 94 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.989 0.001 0.001 0.001 95 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.992 0.001 0.001 0.001 96 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 97 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 98 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.005 99 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 100 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.989 0.003 0.001 0.002 101 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.963 0.009 0.006 0.013 102 W 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.912 0.022 0.012 0.022 103 D 0.002 0.002 0.015 0.001 0.001 0.006 0.011 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.907 0.007 0.025 0.014 104 R 0.004 0.007 0.015 0.004 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.039 0.007 0.836 0.009 0.010 0.058 105 R 0.034 0.026 0.059 0.013 0.001 0.008 0.034 0.001 0.002 0.001 0.013 0.053 0.590 0.068 0.011 0.086 106 V 0.008 0.014 0.227 0.019 0.005 0.020 0.101 0.002 0.001 0.001 0.009 0.014 0.499 0.023 0.032 0.025 107 K 0.005 0.062 0.121 0.038 0.039 0.048 0.160 0.013 0.003 0.002 0.028 0.018 0.322 0.068 0.024 0.052 108 R 0.029 0.053 0.066 0.079 0.028 0.048 0.064 0.096 0.014 0.010 0.076 0.036 0.207 0.054 0.090 0.051