# TARGET T0476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0476.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.33036 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.098 0.036 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.093 0.079 0.112 0.555 2 A 0.024 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.003 0.005 0.001 0.005 0.004 0.002 0.002 0.241 0.039 0.123 0.515 3 K 0.027 0.023 0.002 0.001 0.001 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.090 0.055 0.121 0.658 4 C 0.077 0.023 0.011 0.002 0.014 0.005 0.004 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.142 0.137 0.105 0.463 5 P 0.077 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.039 0.119 0.665 6 I 0.087 0.010 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.058 0.121 0.673 7 C 0.017 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 0.018 0.113 0.744 8 G 0.062 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.038 0.111 0.705 9 S 0.073 0.217 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.104 0.071 0.102 0.402 10 P 0.026 0.364 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.035 0.059 0.474 11 L 0.027 0.661 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.030 0.036 0.037 0.201 12 K 0.020 0.863 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.036 0.010 0.058 13 W 0.013 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.006 14 E 0.018 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.002 0.013 15 E 0.006 0.917 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.027 0.004 0.039 16 L 0.013 0.914 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.004 0.020 17 I 0.027 0.922 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.006 0.019 18 E 0.030 0.722 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.089 0.016 0.138 19 E 0.031 0.847 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.029 0.007 0.080 20 M 0.090 0.765 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.039 0.019 0.075 21 L 0.063 0.373 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.180 0.062 0.280 22 I 0.058 0.418 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.079 0.038 0.351 23 I 0.130 0.627 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.044 0.026 0.137 24 E 0.030 0.578 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.036 0.046 0.260 25 N 0.024 0.852 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.010 0.088 26 F 0.052 0.886 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.006 0.040 27 E 0.038 0.783 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.042 0.018 0.110 28 E 0.075 0.578 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.122 0.026 0.163 29 I 0.143 0.488 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.146 0.029 0.158 30 V 0.059 0.537 0.021 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.067 0.052 0.233 31 K 0.009 0.349 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.026 0.063 0.523 32 D 0.029 0.909 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.002 0.018 33 R 0.029 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.012 34 E 0.008 0.919 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.004 0.047 35 R 0.038 0.798 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.064 0.013 0.078 36 F 0.047 0.784 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.092 0.012 0.044 37 L 0.147 0.645 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.060 0.031 0.112 38 A 0.035 0.384 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.033 0.039 0.481 39 Q 0.076 0.408 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.072 0.060 0.344 40 V 0.258 0.225 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.159 0.084 0.223 41 E 0.096 0.122 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.084 0.120 0.523 42 E 0.018 0.063 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.167 0.054 0.066 0.628 43 F 0.028 0.041 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.563 0.111 0.052 0.196 44 V 0.029 0.018 0.004 0.001 0.002 0.003 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.461 0.088 0.070 0.311 45 F 0.008 0.007 0.002 0.001 0.004 0.006 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.585 0.045 0.059 0.262 46 K 0.030 0.020 0.002 0.001 0.003 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.229 0.070 0.102 0.520 47 C 0.115 0.040 0.008 0.002 0.013 0.006 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.126 0.171 0.111 0.399 48 P 0.088 0.029 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.036 0.125 0.650 49 V 0.116 0.058 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.053 0.127 0.604 50 C 0.039 0.061 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.029 0.122 0.663 51 G 0.189 0.213 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.108 0.073 0.361 52 E 0.079 0.065 0.021 0.001 0.008 0.002 0.003 0.002 0.023 0.021 0.034 0.003 0.006 0.004 0.002 0.003 0.108 0.109 0.096 0.410 53 E 0.094 0.033 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.005 0.004 0.002 0.001 0.128 0.060 0.102 0.553 54 F 0.254 0.014 0.013 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.009 0.004 0.002 0.090 0.142 0.082 0.370 55 Y 0.093 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.167 0.078 0.120 0.513 56 G 0.061 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.025 0.131 0.716 57 K 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.227 0.023 0.142 0.581 58 T 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.012 0.142 0.768 59 L 0.026 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.120 0.047 0.168 0.585 60 P 0.219 0.340 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.094 0.044 0.286 61 R 0.181 0.564 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.034 0.026 0.180 62 R 0.042 0.589 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.049 0.036 0.265 63 E 0.034 0.818 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.030 0.015 0.087 64 A 0.023 0.907 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 0.009 0.041 65 E 0.019 0.874 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.031 0.011 0.055 66 K 0.014 0.929 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.013 0.005 0.030 67 V 0.019 0.939 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 0.004 0.019 68 F 0.045 0.692 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.147 0.018 0.065 69 E 0.073 0.483 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.138 0.038 0.169 70 L 0.183 0.322 0.036 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.093 0.058 0.238 71 L 0.168 0.200 0.029 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.142 0.095 0.297 72 N 0.048 0.077 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.090 0.145 0.581 73 D 0.087 0.049 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.101 0.139 0.559 74 F 0.262 0.059 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.101 0.137 0.381 75 K 0.150 0.034 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.064 0.161 0.524 76 G 0.043 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.153 0.039 0.137 0.587 77 G 0.027 0.025 0.003 0.001 0.017 0.036 0.050 0.005 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.135 0.056 0.143 0.489 78 I 0.012 0.012 0.005 0.002 0.031 0.032 0.014 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.160 0.047 0.123 0.548 79 D 0.363 0.043 0.015 0.001 0.018 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.252 0.046 0.207 80 W 0.409 0.014 0.009 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.085 0.066 0.389 81 E 0.083 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.026 0.094 0.761 82 N 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.013 0.120 0.791 83 K 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.051 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.442 0.042 0.077 0.328 84 R 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.040 0.127 0.003 0.007 0.002 0.002 0.002 0.144 0.034 0.065 0.523 85 V 0.004 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.015 0.005 0.035 0.077 0.016 0.006 0.631 0.023 0.019 0.150 86 K 0.005 0.024 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.044 0.048 0.054 0.014 0.414 0.080 0.035 0.265 87 L 0.005 0.066 0.002 0.001 0.004 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.027 0.007 0.572 0.070 0.031 0.189 88 K 0.101 0.301 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.262 0.129 0.026 0.164 89 L 0.140 0.611 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.050 0.018 0.111 90 N 0.022 0.658 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.036 0.038 0.209 91 D 0.010 0.851 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.023 0.012 0.062 92 L 0.022 0.869 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.044 0.011 0.039 93 L 0.024 0.331 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.537 0.015 0.052 94 A 0.009 0.821 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.092 0.012 0.043 95 L 0.029 0.906 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.005 0.022 96 E 0.030 0.880 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.035 0.005 0.042 97 T 0.035 0.800 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.047 0.012 0.093 98 M 0.041 0.757 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.072 0.021 0.089 99 L 0.071 0.665 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.096 0.030 0.104 100 E 0.081 0.647 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.032 0.026 0.197 101 E 0.049 0.482 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.055 0.041 0.335 102 W 0.109 0.430 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.085 0.050 0.262 103 D 0.226 0.266 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.107 0.063 0.299 104 R 0.089 0.122 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.056 0.083 0.569 105 R 0.068 0.042 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.124 0.072 0.077 0.602 106 V 0.070 0.017 0.007 0.001 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.125 0.059 0.101 0.606 107 K 0.045 0.007 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.035 0.108 0.709 108 R 0.047 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.036 0.093 0.729