# TARGET T0476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0476.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.33036 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.078 0.006 0.001 0.046 0.013 0.040 0.095 0.003 0.001 0.080 0.637 2 A 0.008 0.005 0.001 0.082 0.046 0.061 0.125 0.001 0.001 0.042 0.627 3 K 0.009 0.008 0.001 0.076 0.031 0.058 0.082 0.002 0.001 0.044 0.689 4 C 0.024 0.004 0.007 0.059 0.191 0.085 0.085 0.004 0.003 0.083 0.456 5 P 0.086 0.003 0.001 0.147 0.045 0.069 0.091 0.003 0.001 0.064 0.490 6 I 0.145 0.003 0.001 0.073 0.016 0.034 0.103 0.002 0.001 0.061 0.562 7 C 0.004 0.003 0.001 0.112 0.011 0.025 0.140 0.001 0.001 0.009 0.695 8 G 0.021 0.027 0.001 0.019 0.010 0.015 0.122 0.002 0.001 0.022 0.760 9 S 0.114 0.212 0.002 0.026 0.047 0.016 0.105 0.010 0.001 0.048 0.420 10 P 0.087 0.382 0.001 0.022 0.005 0.013 0.071 0.005 0.001 0.028 0.387 11 L 0.023 0.438 0.003 0.030 0.021 0.021 0.085 0.002 0.001 0.018 0.359 12 K 0.010 0.918 0.001 0.002 0.003 0.002 0.007 0.002 0.001 0.010 0.046 13 W 0.012 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 14 E 0.013 0.869 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.088 0.021 15 E 0.004 0.937 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.017 0.034 16 L 0.012 0.962 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.009 17 I 0.017 0.948 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.015 0.008 18 E 0.020 0.880 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.028 0.056 19 E 0.029 0.820 0.006 0.005 0.003 0.007 0.021 0.004 0.001 0.029 0.075 20 M 0.057 0.656 0.011 0.014 0.005 0.022 0.051 0.016 0.002 0.070 0.097 21 L 0.030 0.368 0.035 0.040 0.020 0.042 0.086 0.006 0.018 0.121 0.233 22 I 0.099 0.309 0.007 0.015 0.011 0.013 0.049 0.006 0.002 0.044 0.444 23 I 0.165 0.212 0.004 0.012 0.008 0.011 0.064 0.010 0.001 0.026 0.487 24 E 0.032 0.152 0.008 0.019 0.015 0.017 0.095 0.004 0.001 0.022 0.636 25 N 0.032 0.639 0.002 0.003 0.002 0.005 0.026 0.005 0.001 0.017 0.268 26 F 0.086 0.803 0.001 0.002 0.003 0.003 0.014 0.019 0.001 0.010 0.060 27 E 0.064 0.672 0.006 0.008 0.010 0.007 0.024 0.004 0.001 0.041 0.163 28 E 0.087 0.584 0.015 0.013 0.007 0.015 0.036 0.008 0.002 0.050 0.184 29 I 0.220 0.258 0.006 0.020 0.006 0.009 0.068 0.013 0.001 0.052 0.346 30 V 0.087 0.279 0.011 0.031 0.015 0.028 0.089 0.005 0.002 0.029 0.424 31 K 0.010 0.163 0.002 0.013 0.005 0.007 0.068 0.001 0.001 0.005 0.725 32 D 0.031 0.890 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.009 0.001 0.009 0.049 33 R 0.029 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 0.006 34 E 0.017 0.912 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.022 0.038 35 R 0.019 0.831 0.008 0.002 0.003 0.002 0.009 0.003 0.001 0.038 0.086 36 F 0.064 0.852 0.005 0.001 0.001 0.001 0.007 0.018 0.001 0.018 0.031 37 L 0.067 0.760 0.005 0.002 0.002 0.003 0.015 0.009 0.001 0.052 0.082 38 A 0.026 0.617 0.008 0.004 0.006 0.007 0.026 0.002 0.001 0.026 0.275 39 Q 0.070 0.599 0.015 0.008 0.008 0.015 0.038 0.020 0.002 0.053 0.171 40 V 0.184 0.182 0.029 0.009 0.012 0.015 0.114 0.042 0.007 0.177 0.228 41 E 0.072 0.107 0.011 0.028 0.039 0.058 0.115 0.008 0.003 0.071 0.488 42 E 0.031 0.036 0.004 0.049 0.018 0.095 0.100 0.004 0.001 0.053 0.609 43 F 0.023 0.014 0.007 0.091 0.119 0.200 0.088 0.007 0.002 0.068 0.383 44 V 0.031 0.005 0.002 0.070 0.079 0.132 0.070 0.002 0.001 0.090 0.518 45 F 0.006 0.003 0.001 0.081 0.120 0.130 0.076 0.001 0.001 0.033 0.548 46 K 0.010 0.008 0.001 0.102 0.082 0.158 0.078 0.002 0.001 0.041 0.516 47 C 0.047 0.012 0.004 0.036 0.082 0.090 0.092 0.005 0.003 0.091 0.538 48 P 0.086 0.017 0.001 0.042 0.039 0.052 0.096 0.004 0.001 0.051 0.610 49 V 0.172 0.026 0.001 0.025 0.033 0.045 0.089 0.004 0.001 0.040 0.565 50 C 0.022 0.036 0.001 0.024 0.023 0.035 0.107 0.003 0.001 0.019 0.731 51 G 0.069 0.102 0.001 0.021 0.024 0.057 0.098 0.008 0.001 0.051 0.568 52 E 0.050 0.079 0.005 0.028 0.168 0.130 0.091 0.007 0.002 0.100 0.340 53 E 0.075 0.058 0.004 0.040 0.070 0.131 0.091 0.007 0.001 0.066 0.457 54 F 0.081 0.021 0.008 0.029 0.069 0.108 0.096 0.007 0.003 0.120 0.459 55 Y 0.054 0.014 0.003 0.045 0.071 0.146 0.101 0.004 0.001 0.058 0.502 56 G 0.051 0.008 0.001 0.015 0.034 0.079 0.084 0.002 0.001 0.051 0.674 57 K 0.008 0.004 0.001 0.045 0.102 0.114 0.107 0.001 0.001 0.024 0.595 58 T 0.017 0.015 0.001 0.026 0.039 0.078 0.097 0.001 0.001 0.024 0.702 59 L 0.030 0.046 0.002 0.021 0.072 0.039 0.111 0.004 0.001 0.020 0.655 60 P 0.158 0.393 0.002 0.011 0.014 0.012 0.040 0.014 0.001 0.028 0.327 61 R 0.126 0.638 0.001 0.004 0.003 0.005 0.028 0.009 0.001 0.021 0.164 62 R 0.024 0.738 0.002 0.005 0.007 0.007 0.025 0.002 0.001 0.025 0.167 63 E 0.012 0.872 0.001 0.002 0.005 0.004 0.008 0.001 0.001 0.036 0.059 64 A 0.009 0.933 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.003 0.001 0.024 0.019 65 E 0.006 0.941 0.001 0.002 0.004 0.004 0.004 0.001 0.001 0.019 0.018 66 K 0.005 0.954 0.001 0.002 0.003 0.004 0.003 0.001 0.001 0.010 0.018 67 V 0.018 0.910 0.002 0.004 0.002 0.006 0.011 0.007 0.001 0.016 0.023 68 F 0.022 0.675 0.010 0.029 0.009 0.029 0.027 0.005 0.004 0.131 0.059 69 E 0.084 0.458 0.030 0.013 0.023 0.020 0.047 0.008 0.009 0.095 0.214 70 L 0.176 0.302 0.015 0.019 0.012 0.014 0.078 0.024 0.004 0.051 0.306 71 L 0.254 0.105 0.022 0.030 0.013 0.022 0.104 0.015 0.007 0.071 0.356 72 N 0.070 0.046 0.004 0.027 0.005 0.019 0.110 0.004 0.003 0.032 0.680 73 D 0.062 0.019 0.004 0.020 0.006 0.012 0.118 0.004 0.002 0.045 0.708 74 F 0.199 0.014 0.004 0.032 0.027 0.026 0.146 0.006 0.001 0.045 0.500 75 K 0.040 0.012 0.001 0.039 0.007 0.020 0.145 0.003 0.001 0.035 0.697 76 G 0.025 0.017 0.001 0.071 0.017 0.039 0.125 0.002 0.001 0.043 0.660 77 G 0.027 0.040 0.002 0.074 0.047 0.078 0.131 0.004 0.001 0.066 0.531 78 I 0.028 0.029 0.002 0.108 0.052 0.055 0.119 0.003 0.002 0.088 0.513 79 D 0.202 0.088 0.028 0.084 0.037 0.056 0.071 0.021 0.016 0.158 0.237 80 W 0.408 0.031 0.002 0.014 0.010 0.018 0.073 0.010 0.001 0.041 0.391 81 E 0.102 0.031 0.004 0.015 0.020 0.045 0.101 0.005 0.001 0.033 0.643 82 N 0.015 0.020 0.001 0.037 0.018 0.072 0.138 0.002 0.001 0.027 0.670 83 K 0.009 0.033 0.002 0.050 0.119 0.336 0.076 0.002 0.001 0.053 0.320 84 R 0.007 0.020 0.001 0.032 0.296 0.207 0.041 0.001 0.001 0.048 0.345 85 V 0.006 0.040 0.001 0.121 0.215 0.302 0.035 0.001 0.001 0.036 0.242 86 K 0.019 0.092 0.002 0.062 0.216 0.248 0.035 0.003 0.001 0.095 0.229 87 L 0.013 0.109 0.010 0.074 0.266 0.169 0.033 0.003 0.002 0.078 0.243 88 K 0.062 0.536 0.002 0.026 0.063 0.061 0.022 0.007 0.001 0.049 0.172 89 L 0.066 0.620 0.003 0.014 0.026 0.027 0.024 0.006 0.001 0.036 0.177 90 N 0.013 0.725 0.003 0.027 0.012 0.009 0.038 0.002 0.001 0.039 0.132 91 D 0.013 0.863 0.001 0.005 0.003 0.006 0.011 0.003 0.001 0.047 0.048 92 L 0.012 0.920 0.001 0.003 0.003 0.003 0.008 0.002 0.001 0.020 0.029 93 L 0.002 0.086 0.001 0.007 0.002 0.004 0.007 0.001 0.001 0.873 0.018 94 A 0.002 0.809 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.159 0.015 95 L 0.017 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.003 0.005 96 E 0.016 0.894 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.032 0.043 97 T 0.007 0.872 0.003 0.002 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 0.027 0.071 98 M 0.025 0.854 0.009 0.002 0.001 0.001 0.014 0.005 0.001 0.037 0.053 99 L 0.035 0.910 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.001 0.015 0.018 100 E 0.036 0.777 0.004 0.003 0.002 0.002 0.023 0.002 0.001 0.029 0.122 101 E 0.019 0.707 0.010 0.004 0.003 0.003 0.026 0.002 0.001 0.047 0.177 102 W 0.068 0.752 0.006 0.003 0.002 0.003 0.027 0.029 0.001 0.041 0.068 103 D 0.110 0.677 0.010 0.003 0.003 0.004 0.025 0.021 0.004 0.036 0.106 104 R 0.102 0.383 0.014 0.008 0.009 0.011 0.043 0.007 0.004 0.053 0.365 105 R 0.139 0.101 0.016 0.014 0.010 0.016 0.088 0.011 0.004 0.084 0.517 106 V 0.108 0.034 0.013 0.023 0.015 0.023 0.139 0.010 0.004 0.084 0.548 107 K 0.052 0.024 0.003 0.013 0.009 0.015 0.089 0.003 0.001 0.028 0.761 108 R 0.045 0.017 0.002 0.011 0.010 0.013 0.102 0.002 0.001 0.024 0.773