# TARGET T0476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0476.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.33036 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.036 0.006 0.017 0.017 0.033 0.086 0.051 0.756 2 A 0.012 0.005 0.044 0.050 0.090 0.195 0.033 0.572 3 K 0.014 0.003 0.047 0.036 0.084 0.135 0.058 0.623 4 C 0.030 0.005 0.073 0.081 0.076 0.130 0.082 0.522 5 P 0.056 0.006 0.185 0.053 0.090 0.107 0.072 0.431 6 I 0.060 0.007 0.098 0.058 0.073 0.098 0.118 0.489 7 C 0.024 0.009 0.100 0.031 0.051 0.113 0.033 0.640 8 G 0.044 0.017 0.042 0.024 0.039 0.105 0.032 0.697 9 S 0.075 0.165 0.023 0.026 0.027 0.113 0.044 0.527 10 P 0.049 0.475 0.011 0.006 0.010 0.071 0.031 0.346 11 L 0.022 0.507 0.016 0.014 0.011 0.050 0.083 0.296 12 K 0.008 0.955 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.011 13 W 0.006 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 14 E 0.003 0.965 0.002 0.001 0.001 0.001 0.024 0.004 15 E 0.004 0.953 0.002 0.001 0.001 0.002 0.030 0.008 16 L 0.019 0.943 0.003 0.001 0.001 0.002 0.026 0.006 17 I 0.041 0.894 0.004 0.001 0.001 0.004 0.039 0.017 18 E 0.039 0.731 0.004 0.001 0.001 0.011 0.068 0.146 19 E 0.016 0.795 0.004 0.001 0.001 0.013 0.055 0.116 20 M 0.078 0.640 0.020 0.003 0.003 0.035 0.088 0.132 21 L 0.062 0.222 0.038 0.011 0.007 0.069 0.301 0.290 22 I 0.082 0.440 0.017 0.002 0.003 0.046 0.099 0.312 23 I 0.155 0.498 0.016 0.002 0.003 0.046 0.056 0.224 24 E 0.022 0.272 0.021 0.006 0.005 0.089 0.036 0.550 25 N 0.046 0.702 0.005 0.001 0.002 0.022 0.041 0.181 26 F 0.077 0.792 0.006 0.002 0.001 0.013 0.065 0.043 27 E 0.067 0.690 0.015 0.005 0.004 0.023 0.053 0.143 28 E 0.047 0.538 0.026 0.008 0.008 0.040 0.059 0.275 29 I 0.072 0.615 0.022 0.004 0.005 0.054 0.038 0.192 30 V 0.065 0.558 0.032 0.008 0.009 0.047 0.053 0.229 31 K 0.018 0.400 0.007 0.002 0.003 0.047 0.063 0.461 32 D 0.017 0.947 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.013 33 R 0.008 0.965 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.010 34 E 0.018 0.922 0.003 0.001 0.001 0.004 0.020 0.031 35 R 0.048 0.655 0.015 0.004 0.002 0.019 0.177 0.079 36 F 0.106 0.669 0.009 0.002 0.002 0.018 0.120 0.076 37 L 0.190 0.489 0.006 0.001 0.002 0.027 0.090 0.194 38 A 0.014 0.208 0.011 0.006 0.004 0.055 0.070 0.631 39 Q 0.048 0.217 0.016 0.004 0.007 0.071 0.192 0.445 40 V 0.329 0.170 0.026 0.007 0.005 0.068 0.200 0.194 41 E 0.134 0.081 0.027 0.009 0.015 0.088 0.099 0.548 42 E 0.019 0.013 0.039 0.006 0.018 0.086 0.047 0.772 43 F 0.024 0.010 0.155 0.065 0.104 0.153 0.091 0.397 44 V 0.015 0.005 0.140 0.055 0.080 0.103 0.061 0.540 45 F 0.009 0.003 0.145 0.093 0.105 0.106 0.034 0.504 46 K 0.020 0.004 0.097 0.071 0.092 0.131 0.044 0.541 47 C 0.050 0.011 0.075 0.062 0.077 0.141 0.052 0.532 48 P 0.064 0.020 0.058 0.032 0.046 0.132 0.029 0.619 49 V 0.074 0.069 0.049 0.041 0.053 0.124 0.052 0.538 50 C 0.058 0.157 0.045 0.026 0.042 0.089 0.043 0.540 51 G 0.245 0.298 0.027 0.034 0.046 0.057 0.086 0.207 52 E 0.085 0.189 0.055 0.064 0.072 0.079 0.099 0.356 53 E 0.172 0.079 0.030 0.035 0.075 0.100 0.036 0.472 54 F 0.136 0.019 0.055 0.077 0.086 0.099 0.137 0.391 55 Y 0.050 0.018 0.018 0.037 0.093 0.118 0.043 0.623 56 G 0.115 0.011 0.015 0.029 0.066 0.060 0.048 0.656 57 K 0.019 0.011 0.014 0.102 0.096 0.126 0.028 0.604 58 T 0.017 0.010 0.013 0.016 0.036 0.083 0.020 0.804 59 L 0.077 0.045 0.019 0.059 0.038 0.140 0.037 0.584 60 P 0.111 0.177 0.011 0.009 0.011 0.067 0.051 0.563 61 R 0.112 0.563 0.006 0.004 0.005 0.037 0.048 0.224 62 R 0.032 0.623 0.010 0.008 0.009 0.044 0.048 0.225 63 E 0.029 0.828 0.003 0.003 0.004 0.012 0.049 0.072 64 A 0.010 0.906 0.002 0.002 0.003 0.006 0.043 0.028 65 E 0.004 0.912 0.003 0.003 0.006 0.007 0.033 0.031 66 K 0.002 0.931 0.002 0.007 0.008 0.004 0.027 0.018 67 V 0.006 0.891 0.006 0.005 0.008 0.007 0.061 0.015 68 F 0.015 0.556 0.012 0.017 0.016 0.007 0.360 0.017 69 E 0.028 0.551 0.029 0.033 0.034 0.022 0.234 0.070 70 L 0.114 0.376 0.044 0.026 0.038 0.056 0.148 0.198 71 L 0.128 0.132 0.055 0.047 0.044 0.088 0.141 0.365 72 N 0.046 0.038 0.032 0.019 0.028 0.099 0.070 0.669 73 D 0.042 0.016 0.031 0.011 0.017 0.139 0.060 0.684 74 F 0.203 0.012 0.026 0.028 0.023 0.131 0.057 0.520 75 K 0.064 0.006 0.025 0.017 0.026 0.110 0.035 0.716 76 G 0.013 0.009 0.032 0.016 0.041 0.102 0.018 0.770 77 G 0.011 0.014 0.065 0.078 0.118 0.141 0.029 0.546 78 I 0.011 0.007 0.064 0.071 0.050 0.086 0.053 0.658 79 D 0.428 0.079 0.028 0.047 0.045 0.051 0.160 0.162 80 W 0.316 0.052 0.026 0.019 0.022 0.066 0.094 0.405 81 E 0.089 0.028 0.016 0.021 0.060 0.101 0.027 0.658 82 N 0.043 0.026 0.016 0.022 0.066 0.064 0.061 0.703 83 K 0.012 0.033 0.021 0.150 0.251 0.114 0.028 0.391 84 R 0.007 0.022 0.045 0.117 0.288 0.056 0.051 0.414 85 V 0.009 0.060 0.037 0.345 0.266 0.038 0.044 0.202 86 K 0.009 0.048 0.135 0.185 0.310 0.036 0.111 0.166 87 L 0.016 0.142 0.081 0.284 0.200 0.035 0.087 0.155 88 K 0.039 0.588 0.065 0.067 0.088 0.021 0.036 0.097 89 L 0.043 0.596 0.053 0.034 0.041 0.026 0.058 0.149 90 N 0.025 0.784 0.020 0.023 0.019 0.016 0.041 0.073 91 D 0.036 0.841 0.008 0.005 0.007 0.009 0.044 0.049 92 L 0.079 0.775 0.011 0.004 0.005 0.018 0.046 0.062 93 L 0.013 0.081 0.013 0.010 0.007 0.017 0.789 0.070 94 A 0.008 0.614 0.008 0.002 0.003 0.023 0.240 0.102 95 L 0.022 0.917 0.002 0.001 0.001 0.005 0.031 0.021 96 E 0.030 0.890 0.004 0.003 0.002 0.006 0.026 0.040 97 T 0.044 0.748 0.008 0.001 0.003 0.019 0.076 0.101 98 M 0.062 0.691 0.012 0.002 0.001 0.022 0.138 0.071 99 L 0.068 0.700 0.015 0.002 0.002 0.021 0.090 0.102 100 E 0.035 0.597 0.008 0.001 0.002 0.034 0.041 0.282 101 E 0.025 0.675 0.021 0.002 0.003 0.035 0.073 0.166 102 W 0.036 0.716 0.021 0.004 0.004 0.026 0.072 0.121 103 D 0.115 0.594 0.015 0.005 0.005 0.026 0.081 0.158 104 R 0.072 0.304 0.044 0.018 0.018 0.061 0.112 0.371 105 R 0.122 0.067 0.037 0.024 0.029 0.099 0.130 0.493 106 V 0.154 0.023 0.019 0.016 0.017 0.091 0.113 0.566 107 K 0.046 0.012 0.009 0.014 0.022 0.096 0.036 0.766 108 R 0.024 0.007 0.007 0.010 0.022 0.079 0.025 0.824