# TARGET T0476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0476.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.33036 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.418 0.197 0.061 0.144 0.088 0.039 0.026 0.012 0.007 0.004 0.002 2 A 0.084 0.042 0.033 0.079 0.085 0.112 0.160 0.127 0.124 0.089 0.066 3 K 0.108 0.204 0.086 0.263 0.171 0.069 0.053 0.021 0.014 0.007 0.003 4 C 0.011 0.014 0.021 0.037 0.045 0.076 0.153 0.177 0.196 0.153 0.118 5 P 0.228 0.181 0.105 0.234 0.123 0.055 0.037 0.015 0.012 0.007 0.003 6 I 0.035 0.041 0.031 0.059 0.054 0.078 0.141 0.126 0.165 0.168 0.101 7 C 0.054 0.061 0.033 0.120 0.120 0.115 0.162 0.117 0.090 0.075 0.053 8 G 0.164 0.181 0.058 0.142 0.100 0.092 0.089 0.054 0.056 0.041 0.023 9 S 0.251 0.353 0.070 0.124 0.100 0.040 0.030 0.013 0.009 0.006 0.003 10 P 0.342 0.178 0.029 0.185 0.144 0.052 0.040 0.015 0.008 0.004 0.002 11 L 0.082 0.027 0.019 0.050 0.061 0.069 0.132 0.117 0.162 0.136 0.144 12 K 0.042 0.541 0.072 0.211 0.104 0.015 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 13 W 0.004 0.010 0.009 0.022 0.027 0.070 0.185 0.202 0.223 0.130 0.118 14 E 0.314 0.088 0.132 0.264 0.113 0.047 0.023 0.008 0.005 0.004 0.001 15 E 0.097 0.116 0.232 0.345 0.120 0.054 0.026 0.007 0.002 0.001 0.001 16 L 0.002 0.005 0.013 0.018 0.021 0.047 0.138 0.161 0.226 0.210 0.159 17 I 0.001 0.003 0.019 0.024 0.041 0.109 0.265 0.183 0.172 0.119 0.065 18 E 0.008 0.017 0.756 0.129 0.057 0.017 0.008 0.004 0.002 0.002 0.001 19 E 0.005 0.013 0.187 0.144 0.189 0.206 0.194 0.036 0.017 0.007 0.002 20 M 0.009 0.009 0.032 0.024 0.024 0.040 0.155 0.146 0.224 0.203 0.134 21 L 0.005 0.010 0.052 0.041 0.058 0.111 0.233 0.181 0.154 0.101 0.053 22 I 0.009 0.050 0.553 0.147 0.109 0.045 0.042 0.020 0.013 0.010 0.003 23 I 0.020 0.025 0.081 0.106 0.155 0.186 0.263 0.086 0.045 0.023 0.009 24 E 0.466 0.111 0.156 0.099 0.061 0.028 0.035 0.019 0.013 0.010 0.004 25 N 0.111 0.228 0.108 0.140 0.104 0.095 0.115 0.044 0.030 0.018 0.007 26 F 0.022 0.047 0.048 0.074 0.086 0.147 0.215 0.146 0.108 0.064 0.042 27 E 0.507 0.101 0.188 0.120 0.043 0.019 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 28 E 0.131 0.117 0.241 0.245 0.136 0.071 0.039 0.014 0.005 0.002 0.001 29 I 0.006 0.020 0.022 0.026 0.029 0.057 0.164 0.136 0.218 0.195 0.127 30 V 0.008 0.013 0.047 0.072 0.108 0.203 0.304 0.118 0.072 0.038 0.018 31 K 0.101 0.049 0.739 0.082 0.019 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 32 D 0.013 0.054 0.108 0.093 0.082 0.197 0.269 0.086 0.055 0.032 0.011 33 R 0.017 0.037 0.033 0.053 0.076 0.122 0.275 0.164 0.115 0.076 0.033 34 E 0.406 0.055 0.306 0.116 0.043 0.038 0.021 0.008 0.003 0.002 0.001 35 R 0.032 0.034 0.522 0.224 0.117 0.046 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 36 F 0.002 0.011 0.024 0.016 0.018 0.051 0.217 0.161 0.211 0.185 0.104 37 L 0.002 0.006 0.037 0.053 0.100 0.192 0.326 0.147 0.080 0.038 0.019 38 A 0.043 0.019 0.871 0.044 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 39 Q 0.015 0.083 0.267 0.210 0.161 0.141 0.101 0.013 0.006 0.003 0.001 40 V 0.003 0.003 0.005 0.006 0.008 0.036 0.136 0.188 0.246 0.189 0.179 41 E 0.206 0.096 0.333 0.190 0.089 0.044 0.024 0.009 0.004 0.003 0.001 42 E 0.029 0.069 0.518 0.235 0.101 0.032 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 43 F 0.009 0.008 0.022 0.020 0.027 0.069 0.197 0.150 0.213 0.159 0.126 44 V 0.026 0.053 0.097 0.166 0.206 0.140 0.161 0.061 0.050 0.028 0.012 45 F 0.010 0.029 0.317 0.092 0.082 0.076 0.097 0.079 0.096 0.077 0.044 46 K 0.032 0.073 0.181 0.240 0.234 0.092 0.091 0.028 0.017 0.008 0.003 47 C 0.023 0.024 0.025 0.037 0.044 0.088 0.211 0.197 0.178 0.109 0.063 48 P 0.342 0.168 0.109 0.169 0.099 0.042 0.030 0.017 0.012 0.009 0.003 49 V 0.225 0.119 0.080 0.113 0.083 0.100 0.115 0.062 0.051 0.035 0.017 50 C 0.124 0.123 0.051 0.134 0.130 0.113 0.112 0.075 0.065 0.044 0.029 51 G 0.381 0.240 0.058 0.102 0.083 0.043 0.042 0.023 0.016 0.009 0.004 52 E 0.282 0.163 0.083 0.146 0.142 0.062 0.053 0.032 0.020 0.011 0.005 53 E 0.136 0.093 0.066 0.164 0.148 0.117 0.119 0.066 0.051 0.027 0.013 54 F 0.032 0.037 0.047 0.087 0.075 0.101 0.181 0.123 0.138 0.115 0.065 55 Y 0.027 0.050 0.055 0.127 0.128 0.143 0.190 0.129 0.081 0.045 0.025 56 G 0.128 0.114 0.117 0.176 0.120 0.097 0.093 0.056 0.048 0.035 0.015 57 K 0.146 0.094 0.081 0.172 0.175 0.113 0.108 0.046 0.033 0.023 0.009 58 T 0.321 0.157 0.067 0.144 0.096 0.061 0.067 0.036 0.027 0.016 0.008 59 L 0.042 0.032 0.029 0.059 0.064 0.090 0.161 0.148 0.160 0.129 0.087 60 P 0.149 0.324 0.120 0.148 0.094 0.051 0.054 0.026 0.017 0.012 0.004 61 R 0.175 0.141 0.079 0.133 0.129 0.119 0.117 0.057 0.028 0.015 0.007 62 R 0.758 0.103 0.062 0.045 0.015 0.007 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 63 E 0.139 0.105 0.070 0.148 0.127 0.142 0.144 0.067 0.033 0.018 0.007 64 A 0.056 0.056 0.085 0.104 0.116 0.123 0.173 0.119 0.085 0.058 0.025 65 E 0.073 0.048 0.254 0.175 0.141 0.140 0.099 0.034 0.020 0.012 0.004 66 K 0.032 0.045 0.355 0.180 0.135 0.108 0.084 0.032 0.018 0.008 0.002 67 V 0.011 0.014 0.052 0.041 0.057 0.095 0.227 0.155 0.166 0.118 0.064 68 F 0.009 0.012 0.065 0.057 0.087 0.118 0.209 0.145 0.143 0.104 0.052 69 E 0.020 0.037 0.396 0.186 0.165 0.068 0.062 0.030 0.021 0.012 0.003 70 L 0.008 0.014 0.074 0.050 0.052 0.110 0.251 0.139 0.147 0.098 0.058 71 L 0.014 0.014 0.035 0.047 0.050 0.072 0.177 0.137 0.201 0.141 0.111 72 N 0.042 0.050 0.138 0.151 0.175 0.111 0.144 0.082 0.058 0.031 0.015 73 D 0.041 0.070 0.151 0.182 0.174 0.124 0.123 0.058 0.040 0.025 0.011 74 F 0.031 0.023 0.031 0.045 0.040 0.078 0.173 0.149 0.175 0.147 0.108 75 K 0.135 0.168 0.076 0.201 0.162 0.086 0.075 0.042 0.029 0.018 0.007 76 G 0.289 0.183 0.087 0.107 0.088 0.067 0.071 0.043 0.032 0.022 0.012 77 G 0.147 0.173 0.056 0.213 0.160 0.093 0.076 0.033 0.026 0.015 0.007 78 I 0.047 0.025 0.016 0.029 0.035 0.057 0.139 0.164 0.198 0.154 0.135 79 D 0.101 0.303 0.093 0.236 0.160 0.044 0.034 0.014 0.008 0.005 0.002 80 W 0.029 0.035 0.027 0.060 0.059 0.111 0.159 0.147 0.160 0.117 0.096 81 E 0.375 0.292 0.091 0.155 0.054 0.015 0.009 0.004 0.003 0.002 0.001 82 N 0.206 0.167 0.060 0.209 0.143 0.092 0.066 0.029 0.016 0.008 0.003 83 K 0.090 0.071 0.068 0.127 0.134 0.138 0.142 0.077 0.069 0.053 0.030 84 R 0.060 0.126 0.122 0.338 0.200 0.083 0.047 0.013 0.007 0.003 0.001 85 V 0.005 0.009 0.042 0.033 0.038 0.068 0.152 0.161 0.209 0.166 0.117 86 K 0.026 0.062 0.111 0.306 0.318 0.074 0.060 0.019 0.014 0.007 0.002 87 L 0.010 0.019 0.075 0.060 0.054 0.094 0.158 0.098 0.177 0.152 0.104 88 K 0.020 0.052 0.132 0.276 0.266 0.100 0.088 0.030 0.021 0.012 0.005 89 L 0.007 0.013 0.031 0.028 0.027 0.051 0.137 0.171 0.227 0.176 0.131 90 N 0.017 0.034 0.088 0.178 0.209 0.140 0.141 0.071 0.058 0.049 0.017 91 D 0.045 0.091 0.187 0.234 0.171 0.092 0.099 0.039 0.026 0.012 0.004 92 L 0.008 0.010 0.033 0.056 0.059 0.103 0.191 0.129 0.180 0.133 0.098 93 L 0.021 0.025 0.078 0.091 0.088 0.094 0.204 0.130 0.132 0.085 0.053 94 A 0.003 0.024 0.104 0.099 0.094 0.104 0.178 0.135 0.122 0.089 0.047 95 L 0.001 0.005 0.030 0.023 0.027 0.057 0.148 0.171 0.212 0.186 0.139 96 E 0.024 0.028 0.177 0.225 0.248 0.094 0.108 0.043 0.027 0.022 0.005 97 T 0.073 0.064 0.251 0.212 0.165 0.094 0.082 0.029 0.016 0.010 0.004 98 M 0.012 0.025 0.050 0.053 0.047 0.102 0.229 0.147 0.150 0.119 0.065 99 L 0.008 0.013 0.031 0.031 0.037 0.068 0.190 0.190 0.196 0.150 0.085 100 E 0.082 0.073 0.428 0.182 0.110 0.052 0.036 0.018 0.009 0.007 0.002 101 E 0.107 0.118 0.341 0.199 0.110 0.066 0.039 0.011 0.006 0.004 0.001 102 W 0.020 0.017 0.023 0.028 0.037 0.089 0.235 0.218 0.159 0.111 0.062 103 D 0.101 0.107 0.174 0.165 0.122 0.108 0.110 0.051 0.033 0.023 0.007 104 R 0.080 0.058 0.419 0.145 0.101 0.074 0.062 0.028 0.016 0.010 0.004 105 R 0.133 0.122 0.256 0.183 0.123 0.076 0.063 0.022 0.013 0.007 0.002 106 V 0.018 0.021 0.032 0.037 0.046 0.106 0.221 0.165 0.162 0.117 0.075 107 K 0.130 0.169 0.259 0.189 0.123 0.053 0.039 0.019 0.010 0.006 0.002 108 R 0.300 0.128 0.248 0.129 0.081 0.048 0.036 0.016 0.008 0.004 0.002