# TARGET T0476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0476.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.33036 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.032 0.010 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.075 0.010 0.071 0.784 2 A 0.106 0.018 0.005 0.002 0.004 0.003 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.002 0.328 0.012 0.083 0.417 3 K 0.076 0.022 0.004 0.001 0.004 0.005 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.261 0.015 0.097 0.496 4 C 0.105 0.017 0.007 0.002 0.010 0.005 0.007 0.007 0.006 0.003 0.033 0.008 0.018 0.026 0.013 0.014 0.152 0.011 0.105 0.451 5 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.993 6 I 0.017 0.007 0.003 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.024 0.002 0.003 0.002 0.004 0.003 0.004 0.002 0.151 0.007 0.191 0.570 7 C 0.129 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.238 0.013 0.066 0.511 8 G 0.146 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.140 0.019 0.060 0.609 9 S 0.141 0.005 0.030 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.009 0.304 0.461 10 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.005 0.986 11 L 0.068 0.010 0.008 0.002 0.029 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.015 0.298 0.461 12 K 0.135 0.019 0.005 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.006 0.225 0.576 13 W 0.114 0.069 0.004 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.093 0.003 0.070 0.638 14 E 0.006 0.084 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.176 0.713 15 E 0.021 0.062 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.616 0.295 16 L 0.009 0.863 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.118 17 I 0.008 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.024 18 E 0.006 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 19 E 0.011 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.019 20 M 0.024 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.008 21 L 0.018 0.958 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.002 0.011 22 I 0.024 0.839 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.020 0.011 0.059 23 I 0.109 0.704 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.040 0.007 0.120 24 E 0.127 0.576 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.036 0.013 0.225 25 N 0.087 0.299 0.095 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.029 0.076 0.400 26 F 0.078 0.281 0.056 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.013 0.067 0.456 27 E 0.015 0.194 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.004 0.190 0.566 28 E 0.060 0.259 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.013 0.224 0.426 29 I 0.048 0.871 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.005 0.064 30 V 0.051 0.884 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.004 0.006 0.038 31 K 0.044 0.799 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.013 0.010 0.118 32 D 0.073 0.688 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.044 0.006 0.171 33 R 0.090 0.528 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.032 0.030 0.293 34 E 0.017 0.245 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.014 0.291 0.407 35 R 0.059 0.269 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.034 0.331 0.288 36 F 0.055 0.796 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.015 0.117 37 L 0.029 0.812 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.019 0.117 38 A 0.032 0.814 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 0.012 0.121 39 Q 0.069 0.777 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.023 0.007 0.114 40 V 0.057 0.840 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.014 0.005 0.062 41 E 0.034 0.739 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.013 0.023 0.118 42 E 0.072 0.480 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.059 0.042 0.243 43 F 0.342 0.305 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.104 0.064 0.014 0.142 44 V 0.091 0.198 0.047 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 0.001 0.296 0.020 0.037 0.293 45 F 0.019 0.072 0.031 0.004 0.004 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.007 0.017 0.013 0.004 0.500 0.013 0.030 0.274 46 K 0.023 0.033 0.012 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.004 0.002 0.003 0.001 0.003 0.004 0.003 0.003 0.411 0.011 0.058 0.421 47 C 0.028 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.005 0.025 0.004 0.006 0.008 0.008 0.006 0.170 0.006 0.073 0.627 48 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.003 0.987 49 V 0.028 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.107 0.009 0.190 0.634 50 C 0.134 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.128 0.017 0.083 0.612 51 G 0.178 0.038 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.131 0.020 0.085 0.532 52 E 0.181 0.020 0.014 0.001 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.004 0.002 0.002 0.065 0.020 0.136 0.538 53 E 0.036 0.033 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.137 0.007 0.094 0.674 54 F 0.145 0.111 0.014 0.003 0.022 0.012 0.007 0.004 0.019 0.004 0.003 0.002 0.005 0.004 0.003 0.003 0.162 0.041 0.095 0.345 55 Y 0.056 0.100 0.004 0.001 0.003 0.002 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.304 0.010 0.053 0.454 56 G 0.053 0.038 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.244 0.024 0.070 0.545 57 K 0.264 0.024 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.144 0.019 0.116 0.393 58 T 0.041 0.027 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 0.010 0.116 0.694 59 L 0.137 0.033 0.012 0.002 0.017 0.005 0.004 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.255 0.019 0.134 0.367 60 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.989 61 R 0.016 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.119 0.003 0.114 0.731 62 R 0.032 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.002 0.162 0.744 63 E 0.183 0.067 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.005 0.140 0.582 64 A 0.069 0.548 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.004 0.080 0.278 65 E 0.052 0.767 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.005 0.033 0.119 66 K 0.016 0.865 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.007 0.016 0.077 67 V 0.011 0.914 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.003 0.057 68 F 0.005 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 0.001 0.013 69 E 0.010 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.002 0.011 70 L 0.019 0.935 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.010 0.003 0.023 71 L 0.029 0.930 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.013 0.002 0.016 72 N 0.151 0.636 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.087 0.006 0.098 73 D 0.204 0.198 0.167 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.100 0.034 0.271 74 F 0.239 0.119 0.064 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.045 0.132 0.311 75 K 0.085 0.047 0.024 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.141 0.021 0.191 0.482 76 G 0.054 0.029 0.014 0.007 0.005 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.169 0.023 0.143 0.545 77 G 0.408 0.012 0.037 0.006 0.002 0.003 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.020 0.008 0.088 0.022 0.099 0.272 78 I 0.033 0.016 0.008 0.004 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.007 0.002 0.021 0.013 0.004 0.002 0.233 0.004 0.113 0.532 79 D 0.021 0.007 0.003 0.002 0.003 0.001 0.003 0.002 0.007 0.098 0.276 0.005 0.027 0.006 0.003 0.003 0.054 0.005 0.151 0.323 80 W 0.019 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.021 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.158 0.002 0.110 0.629 81 E 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.849 0.111 82 N 0.250 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.255 0.390 0.050 83 K 0.604 0.125 0.071 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.049 0.042 0.090 84 R 0.026 0.025 0.164 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.131 0.012 0.299 0.324 85 V 0.012 0.026 0.009 0.004 0.018 0.070 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.534 0.009 0.054 0.238 86 K 0.009 0.025 0.006 0.002 0.022 0.037 0.312 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.003 0.381 0.006 0.043 0.139 87 L 0.008 0.042 0.003 0.001 0.001 0.002 0.020 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 0.008 0.003 0.004 0.616 0.006 0.050 0.212 88 K 0.006 0.045 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.737 0.003 0.074 0.127 89 L 0.009 0.121 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.454 0.003 0.093 0.297 90 N 0.011 0.110 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.319 0.011 0.153 0.393 91 D 0.096 0.201 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 0.040 0.167 0.386 92 L 0.187 0.374 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.034 0.084 0.254 93 L 0.030 0.717 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.007 0.049 0.105 94 A 0.022 0.760 0.010 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.010 0.031 0.124 95 L 0.028 0.813 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.008 0.015 0.102 96 E 0.023 0.842 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.011 0.109 97 T 0.018 0.820 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.012 0.140 98 M 0.044 0.815 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.011 0.116 99 L 0.032 0.874 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.014 0.070 100 E 0.038 0.844 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.007 0.098 101 E 0.066 0.814 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.004 0.095 102 W 0.062 0.860 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.004 0.055 103 D 0.026 0.838 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.013 0.019 0.084 104 R 0.059 0.729 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.026 0.014 0.138 105 R 0.129 0.586 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.023 0.035 0.190 106 V 0.086 0.660 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.017 0.021 0.138 107 K 0.059 0.598 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.073 0.021 0.027 0.189 108 R 0.082 0.326 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.034 0.030 0.428