# TARGET T0476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0476.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.33036 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.039 0.009 0.002 0.025 0.026 0.040 0.066 0.002 0.001 0.005 0.786 2 A 0.061 0.013 0.004 0.052 0.041 0.073 0.109 0.002 0.001 0.006 0.639 3 K 0.057 0.008 0.003 0.059 0.021 0.050 0.154 0.002 0.001 0.007 0.639 4 C 0.079 0.009 0.003 0.078 0.046 0.060 0.081 0.001 0.001 0.004 0.639 5 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.980 6 I 0.011 0.003 0.001 0.076 0.049 0.092 0.095 0.001 0.001 0.002 0.671 7 C 0.120 0.019 0.001 0.099 0.049 0.092 0.058 0.001 0.001 0.008 0.555 8 G 0.089 0.018 0.002 0.055 0.022 0.045 0.071 0.001 0.001 0.010 0.686 9 S 0.087 0.008 0.003 0.054 0.019 0.021 0.151 0.001 0.001 0.003 0.653 10 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.983 11 L 0.023 0.018 0.002 0.045 0.028 0.058 0.294 0.001 0.001 0.008 0.524 12 K 0.049 0.052 0.002 0.013 0.007 0.010 0.227 0.001 0.001 0.007 0.633 13 W 0.050 0.187 0.002 0.017 0.006 0.026 0.058 0.001 0.001 0.002 0.652 14 E 0.023 0.461 0.001 0.009 0.005 0.011 0.125 0.001 0.001 0.002 0.362 15 E 0.066 0.582 0.001 0.002 0.002 0.002 0.104 0.001 0.001 0.003 0.238 16 L 0.038 0.881 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.070 17 I 0.008 0.952 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.031 18 E 0.002 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 19 E 0.007 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.019 20 M 0.022 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.007 21 L 0.010 0.979 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 22 I 0.017 0.935 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.022 23 I 0.048 0.886 0.007 0.005 0.002 0.003 0.002 0.012 0.001 0.001 0.036 24 E 0.037 0.789 0.007 0.004 0.005 0.004 0.015 0.014 0.001 0.001 0.125 25 N 0.050 0.479 0.031 0.008 0.005 0.008 0.076 0.021 0.001 0.001 0.321 26 F 0.105 0.438 0.047 0.034 0.004 0.020 0.029 0.010 0.001 0.002 0.312 27 E 0.043 0.425 0.022 0.010 0.004 0.006 0.092 0.003 0.001 0.004 0.391 28 E 0.079 0.548 0.010 0.005 0.003 0.004 0.087 0.006 0.001 0.004 0.254 29 I 0.108 0.765 0.006 0.004 0.001 0.003 0.004 0.016 0.001 0.001 0.093 30 V 0.029 0.892 0.010 0.007 0.008 0.006 0.004 0.004 0.001 0.001 0.040 31 K 0.030 0.764 0.012 0.004 0.004 0.003 0.012 0.011 0.001 0.001 0.160 32 D 0.108 0.693 0.004 0.003 0.002 0.006 0.016 0.025 0.001 0.001 0.140 33 R 0.118 0.462 0.013 0.010 0.001 0.003 0.020 0.012 0.001 0.003 0.356 34 E 0.016 0.165 0.028 0.002 0.001 0.001 0.314 0.002 0.001 0.002 0.470 35 R 0.114 0.322 0.007 0.002 0.001 0.001 0.356 0.003 0.001 0.005 0.189 36 F 0.062 0.879 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.044 37 L 0.011 0.936 0.012 0.003 0.002 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.029 38 A 0.009 0.910 0.003 0.001 0.005 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.064 39 Q 0.062 0.829 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.023 0.001 0.001 0.077 40 V 0.106 0.803 0.007 0.002 0.001 0.003 0.002 0.021 0.001 0.001 0.053 41 E 0.043 0.700 0.015 0.009 0.015 0.015 0.016 0.011 0.001 0.001 0.174 42 E 0.107 0.467 0.036 0.013 0.010 0.008 0.049 0.018 0.001 0.002 0.290 43 F 0.300 0.475 0.010 0.034 0.022 0.021 0.013 0.022 0.001 0.001 0.102 44 V 0.110 0.306 0.034 0.078 0.057 0.059 0.034 0.014 0.001 0.002 0.307 45 F 0.042 0.127 0.034 0.211 0.171 0.170 0.024 0.006 0.001 0.002 0.215 46 K 0.040 0.050 0.007 0.123 0.072 0.173 0.036 0.007 0.001 0.002 0.489 47 C 0.040 0.026 0.005 0.120 0.115 0.142 0.048 0.004 0.001 0.001 0.499 48 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.019 0.001 0.001 0.001 0.974 49 V 0.017 0.004 0.002 0.043 0.031 0.068 0.158 0.001 0.001 0.003 0.676 50 C 0.096 0.019 0.002 0.028 0.018 0.032 0.117 0.001 0.001 0.007 0.680 51 G 0.092 0.027 0.002 0.028 0.016 0.051 0.063 0.001 0.001 0.006 0.714 52 E 0.097 0.059 0.003 0.034 0.024 0.041 0.115 0.001 0.001 0.004 0.621 53 E 0.045 0.054 0.001 0.013 0.020 0.022 0.097 0.002 0.001 0.003 0.742 54 F 0.139 0.210 0.006 0.026 0.048 0.103 0.051 0.005 0.001 0.004 0.407 55 Y 0.084 0.334 0.005 0.034 0.053 0.101 0.041 0.006 0.001 0.003 0.337 56 G 0.193 0.165 0.006 0.021 0.037 0.078 0.030 0.012 0.001 0.008 0.451 57 K 0.266 0.191 0.026 0.030 0.042 0.045 0.059 0.010 0.001 0.004 0.326 58 T 0.065 0.056 0.011 0.017 0.015 0.032 0.061 0.008 0.001 0.004 0.732 59 L 0.195 0.042 0.038 0.061 0.067 0.115 0.108 0.002 0.001 0.004 0.368 60 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.981 61 R 0.011 0.011 0.001 0.013 0.018 0.086 0.097 0.001 0.001 0.001 0.762 62 R 0.043 0.064 0.001 0.006 0.004 0.008 0.105 0.001 0.001 0.004 0.764 63 E 0.123 0.150 0.003 0.005 0.006 0.011 0.163 0.001 0.001 0.006 0.532 64 A 0.114 0.570 0.003 0.004 0.004 0.010 0.033 0.002 0.001 0.002 0.258 65 E 0.039 0.732 0.002 0.002 0.005 0.006 0.026 0.001 0.001 0.001 0.184 66 K 0.041 0.663 0.003 0.002 0.004 0.003 0.016 0.005 0.001 0.001 0.263 67 V 0.031 0.793 0.004 0.002 0.002 0.004 0.006 0.006 0.001 0.001 0.151 68 F 0.019 0.896 0.002 0.003 0.003 0.006 0.003 0.003 0.001 0.001 0.065 69 E 0.015 0.927 0.002 0.005 0.007 0.004 0.003 0.003 0.001 0.001 0.034 70 L 0.022 0.919 0.002 0.004 0.004 0.002 0.003 0.007 0.001 0.001 0.036 71 L 0.058 0.861 0.003 0.012 0.004 0.006 0.004 0.011 0.001 0.001 0.040 72 N 0.085 0.666 0.007 0.014 0.010 0.012 0.015 0.038 0.001 0.002 0.152 73 D 0.194 0.338 0.057 0.041 0.014 0.014 0.038 0.056 0.001 0.005 0.243 74 F 0.203 0.279 0.075 0.065 0.017 0.024 0.101 0.042 0.001 0.004 0.192 75 K 0.086 0.176 0.035 0.074 0.022 0.023 0.127 0.020 0.001 0.017 0.418 76 G 0.137 0.076 0.055 0.062 0.028 0.034 0.065 0.024 0.001 0.027 0.493 77 G 0.410 0.023 0.090 0.076 0.026 0.038 0.078 0.007 0.001 0.006 0.244 78 I 0.059 0.017 0.030 0.081 0.069 0.076 0.174 0.003 0.001 0.004 0.487 79 D 0.035 0.010 0.004 0.079 0.116 0.310 0.097 0.001 0.001 0.002 0.345 80 W 0.011 0.014 0.001 0.067 0.047 0.106 0.097 0.001 0.001 0.002 0.654 81 E 0.018 0.034 0.001 0.032 0.077 0.126 0.420 0.001 0.001 0.008 0.283 82 N 0.228 0.047 0.001 0.013 0.030 0.062 0.366 0.002 0.001 0.022 0.229 83 K 0.427 0.123 0.008 0.014 0.050 0.067 0.091 0.006 0.001 0.016 0.199 84 R 0.159 0.042 0.066 0.020 0.046 0.054 0.154 0.005 0.001 0.008 0.446 85 V 0.035 0.028 0.021 0.030 0.312 0.287 0.047 0.001 0.001 0.002 0.238 86 K 0.015 0.017 0.001 0.044 0.158 0.535 0.024 0.001 0.001 0.001 0.204 87 L 0.021 0.041 0.002 0.064 0.249 0.329 0.037 0.001 0.001 0.001 0.255 88 K 0.009 0.065 0.001 0.080 0.257 0.244 0.075 0.001 0.001 0.002 0.267 89 L 0.011 0.095 0.001 0.057 0.166 0.333 0.062 0.001 0.001 0.002 0.273 90 N 0.022 0.133 0.002 0.048 0.068 0.176 0.118 0.001 0.001 0.007 0.426 91 D 0.149 0.123 0.007 0.025 0.014 0.029 0.209 0.002 0.001 0.017 0.425 92 L 0.140 0.549 0.012 0.019 0.017 0.022 0.075 0.002 0.001 0.005 0.159 93 L 0.043 0.701 0.006 0.013 0.026 0.021 0.052 0.002 0.001 0.003 0.133 94 A 0.044 0.708 0.009 0.006 0.014 0.017 0.027 0.006 0.001 0.001 0.166 95 L 0.048 0.808 0.004 0.006 0.009 0.026 0.009 0.009 0.001 0.001 0.082 96 E 0.038 0.808 0.004 0.005 0.008 0.012 0.008 0.007 0.001 0.001 0.110 97 T 0.040 0.709 0.016 0.005 0.005 0.006 0.024 0.008 0.001 0.001 0.186 98 M 0.102 0.723 0.019 0.006 0.003 0.006 0.034 0.010 0.001 0.001 0.096 99 L 0.065 0.808 0.010 0.006 0.002 0.004 0.008 0.008 0.001 0.001 0.088 100 E 0.034 0.711 0.011 0.003 0.003 0.004 0.028 0.010 0.001 0.001 0.195 101 E 0.110 0.595 0.011 0.003 0.002 0.003 0.032 0.025 0.001 0.002 0.218 102 W 0.071 0.746 0.013 0.002 0.001 0.004 0.007 0.019 0.001 0.001 0.136 103 D 0.036 0.744 0.026 0.007 0.004 0.006 0.012 0.006 0.001 0.001 0.158 104 R 0.036 0.758 0.012 0.004 0.008 0.004 0.023 0.005 0.001 0.002 0.149 105 R 0.110 0.657 0.004 0.004 0.003 0.005 0.027 0.016 0.001 0.001 0.172 106 V 0.144 0.686 0.008 0.006 0.004 0.008 0.012 0.016 0.001 0.001 0.116 107 K 0.077 0.626 0.021 0.017 0.018 0.022 0.029 0.012 0.001 0.002 0.177 108 R 0.063 0.380 0.019 0.016 0.019 0.017 0.036 0.023 0.001 0.002 0.426