# TARGET T0476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0476.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.33036 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.024 0.008 0.021 0.017 0.030 0.063 0.005 0.833 2 A 0.118 0.022 0.090 0.068 0.104 0.117 0.016 0.465 3 K 0.130 0.020 0.047 0.035 0.067 0.201 0.025 0.474 4 C 0.182 0.019 0.144 0.077 0.089 0.061 0.012 0.415 5 P 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.004 0.001 0.989 6 I 0.015 0.006 0.053 0.043 0.093 0.110 0.005 0.676 7 C 0.094 0.018 0.087 0.032 0.051 0.075 0.013 0.629 8 G 0.143 0.027 0.084 0.037 0.066 0.074 0.029 0.541 9 S 0.112 0.007 0.049 0.016 0.019 0.163 0.004 0.629 10 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 11 L 0.045 0.011 0.024 0.024 0.075 0.280 0.003 0.538 12 K 0.116 0.028 0.011 0.011 0.014 0.274 0.008 0.540 13 W 0.131 0.145 0.015 0.010 0.041 0.052 0.004 0.603 14 E 0.053 0.290 0.013 0.009 0.027 0.152 0.005 0.451 15 E 0.060 0.303 0.005 0.003 0.005 0.140 0.007 0.477 16 L 0.043 0.753 0.001 0.001 0.004 0.025 0.003 0.169 17 I 0.012 0.896 0.001 0.001 0.004 0.004 0.002 0.080 18 E 0.005 0.936 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.051 19 E 0.028 0.914 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.043 20 M 0.041 0.917 0.004 0.001 0.001 0.001 0.012 0.024 21 L 0.023 0.888 0.014 0.006 0.005 0.005 0.010 0.049 22 I 0.045 0.748 0.030 0.009 0.012 0.021 0.014 0.121 23 I 0.049 0.750 0.042 0.010 0.012 0.014 0.012 0.111 24 E 0.031 0.671 0.031 0.010 0.008 0.041 0.013 0.195 25 N 0.073 0.441 0.021 0.009 0.009 0.069 0.023 0.356 26 F 0.121 0.483 0.031 0.009 0.020 0.034 0.014 0.288 27 E 0.033 0.399 0.019 0.007 0.012 0.129 0.010 0.389 28 E 0.064 0.480 0.007 0.005 0.008 0.127 0.012 0.296 29 I 0.056 0.815 0.006 0.003 0.005 0.015 0.005 0.095 30 V 0.015 0.879 0.012 0.006 0.008 0.010 0.004 0.066 31 K 0.032 0.711 0.016 0.008 0.010 0.034 0.013 0.176 32 D 0.061 0.766 0.011 0.005 0.007 0.017 0.013 0.121 33 R 0.100 0.514 0.017 0.004 0.012 0.026 0.022 0.305 34 E 0.043 0.215 0.014 0.003 0.004 0.362 0.016 0.343 35 R 0.092 0.309 0.004 0.002 0.002 0.340 0.011 0.239 36 F 0.035 0.853 0.002 0.001 0.002 0.023 0.003 0.080 37 L 0.007 0.908 0.004 0.001 0.004 0.006 0.002 0.068 38 A 0.017 0.809 0.003 0.003 0.005 0.022 0.006 0.135 39 Q 0.094 0.786 0.002 0.002 0.003 0.014 0.015 0.085 40 V 0.057 0.855 0.004 0.003 0.007 0.004 0.008 0.063 41 E 0.017 0.774 0.008 0.006 0.010 0.022 0.010 0.152 42 E 0.047 0.679 0.011 0.008 0.006 0.019 0.020 0.210 43 F 0.185 0.592 0.029 0.014 0.012 0.014 0.037 0.117 44 V 0.060 0.549 0.081 0.031 0.034 0.026 0.021 0.198 45 F 0.029 0.328 0.200 0.077 0.072 0.028 0.022 0.244 46 K 0.058 0.177 0.088 0.061 0.077 0.058 0.031 0.450 47 C 0.068 0.100 0.125 0.087 0.089 0.046 0.015 0.470 48 P 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.003 0.001 0.989 49 V 0.020 0.010 0.029 0.034 0.056 0.152 0.009 0.690 50 C 0.162 0.026 0.031 0.031 0.029 0.078 0.014 0.629 51 G 0.107 0.051 0.049 0.058 0.088 0.099 0.016 0.532 52 E 0.088 0.022 0.036 0.030 0.055 0.135 0.006 0.626 53 E 0.046 0.051 0.031 0.047 0.071 0.122 0.008 0.626 54 F 0.128 0.155 0.037 0.097 0.160 0.108 0.014 0.302 55 Y 0.077 0.213 0.074 0.107 0.142 0.061 0.017 0.309 56 G 0.090 0.178 0.039 0.089 0.132 0.050 0.030 0.391 57 K 0.241 0.110 0.084 0.089 0.121 0.064 0.037 0.255 58 T 0.029 0.048 0.020 0.026 0.034 0.040 0.023 0.780 59 L 0.146 0.029 0.060 0.098 0.128 0.085 0.011 0.443 60 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 61 R 0.005 0.008 0.009 0.016 0.088 0.089 0.001 0.784 62 R 0.099 0.041 0.007 0.006 0.011 0.126 0.005 0.706 63 E 0.136 0.162 0.003 0.006 0.009 0.157 0.006 0.521 64 A 0.177 0.540 0.007 0.007 0.008 0.038 0.006 0.217 65 E 0.047 0.758 0.012 0.007 0.008 0.029 0.006 0.133 66 K 0.043 0.710 0.006 0.008 0.010 0.031 0.008 0.184 67 V 0.019 0.894 0.009 0.007 0.011 0.008 0.004 0.049 68 F 0.005 0.937 0.006 0.008 0.013 0.004 0.002 0.025 69 E 0.006 0.916 0.011 0.010 0.015 0.006 0.004 0.032 70 L 0.008 0.937 0.006 0.008 0.009 0.004 0.004 0.024 71 L 0.019 0.910 0.013 0.012 0.016 0.004 0.007 0.020 72 N 0.056 0.742 0.015 0.025 0.021 0.016 0.034 0.091 73 D 0.237 0.367 0.046 0.025 0.027 0.025 0.082 0.190 74 F 0.319 0.198 0.047 0.020 0.025 0.100 0.081 0.210 75 K 0.158 0.194 0.084 0.041 0.039 0.137 0.065 0.282 76 G 0.080 0.142 0.119 0.062 0.052 0.076 0.055 0.413 77 G 0.156 0.022 0.106 0.041 0.069 0.116 0.020 0.470 78 I 0.039 0.025 0.133 0.122 0.114 0.080 0.006 0.483 79 D 0.019 0.015 0.034 0.109 0.217 0.114 0.005 0.487 80 W 0.027 0.015 0.035 0.085 0.171 0.053 0.004 0.609 81 E 0.036 0.013 0.015 0.047 0.102 0.487 0.011 0.289 82 N 0.174 0.022 0.013 0.043 0.042 0.238 0.043 0.427 83 K 0.326 0.085 0.042 0.087 0.059 0.119 0.033 0.249 84 R 0.119 0.011 0.052 0.059 0.148 0.271 0.008 0.332 85 V 0.026 0.014 0.054 0.356 0.355 0.052 0.004 0.139 86 K 0.016 0.015 0.082 0.224 0.414 0.025 0.002 0.222 87 L 0.006 0.013 0.106 0.243 0.340 0.031 0.002 0.260 88 K 0.008 0.054 0.125 0.248 0.317 0.054 0.004 0.190 89 L 0.020 0.083 0.124 0.109 0.304 0.075 0.007 0.278 90 N 0.026 0.131 0.075 0.076 0.140 0.149 0.009 0.395 91 D 0.071 0.143 0.037 0.026 0.054 0.150 0.018 0.500 92 L 0.140 0.413 0.038 0.018 0.042 0.140 0.016 0.192 93 L 0.084 0.673 0.019 0.018 0.026 0.085 0.014 0.081 94 A 0.057 0.831 0.008 0.008 0.012 0.014 0.008 0.062 95 L 0.127 0.665 0.020 0.009 0.024 0.018 0.024 0.113 96 E 0.100 0.672 0.023 0.008 0.012 0.023 0.025 0.136 97 T 0.116 0.590 0.016 0.006 0.008 0.035 0.037 0.193 98 M 0.121 0.614 0.020 0.005 0.011 0.029 0.023 0.177 99 L 0.048 0.717 0.022 0.006 0.011 0.021 0.011 0.165 100 E 0.080 0.543 0.038 0.009 0.015 0.094 0.022 0.200 101 E 0.086 0.666 0.020 0.007 0.006 0.019 0.014 0.183 102 W 0.029 0.738 0.029 0.006 0.010 0.024 0.010 0.154 103 D 0.038 0.646 0.019 0.011 0.016 0.042 0.015 0.212 104 R 0.066 0.618 0.028 0.011 0.013 0.043 0.017 0.204 105 R 0.102 0.446 0.016 0.009 0.012 0.184 0.024 0.207 106 V 0.110 0.645 0.020 0.009 0.013 0.033 0.013 0.159 107 K 0.029 0.697 0.021 0.019 0.020 0.042 0.011 0.161 108 R 0.060 0.416 0.026 0.021 0.029 0.045 0.025 0.377