# TARGET T0476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0476.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.33036 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.210 0.189 0.159 0.222 0.103 0.029 0.044 0.011 0.022 0.011 0.001 2 A 0.245 0.261 0.226 0.104 0.086 0.028 0.024 0.005 0.012 0.008 0.001 3 K 0.181 0.245 0.302 0.120 0.037 0.062 0.013 0.001 0.032 0.002 0.004 4 C 0.017 0.329 0.407 0.003 0.062 0.018 0.003 0.001 0.158 0.003 0.001 5 P 0.165 0.003 0.769 0.007 0.001 0.021 0.002 0.001 0.002 0.001 0.031 6 I 0.241 0.323 0.200 0.134 0.033 0.022 0.009 0.005 0.031 0.001 0.001 7 C 0.157 0.153 0.316 0.224 0.061 0.029 0.033 0.002 0.018 0.004 0.002 8 G 0.034 0.017 0.071 0.045 0.113 0.027 0.090 0.343 0.007 0.253 0.001 9 S 0.021 0.278 0.491 0.005 0.098 0.013 0.002 0.001 0.083 0.008 0.001 10 P 0.198 0.007 0.633 0.019 0.002 0.032 0.003 0.001 0.002 0.001 0.103 11 L 0.220 0.149 0.371 0.185 0.021 0.023 0.008 0.005 0.016 0.001 0.001 12 K 0.178 0.174 0.461 0.044 0.065 0.042 0.003 0.001 0.030 0.002 0.001 13 W 0.893 0.006 0.076 0.008 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 14 E 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 E 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 L 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 E 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 E 0.986 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 M 0.969 0.002 0.004 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 L 0.944 0.006 0.011 0.024 0.001 0.006 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 22 I 0.827 0.051 0.025 0.062 0.003 0.026 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 23 I 0.826 0.029 0.028 0.079 0.003 0.027 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 24 E 0.656 0.018 0.021 0.275 0.008 0.008 0.009 0.001 0.003 0.001 0.001 25 N 0.276 0.023 0.047 0.454 0.029 0.027 0.116 0.009 0.014 0.004 0.001 26 F 0.861 0.016 0.042 0.053 0.006 0.008 0.008 0.001 0.003 0.001 0.001 27 E 0.959 0.005 0.014 0.016 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.899 0.018 0.025 0.039 0.004 0.009 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 29 I 0.790 0.047 0.073 0.056 0.002 0.024 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 30 V 0.660 0.101 0.098 0.080 0.008 0.031 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 31 K 0.661 0.057 0.055 0.166 0.022 0.019 0.009 0.001 0.008 0.001 0.001 32 D 0.449 0.045 0.154 0.157 0.028 0.084 0.036 0.004 0.041 0.001 0.001 33 R 0.964 0.003 0.013 0.015 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 E 0.981 0.003 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 R 0.963 0.003 0.005 0.022 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 F 0.939 0.007 0.007 0.036 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 37 L 0.970 0.005 0.009 0.009 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 38 A 0.957 0.002 0.010 0.024 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 39 Q 0.877 0.010 0.013 0.085 0.002 0.005 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 40 V 0.737 0.042 0.120 0.077 0.003 0.009 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 41 E 0.810 0.019 0.054 0.065 0.008 0.013 0.026 0.001 0.003 0.001 0.001 42 E 0.457 0.184 0.078 0.176 0.046 0.020 0.023 0.004 0.012 0.001 0.001 43 F 0.230 0.354 0.184 0.094 0.044 0.049 0.018 0.002 0.025 0.001 0.001 44 V 0.096 0.666 0.111 0.040 0.032 0.030 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 45 F 0.066 0.580 0.160 0.046 0.066 0.052 0.007 0.001 0.022 0.001 0.001 46 K 0.078 0.418 0.250 0.073 0.062 0.067 0.007 0.001 0.043 0.001 0.001 47 C 0.015 0.241 0.461 0.003 0.062 0.022 0.004 0.001 0.189 0.003 0.001 48 P 0.154 0.005 0.785 0.010 0.002 0.018 0.002 0.001 0.002 0.001 0.022 49 V 0.195 0.304 0.256 0.140 0.050 0.021 0.008 0.004 0.019 0.002 0.001 50 C 0.143 0.147 0.382 0.169 0.076 0.027 0.024 0.003 0.021 0.005 0.002 51 G 0.147 0.038 0.127 0.046 0.190 0.020 0.097 0.184 0.008 0.144 0.001 52 E 0.360 0.190 0.242 0.087 0.059 0.040 0.007 0.002 0.010 0.003 0.001 53 E 0.376 0.279 0.202 0.056 0.028 0.032 0.006 0.001 0.018 0.002 0.001 54 F 0.351 0.298 0.107 0.095 0.066 0.044 0.012 0.002 0.024 0.001 0.001 55 Y 0.129 0.300 0.125 0.265 0.083 0.028 0.041 0.002 0.026 0.001 0.001 56 G 0.059 0.021 0.068 0.025 0.124 0.013 0.090 0.383 0.007 0.209 0.001 57 K 0.313 0.221 0.261 0.092 0.050 0.032 0.012 0.002 0.012 0.003 0.001 58 T 0.130 0.215 0.237 0.190 0.047 0.097 0.037 0.003 0.037 0.004 0.003 59 L 0.023 0.253 0.457 0.005 0.037 0.021 0.003 0.001 0.198 0.001 0.001 60 P 0.130 0.003 0.810 0.006 0.001 0.019 0.001 0.001 0.002 0.001 0.027 61 R 0.720 0.032 0.145 0.063 0.010 0.016 0.003 0.003 0.005 0.001 0.002 62 R 0.787 0.024 0.066 0.077 0.014 0.014 0.007 0.003 0.005 0.002 0.001 63 E 0.680 0.032 0.050 0.157 0.015 0.030 0.025 0.003 0.005 0.002 0.001 64 A 0.859 0.025 0.035 0.054 0.009 0.009 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 65 E 0.955 0.008 0.019 0.010 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 K 0.957 0.006 0.012 0.015 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 V 0.967 0.010 0.007 0.010 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 F 0.965 0.009 0.007 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 69 E 0.959 0.008 0.010 0.010 0.002 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 70 L 0.943 0.007 0.008 0.026 0.001 0.013 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 71 L 0.755 0.018 0.019 0.190 0.002 0.007 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 72 N 0.578 0.010 0.026 0.210 0.015 0.011 0.129 0.014 0.004 0.003 0.001 73 D 0.580 0.026 0.069 0.199 0.013 0.016 0.067 0.016 0.011 0.004 0.001 74 F 0.408 0.051 0.143 0.316 0.012 0.022 0.027 0.004 0.013 0.003 0.001 75 K 0.356 0.077 0.219 0.284 0.020 0.014 0.017 0.001 0.010 0.002 0.001 76 G 0.089 0.014 0.099 0.070 0.111 0.008 0.113 0.237 0.004 0.254 0.001 77 G 0.134 0.073 0.236 0.068 0.216 0.030 0.065 0.071 0.014 0.092 0.001 78 I 0.070 0.499 0.306 0.058 0.027 0.021 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 79 D 0.043 0.209 0.408 0.028 0.058 0.129 0.019 0.002 0.095 0.005 0.002 80 W 0.767 0.031 0.114 0.043 0.011 0.019 0.002 0.002 0.003 0.002 0.006 81 E 0.521 0.050 0.034 0.337 0.014 0.010 0.020 0.004 0.007 0.003 0.001 82 N 0.110 0.054 0.044 0.426 0.035 0.022 0.245 0.040 0.018 0.005 0.001 83 K 0.186 0.268 0.269 0.152 0.031 0.008 0.066 0.007 0.010 0.003 0.001 84 R 0.078 0.326 0.418 0.072 0.034 0.034 0.014 0.003 0.019 0.001 0.002 85 V 0.011 0.774 0.158 0.007 0.029 0.009 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 86 K 0.029 0.530 0.325 0.007 0.021 0.049 0.002 0.001 0.036 0.001 0.001 87 L 0.025 0.681 0.194 0.009 0.037 0.036 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 88 K 0.057 0.582 0.173 0.015 0.060 0.082 0.002 0.001 0.029 0.001 0.001 89 L 0.442 0.191 0.237 0.054 0.028 0.030 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 90 N 0.570 0.041 0.070 0.148 0.041 0.039 0.067 0.009 0.011 0.004 0.001 91 D 0.729 0.034 0.033 0.106 0.024 0.023 0.039 0.005 0.006 0.001 0.001 92 L 0.919 0.028 0.027 0.014 0.004 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 93 L 0.956 0.010 0.010 0.008 0.002 0.012 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 94 A 0.947 0.011 0.009 0.017 0.003 0.011 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 95 L 0.978 0.005 0.004 0.008 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 E 0.989 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 T 0.966 0.001 0.002 0.026 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 98 M 0.942 0.004 0.005 0.043 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 L 0.969 0.004 0.008 0.012 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 100 E 0.969 0.002 0.006 0.019 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 E 0.922 0.004 0.007 0.060 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 102 W 0.864 0.014 0.021 0.084 0.002 0.006 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 103 D 0.775 0.010 0.031 0.097 0.004 0.021 0.050 0.002 0.010 0.001 0.001 104 R 0.889 0.010 0.023 0.065 0.003 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 105 R 0.782 0.027 0.047 0.116 0.004 0.012 0.007 0.001 0.004 0.001 0.001 106 V 0.436 0.132 0.263 0.111 0.007 0.024 0.006 0.001 0.021 0.001 0.001 107 K 0.502 0.085 0.198 0.127 0.020 0.028 0.024 0.001 0.013 0.001 0.001 108 R 0.307 0.157 0.158 0.190 0.075 0.033 0.038 0.016 0.021 0.005 0.001