# TARGET T0476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0476.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.33036 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.134 0.093 0.045 0.023 0.207 0.024 0.037 0.143 0.094 0.138 0.064 2 A 0.107 0.161 0.048 0.016 0.233 0.023 0.054 0.169 0.090 0.064 0.035 3 K 0.108 0.135 0.078 0.034 0.146 0.039 0.067 0.078 0.071 0.163 0.081 4 C 0.096 0.354 0.156 0.009 0.311 0.006 0.006 0.018 0.012 0.015 0.015 5 P 0.118 0.210 0.052 0.010 0.219 0.018 0.041 0.141 0.107 0.039 0.044 6 I 0.150 0.089 0.047 0.032 0.155 0.051 0.104 0.130 0.082 0.086 0.073 7 C 0.053 0.210 0.084 0.097 0.120 0.083 0.112 0.079 0.053 0.074 0.034 8 G 0.043 0.040 0.059 0.145 0.032 0.041 0.023 0.046 0.056 0.421 0.093 9 S 0.026 0.396 0.266 0.022 0.151 0.009 0.010 0.044 0.032 0.033 0.011 10 P 0.141 0.182 0.039 0.010 0.158 0.015 0.032 0.162 0.094 0.086 0.082 11 L 0.054 0.278 0.087 0.014 0.162 0.024 0.044 0.189 0.072 0.041 0.035 12 K 0.053 0.392 0.148 0.008 0.080 0.009 0.013 0.194 0.022 0.044 0.036 13 W 0.010 0.010 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 0.787 0.160 0.014 0.004 14 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.909 0.085 0.001 0.001 15 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.028 0.004 0.001 16 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.978 0.016 0.002 0.001 17 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.942 0.056 0.001 0.001 18 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.037 0.001 0.001 19 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.952 0.035 0.002 0.001 20 M 0.004 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.910 0.052 0.015 0.005 21 L 0.009 0.011 0.002 0.001 0.013 0.002 0.018 0.815 0.100 0.022 0.007 22 I 0.027 0.038 0.008 0.002 0.035 0.006 0.043 0.677 0.104 0.042 0.019 23 I 0.027 0.048 0.017 0.005 0.052 0.011 0.046 0.596 0.147 0.034 0.017 24 E 0.013 0.033 0.019 0.007 0.026 0.027 0.133 0.587 0.106 0.040 0.010 25 N 0.048 0.058 0.022 0.007 0.043 0.006 0.023 0.366 0.105 0.272 0.047 26 F 0.036 0.021 0.006 0.003 0.043 0.004 0.006 0.545 0.241 0.073 0.022 27 E 0.004 0.009 0.004 0.002 0.008 0.010 0.019 0.699 0.229 0.015 0.002 28 E 0.010 0.012 0.005 0.002 0.021 0.004 0.026 0.687 0.165 0.063 0.005 29 I 0.034 0.020 0.006 0.003 0.035 0.004 0.036 0.618 0.152 0.074 0.017 30 V 0.043 0.076 0.037 0.006 0.090 0.008 0.020 0.484 0.146 0.068 0.020 31 K 0.011 0.142 0.058 0.013 0.032 0.032 0.103 0.479 0.090 0.031 0.009 32 D 0.051 0.232 0.132 0.011 0.123 0.008 0.028 0.247 0.059 0.087 0.024 33 R 0.003 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.668 0.285 0.027 0.003 34 E 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.862 0.110 0.010 0.002 35 R 0.003 0.006 0.002 0.001 0.005 0.001 0.006 0.897 0.059 0.018 0.002 36 F 0.011 0.007 0.002 0.001 0.007 0.002 0.016 0.834 0.071 0.041 0.008 37 L 0.004 0.005 0.001 0.001 0.008 0.002 0.002 0.751 0.207 0.016 0.002 38 A 0.001 0.004 0.002 0.001 0.003 0.005 0.036 0.850 0.093 0.005 0.001 39 Q 0.009 0.015 0.009 0.002 0.011 0.003 0.058 0.720 0.086 0.081 0.005 40 V 0.063 0.016 0.004 0.005 0.047 0.004 0.010 0.570 0.179 0.073 0.030 41 E 0.009 0.009 0.004 0.005 0.013 0.021 0.038 0.707 0.169 0.020 0.006 42 E 0.056 0.034 0.009 0.005 0.087 0.008 0.065 0.492 0.123 0.098 0.022 43 F 0.205 0.077 0.017 0.004 0.305 0.007 0.036 0.210 0.067 0.034 0.040 44 V 0.162 0.087 0.012 0.004 0.381 0.014 0.032 0.172 0.065 0.032 0.039 45 F 0.219 0.131 0.019 0.006 0.289 0.012 0.046 0.106 0.047 0.045 0.079 46 K 0.081 0.174 0.103 0.038 0.179 0.054 0.115 0.056 0.037 0.104 0.060 47 C 0.116 0.318 0.178 0.009 0.320 0.004 0.005 0.011 0.008 0.013 0.018 48 P 0.091 0.134 0.051 0.018 0.105 0.038 0.082 0.212 0.151 0.064 0.053 49 V 0.086 0.108 0.095 0.074 0.120 0.064 0.121 0.123 0.067 0.097 0.047 50 C 0.046 0.229 0.112 0.135 0.086 0.070 0.056 0.092 0.059 0.077 0.038 51 G 0.044 0.044 0.043 0.071 0.038 0.026 0.017 0.107 0.083 0.422 0.103 52 E 0.063 0.194 0.047 0.007 0.266 0.010 0.017 0.222 0.109 0.048 0.018 53 E 0.120 0.091 0.033 0.007 0.177 0.021 0.047 0.301 0.122 0.048 0.034 54 F 0.154 0.052 0.030 0.025 0.117 0.044 0.087 0.256 0.105 0.083 0.048 55 Y 0.037 0.278 0.094 0.110 0.084 0.062 0.075 0.110 0.071 0.057 0.022 56 G 0.036 0.036 0.071 0.138 0.032 0.034 0.025 0.105 0.113 0.322 0.088 57 K 0.029 0.221 0.090 0.017 0.151 0.012 0.044 0.156 0.159 0.103 0.018 58 T 0.091 0.134 0.057 0.012 0.139 0.017 0.040 0.089 0.117 0.227 0.077 59 L 0.033 0.407 0.280 0.018 0.115 0.011 0.018 0.051 0.028 0.023 0.015 60 P 0.049 0.509 0.138 0.006 0.124 0.004 0.012 0.082 0.033 0.023 0.020 61 R 0.019 0.044 0.014 0.003 0.029 0.006 0.015 0.483 0.331 0.044 0.014 62 R 0.004 0.022 0.012 0.003 0.011 0.008 0.028 0.777 0.118 0.014 0.003 63 E 0.007 0.021 0.007 0.001 0.009 0.002 0.010 0.813 0.065 0.059 0.006 64 A 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.913 0.060 0.013 0.003 65 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.950 0.045 0.001 0.001 66 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.971 0.020 0.002 0.001 67 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.975 0.018 0.001 0.001 68 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.941 0.052 0.001 0.001 69 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.942 0.041 0.002 0.001 70 L 0.008 0.005 0.002 0.001 0.007 0.002 0.046 0.864 0.054 0.009 0.003 71 L 0.013 0.016 0.007 0.005 0.020 0.010 0.033 0.683 0.169 0.034 0.010 72 N 0.018 0.022 0.009 0.008 0.022 0.016 0.077 0.628 0.130 0.055 0.015 73 D 0.053 0.035 0.021 0.008 0.050 0.010 0.064 0.372 0.150 0.193 0.043 74 F 0.085 0.076 0.048 0.024 0.117 0.044 0.120 0.200 0.095 0.127 0.063 75 K 0.060 0.116 0.068 0.148 0.055 0.100 0.158 0.077 0.062 0.108 0.048 76 G 0.038 0.093 0.157 0.223 0.063 0.045 0.027 0.033 0.042 0.217 0.062 77 G 0.150 0.217 0.058 0.022 0.331 0.007 0.015 0.038 0.032 0.063 0.068 78 I 0.187 0.212 0.030 0.005 0.444 0.008 0.010 0.024 0.017 0.021 0.043 79 D 0.201 0.229 0.067 0.014 0.352 0.017 0.022 0.032 0.013 0.014 0.040 80 W 0.139 0.080 0.069 0.033 0.143 0.040 0.034 0.195 0.152 0.055 0.060 81 E 0.033 0.083 0.049 0.065 0.047 0.097 0.203 0.273 0.091 0.044 0.014 82 N 0.122 0.056 0.037 0.028 0.112 0.015 0.015 0.058 0.046 0.380 0.131 83 K 0.061 0.261 0.079 0.015 0.210 0.025 0.045 0.141 0.071 0.062 0.029 84 R 0.305 0.101 0.011 0.003 0.447 0.006 0.022 0.048 0.019 0.014 0.023 85 V 0.197 0.116 0.011 0.005 0.571 0.009 0.012 0.035 0.010 0.008 0.026 86 K 0.274 0.081 0.006 0.003 0.510 0.007 0.020 0.044 0.007 0.008 0.038 87 L 0.253 0.115 0.018 0.004 0.526 0.005 0.005 0.031 0.008 0.009 0.025 88 K 0.183 0.195 0.049 0.016 0.317 0.016 0.030 0.097 0.012 0.025 0.059 89 L 0.051 0.041 0.013 0.010 0.065 0.011 0.023 0.560 0.154 0.036 0.037 90 N 0.012 0.034 0.022 0.018 0.019 0.020 0.023 0.687 0.108 0.047 0.009 91 D 0.008 0.017 0.005 0.002 0.015 0.002 0.007 0.795 0.096 0.046 0.007 92 L 0.018 0.006 0.001 0.001 0.016 0.001 0.004 0.886 0.058 0.005 0.004 93 L 0.003 0.004 0.001 0.001 0.005 0.003 0.009 0.919 0.051 0.003 0.001 94 A 0.007 0.008 0.002 0.001 0.007 0.001 0.011 0.910 0.040 0.010 0.003 95 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.889 0.096 0.005 0.001 96 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.894 0.094 0.002 0.001 97 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.922 0.051 0.009 0.001 98 M 0.006 0.006 0.002 0.001 0.005 0.001 0.011 0.831 0.073 0.058 0.007 99 L 0.003 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.829 0.147 0.009 0.002 100 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.897 0.091 0.002 0.001 101 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.894 0.068 0.017 0.001 102 W 0.010 0.006 0.001 0.001 0.009 0.001 0.013 0.811 0.099 0.043 0.007 103 D 0.005 0.005 0.002 0.001 0.008 0.002 0.004 0.794 0.158 0.018 0.004 104 R 0.002 0.006 0.002 0.001 0.004 0.002 0.028 0.812 0.132 0.010 0.001 105 R 0.012 0.014 0.008 0.002 0.019 0.004 0.071 0.713 0.101 0.047 0.008 106 V 0.064 0.070 0.016 0.007 0.093 0.008 0.030 0.430 0.151 0.096 0.036 107 K 0.046 0.076 0.037 0.015 0.071 0.029 0.064 0.398 0.121 0.099 0.043 108 R 0.062 0.187 0.090 0.014 0.143 0.018 0.063 0.230 0.092 0.076 0.026