# TARGET T0476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0476.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.33036 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.722 0.193 0.053 0.022 0.008 0.002 0.001 2 A 0.424 0.204 0.175 0.121 0.057 0.016 0.002 3 K 0.377 0.281 0.191 0.100 0.036 0.013 0.002 4 C 0.189 0.162 0.185 0.201 0.178 0.078 0.008 5 P 0.294 0.279 0.191 0.132 0.074 0.028 0.002 6 I 0.204 0.168 0.195 0.203 0.151 0.071 0.007 7 C 0.213 0.231 0.230 0.174 0.107 0.043 0.003 8 G 0.342 0.240 0.195 0.147 0.060 0.015 0.001 9 S 0.557 0.305 0.090 0.034 0.011 0.003 0.001 10 P 0.465 0.358 0.121 0.042 0.011 0.003 0.001 11 L 0.094 0.085 0.230 0.330 0.218 0.041 0.002 12 K 0.242 0.439 0.213 0.079 0.022 0.005 0.001 13 W 0.048 0.086 0.156 0.300 0.262 0.139 0.009 14 E 0.179 0.346 0.245 0.159 0.058 0.013 0.001 15 E 0.213 0.386 0.213 0.132 0.046 0.010 0.001 16 L 0.023 0.050 0.114 0.245 0.346 0.195 0.028 17 I 0.027 0.065 0.127 0.264 0.310 0.183 0.023 18 E 0.167 0.329 0.261 0.144 0.069 0.027 0.003 19 E 0.116 0.228 0.266 0.245 0.105 0.035 0.004 20 M 0.051 0.066 0.096 0.173 0.285 0.284 0.044 21 L 0.080 0.111 0.189 0.259 0.228 0.115 0.018 22 I 0.220 0.283 0.226 0.142 0.082 0.042 0.005 23 I 0.176 0.209 0.227 0.209 0.133 0.043 0.003 24 E 0.464 0.312 0.126 0.064 0.027 0.007 0.001 25 N 0.352 0.283 0.180 0.115 0.051 0.017 0.002 26 F 0.189 0.147 0.212 0.244 0.155 0.049 0.004 27 E 0.486 0.331 0.120 0.045 0.015 0.003 0.001 28 E 0.374 0.422 0.129 0.056 0.016 0.003 0.001 29 I 0.049 0.087 0.156 0.277 0.300 0.125 0.005 30 V 0.050 0.114 0.286 0.320 0.191 0.038 0.001 31 K 0.415 0.417 0.127 0.033 0.008 0.001 0.001 32 D 0.264 0.272 0.231 0.161 0.062 0.010 0.001 33 R 0.243 0.267 0.224 0.183 0.070 0.013 0.001 34 E 0.564 0.347 0.068 0.016 0.005 0.001 0.001 35 R 0.342 0.451 0.149 0.051 0.006 0.001 0.001 36 F 0.033 0.069 0.163 0.269 0.364 0.099 0.003 37 L 0.033 0.108 0.280 0.392 0.160 0.027 0.001 38 A 0.496 0.423 0.066 0.011 0.003 0.001 0.001 39 Q 0.161 0.347 0.286 0.174 0.028 0.004 0.001 40 V 0.043 0.055 0.169 0.326 0.309 0.094 0.004 41 E 0.343 0.431 0.154 0.056 0.014 0.002 0.001 42 E 0.423 0.453 0.094 0.024 0.006 0.001 0.001 43 F 0.029 0.055 0.103 0.298 0.372 0.135 0.009 44 V 0.047 0.184 0.277 0.283 0.153 0.052 0.003 45 F 0.050 0.086 0.187 0.297 0.239 0.127 0.013 46 K 0.239 0.339 0.220 0.121 0.064 0.016 0.001 47 C 0.116 0.138 0.179 0.262 0.209 0.088 0.009 48 P 0.429 0.315 0.135 0.069 0.038 0.012 0.002 49 V 0.423 0.279 0.151 0.094 0.037 0.013 0.002 50 C 0.302 0.186 0.188 0.159 0.107 0.048 0.009 51 G 0.377 0.223 0.143 0.127 0.083 0.041 0.007 52 E 0.428 0.245 0.145 0.095 0.056 0.027 0.005 53 E 0.371 0.277 0.161 0.111 0.054 0.023 0.003 54 F 0.196 0.127 0.166 0.196 0.195 0.103 0.017 55 Y 0.258 0.201 0.182 0.184 0.109 0.056 0.009 56 G 0.476 0.247 0.139 0.079 0.040 0.016 0.002 57 K 0.406 0.266 0.174 0.110 0.032 0.011 0.001 58 T 0.400 0.308 0.159 0.081 0.037 0.013 0.001 59 L 0.168 0.115 0.182 0.283 0.176 0.070 0.007 60 P 0.397 0.248 0.172 0.102 0.059 0.021 0.002 61 R 0.483 0.263 0.138 0.078 0.029 0.009 0.001 62 R 0.657 0.259 0.055 0.020 0.008 0.002 0.001 63 E 0.286 0.256 0.178 0.158 0.087 0.032 0.004 64 A 0.169 0.186 0.198 0.198 0.162 0.076 0.012 65 E 0.201 0.216 0.227 0.187 0.116 0.047 0.007 66 K 0.152 0.224 0.254 0.194 0.115 0.052 0.010 67 V 0.038 0.047 0.074 0.143 0.254 0.347 0.098 68 F 0.042 0.066 0.122 0.226 0.269 0.223 0.052 69 E 0.138 0.225 0.218 0.181 0.140 0.078 0.020 70 L 0.023 0.050 0.085 0.153 0.263 0.317 0.109 71 L 0.038 0.076 0.136 0.230 0.278 0.199 0.043 72 N 0.146 0.271 0.252 0.181 0.103 0.042 0.005 73 D 0.131 0.211 0.230 0.231 0.132 0.055 0.009 74 F 0.054 0.051 0.090 0.206 0.317 0.244 0.039 75 K 0.180 0.263 0.273 0.185 0.068 0.027 0.004 76 G 0.258 0.256 0.193 0.157 0.090 0.041 0.005 77 G 0.234 0.253 0.195 0.180 0.091 0.042 0.006 78 I 0.086 0.083 0.127 0.207 0.272 0.199 0.026 79 D 0.211 0.340 0.227 0.134 0.063 0.023 0.003 80 W 0.108 0.121 0.204 0.262 0.211 0.086 0.009 81 E 0.411 0.346 0.139 0.068 0.029 0.008 0.001 82 N 0.386 0.306 0.174 0.090 0.033 0.011 0.001 83 K 0.243 0.269 0.212 0.174 0.080 0.021 0.002 84 R 0.149 0.341 0.253 0.168 0.065 0.022 0.002 85 V 0.034 0.056 0.104 0.238 0.346 0.199 0.023 86 K 0.058 0.229 0.272 0.257 0.129 0.051 0.004 87 L 0.033 0.059 0.121 0.246 0.309 0.209 0.025 88 K 0.054 0.191 0.294 0.252 0.147 0.056 0.007 89 L 0.030 0.061 0.100 0.209 0.289 0.260 0.052 90 N 0.070 0.152 0.253 0.250 0.171 0.087 0.017 91 D 0.087 0.212 0.256 0.246 0.116 0.070 0.013 92 L 0.031 0.044 0.088 0.192 0.309 0.277 0.059 93 L 0.038 0.075 0.121 0.205 0.267 0.245 0.050 94 A 0.050 0.113 0.187 0.246 0.218 0.148 0.038 95 L 0.044 0.081 0.117 0.213 0.262 0.234 0.050 96 E 0.218 0.327 0.215 0.140 0.077 0.022 0.002 97 T 0.283 0.404 0.187 0.090 0.026 0.008 0.001 98 M 0.056 0.084 0.158 0.297 0.282 0.114 0.009 99 L 0.087 0.111 0.192 0.288 0.232 0.085 0.005 100 E 0.469 0.364 0.108 0.039 0.017 0.004 0.001 101 E 0.501 0.353 0.103 0.033 0.007 0.002 0.001 102 W 0.139 0.125 0.206 0.289 0.191 0.048 0.002 103 D 0.389 0.288 0.182 0.092 0.040 0.008 0.001 104 R 0.512 0.263 0.134 0.063 0.023 0.005 0.001 105 R 0.583 0.285 0.090 0.031 0.009 0.002 0.001 106 V 0.367 0.171 0.195 0.177 0.071 0.017 0.001 107 K 0.760 0.172 0.047 0.015 0.005 0.001 0.001 108 R 0.826 0.138 0.026 0.008 0.002 0.001 0.001