# TARGET T0476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0476.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.33036 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.324 0.145 0.157 0.107 0.105 0.066 0.039 0.024 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 2 A 0.132 0.052 0.058 0.099 0.130 0.152 0.121 0.101 0.058 0.055 0.022 0.012 0.007 0.002 3 K 0.146 0.165 0.118 0.179 0.154 0.087 0.067 0.038 0.023 0.011 0.007 0.003 0.001 0.001 4 C 0.078 0.063 0.086 0.119 0.127 0.148 0.128 0.086 0.065 0.042 0.035 0.014 0.005 0.003 5 P 0.119 0.068 0.088 0.112 0.126 0.140 0.126 0.085 0.063 0.031 0.023 0.011 0.004 0.003 6 I 0.055 0.036 0.047 0.074 0.113 0.133 0.119 0.134 0.108 0.074 0.053 0.031 0.018 0.005 7 C 0.071 0.048 0.052 0.100 0.121 0.141 0.131 0.112 0.087 0.061 0.038 0.024 0.010 0.004 8 G 0.189 0.137 0.134 0.127 0.113 0.094 0.077 0.044 0.039 0.018 0.018 0.007 0.003 0.001 9 S 0.164 0.118 0.132 0.168 0.144 0.109 0.072 0.034 0.025 0.014 0.014 0.004 0.001 0.001 10 P 0.136 0.129 0.150 0.142 0.151 0.122 0.077 0.038 0.037 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 11 L 0.212 0.118 0.105 0.148 0.155 0.117 0.064 0.044 0.019 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 12 K 0.302 0.319 0.189 0.103 0.046 0.021 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 W 0.023 0.023 0.043 0.110 0.210 0.248 0.131 0.083 0.094 0.027 0.005 0.001 0.001 0.001 14 E 0.185 0.233 0.221 0.179 0.113 0.041 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 E 0.560 0.311 0.100 0.019 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 L 0.027 0.033 0.058 0.167 0.250 0.215 0.132 0.094 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 17 I 0.012 0.022 0.055 0.184 0.255 0.170 0.168 0.071 0.047 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 18 E 0.546 0.313 0.096 0.027 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 E 0.285 0.347 0.210 0.087 0.039 0.019 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 M 0.051 0.040 0.081 0.148 0.252 0.188 0.126 0.072 0.030 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 21 L 0.050 0.066 0.112 0.172 0.266 0.175 0.092 0.040 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 22 I 0.331 0.181 0.129 0.150 0.096 0.059 0.027 0.013 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 23 I 0.165 0.137 0.142 0.207 0.161 0.097 0.045 0.019 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 24 E 0.546 0.224 0.124 0.057 0.029 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 N 0.359 0.217 0.175 0.117 0.073 0.037 0.012 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 F 0.117 0.078 0.086 0.185 0.208 0.158 0.081 0.039 0.034 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 27 E 0.497 0.286 0.118 0.059 0.024 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.564 0.285 0.112 0.025 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 I 0.074 0.059 0.093 0.150 0.262 0.207 0.086 0.040 0.023 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 30 V 0.071 0.096 0.123 0.241 0.248 0.106 0.067 0.028 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 31 K 0.766 0.181 0.040 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 D 0.368 0.256 0.187 0.105 0.053 0.022 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 R 0.228 0.163 0.150 0.169 0.146 0.086 0.033 0.013 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 34 E 0.629 0.260 0.072 0.024 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 R 0.593 0.259 0.106 0.028 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 F 0.088 0.070 0.121 0.152 0.258 0.194 0.069 0.027 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 37 L 0.085 0.107 0.124 0.245 0.248 0.093 0.054 0.024 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 38 A 0.731 0.220 0.038 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 Q 0.394 0.314 0.180 0.059 0.031 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 V 0.048 0.046 0.085 0.175 0.269 0.179 0.107 0.056 0.025 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 41 E 0.406 0.280 0.146 0.074 0.046 0.026 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 E 0.504 0.237 0.141 0.055 0.034 0.015 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 F 0.083 0.055 0.102 0.165 0.191 0.179 0.110 0.059 0.028 0.015 0.009 0.004 0.002 0.001 44 V 0.108 0.059 0.084 0.113 0.201 0.143 0.116 0.075 0.059 0.022 0.008 0.008 0.002 0.001 45 F 0.140 0.055 0.040 0.079 0.087 0.118 0.099 0.167 0.079 0.071 0.037 0.017 0.010 0.001 46 K 0.317 0.214 0.137 0.120 0.082 0.054 0.034 0.013 0.013 0.006 0.006 0.003 0.001 0.001 47 C 0.118 0.070 0.111 0.136 0.160 0.146 0.099 0.046 0.048 0.033 0.022 0.008 0.002 0.001 48 P 0.221 0.121 0.129 0.122 0.132 0.113 0.073 0.039 0.028 0.011 0.007 0.003 0.001 0.001 49 V 0.200 0.121 0.118 0.136 0.144 0.106 0.067 0.050 0.030 0.015 0.009 0.003 0.001 0.001 50 C 0.197 0.108 0.106 0.148 0.146 0.105 0.071 0.047 0.034 0.019 0.011 0.005 0.002 0.001 51 G 0.374 0.186 0.131 0.111 0.076 0.051 0.031 0.015 0.014 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 52 E 0.445 0.205 0.120 0.093 0.057 0.033 0.021 0.011 0.007 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 53 E 0.387 0.227 0.151 0.094 0.061 0.035 0.022 0.010 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 54 F 0.204 0.097 0.129 0.116 0.149 0.124 0.080 0.050 0.027 0.012 0.008 0.002 0.001 0.001 55 Y 0.192 0.104 0.126 0.154 0.166 0.106 0.069 0.039 0.022 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 56 G 0.362 0.146 0.102 0.116 0.099 0.066 0.041 0.027 0.021 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 57 K 0.315 0.198 0.136 0.139 0.091 0.051 0.032 0.017 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 58 T 0.443 0.171 0.126 0.086 0.065 0.044 0.030 0.016 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 59 L 0.162 0.101 0.152 0.153 0.169 0.124 0.072 0.033 0.017 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 60 P 0.289 0.114 0.121 0.133 0.143 0.091 0.051 0.027 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 61 R 0.300 0.160 0.140 0.156 0.122 0.054 0.031 0.018 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 62 R 0.532 0.194 0.104 0.073 0.046 0.024 0.013 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 63 E 0.260 0.160 0.174 0.152 0.129 0.062 0.030 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 64 A 0.166 0.089 0.111 0.157 0.175 0.143 0.074 0.043 0.023 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 65 E 0.232 0.145 0.124 0.166 0.162 0.081 0.039 0.024 0.015 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 66 K 0.137 0.115 0.122 0.186 0.158 0.109 0.073 0.055 0.024 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 67 V 0.042 0.031 0.044 0.096 0.158 0.189 0.154 0.127 0.092 0.038 0.017 0.007 0.003 0.001 68 F 0.061 0.055 0.086 0.141 0.153 0.160 0.145 0.081 0.054 0.031 0.020 0.009 0.004 0.001 69 E 0.276 0.186 0.161 0.115 0.093 0.062 0.042 0.030 0.018 0.007 0.006 0.002 0.001 0.001 70 L 0.050 0.042 0.060 0.115 0.162 0.187 0.140 0.102 0.067 0.039 0.022 0.008 0.004 0.002 71 L 0.036 0.039 0.059 0.134 0.194 0.186 0.143 0.083 0.075 0.036 0.011 0.004 0.001 0.001 72 N 0.244 0.180 0.150 0.149 0.113 0.065 0.044 0.025 0.015 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 73 D 0.198 0.162 0.175 0.143 0.119 0.082 0.055 0.031 0.020 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 74 F 0.073 0.047 0.069 0.115 0.159 0.179 0.140 0.102 0.055 0.035 0.017 0.006 0.003 0.001 75 K 0.154 0.136 0.155 0.147 0.161 0.097 0.069 0.038 0.026 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 76 G 0.240 0.095 0.089 0.131 0.130 0.112 0.073 0.050 0.032 0.025 0.014 0.005 0.002 0.001 77 G 0.202 0.155 0.154 0.149 0.136 0.084 0.056 0.024 0.023 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 78 I 0.133 0.066 0.082 0.146 0.166 0.155 0.095 0.065 0.039 0.030 0.015 0.005 0.003 0.001 79 D 0.376 0.215 0.151 0.112 0.070 0.033 0.022 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 80 W 0.153 0.082 0.113 0.153 0.158 0.141 0.083 0.055 0.031 0.019 0.009 0.002 0.001 0.001 81 E 0.423 0.229 0.142 0.096 0.062 0.026 0.013 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 N 0.423 0.204 0.154 0.100 0.062 0.027 0.013 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 83 K 0.421 0.184 0.109 0.104 0.080 0.048 0.026 0.015 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 84 R 0.138 0.126 0.130 0.161 0.190 0.096 0.060 0.049 0.029 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 85 V 0.051 0.026 0.042 0.092 0.134 0.188 0.153 0.146 0.069 0.061 0.022 0.010 0.006 0.002 86 K 0.120 0.099 0.137 0.174 0.202 0.108 0.070 0.032 0.030 0.014 0.007 0.005 0.001 0.001 87 L 0.065 0.027 0.038 0.076 0.100 0.129 0.116 0.128 0.110 0.114 0.053 0.027 0.013 0.003 88 K 0.097 0.104 0.109 0.177 0.165 0.127 0.097 0.061 0.034 0.013 0.009 0.005 0.002 0.001 89 L 0.040 0.030 0.040 0.078 0.115 0.169 0.152 0.133 0.108 0.071 0.040 0.016 0.006 0.002 90 N 0.086 0.082 0.098 0.135 0.176 0.165 0.109 0.074 0.042 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 91 D 0.097 0.109 0.134 0.157 0.177 0.114 0.083 0.057 0.036 0.018 0.011 0.003 0.002 0.001 92 L 0.034 0.038 0.058 0.120 0.181 0.191 0.134 0.108 0.081 0.040 0.009 0.004 0.002 0.001 93 L 0.082 0.072 0.102 0.151 0.194 0.155 0.101 0.070 0.041 0.019 0.007 0.004 0.001 0.001 94 A 0.069 0.070 0.081 0.176 0.186 0.145 0.114 0.082 0.045 0.019 0.007 0.003 0.001 0.001 95 L 0.024 0.024 0.045 0.105 0.145 0.232 0.193 0.104 0.083 0.030 0.011 0.003 0.001 0.001 96 E 0.181 0.186 0.211 0.153 0.140 0.068 0.032 0.015 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 97 T 0.366 0.275 0.171 0.099 0.055 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 M 0.074 0.066 0.085 0.194 0.193 0.188 0.107 0.057 0.026 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 99 L 0.044 0.052 0.086 0.185 0.248 0.149 0.111 0.052 0.057 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 100 E 0.586 0.249 0.089 0.048 0.014 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 E 0.559 0.280 0.116 0.025 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 W 0.066 0.050 0.106 0.161 0.263 0.173 0.100 0.050 0.019 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 103 D 0.233 0.163 0.183 0.150 0.150 0.063 0.033 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 104 R 0.639 0.143 0.075 0.065 0.039 0.019 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 R 0.320 0.185 0.140 0.155 0.110 0.044 0.023 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 106 V 0.096 0.048 0.083 0.143 0.193 0.187 0.117 0.071 0.034 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 107 K 0.411 0.193 0.154 0.107 0.070 0.035 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 R 0.534 0.149 0.116 0.080 0.057 0.031 0.016 0.007 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001