# TARGET T0476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0476.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.33036 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.006 0.008 0.039 0.040 0.104 0.011 0.168 0.023 0.008 0.004 0.004 0.002 0.006 0.007 0.051 0.039 0.147 0.113 0.130 0.090 0.002 2 A 0.009 0.010 0.088 0.056 0.078 0.004 0.114 0.012 0.003 0.001 0.003 0.003 0.006 0.010 0.098 0.059 0.146 0.047 0.097 0.153 0.003 3 K 0.009 0.011 0.052 0.046 0.135 0.003 0.075 0.005 0.002 0.001 0.004 0.004 0.008 0.017 0.137 0.069 0.102 0.094 0.106 0.113 0.005 4 C 0.009 0.008 0.069 0.056 0.068 0.002 0.012 0.005 0.001 0.001 0.003 0.005 0.007 0.014 0.058 0.061 0.044 0.023 0.136 0.417 0.003 5 P 0.011 0.014 0.059 0.039 0.142 0.004 0.025 0.012 0.001 0.001 0.004 0.005 0.010 0.025 0.118 0.071 0.196 0.038 0.095 0.126 0.005 6 I 0.012 0.009 0.078 0.083 0.087 0.009 0.085 0.016 0.003 0.002 0.011 0.008 0.022 0.033 0.100 0.067 0.137 0.040 0.096 0.095 0.005 7 C 0.007 0.010 0.032 0.032 0.063 0.001 0.181 0.010 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.016 0.111 0.061 0.186 0.052 0.076 0.146 0.003 8 G 0.004 0.005 0.028 0.038 0.076 0.002 0.074 0.004 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.011 0.090 0.100 0.107 0.137 0.141 0.169 0.001 9 S 0.004 0.003 0.070 0.045 0.021 0.003 0.016 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.030 0.012 0.165 0.024 0.117 0.479 0.001 10 P 0.002 0.003 0.007 0.007 0.148 0.003 0.118 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.017 0.068 0.271 0.127 0.085 0.101 0.001 11 L 0.003 0.002 0.054 0.032 0.010 0.007 0.095 0.090 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.104 0.025 0.215 0.056 0.113 0.183 0.001 12 K 0.001 0.001 0.008 0.005 0.051 0.001 0.027 0.195 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.037 0.077 0.036 0.121 0.429 0.001 13 W 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.002 0.019 0.255 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.006 0.659 0.011 0.010 0.011 0.001 14 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 0.920 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.001 0.001 0.001 0.001 15 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 16 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 17 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.956 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 18 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.018 0.950 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 19 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.034 0.919 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 20 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.031 0.866 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.046 0.022 0.006 0.008 0.001 21 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.006 0.049 0.850 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.038 0.010 0.007 0.017 0.001 22 I 0.001 0.001 0.002 0.002 0.019 0.006 0.073 0.720 0.021 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.073 0.030 0.010 0.023 0.001 23 I 0.001 0.001 0.007 0.008 0.007 0.006 0.118 0.611 0.022 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.004 0.111 0.022 0.030 0.032 0.001 24 E 0.001 0.001 0.007 0.006 0.010 0.011 0.091 0.415 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.299 0.062 0.034 0.039 0.001 25 N 0.001 0.001 0.005 0.005 0.022 0.011 0.192 0.400 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.098 0.098 0.063 0.068 0.001 26 F 0.001 0.001 0.005 0.005 0.013 0.002 0.039 0.334 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.006 0.427 0.054 0.039 0.055 0.001 27 E 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.015 0.042 0.770 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.134 0.009 0.004 0.010 0.001 28 E 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.035 0.045 0.864 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.009 0.005 0.003 0.001 29 I 0.001 0.001 0.002 0.003 0.019 0.002 0.028 0.749 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.120 0.018 0.012 0.013 0.001 30 V 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.006 0.071 0.717 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.143 0.009 0.006 0.020 0.001 31 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.024 0.083 0.759 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.062 0.027 0.004 0.018 0.001 32 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.038 0.810 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.050 0.018 0.021 0.035 0.001 33 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.597 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.349 0.012 0.011 0.008 0.001 34 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.013 0.943 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.002 0.001 35 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.023 0.951 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 36 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.939 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.005 0.002 0.003 0.001 37 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.016 0.905 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.003 0.001 0.003 0.001 38 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.023 0.933 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 39 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.067 0.823 0.024 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.012 0.004 0.005 0.001 40 V 0.001 0.001 0.003 0.003 0.015 0.001 0.030 0.716 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.114 0.024 0.025 0.040 0.001 41 E 0.001 0.001 0.004 0.004 0.005 0.018 0.063 0.599 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.251 0.011 0.004 0.014 0.001 42 E 0.002 0.004 0.002 0.002 0.017 0.040 0.300 0.530 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.042 0.020 0.004 0.008 0.001 43 F 0.008 0.016 0.023 0.030 0.055 0.008 0.114 0.436 0.014 0.010 0.003 0.002 0.003 0.007 0.024 0.017 0.070 0.073 0.041 0.044 0.002 44 V 0.026 0.031 0.045 0.042 0.152 0.009 0.076 0.133 0.016 0.009 0.006 0.006 0.014 0.015 0.042 0.037 0.173 0.061 0.058 0.040 0.011 45 F 0.040 0.049 0.126 0.112 0.056 0.017 0.137 0.054 0.018 0.005 0.009 0.010 0.016 0.019 0.062 0.032 0.070 0.032 0.046 0.080 0.011 46 K 0.021 0.021 0.039 0.062 0.272 0.003 0.054 0.006 0.005 0.002 0.006 0.006 0.010 0.013 0.053 0.058 0.118 0.087 0.057 0.103 0.005 47 C 0.007 0.008 0.075 0.083 0.058 0.001 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.032 0.022 0.037 0.026 0.181 0.439 0.002 48 P 0.005 0.005 0.035 0.029 0.134 0.002 0.020 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.026 0.038 0.271 0.053 0.116 0.243 0.002 49 V 0.007 0.005 0.079 0.069 0.082 0.007 0.106 0.023 0.002 0.001 0.002 0.002 0.005 0.003 0.035 0.023 0.181 0.041 0.123 0.202 0.001 50 C 0.004 0.005 0.032 0.025 0.111 0.001 0.172 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.031 0.024 0.176 0.064 0.093 0.222 0.001 51 G 0.006 0.008 0.050 0.050 0.103 0.004 0.170 0.057 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.041 0.020 0.202 0.089 0.070 0.120 0.001 52 E 0.014 0.013 0.083 0.097 0.072 0.024 0.133 0.127 0.003 0.001 0.003 0.002 0.004 0.001 0.018 0.007 0.173 0.052 0.065 0.109 0.001 53 E 0.020 0.030 0.037 0.050 0.274 0.018 0.180 0.112 0.006 0.004 0.003 0.002 0.006 0.001 0.009 0.011 0.092 0.063 0.049 0.032 0.002 54 F 0.024 0.020 0.109 0.140 0.075 0.009 0.111 0.071 0.007 0.004 0.004 0.003 0.007 0.002 0.049 0.009 0.135 0.042 0.096 0.082 0.002 55 Y 0.011 0.022 0.022 0.040 0.201 0.003 0.126 0.031 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.015 0.016 0.246 0.051 0.046 0.157 0.001 56 G 0.008 0.010 0.036 0.045 0.119 0.014 0.267 0.027 0.004 0.002 0.003 0.002 0.004 0.002 0.035 0.031 0.082 0.107 0.094 0.107 0.001 57 K 0.006 0.007 0.131 0.127 0.067 0.007 0.055 0.016 0.003 0.002 0.002 0.001 0.004 0.002 0.036 0.010 0.167 0.061 0.115 0.179 0.002 58 T 0.004 0.004 0.014 0.014 0.299 0.004 0.114 0.009 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.015 0.059 0.090 0.102 0.165 0.098 0.002 59 L 0.002 0.001 0.125 0.077 0.015 0.001 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.009 0.045 0.036 0.175 0.430 0.001 60 P 0.001 0.001 0.002 0.002 0.123 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.031 0.036 0.017 0.100 0.680 0.001 61 R 0.001 0.001 0.019 0.017 0.006 0.001 0.022 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.169 0.006 0.555 0.022 0.064 0.091 0.001 62 R 0.001 0.001 0.003 0.004 0.008 0.005 0.091 0.363 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.391 0.012 0.022 0.095 0.001 63 E 0.001 0.001 0.003 0.002 0.015 0.007 0.328 0.464 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.094 0.041 0.016 0.022 0.001 64 A 0.001 0.001 0.002 0.002 0.019 0.001 0.057 0.806 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.048 0.022 0.008 0.027 0.001 65 E 0.001 0.003 0.004 0.003 0.005 0.004 0.027 0.902 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.035 0.004 0.002 0.005 0.001 66 K 0.003 0.004 0.003 0.004 0.008 0.009 0.019 0.919 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.003 0.002 0.002 0.001 67 V 0.003 0.007 0.001 0.003 0.047 0.001 0.013 0.874 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.028 0.004 0.002 0.006 0.001 68 F 0.002 0.005 0.002 0.002 0.005 0.002 0.029 0.925 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 0.003 0.001 0.004 0.001 69 E 0.002 0.004 0.002 0.003 0.006 0.021 0.021 0.900 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.005 0.001 0.002 0.001 70 L 0.005 0.007 0.004 0.009 0.024 0.012 0.066 0.731 0.049 0.020 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.002 0.038 0.009 0.008 0.005 0.001 71 L 0.008 0.014 0.017 0.023 0.031 0.005 0.110 0.470 0.023 0.011 0.001 0.001 0.002 0.003 0.023 0.006 0.150 0.032 0.037 0.034 0.001 72 N 0.005 0.007 0.017 0.019 0.037 0.022 0.155 0.143 0.048 0.012 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 0.008 0.346 0.072 0.028 0.064 0.001 73 D 0.003 0.004 0.014 0.016 0.043 0.026 0.305 0.093 0.036 0.011 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 0.010 0.209 0.082 0.048 0.083 0.001 74 F 0.003 0.004 0.026 0.027 0.052 0.006 0.115 0.043 0.015 0.011 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.010 0.237 0.140 0.133 0.149 0.001 75 K 0.004 0.004 0.031 0.025 0.070 0.007 0.081 0.028 0.007 0.004 0.001 0.001 0.002 0.003 0.031 0.030 0.266 0.068 0.135 0.201 0.002 76 G 0.007 0.012 0.069 0.043 0.082 0.014 0.153 0.030 0.005 0.002 0.003 0.003 0.005 0.008 0.055 0.030 0.172 0.098 0.069 0.137 0.004 77 G 0.016 0.017 0.066 0.059 0.155 0.008 0.089 0.033 0.003 0.001 0.007 0.006 0.010 0.012 0.058 0.086 0.079 0.082 0.111 0.095 0.007 78 I 0.023 0.024 0.151 0.111 0.151 0.002 0.022 0.025 0.001 0.001 0.004 0.006 0.014 0.010 0.077 0.028 0.065 0.042 0.076 0.161 0.005 79 D 0.019 0.026 0.064 0.079 0.199 0.003 0.013 0.036 0.003 0.001 0.005 0.005 0.006 0.004 0.023 0.032 0.026 0.030 0.186 0.237 0.002 80 W 0.015 0.012 0.065 0.080 0.102 0.003 0.014 0.030 0.004 0.002 0.002 0.002 0.003 0.002 0.064 0.012 0.491 0.016 0.031 0.047 0.001 81 E 0.013 0.019 0.031 0.072 0.072 0.017 0.358 0.134 0.006 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.010 0.006 0.160 0.024 0.021 0.045 0.001 82 N 0.013 0.027 0.021 0.039 0.162 0.007 0.377 0.051 0.006 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.009 0.071 0.122 0.039 0.042 0.001 83 K 0.032 0.046 0.101 0.084 0.125 0.007 0.157 0.058 0.004 0.003 0.003 0.002 0.005 0.001 0.021 0.019 0.123 0.073 0.066 0.068 0.002 84 R 0.068 0.106 0.093 0.091 0.276 0.005 0.076 0.030 0.003 0.001 0.006 0.003 0.013 0.002 0.023 0.019 0.042 0.056 0.038 0.041 0.006 85 V 0.127 0.163 0.072 0.063 0.289 0.002 0.026 0.032 0.001 0.001 0.012 0.009 0.024 0.004 0.029 0.031 0.015 0.023 0.036 0.031 0.010 86 K 0.134 0.185 0.135 0.105 0.115 0.002 0.006 0.041 0.001 0.001 0.023 0.017 0.036 0.015 0.093 0.020 0.017 0.015 0.015 0.013 0.014 87 L 0.151 0.182 0.033 0.046 0.165 0.003 0.006 0.105 0.001 0.001 0.028 0.030 0.081 0.032 0.026 0.046 0.010 0.008 0.016 0.012 0.019 88 K 0.076 0.142 0.038 0.059 0.159 0.001 0.007 0.167 0.003 0.001 0.020 0.018 0.053 0.057 0.089 0.051 0.016 0.010 0.013 0.015 0.006 89 L 0.044 0.057 0.024 0.057 0.080 0.003 0.026 0.214 0.007 0.002 0.010 0.012 0.030 0.045 0.148 0.070 0.111 0.012 0.022 0.021 0.005 90 N 0.015 0.022 0.017 0.019 0.022 0.009 0.058 0.511 0.008 0.001 0.002 0.003 0.007 0.015 0.051 0.011 0.178 0.015 0.008 0.025 0.001 91 D 0.004 0.005 0.004 0.007 0.018 0.022 0.084 0.676 0.011 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.007 0.102 0.024 0.009 0.014 0.001 92 L 0.001 0.003 0.002 0.002 0.010 0.004 0.025 0.827 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.089 0.009 0.005 0.009 0.001 93 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.008 0.019 0.913 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.040 0.003 0.001 0.003 0.001 94 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.004 0.024 0.919 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.021 0.003 0.002 0.003 0.001 95 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.019 0.821 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.119 0.005 0.002 0.004 0.001 96 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.028 0.850 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.004 0.001 0.002 0.001 97 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.055 0.866 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.005 0.001 0.002 0.001 98 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.048 0.735 0.032 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.096 0.039 0.011 0.011 0.001 99 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.006 0.046 0.601 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.251 0.022 0.018 0.022 0.001 100 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.052 0.771 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 0.014 0.003 0.013 0.001 101 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.109 0.759 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.057 0.015 0.008 0.013 0.001 102 W 0.001 0.001 0.002 0.002 0.028 0.002 0.041 0.722 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.067 0.051 0.025 0.041 0.001 103 D 0.001 0.001 0.007 0.006 0.007 0.010 0.054 0.742 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.089 0.016 0.019 0.020 0.001 104 R 0.001 0.002 0.005 0.005 0.011 0.024 0.071 0.705 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.120 0.015 0.006 0.011 0.001 105 R 0.002 0.003 0.005 0.009 0.023 0.019 0.181 0.601 0.015 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.053 0.036 0.016 0.018 0.001 106 V 0.003 0.005 0.014 0.019 0.068 0.005 0.085 0.397 0.012 0.006 0.001 0.001 0.002 0.002 0.013 0.014 0.120 0.078 0.072 0.081 0.001 107 K 0.003 0.005 0.026 0.024 0.049 0.013 0.159 0.245 0.017 0.006 0.001 0.001 0.002 0.002 0.020 0.012 0.227 0.056 0.049 0.081 0.001 108 R 0.004 0.005 0.022 0.034 0.080 0.024 0.235 0.106 0.022 0.008 0.001 0.001 0.003 0.002 0.013 0.014 0.138 0.105 0.084 0.099 0.001