# TARGET T0476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0476.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.33036 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.007 0.026 0.504 0.014 0.078 0.034 0.003 0.002 0.026 0.111 0.113 0.022 0.060 2 A 0.006 0.021 0.437 0.011 0.057 0.031 0.003 0.002 0.029 0.192 0.108 0.071 0.031 3 K 0.011 0.032 0.476 0.012 0.028 0.016 0.004 0.004 0.045 0.165 0.097 0.022 0.088 4 C 0.004 0.034 0.586 0.008 0.022 0.007 0.002 0.002 0.023 0.187 0.025 0.070 0.029 5 P 0.003 0.028 0.591 0.009 0.040 0.018 0.004 0.002 0.032 0.110 0.067 0.020 0.076 6 I 0.008 0.052 0.285 0.010 0.140 0.029 0.006 0.010 0.061 0.130 0.180 0.046 0.042 7 C 0.003 0.023 0.310 0.010 0.051 0.029 0.003 0.003 0.035 0.180 0.314 0.015 0.026 8 G 0.001 0.020 0.289 0.003 0.048 0.013 0.001 0.001 0.007 0.360 0.241 0.010 0.007 9 S 0.001 0.020 0.463 0.001 0.018 0.011 0.001 0.001 0.009 0.389 0.065 0.014 0.009 10 P 0.001 0.050 0.537 0.001 0.028 0.055 0.001 0.001 0.007 0.194 0.095 0.003 0.028 11 L 0.002 0.081 0.452 0.005 0.034 0.111 0.001 0.001 0.012 0.230 0.041 0.026 0.006 12 K 0.001 0.004 0.828 0.001 0.016 0.042 0.001 0.001 0.003 0.065 0.007 0.004 0.029 13 W 0.001 0.001 0.015 0.001 0.044 0.898 0.001 0.001 0.001 0.003 0.036 0.001 0.002 14 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.019 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 15 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 16 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 17 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 18 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 19 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 20 M 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.001 0.001 21 L 0.001 0.001 0.014 0.001 0.010 0.893 0.001 0.001 0.001 0.007 0.071 0.001 0.002 22 I 0.001 0.001 0.032 0.001 0.012 0.866 0.001 0.001 0.002 0.010 0.070 0.001 0.005 23 I 0.001 0.003 0.051 0.001 0.014 0.864 0.001 0.001 0.002 0.022 0.035 0.002 0.004 24 E 0.001 0.004 0.065 0.001 0.018 0.788 0.001 0.001 0.005 0.049 0.059 0.004 0.005 25 N 0.001 0.004 0.177 0.001 0.031 0.582 0.001 0.001 0.009 0.064 0.106 0.004 0.020 26 F 0.001 0.001 0.036 0.001 0.039 0.836 0.001 0.001 0.001 0.012 0.068 0.001 0.004 27 E 0.001 0.001 0.011 0.001 0.084 0.861 0.001 0.001 0.001 0.008 0.030 0.001 0.002 28 E 0.001 0.001 0.013 0.001 0.199 0.735 0.001 0.001 0.002 0.007 0.032 0.001 0.007 29 I 0.002 0.005 0.034 0.001 0.065 0.780 0.001 0.001 0.004 0.013 0.077 0.005 0.012 30 V 0.002 0.008 0.091 0.002 0.022 0.700 0.001 0.001 0.006 0.034 0.111 0.008 0.015 31 K 0.002 0.008 0.123 0.001 0.022 0.635 0.001 0.001 0.007 0.083 0.103 0.010 0.007 32 D 0.001 0.003 0.498 0.001 0.014 0.338 0.001 0.001 0.002 0.079 0.049 0.003 0.014 33 R 0.001 0.001 0.015 0.001 0.036 0.915 0.001 0.001 0.001 0.008 0.026 0.001 0.001 34 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.037 0.935 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 0.001 0.001 35 R 0.001 0.001 0.005 0.001 0.130 0.848 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.001 0.001 36 F 0.001 0.001 0.010 0.001 0.022 0.924 0.001 0.001 0.001 0.004 0.036 0.001 0.002 37 L 0.001 0.001 0.008 0.001 0.017 0.930 0.001 0.001 0.001 0.004 0.038 0.001 0.001 38 A 0.001 0.001 0.006 0.001 0.022 0.902 0.001 0.001 0.001 0.006 0.060 0.001 0.001 39 Q 0.001 0.001 0.027 0.001 0.020 0.841 0.001 0.001 0.001 0.015 0.087 0.001 0.006 40 V 0.001 0.002 0.050 0.002 0.037 0.824 0.001 0.001 0.001 0.016 0.060 0.001 0.005 41 E 0.001 0.002 0.059 0.005 0.060 0.673 0.001 0.001 0.007 0.045 0.135 0.007 0.007 42 E 0.004 0.006 0.084 0.010 0.155 0.448 0.001 0.003 0.036 0.045 0.164 0.006 0.037 43 F 0.014 0.011 0.183 0.012 0.062 0.351 0.007 0.007 0.048 0.068 0.139 0.061 0.036 44 V 0.058 0.027 0.204 0.018 0.055 0.141 0.032 0.027 0.111 0.052 0.093 0.037 0.147 45 F 0.052 0.018 0.225 0.016 0.026 0.069 0.027 0.026 0.124 0.073 0.065 0.219 0.061 46 K 0.039 0.020 0.440 0.016 0.007 0.018 0.008 0.011 0.102 0.092 0.037 0.038 0.171 47 C 0.003 0.009 0.730 0.005 0.005 0.006 0.001 0.001 0.020 0.124 0.015 0.050 0.029 48 P 0.001 0.010 0.597 0.007 0.019 0.025 0.001 0.001 0.019 0.143 0.131 0.008 0.038 49 V 0.002 0.024 0.290 0.005 0.068 0.046 0.001 0.001 0.012 0.247 0.255 0.034 0.017 50 C 0.003 0.017 0.267 0.009 0.069 0.067 0.001 0.001 0.010 0.153 0.345 0.008 0.052 51 G 0.003 0.016 0.197 0.010 0.076 0.158 0.001 0.001 0.007 0.137 0.335 0.039 0.021 52 E 0.010 0.037 0.211 0.007 0.110 0.339 0.003 0.002 0.016 0.087 0.054 0.023 0.100 53 E 0.032 0.058 0.136 0.013 0.095 0.311 0.006 0.004 0.014 0.063 0.038 0.095 0.135 54 F 0.051 0.034 0.128 0.032 0.080 0.284 0.008 0.004 0.018 0.051 0.116 0.094 0.100 55 Y 0.020 0.011 0.155 0.022 0.097 0.240 0.003 0.002 0.013 0.059 0.302 0.033 0.042 56 G 0.020 0.014 0.202 0.012 0.150 0.102 0.002 0.001 0.007 0.109 0.310 0.027 0.044 57 K 0.011 0.019 0.309 0.006 0.076 0.093 0.002 0.001 0.009 0.168 0.169 0.083 0.054 58 T 0.010 0.047 0.399 0.004 0.034 0.045 0.002 0.001 0.011 0.175 0.136 0.018 0.117 59 L 0.001 0.021 0.698 0.001 0.004 0.010 0.001 0.001 0.004 0.195 0.016 0.040 0.009 60 P 0.001 0.003 0.903 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.002 0.057 0.005 0.002 0.018 61 R 0.001 0.006 0.254 0.002 0.148 0.406 0.001 0.001 0.002 0.074 0.096 0.003 0.007 62 R 0.001 0.002 0.072 0.001 0.261 0.577 0.001 0.001 0.001 0.025 0.056 0.001 0.003 63 E 0.001 0.001 0.018 0.001 0.176 0.775 0.001 0.001 0.001 0.006 0.018 0.001 0.003 64 A 0.001 0.001 0.016 0.001 0.018 0.940 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.001 0.003 65 E 0.001 0.001 0.008 0.001 0.009 0.962 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.001 0.002 66 K 0.003 0.001 0.009 0.001 0.005 0.952 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 0.004 0.007 67 V 0.002 0.001 0.004 0.001 0.002 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.011 68 F 0.004 0.001 0.002 0.001 0.008 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.003 69 E 0.005 0.001 0.002 0.001 0.011 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.002 0.014 70 L 0.006 0.001 0.004 0.003 0.017 0.924 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 0.005 0.006 71 L 0.010 0.003 0.017 0.010 0.035 0.815 0.001 0.001 0.002 0.010 0.073 0.009 0.014 72 N 0.006 0.003 0.057 0.006 0.047 0.531 0.001 0.001 0.004 0.048 0.264 0.017 0.013 73 D 0.007 0.011 0.189 0.006 0.061 0.242 0.001 0.001 0.006 0.088 0.348 0.011 0.030 74 F 0.005 0.016 0.366 0.008 0.048 0.125 0.001 0.001 0.009 0.175 0.202 0.028 0.016 75 K 0.002 0.009 0.348 0.005 0.058 0.072 0.001 0.001 0.008 0.172 0.300 0.009 0.017 76 G 0.004 0.020 0.332 0.006 0.070 0.056 0.001 0.002 0.016 0.220 0.230 0.016 0.026 77 G 0.008 0.024 0.521 0.005 0.019 0.056 0.002 0.002 0.020 0.174 0.077 0.043 0.049 78 I 0.027 0.092 0.382 0.007 0.027 0.057 0.004 0.004 0.042 0.171 0.038 0.044 0.105 79 D 0.006 0.012 0.692 0.004 0.019 0.019 0.001 0.001 0.012 0.064 0.014 0.065 0.092 80 W 0.003 0.008 0.172 0.020 0.159 0.147 0.001 0.001 0.006 0.048 0.309 0.010 0.116 81 E 0.006 0.007 0.084 0.024 0.207 0.100 0.001 0.001 0.005 0.080 0.404 0.059 0.022 82 N 0.010 0.006 0.099 0.014 0.078 0.072 0.001 0.001 0.005 0.109 0.489 0.012 0.105 83 K 0.021 0.010 0.295 0.028 0.023 0.071 0.001 0.001 0.009 0.151 0.206 0.125 0.060 84 R 0.085 0.018 0.197 0.019 0.011 0.067 0.017 0.001 0.026 0.055 0.044 0.160 0.300 85 V 0.291 0.011 0.070 0.019 0.004 0.028 0.041 0.005 0.034 0.012 0.009 0.134 0.341 86 K 0.218 0.007 0.051 0.054 0.002 0.044 0.087 0.007 0.029 0.011 0.006 0.364 0.119 87 L 0.250 0.014 0.030 0.012 0.005 0.029 0.114 0.040 0.059 0.012 0.006 0.114 0.315 88 K 0.197 0.010 0.105 0.013 0.006 0.079 0.039 0.022 0.066 0.024 0.011 0.292 0.136 89 L 0.057 0.015 0.082 0.024 0.061 0.479 0.011 0.007 0.026 0.037 0.070 0.034 0.097 90 N 0.008 0.004 0.056 0.027 0.048 0.688 0.002 0.001 0.005 0.037 0.104 0.014 0.009 91 D 0.002 0.001 0.033 0.002 0.027 0.869 0.001 0.001 0.002 0.026 0.032 0.001 0.004 92 L 0.001 0.001 0.008 0.001 0.007 0.973 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 93 L 0.001 0.002 0.005 0.001 0.011 0.955 0.001 0.001 0.001 0.006 0.013 0.001 0.003 94 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.959 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.001 0.001 95 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 96 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.964 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.001 0.001 97 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.001 0.001 98 M 0.001 0.001 0.008 0.001 0.028 0.899 0.001 0.001 0.001 0.006 0.055 0.001 0.001 99 L 0.001 0.001 0.024 0.001 0.015 0.839 0.001 0.001 0.001 0.008 0.109 0.001 0.002 100 E 0.001 0.001 0.026 0.001 0.027 0.856 0.001 0.001 0.001 0.015 0.073 0.001 0.001 101 E 0.001 0.003 0.051 0.001 0.052 0.758 0.001 0.001 0.002 0.054 0.075 0.001 0.005 102 W 0.001 0.005 0.112 0.001 0.063 0.653 0.001 0.001 0.004 0.056 0.097 0.003 0.005 103 D 0.001 0.006 0.263 0.002 0.092 0.436 0.001 0.001 0.013 0.070 0.103 0.004 0.010 104 R 0.001 0.005 0.090 0.003 0.224 0.448 0.001 0.001 0.012 0.038 0.167 0.003 0.009 105 R 0.002 0.013 0.172 0.004 0.126 0.348 0.001 0.001 0.023 0.062 0.186 0.024 0.036 106 V 0.007 0.031 0.305 0.005 0.084 0.240 0.002 0.001 0.015 0.104 0.097 0.023 0.087 107 K 0.004 0.017 0.581 0.006 0.023 0.098 0.001 0.001 0.018 0.113 0.062 0.040 0.036 108 R 0.002 0.008 0.663 0.004 0.040 0.060 0.001 0.001 0.011 0.108 0.044 0.020 0.041