# TARGET T0476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0476.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.33036 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.054 0.116 0.174 0.221 0.012 0.058 0.015 0.008 0.021 0.003 0.066 0.090 0.096 0.007 0.006 0.053 2 A 0.029 0.046 0.159 0.332 0.016 0.104 0.027 0.016 0.006 0.004 0.038 0.051 0.133 0.009 0.015 0.014 3 K 0.008 0.278 0.228 0.329 0.003 0.017 0.006 0.009 0.010 0.002 0.009 0.015 0.040 0.002 0.006 0.037 4 C 0.060 0.019 0.093 0.477 0.008 0.182 0.009 0.006 0.013 0.004 0.018 0.013 0.077 0.001 0.004 0.015 5 P 0.027 0.030 0.345 0.171 0.049 0.124 0.009 0.012 0.002 0.002 0.142 0.017 0.056 0.005 0.002 0.007 6 I 0.005 0.048 0.009 0.106 0.451 0.038 0.063 0.013 0.003 0.002 0.039 0.040 0.009 0.171 0.003 0.003 7 C 0.003 0.036 0.030 0.075 0.007 0.044 0.011 0.295 0.007 0.003 0.012 0.028 0.050 0.002 0.392 0.006 8 G 0.009 0.047 0.053 0.066 0.004 0.017 0.004 0.006 0.279 0.090 0.020 0.009 0.031 0.001 0.003 0.362 9 S 0.818 0.009 0.015 0.038 0.002 0.023 0.002 0.002 0.004 0.003 0.028 0.031 0.018 0.001 0.002 0.004 10 P 0.018 0.074 0.545 0.080 0.004 0.096 0.006 0.004 0.005 0.001 0.034 0.052 0.053 0.002 0.005 0.021 11 L 0.009 0.108 0.163 0.655 0.002 0.004 0.002 0.004 0.001 0.001 0.009 0.017 0.015 0.001 0.002 0.009 12 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.022 0.001 0.001 0.001 13 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 14 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.004 0.001 0.001 0.001 15 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.986 0.001 0.001 0.005 16 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 17 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 0.001 18 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.001 0.001 19 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.985 0.003 0.002 0.007 20 M 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.004 0.002 0.014 21 L 0.001 0.001 0.018 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.940 0.004 0.008 0.016 22 I 0.002 0.004 0.023 0.018 0.002 0.009 0.030 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.827 0.029 0.004 0.045 23 I 0.005 0.007 0.014 0.014 0.008 0.038 0.051 0.004 0.001 0.001 0.023 0.010 0.709 0.085 0.018 0.013 24 E 0.007 0.131 0.056 0.096 0.002 0.012 0.014 0.031 0.004 0.003 0.060 0.070 0.367 0.011 0.086 0.052 25 N 0.013 0.006 0.009 0.008 0.001 0.195 0.009 0.001 0.008 0.010 0.019 0.111 0.569 0.004 0.006 0.031 26 F 0.008 0.002 0.003 0.002 0.001 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.514 0.013 0.428 0.012 0.001 0.002 27 E 0.001 0.057 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 0.620 0.266 0.004 0.017 0.005 28 E 0.001 0.001 0.012 0.003 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.887 0.005 0.010 0.048 29 I 0.004 0.001 0.021 0.002 0.001 0.003 0.014 0.001 0.001 0.001 0.013 0.010 0.891 0.006 0.005 0.030 30 V 0.002 0.008 0.012 0.006 0.001 0.010 0.023 0.001 0.001 0.001 0.006 0.018 0.862 0.024 0.010 0.015 31 K 0.004 0.022 0.037 0.034 0.001 0.010 0.007 0.003 0.001 0.001 0.017 0.014 0.738 0.010 0.018 0.084 32 D 0.006 0.003 0.007 0.002 0.001 0.060 0.004 0.001 0.001 0.001 0.016 0.052 0.826 0.003 0.003 0.015 33 R 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.282 0.023 0.671 0.002 0.002 0.003 34 E 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.033 0.297 0.651 0.004 0.003 0.002 35 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 0.964 0.001 0.003 0.002 36 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.988 0.001 0.001 0.002 37 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.992 0.002 0.001 0.001 38 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.982 0.003 0.003 0.003 39 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.968 0.003 0.002 0.017 40 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.978 0.005 0.002 0.002 41 E 0.001 0.032 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.005 0.012 0.903 0.009 0.019 0.008 42 E 0.004 0.009 0.018 0.045 0.001 0.003 0.008 0.001 0.003 0.001 0.005 0.008 0.732 0.031 0.010 0.123 43 F 0.035 0.003 0.604 0.019 0.001 0.006 0.012 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.260 0.005 0.018 0.030 44 V 0.012 0.031 0.329 0.244 0.009 0.012 0.051 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.205 0.016 0.005 0.078 45 F 0.007 0.015 0.042 0.511 0.111 0.077 0.062 0.010 0.001 0.001 0.006 0.002 0.097 0.041 0.006 0.009 46 K 0.004 0.209 0.084 0.453 0.006 0.037 0.004 0.081 0.010 0.004 0.012 0.008 0.046 0.002 0.015 0.024 47 C 0.028 0.016 0.019 0.200 0.012 0.471 0.007 0.009 0.045 0.052 0.043 0.031 0.053 0.001 0.002 0.011 48 P 0.048 0.056 0.067 0.045 0.020 0.123 0.004 0.014 0.002 0.001 0.486 0.049 0.074 0.002 0.003 0.005 49 V 0.004 0.102 0.015 0.061 0.173 0.027 0.091 0.009 0.005 0.004 0.069 0.233 0.015 0.184 0.003 0.005 50 C 0.006 0.025 0.076 0.030 0.002 0.051 0.017 0.148 0.002 0.002 0.020 0.052 0.108 0.002 0.453 0.007 51 G 0.005 0.011 0.026 0.018 0.002 0.027 0.006 0.002 0.087 0.068 0.161 0.038 0.316 0.003 0.002 0.227 52 E 0.291 0.014 0.010 0.022 0.002 0.016 0.004 0.003 0.002 0.001 0.101 0.203 0.319 0.005 0.008 0.003 53 E 0.002 0.061 0.164 0.049 0.001 0.023 0.013 0.002 0.003 0.001 0.017 0.166 0.452 0.006 0.010 0.030 54 F 0.007 0.006 0.050 0.074 0.045 0.017 0.244 0.003 0.002 0.001 0.013 0.012 0.360 0.143 0.007 0.015 55 Y 0.007 0.035 0.098 0.115 0.003 0.020 0.015 0.073 0.003 0.001 0.019 0.020 0.385 0.009 0.174 0.025 56 G 0.011 0.011 0.028 0.101 0.008 0.066 0.038 0.004 0.084 0.083 0.022 0.017 0.352 0.026 0.006 0.144 57 K 0.222 0.073 0.078 0.127 0.006 0.022 0.006 0.023 0.003 0.002 0.059 0.033 0.276 0.011 0.040 0.020 58 T 0.015 0.153 0.170 0.286 0.005 0.042 0.009 0.004 0.028 0.005 0.011 0.040 0.067 0.006 0.007 0.152 59 L 0.062 0.030 0.532 0.195 0.007 0.032 0.016 0.005 0.002 0.002 0.010 0.010 0.066 0.002 0.007 0.021 60 P 0.006 0.014 0.041 0.030 0.013 0.754 0.009 0.005 0.001 0.003 0.040 0.015 0.061 0.003 0.001 0.005 61 R 0.004 0.029 0.005 0.026 0.002 0.069 0.002 0.009 0.002 0.001 0.724 0.056 0.068 0.001 0.002 0.002 62 R 0.002 0.025 0.005 0.010 0.001 0.022 0.002 0.001 0.002 0.001 0.081 0.784 0.059 0.001 0.002 0.002 63 E 0.002 0.004 0.011 0.003 0.001 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.099 0.192 0.652 0.001 0.003 0.008 64 A 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.091 0.862 0.001 0.001 0.002 65 E 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.043 0.938 0.001 0.002 0.001 66 K 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.984 0.001 0.001 0.002 67 V 0.001 0.001 0.007 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.974 0.001 0.001 0.001 68 F 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 69 E 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.003 0.001 0.002 70 L 0.001 0.005 0.005 0.028 0.001 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.004 0.004 0.882 0.044 0.005 0.009 71 L 0.001 0.006 0.008 0.016 0.002 0.019 0.022 0.003 0.002 0.001 0.007 0.012 0.803 0.039 0.043 0.015 72 N 0.005 0.018 0.021 0.014 0.005 0.011 0.023 0.010 0.002 0.001 0.023 0.006 0.703 0.036 0.042 0.080 73 D 0.046 0.040 0.058 0.037 0.015 0.015 0.047 0.015 0.016 0.003 0.028 0.024 0.252 0.105 0.050 0.248 74 F 0.016 0.005 0.064 0.005 0.044 0.016 0.350 0.004 0.003 0.004 0.011 0.013 0.080 0.337 0.025 0.023 75 K 0.015 0.058 0.119 0.020 0.025 0.018 0.079 0.173 0.004 0.003 0.022 0.011 0.049 0.039 0.331 0.033 76 G 0.047 0.044 0.034 0.153 0.001 0.018 0.007 0.028 0.176 0.120 0.038 0.024 0.045 0.002 0.045 0.216 77 G 0.332 0.040 0.226 0.133 0.006 0.034 0.006 0.002 0.048 0.015 0.016 0.032 0.042 0.002 0.002 0.065 78 I 0.087 0.060 0.312 0.455 0.005 0.018 0.002 0.006 0.001 0.001 0.015 0.015 0.018 0.001 0.001 0.004 79 D 0.003 0.010 0.037 0.071 0.017 0.784 0.005 0.002 0.002 0.002 0.011 0.028 0.025 0.001 0.001 0.002 80 W 0.002 0.010 0.004 0.024 0.039 0.015 0.007 0.007 0.001 0.001 0.846 0.010 0.027 0.006 0.001 0.001 81 E 0.001 0.081 0.005 0.022 0.006 0.015 0.010 0.042 0.006 0.002 0.021 0.715 0.025 0.008 0.036 0.004 82 N 0.009 0.022 0.104 0.023 0.002 0.023 0.040 0.011 0.065 0.007 0.029 0.033 0.307 0.010 0.069 0.246 83 K 0.178 0.114 0.205 0.090 0.001 0.020 0.006 0.009 0.029 0.003 0.024 0.034 0.136 0.003 0.023 0.126 84 R 0.075 0.079 0.584 0.194 0.001 0.006 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.041 85 V 0.030 0.004 0.575 0.369 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 86 K 0.001 0.015 0.126 0.847 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 87 L 0.001 0.001 0.004 0.969 0.016 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 K 0.001 0.005 0.006 0.198 0.439 0.321 0.002 0.016 0.001 0.001 0.005 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 89 L 0.001 0.008 0.001 0.070 0.045 0.343 0.002 0.130 0.002 0.007 0.367 0.012 0.009 0.001 0.002 0.001 90 N 0.001 0.073 0.001 0.009 0.001 0.021 0.001 0.013 0.014 0.011 0.167 0.659 0.026 0.001 0.003 0.001 91 D 0.027 0.009 0.007 0.019 0.001 0.023 0.003 0.002 0.011 0.005 0.130 0.253 0.488 0.001 0.004 0.018 92 L 0.010 0.002 0.026 0.002 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.033 0.093 0.813 0.003 0.002 0.003 93 L 0.001 0.002 0.005 0.003 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 0.045 0.924 0.001 0.003 0.001 94 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.013 0.968 0.001 0.001 0.002 95 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.983 0.002 0.001 0.001 96 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.988 0.001 0.001 0.001 97 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.989 0.001 0.001 0.002 98 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 0.002 99 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.984 0.003 0.001 0.003 100 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.979 0.004 0.003 0.004 101 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.943 0.011 0.005 0.016 102 W 0.002 0.002 0.005 0.003 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.006 0.015 0.922 0.007 0.014 0.013 103 D 0.002 0.004 0.008 0.003 0.001 0.006 0.012 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 0.914 0.013 0.006 0.016 104 R 0.008 0.009 0.023 0.026 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.028 0.010 0.838 0.008 0.018 0.025 105 R 0.008 0.015 0.162 0.054 0.002 0.016 0.019 0.001 0.004 0.001 0.005 0.047 0.504 0.022 0.010 0.131 106 V 0.012 0.007 0.106 0.044 0.016 0.026 0.098 0.003 0.001 0.001 0.015 0.007 0.574 0.044 0.017 0.030 107 K 0.005 0.067 0.051 0.074 0.041 0.077 0.096 0.055 0.003 0.003 0.029 0.026 0.317 0.081 0.044 0.031 108 R 0.020 0.065 0.036 0.123 0.016 0.062 0.036 0.076 0.043 0.013 0.087 0.030 0.216 0.029 0.074 0.074