# TARGET T0476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0476.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.33036 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.074 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.061 0.114 0.643 2 A 0.015 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.126 0.034 0.128 0.673 3 K 0.026 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.123 0.042 0.113 0.666 4 C 0.042 0.007 0.004 0.001 0.007 0.003 0.003 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.003 0.003 0.110 0.073 0.118 0.615 5 P 0.085 0.006 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.164 0.056 0.097 0.570 6 I 0.102 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.115 0.067 0.094 0.604 7 C 0.014 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.135 0.023 0.129 0.684 8 G 0.047 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.046 0.113 0.673 9 S 0.045 0.127 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.093 0.097 0.538 10 P 0.042 0.216 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.039 0.095 0.569 11 L 0.016 0.395 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.105 0.061 0.064 0.345 12 K 0.014 0.910 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.020 0.008 0.040 13 W 0.019 0.948 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.002 0.010 14 E 0.011 0.930 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.003 0.019 15 E 0.011 0.947 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.003 0.016 16 L 0.021 0.895 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.004 0.015 17 I 0.050 0.836 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.006 0.032 18 E 0.096 0.663 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.050 0.016 0.165 19 E 0.038 0.749 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.031 0.037 0.133 20 M 0.068 0.529 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.131 0.050 0.187 21 L 0.050 0.157 0.028 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.379 0.055 0.296 22 I 0.090 0.277 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.095 0.077 0.411 23 I 0.159 0.206 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.028 0.086 0.497 24 E 0.010 0.177 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.033 0.148 0.554 25 N 0.083 0.652 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.030 0.047 0.172 26 F 0.108 0.769 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.042 0.015 0.057 27 E 0.088 0.632 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.040 0.031 0.193 28 E 0.092 0.506 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.076 0.046 0.222 29 I 0.128 0.357 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.094 0.068 0.310 30 V 0.112 0.441 0.005 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.058 0.073 0.268 31 K 0.009 0.277 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.050 0.065 0.568 32 D 0.033 0.870 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.032 0.013 0.046 33 R 0.024 0.938 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.004 0.013 34 E 0.022 0.897 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 0.007 0.043 35 R 0.035 0.784 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.071 0.014 0.074 36 F 0.063 0.787 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.061 0.014 0.050 37 L 0.085 0.721 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.047 0.017 0.103 38 A 0.039 0.432 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.029 0.049 0.414 39 Q 0.096 0.446 0.033 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.058 0.066 0.281 40 V 0.352 0.296 0.023 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.087 0.061 0.161 41 E 0.060 0.152 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.049 0.108 0.550 42 E 0.031 0.054 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.156 0.059 0.117 0.574 43 F 0.042 0.064 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.407 0.105 0.092 0.271 44 V 0.033 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.318 0.072 0.082 0.470 45 F 0.009 0.020 0.001 0.001 0.002 0.006 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.424 0.036 0.081 0.401 46 K 0.014 0.024 0.002 0.001 0.002 0.005 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.304 0.072 0.095 0.469 47 C 0.124 0.032 0.004 0.001 0.006 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.183 0.128 0.105 0.397 48 P 0.069 0.034 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 0.034 0.121 0.633 49 V 0.059 0.065 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.032 0.126 0.636 50 C 0.068 0.116 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.063 0.103 0.583 51 G 0.210 0.166 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.115 0.079 0.366 52 E 0.189 0.087 0.013 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.005 0.004 0.007 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.050 0.085 0.095 0.449 53 E 0.105 0.030 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.003 0.002 0.101 0.047 0.107 0.580 54 F 0.117 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.003 0.004 0.004 0.002 0.105 0.107 0.120 0.509 55 Y 0.027 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.142 0.095 0.149 0.551 56 G 0.049 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.043 0.107 0.727 57 K 0.012 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.175 0.045 0.123 0.598 58 T 0.016 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.019 0.105 0.774 59 L 0.057 0.158 0.006 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.069 0.069 0.099 0.522 60 P 0.095 0.463 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.054 0.050 0.315 61 R 0.129 0.612 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.023 0.031 0.186 62 R 0.035 0.680 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.018 0.036 0.208 63 E 0.039 0.762 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.024 0.025 0.132 64 A 0.020 0.924 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.007 0.035 65 E 0.013 0.901 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 0.009 0.055 66 K 0.010 0.903 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.021 0.009 0.039 67 V 0.014 0.907 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.027 0.007 0.029 68 F 0.049 0.549 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.242 0.017 0.078 69 E 0.066 0.467 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.195 0.036 0.153 70 L 0.171 0.304 0.023 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.110 0.062 0.249 71 L 0.211 0.103 0.029 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.113 0.083 0.406 72 N 0.077 0.022 0.010 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.039 0.128 0.663 73 D 0.059 0.006 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.049 0.109 0.745 74 F 0.172 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.078 0.132 0.545 75 K 0.027 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.040 0.128 0.733 76 G 0.008 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 0.023 0.131 0.724 77 G 0.008 0.020 0.001 0.001 0.007 0.057 0.049 0.007 0.017 0.009 0.003 0.001 0.003 0.002 0.002 0.003 0.127 0.046 0.115 0.523 78 I 0.005 0.009 0.002 0.001 0.007 0.017 0.005 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.086 0.043 0.122 0.687 79 D 0.219 0.075 0.030 0.004 0.080 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.004 0.002 0.050 0.238 0.043 0.227 80 W 0.357 0.022 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.033 0.063 0.063 0.449 81 E 0.096 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.038 0.079 0.721 82 N 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.025 0.137 0.756 83 K 0.004 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.018 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.366 0.044 0.105 0.430 84 R 0.014 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.024 0.068 0.005 0.008 0.002 0.002 0.004 0.208 0.059 0.090 0.460 85 V 0.004 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.013 0.021 0.012 0.007 0.601 0.040 0.031 0.232 86 K 0.007 0.015 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.043 0.039 0.010 0.493 0.092 0.047 0.189 87 L 0.007 0.027 0.002 0.001 0.006 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.019 0.006 0.571 0.062 0.043 0.229 88 K 0.094 0.322 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.272 0.092 0.043 0.170 89 L 0.128 0.579 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.073 0.038 0.139 90 N 0.030 0.595 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.056 0.044 0.252 91 D 0.021 0.829 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.022 0.019 0.094 92 L 0.032 0.894 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.028 0.008 0.030 93 L 0.007 0.089 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.863 0.005 0.020 94 A 0.011 0.630 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.278 0.011 0.053 95 L 0.034 0.904 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.030 0.004 0.019 96 E 0.031 0.892 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.005 0.034 97 T 0.026 0.856 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.027 0.015 0.065 98 M 0.028 0.786 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.066 0.023 0.078 99 L 0.063 0.769 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.067 0.017 0.058 100 E 0.048 0.687 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.030 0.028 0.192 101 E 0.036 0.538 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.079 0.043 0.269 102 W 0.075 0.563 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.081 0.050 0.186 103 D 0.141 0.412 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.080 0.049 0.278 104 R 0.078 0.181 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.082 0.079 0.516 105 R 0.165 0.069 0.014 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.102 0.101 0.480 106 V 0.106 0.027 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.075 0.121 0.604 107 K 0.039 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.035 0.101 0.759 108 R 0.041 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.034 0.110 0.743