# TARGET T0476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0476.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.33036 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.095 0.005 0.001 0.038 0.039 0.076 0.102 0.005 0.001 0.040 0.599 2 A 0.010 0.003 0.001 0.077 0.068 0.090 0.193 0.001 0.001 0.017 0.539 3 K 0.009 0.004 0.001 0.051 0.058 0.086 0.107 0.002 0.001 0.016 0.666 4 C 0.060 0.005 0.003 0.056 0.133 0.118 0.158 0.008 0.001 0.040 0.418 5 P 0.128 0.005 0.001 0.062 0.050 0.080 0.096 0.004 0.001 0.032 0.542 6 I 0.064 0.002 0.001 0.107 0.032 0.041 0.088 0.002 0.001 0.039 0.624 7 C 0.008 0.003 0.001 0.069 0.019 0.029 0.183 0.001 0.001 0.011 0.675 8 G 0.025 0.025 0.001 0.033 0.017 0.028 0.076 0.004 0.001 0.019 0.770 9 S 0.286 0.063 0.001 0.041 0.048 0.040 0.089 0.016 0.001 0.049 0.366 10 P 0.038 0.164 0.001 0.031 0.017 0.021 0.094 0.003 0.001 0.030 0.600 11 L 0.029 0.376 0.002 0.032 0.016 0.017 0.080 0.005 0.001 0.046 0.396 12 K 0.015 0.906 0.001 0.003 0.002 0.003 0.007 0.005 0.001 0.007 0.051 13 W 0.012 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.009 14 E 0.010 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.020 0.016 15 E 0.006 0.937 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.034 0.014 16 L 0.013 0.925 0.012 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.022 0.016 17 I 0.035 0.874 0.012 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.007 0.025 0.034 18 E 0.037 0.812 0.008 0.001 0.001 0.002 0.008 0.006 0.006 0.039 0.079 19 E 0.030 0.791 0.007 0.002 0.002 0.002 0.015 0.005 0.005 0.041 0.101 20 M 0.040 0.714 0.011 0.004 0.002 0.002 0.025 0.006 0.007 0.065 0.125 21 L 0.052 0.191 0.028 0.011 0.005 0.007 0.081 0.016 0.014 0.260 0.336 22 I 0.092 0.367 0.028 0.013 0.005 0.006 0.059 0.018 0.015 0.084 0.313 23 I 0.279 0.281 0.010 0.017 0.005 0.005 0.043 0.017 0.009 0.055 0.281 24 E 0.057 0.261 0.010 0.017 0.005 0.005 0.067 0.010 0.007 0.041 0.520 25 N 0.043 0.646 0.003 0.004 0.001 0.002 0.029 0.010 0.003 0.015 0.244 26 F 0.124 0.703 0.003 0.002 0.002 0.002 0.016 0.015 0.002 0.024 0.107 27 E 0.064 0.594 0.006 0.006 0.004 0.004 0.042 0.007 0.003 0.070 0.200 28 E 0.058 0.378 0.015 0.013 0.008 0.017 0.048 0.018 0.006 0.118 0.321 29 I 0.124 0.327 0.014 0.015 0.015 0.012 0.037 0.019 0.008 0.066 0.363 30 V 0.107 0.239 0.008 0.025 0.015 0.018 0.066 0.013 0.008 0.069 0.432 31 K 0.016 0.257 0.004 0.008 0.006 0.006 0.067 0.006 0.003 0.042 0.586 32 D 0.031 0.854 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.008 0.002 0.017 0.072 33 R 0.056 0.896 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.008 0.027 34 E 0.019 0.892 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.021 0.055 35 R 0.050 0.687 0.016 0.002 0.002 0.004 0.017 0.012 0.009 0.109 0.093 36 F 0.070 0.757 0.026 0.002 0.002 0.002 0.013 0.013 0.013 0.031 0.069 37 L 0.183 0.547 0.013 0.003 0.004 0.004 0.016 0.015 0.011 0.043 0.161 38 A 0.053 0.326 0.023 0.007 0.011 0.010 0.055 0.009 0.012 0.075 0.417 39 Q 0.046 0.221 0.037 0.009 0.009 0.014 0.103 0.013 0.014 0.107 0.426 40 V 0.261 0.105 0.032 0.013 0.012 0.018 0.117 0.022 0.012 0.140 0.267 41 E 0.131 0.039 0.011 0.037 0.019 0.026 0.133 0.008 0.004 0.080 0.512 42 E 0.019 0.019 0.006 0.080 0.034 0.047 0.094 0.004 0.001 0.035 0.662 43 F 0.034 0.010 0.003 0.108 0.066 0.155 0.110 0.007 0.001 0.042 0.465 44 V 0.025 0.003 0.001 0.159 0.077 0.110 0.095 0.004 0.001 0.046 0.481 45 F 0.006 0.002 0.001 0.183 0.084 0.096 0.097 0.001 0.001 0.019 0.511 46 K 0.010 0.006 0.001 0.109 0.066 0.067 0.095 0.002 0.001 0.020 0.623 47 C 0.078 0.009 0.004 0.097 0.068 0.086 0.119 0.010 0.002 0.049 0.478 48 P 0.121 0.022 0.001 0.055 0.025 0.033 0.100 0.005 0.001 0.031 0.606 49 V 0.069 0.034 0.002 0.087 0.028 0.037 0.126 0.006 0.001 0.028 0.581 50 C 0.032 0.068 0.002 0.043 0.022 0.044 0.167 0.005 0.001 0.020 0.596 51 G 0.135 0.218 0.004 0.044 0.031 0.056 0.061 0.017 0.001 0.046 0.388 52 E 0.218 0.095 0.007 0.045 0.082 0.073 0.101 0.021 0.002 0.063 0.292 53 E 0.112 0.062 0.003 0.027 0.052 0.080 0.072 0.010 0.001 0.050 0.530 54 F 0.185 0.012 0.003 0.031 0.065 0.077 0.075 0.012 0.001 0.100 0.438 55 Y 0.035 0.014 0.002 0.031 0.091 0.106 0.094 0.003 0.001 0.026 0.598 56 G 0.044 0.007 0.001 0.027 0.093 0.156 0.059 0.004 0.001 0.032 0.577 57 K 0.018 0.007 0.001 0.029 0.148 0.142 0.116 0.003 0.001 0.022 0.515 58 T 0.015 0.029 0.001 0.020 0.045 0.047 0.137 0.002 0.001 0.021 0.684 59 L 0.102 0.074 0.004 0.031 0.055 0.058 0.129 0.008 0.002 0.064 0.472 60 P 0.127 0.249 0.003 0.013 0.017 0.021 0.083 0.007 0.001 0.029 0.450 61 R 0.191 0.484 0.002 0.005 0.006 0.011 0.027 0.008 0.001 0.028 0.238 62 R 0.083 0.529 0.003 0.006 0.010 0.011 0.035 0.006 0.001 0.049 0.268 63 E 0.018 0.784 0.002 0.004 0.004 0.007 0.014 0.003 0.001 0.029 0.134 64 A 0.013 0.868 0.002 0.002 0.005 0.005 0.013 0.003 0.001 0.022 0.065 65 E 0.011 0.814 0.002 0.003 0.012 0.013 0.012 0.003 0.001 0.066 0.062 66 K 0.009 0.837 0.004 0.005 0.011 0.013 0.008 0.003 0.002 0.059 0.049 67 V 0.006 0.896 0.006 0.005 0.012 0.009 0.005 0.002 0.002 0.017 0.040 68 F 0.045 0.315 0.015 0.021 0.030 0.053 0.033 0.012 0.010 0.326 0.140 69 E 0.046 0.355 0.048 0.023 0.026 0.032 0.057 0.012 0.022 0.197 0.180 70 L 0.178 0.291 0.022 0.022 0.022 0.020 0.050 0.019 0.014 0.083 0.279 71 L 0.345 0.079 0.020 0.027 0.013 0.023 0.064 0.025 0.016 0.091 0.297 72 N 0.060 0.034 0.011 0.020 0.007 0.013 0.114 0.007 0.006 0.045 0.683 73 D 0.109 0.024 0.010 0.020 0.010 0.016 0.126 0.012 0.006 0.073 0.592 74 F 0.230 0.023 0.005 0.020 0.011 0.012 0.204 0.015 0.003 0.055 0.422 75 K 0.057 0.012 0.002 0.027 0.011 0.014 0.098 0.006 0.001 0.036 0.738 76 G 0.047 0.014 0.001 0.083 0.034 0.049 0.088 0.004 0.001 0.028 0.651 77 G 0.009 0.014 0.001 0.114 0.047 0.095 0.119 0.002 0.001 0.026 0.573 78 I 0.008 0.015 0.003 0.059 0.070 0.057 0.192 0.004 0.001 0.073 0.518 79 D 0.415 0.089 0.009 0.037 0.050 0.047 0.066 0.019 0.004 0.106 0.156 80 W 0.483 0.035 0.004 0.013 0.017 0.014 0.042 0.007 0.002 0.042 0.343 81 E 0.064 0.036 0.002 0.019 0.021 0.037 0.073 0.003 0.001 0.029 0.716 82 N 0.024 0.032 0.001 0.021 0.034 0.110 0.100 0.002 0.001 0.037 0.639 83 K 0.009 0.028 0.001 0.036 0.193 0.270 0.094 0.002 0.001 0.046 0.321 84 R 0.005 0.018 0.001 0.036 0.207 0.348 0.056 0.002 0.001 0.061 0.266 85 V 0.004 0.076 0.001 0.078 0.396 0.185 0.039 0.001 0.001 0.030 0.191 86 K 0.005 0.053 0.001 0.101 0.211 0.272 0.050 0.001 0.001 0.129 0.176 87 L 0.011 0.129 0.007 0.066 0.157 0.197 0.044 0.002 0.002 0.174 0.211 88 K 0.061 0.409 0.008 0.051 0.080 0.093 0.040 0.007 0.003 0.081 0.166 89 L 0.105 0.562 0.003 0.016 0.019 0.027 0.033 0.006 0.001 0.074 0.154 90 N 0.023 0.600 0.001 0.012 0.009 0.014 0.028 0.004 0.001 0.106 0.202 91 D 0.004 0.914 0.001 0.003 0.002 0.004 0.006 0.001 0.001 0.023 0.042 92 L 0.003 0.910 0.001 0.003 0.004 0.003 0.004 0.001 0.001 0.036 0.033 93 L 0.005 0.068 0.001 0.003 0.004 0.005 0.007 0.002 0.001 0.875 0.028 94 A 0.008 0.783 0.011 0.003 0.003 0.002 0.009 0.001 0.005 0.145 0.029 95 L 0.032 0.893 0.004 0.002 0.002 0.001 0.004 0.003 0.003 0.029 0.028 96 E 0.031 0.832 0.005 0.002 0.001 0.002 0.006 0.005 0.005 0.047 0.064 97 T 0.019 0.866 0.005 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.003 0.031 0.060 98 M 0.043 0.685 0.018 0.002 0.001 0.002 0.028 0.008 0.008 0.104 0.101 99 L 0.061 0.731 0.022 0.002 0.001 0.001 0.024 0.009 0.014 0.051 0.082 100 E 0.073 0.697 0.010 0.002 0.002 0.002 0.016 0.008 0.007 0.028 0.156 101 E 0.060 0.673 0.008 0.002 0.002 0.002 0.018 0.009 0.005 0.050 0.172 102 W 0.080 0.591 0.009 0.005 0.003 0.005 0.033 0.012 0.006 0.072 0.185 103 D 0.073 0.534 0.009 0.007 0.004 0.007 0.040 0.007 0.005 0.074 0.239 104 R 0.065 0.223 0.015 0.019 0.020 0.022 0.059 0.010 0.006 0.113 0.449 105 R 0.076 0.056 0.012 0.017 0.019 0.034 0.092 0.010 0.006 0.159 0.519 106 V 0.139 0.028 0.009 0.021 0.019 0.025 0.073 0.007 0.005 0.069 0.606 107 K 0.058 0.011 0.002 0.018 0.016 0.019 0.084 0.002 0.001 0.027 0.761 108 R 0.021 0.010 0.001 0.011 0.011 0.021 0.088 0.002 0.001 0.023 0.812