# TARGET T0476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0476.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.33036 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.063 0.004 0.008 0.009 0.021 0.087 0.022 0.786 2 A 0.007 0.006 0.065 0.038 0.076 0.133 0.021 0.655 3 K 0.019 0.005 0.015 0.037 0.048 0.103 0.015 0.757 4 C 0.039 0.007 0.045 0.085 0.053 0.111 0.062 0.599 5 P 0.144 0.012 0.063 0.047 0.062 0.082 0.060 0.530 6 I 0.143 0.005 0.048 0.011 0.024 0.078 0.039 0.652 7 C 0.020 0.008 0.098 0.019 0.017 0.118 0.016 0.705 8 G 0.063 0.011 0.022 0.007 0.013 0.094 0.039 0.752 9 S 0.055 0.099 0.044 0.038 0.023 0.096 0.101 0.544 10 P 0.085 0.080 0.018 0.008 0.016 0.078 0.033 0.682 11 L 0.021 0.226 0.036 0.027 0.023 0.080 0.047 0.539 12 K 0.027 0.839 0.009 0.002 0.007 0.011 0.051 0.054 13 W 0.020 0.921 0.001 0.001 0.001 0.002 0.044 0.010 14 E 0.006 0.935 0.001 0.001 0.001 0.002 0.041 0.013 15 E 0.005 0.940 0.002 0.001 0.001 0.002 0.034 0.015 16 L 0.005 0.958 0.002 0.001 0.001 0.002 0.024 0.009 17 I 0.011 0.893 0.004 0.001 0.001 0.003 0.081 0.006 18 E 0.021 0.843 0.003 0.002 0.001 0.007 0.076 0.046 19 E 0.041 0.805 0.005 0.002 0.003 0.012 0.050 0.083 20 M 0.056 0.617 0.031 0.004 0.005 0.036 0.133 0.118 21 L 0.031 0.259 0.070 0.007 0.008 0.068 0.379 0.178 22 I 0.057 0.537 0.019 0.005 0.004 0.054 0.071 0.252 23 I 0.208 0.374 0.015 0.004 0.004 0.052 0.084 0.259 24 E 0.032 0.426 0.014 0.004 0.004 0.061 0.045 0.414 25 N 0.059 0.694 0.010 0.001 0.003 0.030 0.042 0.162 26 F 0.071 0.740 0.006 0.004 0.002 0.025 0.060 0.092 27 E 0.059 0.618 0.012 0.007 0.007 0.036 0.065 0.196 28 E 0.063 0.579 0.021 0.006 0.014 0.030 0.079 0.208 29 I 0.095 0.358 0.044 0.014 0.020 0.058 0.128 0.283 30 V 0.040 0.473 0.040 0.019 0.020 0.066 0.064 0.278 31 K 0.030 0.559 0.011 0.003 0.007 0.025 0.020 0.344 32 D 0.021 0.924 0.001 0.001 0.001 0.004 0.026 0.023 33 R 0.018 0.936 0.001 0.001 0.001 0.004 0.021 0.019 34 E 0.035 0.879 0.002 0.001 0.001 0.005 0.034 0.042 35 R 0.034 0.805 0.005 0.002 0.003 0.011 0.058 0.081 36 F 0.044 0.847 0.006 0.002 0.002 0.009 0.047 0.042 37 L 0.179 0.526 0.006 0.005 0.004 0.022 0.154 0.104 38 A 0.039 0.452 0.012 0.006 0.006 0.038 0.073 0.373 39 Q 0.094 0.311 0.023 0.007 0.010 0.052 0.066 0.437 40 V 0.466 0.174 0.017 0.011 0.007 0.043 0.108 0.173 41 E 0.079 0.055 0.030 0.013 0.019 0.097 0.068 0.640 42 E 0.026 0.017 0.047 0.016 0.040 0.100 0.043 0.711 43 F 0.061 0.036 0.141 0.076 0.115 0.090 0.100 0.381 44 V 0.023 0.004 0.133 0.039 0.057 0.128 0.035 0.582 45 F 0.010 0.005 0.132 0.053 0.080 0.115 0.032 0.573 46 K 0.021 0.006 0.099 0.037 0.038 0.119 0.034 0.646 47 C 0.051 0.011 0.041 0.027 0.020 0.102 0.066 0.682 48 P 0.063 0.030 0.049 0.027 0.027 0.100 0.091 0.614 49 V 0.131 0.067 0.026 0.012 0.022 0.072 0.050 0.619 50 C 0.070 0.113 0.026 0.021 0.026 0.081 0.034 0.629 51 G 0.209 0.159 0.015 0.028 0.053 0.064 0.066 0.405 52 E 0.080 0.058 0.025 0.086 0.104 0.088 0.130 0.429 53 E 0.181 0.046 0.032 0.045 0.175 0.061 0.033 0.426 54 F 0.155 0.008 0.050 0.059 0.172 0.083 0.175 0.298 55 Y 0.030 0.009 0.065 0.117 0.134 0.124 0.076 0.445 56 G 0.056 0.007 0.036 0.024 0.072 0.119 0.052 0.633 57 K 0.015 0.016 0.048 0.102 0.047 0.149 0.029 0.594 58 T 0.024 0.007 0.006 0.011 0.016 0.114 0.009 0.812 59 L 0.041 0.062 0.029 0.035 0.025 0.141 0.066 0.602 60 P 0.147 0.353 0.013 0.007 0.010 0.056 0.076 0.338 61 R 0.191 0.506 0.005 0.007 0.005 0.037 0.062 0.188 62 R 0.040 0.627 0.006 0.006 0.008 0.036 0.047 0.230 63 E 0.026 0.773 0.005 0.003 0.010 0.017 0.049 0.118 64 A 0.010 0.887 0.003 0.004 0.003 0.007 0.057 0.029 65 E 0.003 0.923 0.004 0.008 0.004 0.005 0.034 0.019 66 K 0.011 0.930 0.004 0.002 0.007 0.002 0.026 0.018 67 V 0.009 0.890 0.013 0.008 0.008 0.005 0.049 0.019 68 F 0.024 0.509 0.070 0.025 0.028 0.017 0.282 0.044 69 E 0.081 0.438 0.049 0.029 0.036 0.033 0.164 0.170 70 L 0.129 0.226 0.070 0.024 0.038 0.056 0.143 0.316 71 L 0.085 0.084 0.101 0.044 0.044 0.112 0.116 0.415 72 N 0.154 0.051 0.055 0.019 0.041 0.093 0.093 0.495 73 D 0.045 0.013 0.056 0.024 0.033 0.117 0.065 0.645 74 F 0.068 0.014 0.085 0.036 0.055 0.124 0.093 0.524 75 K 0.029 0.012 0.059 0.027 0.053 0.121 0.059 0.640 76 G 0.013 0.010 0.086 0.031 0.070 0.128 0.024 0.638 77 G 0.011 0.010 0.042 0.067 0.095 0.159 0.040 0.576 78 I 0.010 0.007 0.081 0.060 0.078 0.140 0.079 0.544 79 D 0.227 0.079 0.042 0.056 0.063 0.079 0.212 0.243 80 W 0.447 0.044 0.018 0.013 0.020 0.064 0.127 0.265 81 E 0.035 0.068 0.020 0.023 0.034 0.132 0.044 0.644 82 N 0.039 0.103 0.013 0.027 0.087 0.129 0.071 0.531 83 K 0.008 0.119 0.029 0.187 0.158 0.109 0.065 0.324 84 R 0.014 0.265 0.052 0.116 0.208 0.056 0.104 0.185 85 V 0.009 0.328 0.051 0.174 0.168 0.033 0.082 0.156 86 K 0.010 0.171 0.128 0.177 0.173 0.026 0.252 0.063 87 L 0.009 0.181 0.146 0.183 0.072 0.020 0.295 0.093 88 K 0.048 0.760 0.014 0.015 0.027 0.008 0.056 0.072 89 L 0.048 0.871 0.006 0.006 0.003 0.005 0.036 0.024 90 N 0.007 0.911 0.003 0.003 0.003 0.005 0.023 0.044 91 D 0.021 0.946 0.001 0.001 0.003 0.003 0.012 0.014 92 L 0.061 0.820 0.005 0.002 0.004 0.007 0.081 0.019 93 L 0.006 0.024 0.009 0.003 0.003 0.016 0.914 0.025 94 A 0.008 0.608 0.016 0.006 0.006 0.044 0.210 0.102 95 L 0.048 0.823 0.010 0.002 0.001 0.015 0.054 0.047 96 E 0.062 0.668 0.005 0.004 0.001 0.035 0.063 0.163 97 T 0.038 0.700 0.004 0.001 0.001 0.029 0.032 0.196 98 M 0.047 0.508 0.035 0.001 0.004 0.057 0.138 0.211 99 L 0.032 0.735 0.007 0.004 0.002 0.029 0.093 0.098 100 E 0.057 0.643 0.002 0.002 0.003 0.027 0.030 0.236 101 E 0.045 0.630 0.010 0.003 0.006 0.038 0.053 0.215 102 W 0.072 0.474 0.029 0.007 0.012 0.042 0.169 0.194 103 D 0.087 0.304 0.048 0.019 0.021 0.064 0.127 0.330 104 R 0.070 0.114 0.061 0.037 0.055 0.069 0.118 0.476 105 R 0.100 0.042 0.060 0.051 0.067 0.079 0.097 0.504 106 V 0.188 0.018 0.061 0.030 0.048 0.085 0.070 0.500 107 K 0.056 0.008 0.034 0.019 0.033 0.088 0.021 0.741 108 R 0.047 0.007 0.015 0.015 0.027 0.095 0.019 0.776