# TARGET T0476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0476.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.33036 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.442 0.164 0.052 0.113 0.072 0.044 0.048 0.028 0.019 0.011 0.008 2 A 0.133 0.073 0.039 0.079 0.081 0.077 0.126 0.110 0.120 0.090 0.072 3 K 0.190 0.224 0.077 0.203 0.123 0.062 0.049 0.031 0.022 0.012 0.007 4 C 0.022 0.021 0.020 0.047 0.063 0.089 0.158 0.165 0.172 0.136 0.109 5 P 0.128 0.142 0.100 0.230 0.164 0.082 0.062 0.043 0.025 0.014 0.010 6 I 0.038 0.032 0.028 0.056 0.072 0.097 0.164 0.156 0.149 0.129 0.079 7 C 0.055 0.067 0.045 0.137 0.128 0.099 0.142 0.121 0.097 0.069 0.040 8 G 0.235 0.122 0.048 0.108 0.086 0.088 0.116 0.067 0.061 0.048 0.020 9 S 0.202 0.213 0.105 0.209 0.120 0.061 0.045 0.022 0.013 0.006 0.003 10 P 0.252 0.210 0.059 0.150 0.105 0.078 0.076 0.036 0.019 0.010 0.005 11 L 0.073 0.022 0.021 0.047 0.065 0.081 0.165 0.156 0.148 0.111 0.110 12 K 0.160 0.429 0.118 0.178 0.073 0.022 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 13 W 0.004 0.007 0.011 0.024 0.048 0.071 0.162 0.164 0.208 0.171 0.130 14 E 0.248 0.103 0.138 0.187 0.139 0.083 0.064 0.022 0.010 0.004 0.002 15 E 0.052 0.081 0.313 0.308 0.136 0.058 0.035 0.011 0.004 0.002 0.001 16 L 0.002 0.004 0.014 0.011 0.020 0.059 0.130 0.128 0.233 0.243 0.158 17 I 0.002 0.005 0.010 0.027 0.054 0.094 0.272 0.187 0.181 0.119 0.048 18 E 0.018 0.047 0.702 0.154 0.048 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 19 E 0.012 0.024 0.204 0.167 0.177 0.181 0.166 0.048 0.014 0.006 0.002 20 M 0.012 0.010 0.032 0.032 0.042 0.058 0.153 0.209 0.188 0.165 0.099 21 L 0.009 0.008 0.031 0.033 0.060 0.124 0.257 0.190 0.140 0.108 0.040 22 I 0.009 0.070 0.549 0.190 0.085 0.043 0.029 0.012 0.007 0.005 0.002 23 I 0.017 0.016 0.080 0.069 0.111 0.162 0.297 0.135 0.064 0.035 0.016 24 E 0.401 0.180 0.204 0.115 0.047 0.023 0.017 0.007 0.003 0.002 0.001 25 N 0.068 0.154 0.113 0.165 0.133 0.111 0.138 0.067 0.029 0.015 0.007 26 F 0.034 0.037 0.042 0.066 0.096 0.121 0.224 0.152 0.110 0.078 0.039 27 E 0.482 0.116 0.211 0.106 0.045 0.020 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 28 E 0.058 0.111 0.349 0.249 0.122 0.061 0.034 0.010 0.003 0.001 0.001 29 I 0.005 0.008 0.015 0.019 0.033 0.055 0.160 0.176 0.221 0.194 0.113 30 V 0.025 0.023 0.053 0.071 0.097 0.167 0.294 0.128 0.080 0.049 0.013 31 K 0.016 0.067 0.724 0.150 0.033 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 32 D 0.022 0.084 0.108 0.097 0.123 0.162 0.210 0.115 0.041 0.029 0.010 33 R 0.041 0.055 0.032 0.091 0.117 0.166 0.250 0.134 0.072 0.031 0.010 34 E 0.669 0.058 0.178 0.057 0.019 0.008 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 35 R 0.025 0.043 0.386 0.251 0.143 0.094 0.045 0.009 0.003 0.001 0.001 36 F 0.002 0.006 0.020 0.009 0.018 0.031 0.131 0.165 0.237 0.223 0.158 37 L 0.002 0.004 0.031 0.052 0.112 0.205 0.315 0.147 0.075 0.045 0.011 38 A 0.009 0.021 0.891 0.060 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 Q 0.011 0.062 0.252 0.263 0.197 0.113 0.072 0.023 0.004 0.002 0.001 40 V 0.007 0.005 0.010 0.008 0.017 0.032 0.115 0.179 0.230 0.227 0.170 41 E 0.323 0.129 0.226 0.158 0.084 0.036 0.028 0.011 0.004 0.001 0.001 42 E 0.027 0.056 0.585 0.202 0.081 0.027 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 43 F 0.015 0.012 0.030 0.019 0.034 0.092 0.242 0.157 0.178 0.141 0.080 44 V 0.054 0.101 0.099 0.191 0.143 0.126 0.132 0.072 0.047 0.025 0.011 45 F 0.045 0.039 0.176 0.088 0.079 0.115 0.147 0.108 0.094 0.073 0.036 46 K 0.072 0.113 0.140 0.243 0.165 0.087 0.085 0.048 0.026 0.013 0.007 47 C 0.024 0.020 0.021 0.034 0.044 0.069 0.172 0.196 0.179 0.146 0.094 48 P 0.175 0.142 0.124 0.196 0.139 0.081 0.062 0.038 0.024 0.013 0.009 49 V 0.158 0.118 0.093 0.125 0.108 0.090 0.127 0.082 0.048 0.032 0.019 50 C 0.078 0.095 0.053 0.121 0.116 0.094 0.137 0.112 0.089 0.065 0.040 51 G 0.492 0.146 0.042 0.094 0.054 0.039 0.050 0.031 0.028 0.017 0.008 52 E 0.180 0.134 0.094 0.191 0.116 0.087 0.084 0.047 0.035 0.020 0.011 53 E 0.076 0.093 0.078 0.184 0.177 0.123 0.121 0.074 0.039 0.022 0.013 54 F 0.033 0.036 0.035 0.050 0.065 0.096 0.157 0.155 0.146 0.138 0.090 55 Y 0.048 0.079 0.070 0.167 0.146 0.121 0.152 0.099 0.065 0.038 0.016 56 G 0.198 0.107 0.067 0.104 0.074 0.081 0.122 0.076 0.081 0.064 0.026 57 K 0.187 0.158 0.105 0.226 0.135 0.073 0.056 0.027 0.018 0.009 0.005 58 T 0.280 0.210 0.083 0.136 0.089 0.068 0.065 0.033 0.019 0.011 0.006 59 L 0.021 0.019 0.016 0.040 0.067 0.077 0.161 0.198 0.164 0.122 0.115 60 P 0.178 0.321 0.130 0.139 0.078 0.050 0.050 0.025 0.016 0.010 0.004 61 R 0.171 0.096 0.133 0.215 0.151 0.093 0.082 0.030 0.018 0.008 0.004 62 R 0.553 0.200 0.106 0.084 0.030 0.013 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 63 E 0.067 0.096 0.071 0.184 0.161 0.116 0.149 0.082 0.044 0.021 0.010 64 A 0.114 0.068 0.102 0.109 0.104 0.108 0.160 0.108 0.065 0.045 0.018 65 E 0.034 0.080 0.396 0.235 0.110 0.073 0.041 0.015 0.009 0.005 0.002 66 K 0.015 0.059 0.253 0.181 0.155 0.129 0.107 0.057 0.025 0.014 0.005 67 V 0.012 0.017 0.041 0.055 0.071 0.088 0.182 0.201 0.159 0.122 0.051 68 F 0.013 0.014 0.051 0.062 0.075 0.133 0.227 0.168 0.128 0.095 0.035 69 E 0.022 0.045 0.328 0.201 0.138 0.089 0.080 0.044 0.027 0.018 0.008 70 L 0.003 0.005 0.025 0.023 0.040 0.075 0.199 0.201 0.182 0.163 0.084 71 L 0.005 0.007 0.017 0.025 0.035 0.066 0.146 0.148 0.225 0.203 0.123 72 N 0.065 0.057 0.131 0.150 0.131 0.122 0.168 0.078 0.054 0.029 0.014 73 D 0.040 0.053 0.131 0.177 0.162 0.124 0.137 0.079 0.048 0.031 0.019 74 F 0.014 0.018 0.019 0.023 0.032 0.064 0.160 0.147 0.198 0.195 0.130 75 K 0.101 0.150 0.075 0.193 0.161 0.106 0.090 0.052 0.035 0.022 0.014 76 G 0.174 0.097 0.075 0.109 0.094 0.097 0.135 0.092 0.063 0.042 0.022 77 G 0.151 0.157 0.063 0.206 0.140 0.096 0.090 0.045 0.028 0.016 0.009 78 I 0.029 0.010 0.010 0.016 0.026 0.039 0.110 0.155 0.210 0.189 0.207 79 D 0.053 0.319 0.137 0.241 0.129 0.059 0.033 0.014 0.008 0.004 0.003 80 W 0.029 0.027 0.031 0.061 0.099 0.099 0.189 0.156 0.135 0.092 0.081 81 E 0.664 0.164 0.043 0.073 0.028 0.011 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 82 N 0.095 0.106 0.103 0.222 0.144 0.111 0.109 0.048 0.034 0.020 0.008 83 K 0.047 0.077 0.089 0.131 0.139 0.170 0.171 0.085 0.048 0.030 0.013 84 R 0.070 0.144 0.170 0.293 0.157 0.076 0.048 0.023 0.011 0.005 0.002 85 V 0.007 0.007 0.028 0.016 0.025 0.078 0.192 0.171 0.198 0.197 0.083 86 K 0.016 0.075 0.167 0.365 0.204 0.089 0.046 0.019 0.011 0.005 0.002 87 L 0.008 0.005 0.040 0.021 0.033 0.069 0.161 0.182 0.177 0.190 0.114 88 K 0.010 0.057 0.145 0.224 0.200 0.166 0.113 0.044 0.024 0.011 0.006 89 L 0.002 0.003 0.011 0.010 0.018 0.030 0.114 0.167 0.218 0.228 0.199 90 N 0.022 0.042 0.111 0.183 0.197 0.153 0.129 0.071 0.047 0.029 0.015 91 D 0.072 0.105 0.173 0.187 0.121 0.096 0.129 0.055 0.035 0.018 0.007 92 L 0.004 0.005 0.014 0.023 0.040 0.094 0.171 0.151 0.191 0.180 0.127 93 L 0.013 0.019 0.039 0.052 0.069 0.116 0.206 0.150 0.151 0.112 0.071 94 A 0.006 0.018 0.067 0.076 0.097 0.111 0.180 0.143 0.133 0.104 0.064 95 L 0.001 0.003 0.012 0.014 0.028 0.060 0.172 0.169 0.224 0.189 0.128 96 E 0.071 0.075 0.152 0.213 0.145 0.121 0.122 0.047 0.032 0.016 0.006 97 T 0.072 0.075 0.220 0.226 0.158 0.100 0.086 0.036 0.015 0.008 0.005 98 M 0.018 0.024 0.041 0.055 0.082 0.109 0.202 0.171 0.132 0.100 0.066 99 L 0.009 0.016 0.027 0.037 0.055 0.090 0.218 0.172 0.166 0.141 0.068 100 E 0.043 0.078 0.364 0.199 0.123 0.091 0.061 0.020 0.012 0.006 0.003 101 E 0.152 0.133 0.327 0.205 0.101 0.039 0.027 0.010 0.004 0.002 0.001 102 W 0.023 0.017 0.030 0.033 0.052 0.086 0.225 0.187 0.162 0.121 0.063 103 D 0.063 0.086 0.123 0.183 0.155 0.121 0.131 0.070 0.038 0.023 0.008 104 R 0.045 0.054 0.365 0.165 0.111 0.105 0.084 0.037 0.019 0.011 0.004 105 R 0.058 0.111 0.306 0.222 0.135 0.071 0.057 0.024 0.010 0.004 0.002 106 V 0.017 0.015 0.032 0.030 0.045 0.070 0.203 0.203 0.170 0.136 0.079 107 K 0.095 0.170 0.286 0.212 0.118 0.053 0.034 0.016 0.009 0.005 0.002 108 R 0.185 0.133 0.261 0.178 0.106 0.055 0.046 0.021 0.009 0.005 0.002