# TARGET T0476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0476.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.33036 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.089 0.041 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.112 0.012 0.064 0.662 2 A 0.086 0.058 0.012 0.002 0.003 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.301 0.013 0.088 0.425 3 K 0.149 0.050 0.008 0.003 0.003 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.155 0.027 0.106 0.483 4 C 0.117 0.048 0.010 0.002 0.003 0.003 0.004 0.002 0.002 0.001 0.016 0.002 0.037 0.010 0.002 0.007 0.249 0.015 0.072 0.396 5 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.992 6 I 0.030 0.010 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.017 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.181 0.004 0.162 0.577 7 C 0.080 0.044 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.151 0.006 0.150 0.555 8 G 0.079 0.048 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.205 0.025 0.085 0.545 9 S 0.220 0.005 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.008 0.250 0.448 10 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 11 L 0.021 0.007 0.002 0.001 0.027 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.168 0.003 0.155 0.590 12 K 0.089 0.029 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.006 0.187 0.634 13 W 0.076 0.094 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.005 0.052 0.700 14 E 0.044 0.174 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.005 0.144 0.593 15 E 0.118 0.172 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.191 0.505 16 L 0.056 0.656 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.032 0.246 17 I 0.016 0.847 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.007 0.120 18 E 0.018 0.883 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.085 19 E 0.027 0.916 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.041 20 M 0.057 0.903 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.019 21 L 0.029 0.915 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.002 0.030 22 I 0.070 0.797 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.026 0.006 0.081 23 I 0.158 0.712 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.022 0.004 0.070 24 E 0.044 0.691 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.004 0.062 0.154 25 N 0.069 0.360 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.025 0.163 0.354 26 F 0.144 0.392 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.054 0.033 0.306 27 E 0.036 0.432 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.013 0.120 0.354 28 E 0.120 0.344 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.015 0.213 0.279 29 I 0.137 0.779 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.008 0.063 30 V 0.044 0.877 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.005 0.013 0.046 31 K 0.093 0.682 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.012 0.072 0.125 32 D 0.139 0.670 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.037 0.022 0.115 33 R 0.027 0.690 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.012 0.009 0.247 34 E 0.003 0.473 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.385 0.128 35 R 0.044 0.658 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.222 0.059 36 F 0.014 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 37 L 0.012 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.013 38 A 0.017 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.019 39 Q 0.128 0.759 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.002 0.035 40 V 0.151 0.738 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.034 0.001 0.051 41 E 0.020 0.746 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.010 0.017 0.156 42 E 0.130 0.411 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.049 0.067 0.278 43 F 0.336 0.420 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.043 0.015 0.101 44 V 0.091 0.224 0.026 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.387 0.016 0.048 0.203 45 F 0.030 0.124 0.036 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.424 0.013 0.035 0.322 46 K 0.038 0.055 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.005 0.002 0.430 0.016 0.067 0.361 47 C 0.036 0.034 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 0.001 0.017 0.011 0.004 0.006 0.188 0.013 0.082 0.582 48 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.007 0.965 49 V 0.019 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.137 0.005 0.227 0.583 50 C 0.101 0.025 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.107 0.010 0.123 0.621 51 G 0.080 0.075 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.118 0.033 0.106 0.565 52 E 0.274 0.018 0.029 0.005 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.024 0.021 0.164 0.441 53 E 0.023 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.002 0.036 0.882 54 F 0.129 0.108 0.006 0.003 0.029 0.024 0.015 0.004 0.028 0.008 0.004 0.004 0.003 0.001 0.001 0.002 0.090 0.026 0.083 0.433 55 Y 0.164 0.182 0.006 0.002 0.002 0.008 0.003 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 0.025 0.068 0.424 56 G 0.114 0.106 0.015 0.002 0.001 0.001 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.130 0.049 0.040 0.520 57 K 0.339 0.050 0.038 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.156 0.022 0.074 0.308 58 T 0.049 0.074 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.107 0.007 0.092 0.646 59 L 0.058 0.041 0.019 0.004 0.006 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.001 0.002 0.363 0.010 0.126 0.348 60 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.995 61 R 0.042 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 0.005 0.101 0.740 62 R 0.028 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.225 0.710 63 E 0.151 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.008 0.203 0.585 64 A 0.211 0.311 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.013 0.107 0.336 65 E 0.069 0.594 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.090 0.231 66 K 0.027 0.769 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.053 0.140 67 V 0.014 0.936 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.003 0.037 68 F 0.004 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.012 69 E 0.003 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.010 70 L 0.016 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.004 71 L 0.032 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.001 0.006 72 N 0.076 0.833 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.042 0.003 0.033 73 D 0.251 0.344 0.099 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.132 0.008 0.145 74 F 0.124 0.421 0.076 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.077 0.055 0.220 75 K 0.109 0.167 0.081 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.080 0.201 0.302 76 G 0.106 0.075 0.152 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.057 0.108 0.416 77 G 0.122 0.048 0.071 0.018 0.009 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 0.009 0.003 0.096 0.024 0.155 0.426 78 I 0.051 0.023 0.011 0.011 0.021 0.009 0.005 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.007 0.007 0.003 0.101 0.006 0.105 0.626 79 D 0.015 0.018 0.004 0.005 0.017 0.018 0.014 0.005 0.005 0.011 0.037 0.003 0.020 0.009 0.004 0.005 0.102 0.008 0.249 0.453 80 W 0.016 0.007 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.008 0.010 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.080 0.004 0.074 0.781 81 E 0.023 0.027 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.036 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.156 0.011 0.476 0.249 82 N 0.306 0.039 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.068 0.188 0.306 83 K 0.171 0.191 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.218 0.036 0.109 0.254 84 R 0.133 0.064 0.071 0.004 0.013 0.003 0.010 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.156 0.030 0.173 0.328 85 V 0.011 0.036 0.013 0.003 0.012 0.017 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.705 0.005 0.037 0.136 86 K 0.005 0.029 0.008 0.004 0.040 0.014 0.063 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.026 0.029 0.012 0.438 0.005 0.068 0.237 87 L 0.007 0.026 0.002 0.001 0.004 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.039 0.029 0.011 0.011 0.613 0.004 0.037 0.202 88 K 0.007 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.004 0.001 0.005 0.003 0.002 0.002 0.590 0.003 0.133 0.188 89 L 0.015 0.106 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.475 0.009 0.079 0.273 90 N 0.020 0.154 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.157 0.018 0.096 0.542 91 D 0.054 0.125 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.078 0.166 0.514 92 L 0.081 0.371 0.107 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.036 0.114 0.256 93 L 0.019 0.637 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.006 0.116 0.143 94 A 0.030 0.719 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.008 0.048 0.178 95 L 0.042 0.865 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.014 0.006 0.061 96 E 0.018 0.904 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.005 0.059 97 T 0.034 0.810 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.012 0.125 98 M 0.065 0.833 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.003 0.064 99 L 0.035 0.893 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.003 0.048 100 E 0.051 0.804 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 0.010 0.104 101 E 0.137 0.730 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.032 0.005 0.081 102 W 0.168 0.671 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.034 0.006 0.103 103 D 0.108 0.531 0.045 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.042 0.026 0.224 104 R 0.089 0.429 0.088 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.032 0.046 0.274 105 R 0.074 0.506 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.016 0.131 0.218 106 V 0.178 0.434 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.032 0.073 0.191 107 K 0.058 0.485 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.121 0.021 0.068 0.222 108 R 0.084 0.255 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.032 0.067 0.462