# TARGET T0476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0476.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.33036 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.075 0.028 0.005 0.050 0.030 0.047 0.112 0.002 0.001 0.006 0.645 2 A 0.139 0.045 0.012 0.081 0.067 0.108 0.110 0.003 0.001 0.010 0.425 3 K 0.094 0.024 0.007 0.086 0.031 0.061 0.128 0.003 0.001 0.007 0.558 4 C 0.109 0.026 0.017 0.103 0.102 0.139 0.070 0.002 0.001 0.004 0.426 5 P 0.001 0.001 0.001 0.010 0.006 0.012 0.006 0.001 0.001 0.001 0.964 6 I 0.020 0.004 0.002 0.046 0.069 0.160 0.061 0.001 0.001 0.001 0.637 7 C 0.164 0.018 0.003 0.057 0.022 0.053 0.067 0.001 0.001 0.008 0.606 8 G 0.158 0.016 0.008 0.053 0.014 0.043 0.091 0.002 0.001 0.006 0.609 9 S 0.197 0.014 0.008 0.026 0.027 0.017 0.151 0.001 0.001 0.004 0.555 10 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.995 11 L 0.035 0.019 0.003 0.033 0.032 0.114 0.242 0.001 0.001 0.003 0.518 12 K 0.083 0.030 0.001 0.005 0.003 0.006 0.288 0.001 0.001 0.005 0.578 13 W 0.065 0.197 0.004 0.010 0.005 0.011 0.080 0.001 0.001 0.001 0.628 14 E 0.021 0.256 0.004 0.006 0.004 0.014 0.131 0.001 0.001 0.002 0.560 15 E 0.032 0.334 0.001 0.004 0.001 0.002 0.210 0.001 0.001 0.001 0.415 16 L 0.024 0.871 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.002 0.001 0.001 0.085 17 I 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 18 E 0.004 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.016 19 E 0.018 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.022 20 M 0.050 0.919 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.015 21 L 0.022 0.912 0.018 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 0.027 22 I 0.043 0.807 0.018 0.002 0.001 0.002 0.007 0.031 0.001 0.001 0.088 23 I 0.140 0.686 0.021 0.005 0.002 0.004 0.006 0.036 0.001 0.001 0.101 24 E 0.071 0.652 0.029 0.005 0.003 0.005 0.024 0.020 0.001 0.001 0.189 25 N 0.083 0.317 0.025 0.005 0.002 0.004 0.163 0.012 0.001 0.003 0.387 26 F 0.152 0.308 0.020 0.008 0.003 0.007 0.040 0.007 0.001 0.003 0.454 27 E 0.046 0.292 0.007 0.007 0.003 0.007 0.089 0.003 0.001 0.002 0.545 28 E 0.105 0.277 0.005 0.007 0.002 0.003 0.180 0.004 0.001 0.002 0.414 29 I 0.153 0.703 0.006 0.003 0.002 0.003 0.019 0.006 0.001 0.001 0.104 30 V 0.047 0.839 0.007 0.004 0.004 0.008 0.012 0.009 0.001 0.001 0.071 31 K 0.040 0.750 0.006 0.003 0.003 0.007 0.015 0.016 0.001 0.001 0.158 32 D 0.115 0.617 0.006 0.003 0.003 0.005 0.026 0.017 0.001 0.001 0.207 33 R 0.084 0.576 0.010 0.003 0.002 0.003 0.035 0.010 0.001 0.001 0.275 34 E 0.025 0.448 0.021 0.002 0.002 0.006 0.142 0.005 0.001 0.003 0.345 35 R 0.055 0.521 0.010 0.003 0.001 0.002 0.177 0.003 0.001 0.003 0.225 36 F 0.038 0.853 0.003 0.001 0.001 0.001 0.022 0.003 0.001 0.001 0.079 37 L 0.019 0.915 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.053 38 A 0.017 0.863 0.004 0.001 0.001 0.002 0.006 0.007 0.001 0.001 0.098 39 Q 0.075 0.816 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 0.016 0.001 0.001 0.078 40 V 0.077 0.816 0.012 0.001 0.001 0.002 0.003 0.018 0.001 0.001 0.071 41 E 0.030 0.769 0.020 0.003 0.006 0.009 0.010 0.016 0.001 0.001 0.137 42 E 0.088 0.465 0.021 0.007 0.005 0.008 0.033 0.023 0.001 0.002 0.348 43 F 0.330 0.440 0.033 0.021 0.013 0.013 0.012 0.021 0.001 0.001 0.116 44 V 0.095 0.381 0.030 0.057 0.031 0.032 0.030 0.022 0.001 0.001 0.322 45 F 0.055 0.164 0.064 0.158 0.105 0.121 0.037 0.021 0.001 0.004 0.273 46 K 0.042 0.061 0.030 0.138 0.056 0.085 0.049 0.011 0.001 0.006 0.522 47 C 0.051 0.025 0.013 0.064 0.117 0.132 0.046 0.003 0.001 0.003 0.545 48 P 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.013 0.006 0.001 0.001 0.001 0.969 49 V 0.015 0.004 0.002 0.046 0.057 0.158 0.079 0.001 0.001 0.002 0.637 50 C 0.112 0.020 0.002 0.028 0.016 0.029 0.091 0.001 0.001 0.009 0.693 51 G 0.121 0.031 0.003 0.036 0.022 0.052 0.085 0.001 0.001 0.006 0.643 52 E 0.124 0.041 0.004 0.030 0.020 0.039 0.144 0.001 0.001 0.006 0.590 53 E 0.159 0.060 0.003 0.037 0.026 0.048 0.132 0.002 0.001 0.005 0.527 54 F 0.284 0.212 0.010 0.039 0.050 0.068 0.065 0.008 0.001 0.005 0.259 55 Y 0.120 0.279 0.011 0.049 0.063 0.108 0.056 0.009 0.001 0.003 0.303 56 G 0.107 0.090 0.018 0.068 0.064 0.132 0.064 0.011 0.001 0.005 0.442 57 K 0.190 0.085 0.027 0.062 0.072 0.093 0.105 0.009 0.001 0.007 0.351 58 T 0.053 0.016 0.007 0.031 0.020 0.038 0.076 0.003 0.001 0.003 0.753 59 L 0.159 0.022 0.038 0.050 0.063 0.080 0.101 0.003 0.001 0.005 0.479 60 P 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.014 0.001 0.001 0.001 0.975 61 R 0.013 0.003 0.001 0.016 0.013 0.047 0.064 0.001 0.001 0.001 0.843 62 R 0.044 0.017 0.001 0.011 0.005 0.013 0.139 0.001 0.001 0.004 0.765 63 E 0.095 0.058 0.002 0.004 0.003 0.006 0.242 0.001 0.001 0.003 0.586 64 A 0.115 0.282 0.005 0.004 0.004 0.010 0.135 0.002 0.001 0.003 0.441 65 E 0.043 0.524 0.005 0.002 0.005 0.009 0.088 0.002 0.001 0.002 0.320 66 K 0.020 0.723 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.001 0.001 0.001 0.199 67 V 0.018 0.882 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.002 0.001 0.001 0.084 68 F 0.005 0.968 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.014 69 E 0.003 0.979 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.008 70 L 0.011 0.962 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 0.011 71 L 0.026 0.936 0.004 0.001 0.002 0.004 0.001 0.017 0.001 0.001 0.008 72 N 0.135 0.637 0.015 0.005 0.012 0.020 0.007 0.091 0.001 0.001 0.076 73 D 0.292 0.281 0.102 0.017 0.013 0.019 0.024 0.085 0.001 0.003 0.165 74 F 0.134 0.207 0.123 0.042 0.017 0.018 0.098 0.031 0.001 0.006 0.325 75 K 0.086 0.099 0.054 0.042 0.026 0.036 0.304 0.010 0.001 0.016 0.325 76 G 0.149 0.055 0.039 0.054 0.041 0.052 0.168 0.007 0.001 0.044 0.391 77 G 0.311 0.030 0.039 0.053 0.035 0.051 0.073 0.005 0.001 0.015 0.388 78 I 0.076 0.037 0.011 0.107 0.069 0.090 0.108 0.005 0.001 0.005 0.492 79 D 0.027 0.015 0.004 0.113 0.135 0.163 0.153 0.003 0.001 0.005 0.382 80 W 0.021 0.025 0.004 0.082 0.046 0.078 0.104 0.001 0.001 0.007 0.632 81 E 0.008 0.012 0.002 0.020 0.021 0.051 0.647 0.001 0.001 0.023 0.215 82 N 0.301 0.012 0.006 0.012 0.017 0.021 0.318 0.001 0.001 0.096 0.216 83 K 0.386 0.096 0.033 0.018 0.044 0.047 0.138 0.003 0.001 0.027 0.209 84 R 0.053 0.069 0.014 0.043 0.043 0.050 0.304 0.002 0.001 0.004 0.418 85 V 0.039 0.069 0.009 0.092 0.242 0.252 0.077 0.002 0.001 0.003 0.216 86 K 0.008 0.042 0.002 0.060 0.280 0.325 0.061 0.001 0.001 0.001 0.221 87 L 0.008 0.058 0.004 0.109 0.195 0.268 0.060 0.001 0.001 0.001 0.296 88 K 0.009 0.085 0.004 0.092 0.143 0.291 0.089 0.001 0.001 0.001 0.284 89 L 0.019 0.249 0.004 0.053 0.088 0.205 0.067 0.002 0.001 0.003 0.310 90 N 0.034 0.291 0.004 0.039 0.028 0.099 0.111 0.002 0.001 0.006 0.386 91 D 0.137 0.394 0.006 0.012 0.007 0.015 0.158 0.004 0.001 0.005 0.262 92 L 0.087 0.713 0.007 0.005 0.003 0.006 0.042 0.004 0.001 0.001 0.132 93 L 0.024 0.799 0.006 0.004 0.005 0.009 0.025 0.004 0.001 0.001 0.125 94 A 0.022 0.855 0.004 0.003 0.002 0.005 0.017 0.005 0.001 0.001 0.086 95 L 0.021 0.907 0.004 0.002 0.002 0.004 0.006 0.008 0.001 0.001 0.047 96 E 0.015 0.924 0.005 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.044 97 T 0.017 0.852 0.003 0.001 0.001 0.001 0.014 0.005 0.001 0.001 0.109 98 M 0.068 0.789 0.003 0.001 0.001 0.001 0.012 0.007 0.001 0.001 0.119 99 L 0.034 0.874 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.001 0.001 0.071 100 E 0.021 0.868 0.008 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.001 0.001 0.087 101 E 0.027 0.900 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.001 0.001 0.053 102 W 0.021 0.923 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.042 103 D 0.017 0.902 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 0.001 0.001 0.058 104 R 0.024 0.865 0.008 0.001 0.001 0.001 0.007 0.012 0.001 0.001 0.080 105 R 0.046 0.834 0.007 0.001 0.001 0.001 0.016 0.014 0.001 0.001 0.077 106 V 0.062 0.795 0.021 0.002 0.003 0.004 0.011 0.015 0.001 0.001 0.086 107 K 0.045 0.698 0.028 0.007 0.012 0.019 0.026 0.019 0.001 0.002 0.145 108 R 0.120 0.370 0.019 0.011 0.011 0.018 0.035 0.023 0.001 0.003 0.389