# TARGET T0476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0476.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.33036 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.078 0.058 0.027 0.027 0.039 0.059 0.015 0.696 2 A 0.109 0.071 0.063 0.060 0.076 0.078 0.017 0.526 3 K 0.118 0.052 0.056 0.040 0.069 0.149 0.022 0.494 4 C 0.167 0.047 0.128 0.108 0.128 0.066 0.011 0.343 5 P 0.002 0.001 0.005 0.003 0.007 0.003 0.001 0.978 6 I 0.018 0.008 0.050 0.052 0.092 0.059 0.003 0.718 7 C 0.128 0.011 0.069 0.065 0.097 0.071 0.008 0.551 8 G 0.088 0.021 0.062 0.042 0.081 0.067 0.009 0.631 9 S 0.079 0.016 0.093 0.062 0.083 0.184 0.005 0.478 10 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 11 L 0.046 0.024 0.023 0.043 0.084 0.217 0.004 0.559 12 K 0.125 0.047 0.009 0.005 0.009 0.248 0.003 0.555 13 W 0.054 0.189 0.007 0.004 0.015 0.085 0.003 0.644 14 E 0.026 0.391 0.007 0.002 0.007 0.175 0.003 0.389 15 E 0.021 0.524 0.002 0.001 0.001 0.175 0.002 0.273 16 L 0.006 0.969 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.019 17 I 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 18 E 0.007 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 19 E 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 20 M 0.031 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.011 21 L 0.009 0.966 0.011 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 22 I 0.036 0.871 0.036 0.002 0.002 0.005 0.015 0.034 23 I 0.088 0.822 0.018 0.004 0.003 0.002 0.013 0.050 24 E 0.043 0.743 0.017 0.004 0.003 0.027 0.019 0.144 25 N 0.094 0.471 0.017 0.004 0.004 0.069 0.031 0.310 26 F 0.096 0.513 0.067 0.006 0.011 0.031 0.021 0.255 27 E 0.031 0.360 0.025 0.014 0.010 0.172 0.010 0.379 28 E 0.055 0.350 0.010 0.007 0.008 0.152 0.008 0.410 29 I 0.062 0.829 0.024 0.002 0.005 0.010 0.004 0.063 30 V 0.019 0.899 0.022 0.006 0.011 0.004 0.003 0.036 31 K 0.038 0.785 0.008 0.004 0.007 0.016 0.007 0.135 32 D 0.076 0.696 0.004 0.002 0.005 0.024 0.016 0.179 33 R 0.068 0.705 0.009 0.001 0.002 0.020 0.017 0.177 34 E 0.014 0.386 0.007 0.001 0.001 0.226 0.008 0.357 35 R 0.033 0.373 0.003 0.001 0.001 0.408 0.006 0.175 36 F 0.034 0.941 0.006 0.001 0.001 0.004 0.002 0.013 37 L 0.011 0.968 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 38 A 0.008 0.961 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.023 39 Q 0.051 0.872 0.001 0.001 0.001 0.007 0.018 0.051 40 V 0.066 0.888 0.008 0.001 0.002 0.001 0.015 0.019 41 E 0.023 0.843 0.039 0.008 0.004 0.008 0.014 0.060 42 E 0.060 0.550 0.017 0.007 0.005 0.024 0.034 0.303 43 F 0.290 0.486 0.052 0.010 0.011 0.007 0.056 0.088 44 V 0.157 0.351 0.164 0.049 0.034 0.022 0.040 0.182 45 F 0.030 0.101 0.339 0.163 0.099 0.031 0.006 0.231 46 K 0.036 0.060 0.150 0.074 0.125 0.037 0.008 0.509 47 C 0.054 0.042 0.151 0.134 0.202 0.062 0.005 0.349 48 P 0.001 0.001 0.006 0.003 0.010 0.004 0.001 0.974 49 V 0.025 0.009 0.030 0.034 0.079 0.081 0.004 0.739 50 C 0.112 0.021 0.031 0.034 0.063 0.082 0.009 0.648 51 G 0.115 0.048 0.029 0.036 0.088 0.076 0.011 0.597 52 E 0.071 0.053 0.041 0.049 0.075 0.120 0.007 0.585 53 E 0.061 0.078 0.019 0.024 0.048 0.085 0.009 0.676 54 F 0.150 0.242 0.033 0.059 0.116 0.038 0.014 0.347 55 Y 0.077 0.373 0.066 0.064 0.111 0.041 0.014 0.254 56 G 0.120 0.171 0.037 0.054 0.086 0.042 0.034 0.456 57 K 0.228 0.115 0.061 0.108 0.104 0.059 0.023 0.303 58 T 0.050 0.058 0.038 0.037 0.064 0.061 0.013 0.679 59 L 0.088 0.049 0.088 0.127 0.169 0.100 0.011 0.370 60 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 61 R 0.016 0.010 0.009 0.025 0.055 0.072 0.002 0.811 62 R 0.092 0.055 0.017 0.012 0.025 0.140 0.005 0.653 63 E 0.129 0.133 0.006 0.007 0.016 0.203 0.008 0.497 64 A 0.095 0.439 0.011 0.006 0.019 0.061 0.009 0.361 65 E 0.049 0.568 0.011 0.010 0.017 0.069 0.008 0.267 66 K 0.042 0.588 0.012 0.011 0.014 0.045 0.006 0.282 67 V 0.010 0.856 0.025 0.005 0.009 0.010 0.002 0.083 68 F 0.007 0.899 0.010 0.014 0.022 0.007 0.002 0.040 69 E 0.010 0.929 0.007 0.009 0.013 0.003 0.002 0.026 70 L 0.020 0.934 0.004 0.003 0.007 0.002 0.007 0.023 71 L 0.038 0.916 0.005 0.004 0.010 0.001 0.014 0.012 72 N 0.064 0.713 0.011 0.015 0.015 0.013 0.045 0.123 73 D 0.175 0.243 0.034 0.017 0.016 0.038 0.133 0.343 74 F 0.434 0.082 0.075 0.023 0.020 0.048 0.098 0.219 75 K 0.107 0.051 0.072 0.062 0.028 0.233 0.028 0.419 76 G 0.050 0.032 0.083 0.051 0.065 0.114 0.012 0.594 77 G 0.184 0.020 0.102 0.066 0.086 0.101 0.016 0.426 78 I 0.050 0.012 0.132 0.189 0.137 0.072 0.003 0.406 79 D 0.009 0.007 0.054 0.153 0.149 0.112 0.002 0.514 80 W 0.006 0.006 0.024 0.059 0.089 0.050 0.001 0.764 81 E 0.013 0.010 0.011 0.018 0.038 0.709 0.004 0.198 82 N 0.099 0.014 0.003 0.006 0.008 0.760 0.015 0.095 83 K 0.548 0.107 0.016 0.033 0.034 0.043 0.085 0.134 84 R 0.109 0.072 0.047 0.037 0.044 0.217 0.021 0.453 85 V 0.017 0.026 0.042 0.318 0.332 0.028 0.002 0.234 86 K 0.011 0.048 0.044 0.155 0.562 0.033 0.002 0.144 87 L 0.022 0.024 0.021 0.359 0.348 0.019 0.001 0.206 88 K 0.012 0.134 0.091 0.128 0.315 0.066 0.004 0.252 89 L 0.037 0.158 0.061 0.159 0.288 0.045 0.006 0.247 90 N 0.023 0.239 0.053 0.079 0.178 0.087 0.009 0.331 91 D 0.077 0.159 0.017 0.010 0.024 0.128 0.013 0.572 92 L 0.087 0.466 0.029 0.010 0.026 0.077 0.016 0.288 93 L 0.039 0.512 0.011 0.010 0.016 0.164 0.007 0.241 94 A 0.047 0.726 0.017 0.004 0.008 0.063 0.005 0.129 95 L 0.035 0.876 0.018 0.002 0.005 0.010 0.004 0.050 96 E 0.020 0.867 0.009 0.002 0.003 0.014 0.004 0.080 97 T 0.014 0.879 0.004 0.001 0.001 0.015 0.005 0.082 98 M 0.043 0.889 0.005 0.001 0.001 0.009 0.010 0.043 99 L 0.034 0.912 0.006 0.001 0.001 0.005 0.007 0.034 100 E 0.043 0.876 0.006 0.001 0.001 0.015 0.012 0.046 101 E 0.090 0.780 0.006 0.001 0.001 0.009 0.023 0.091 102 W 0.068 0.789 0.017 0.001 0.001 0.012 0.019 0.093 103 D 0.041 0.715 0.020 0.007 0.005 0.023 0.017 0.172 104 R 0.055 0.637 0.035 0.010 0.009 0.029 0.012 0.212 105 R 0.086 0.580 0.017 0.008 0.007 0.080 0.019 0.202 106 V 0.087 0.732 0.023 0.011 0.014 0.015 0.011 0.107 107 K 0.034 0.738 0.049 0.017 0.022 0.017 0.009 0.114 108 R 0.074 0.384 0.033 0.026 0.036 0.025 0.019 0.404