# TARGET T0476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0476.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.33036 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.248 0.237 0.188 0.134 0.063 0.022 0.058 0.011 0.032 0.005 0.002 2 A 0.237 0.239 0.319 0.064 0.061 0.023 0.025 0.006 0.015 0.006 0.004 3 K 0.251 0.238 0.204 0.208 0.029 0.027 0.017 0.003 0.018 0.001 0.004 4 C 0.009 0.251 0.333 0.004 0.056 0.016 0.005 0.001 0.324 0.002 0.001 5 P 0.311 0.003 0.575 0.010 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 0.004 0.082 6 I 0.253 0.263 0.198 0.204 0.024 0.016 0.010 0.002 0.029 0.001 0.001 7 C 0.089 0.188 0.311 0.215 0.044 0.028 0.077 0.004 0.036 0.004 0.004 8 G 0.036 0.021 0.117 0.039 0.078 0.026 0.089 0.381 0.008 0.197 0.006 9 S 0.037 0.219 0.510 0.016 0.097 0.023 0.007 0.002 0.073 0.015 0.001 10 P 0.434 0.010 0.477 0.024 0.004 0.026 0.002 0.001 0.002 0.002 0.021 11 L 0.609 0.114 0.111 0.121 0.019 0.013 0.006 0.002 0.005 0.001 0.001 12 K 0.505 0.093 0.247 0.032 0.030 0.053 0.008 0.001 0.028 0.003 0.001 13 W 0.968 0.002 0.016 0.009 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 E 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 E 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 M 0.985 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 L 0.983 0.004 0.003 0.006 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 22 I 0.950 0.016 0.012 0.012 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 23 I 0.904 0.023 0.023 0.034 0.002 0.008 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 24 E 0.812 0.014 0.040 0.114 0.004 0.005 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 25 N 0.427 0.019 0.047 0.304 0.042 0.031 0.078 0.022 0.018 0.011 0.001 26 F 0.878 0.008 0.042 0.057 0.003 0.004 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 27 E 0.938 0.018 0.021 0.016 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.905 0.026 0.017 0.040 0.005 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 29 I 0.849 0.033 0.042 0.061 0.002 0.009 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 30 V 0.786 0.062 0.062 0.050 0.004 0.016 0.012 0.001 0.007 0.001 0.001 31 K 0.809 0.027 0.059 0.064 0.016 0.006 0.010 0.002 0.004 0.003 0.001 32 D 0.442 0.028 0.153 0.203 0.031 0.084 0.017 0.008 0.026 0.007 0.001 33 R 0.934 0.003 0.019 0.039 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 E 0.984 0.004 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 R 0.966 0.005 0.003 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 F 0.948 0.005 0.010 0.031 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 L 0.986 0.002 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 A 0.980 0.004 0.004 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 39 Q 0.901 0.010 0.019 0.057 0.003 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 40 V 0.938 0.007 0.020 0.030 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 41 E 0.953 0.012 0.016 0.013 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 42 E 0.852 0.032 0.015 0.080 0.010 0.003 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 43 F 0.537 0.123 0.131 0.132 0.039 0.017 0.008 0.002 0.011 0.001 0.001 44 V 0.310 0.404 0.142 0.066 0.017 0.025 0.011 0.001 0.023 0.001 0.001 45 F 0.164 0.440 0.203 0.063 0.031 0.056 0.023 0.001 0.019 0.001 0.001 46 K 0.199 0.305 0.236 0.122 0.031 0.059 0.015 0.002 0.026 0.001 0.002 47 C 0.014 0.190 0.364 0.004 0.034 0.035 0.009 0.001 0.347 0.002 0.001 48 P 0.424 0.002 0.500 0.016 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.006 0.038 49 V 0.388 0.186 0.168 0.173 0.027 0.016 0.012 0.005 0.022 0.001 0.001 50 C 0.181 0.145 0.293 0.223 0.034 0.030 0.057 0.003 0.030 0.002 0.002 51 G 0.163 0.032 0.109 0.031 0.134 0.020 0.050 0.264 0.008 0.187 0.002 52 E 0.478 0.216 0.192 0.056 0.009 0.033 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 53 E 0.527 0.241 0.125 0.060 0.017 0.012 0.005 0.001 0.011 0.001 0.001 54 F 0.480 0.194 0.127 0.081 0.051 0.026 0.009 0.002 0.026 0.002 0.001 55 Y 0.288 0.169 0.183 0.260 0.026 0.016 0.028 0.001 0.026 0.001 0.002 56 G 0.112 0.020 0.071 0.035 0.121 0.011 0.064 0.323 0.007 0.234 0.003 57 K 0.384 0.169 0.186 0.157 0.042 0.017 0.022 0.005 0.012 0.003 0.003 58 T 0.151 0.169 0.226 0.324 0.031 0.049 0.030 0.005 0.012 0.001 0.003 59 L 0.036 0.338 0.366 0.008 0.050 0.020 0.009 0.001 0.170 0.003 0.001 60 P 0.127 0.005 0.787 0.008 0.003 0.042 0.001 0.001 0.003 0.005 0.018 61 R 0.772 0.017 0.123 0.060 0.005 0.010 0.003 0.003 0.003 0.002 0.001 62 R 0.872 0.020 0.058 0.034 0.002 0.006 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 63 E 0.887 0.019 0.022 0.059 0.005 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 64 A 0.977 0.002 0.006 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 E 0.994 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 K 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 F 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 E 0.997 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 L 0.989 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 L 0.591 0.003 0.008 0.391 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 72 N 0.555 0.005 0.018 0.282 0.016 0.009 0.071 0.027 0.005 0.011 0.001 73 D 0.460 0.013 0.031 0.427 0.008 0.011 0.038 0.005 0.005 0.002 0.001 74 F 0.451 0.042 0.102 0.331 0.013 0.012 0.027 0.006 0.012 0.002 0.001 75 K 0.323 0.098 0.151 0.223 0.014 0.012 0.140 0.006 0.027 0.003 0.003 76 G 0.061 0.020 0.107 0.053 0.147 0.009 0.134 0.279 0.006 0.181 0.002 77 G 0.175 0.089 0.255 0.072 0.133 0.029 0.061 0.130 0.008 0.041 0.007 78 I 0.073 0.622 0.203 0.025 0.035 0.018 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 79 D 0.073 0.215 0.432 0.021 0.033 0.169 0.013 0.002 0.035 0.004 0.005 80 W 0.490 0.154 0.168 0.079 0.058 0.019 0.003 0.002 0.020 0.005 0.002 81 E 0.633 0.080 0.064 0.185 0.008 0.008 0.012 0.001 0.006 0.001 0.001 82 N 0.114 0.030 0.025 0.526 0.070 0.015 0.182 0.028 0.007 0.002 0.001 83 K 0.150 0.223 0.318 0.132 0.066 0.018 0.069 0.004 0.020 0.001 0.001 84 R 0.107 0.283 0.369 0.104 0.017 0.054 0.049 0.002 0.015 0.001 0.001 85 V 0.019 0.757 0.156 0.010 0.024 0.018 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 86 K 0.060 0.527 0.267 0.010 0.014 0.101 0.008 0.001 0.011 0.001 0.001 87 L 0.032 0.636 0.187 0.007 0.053 0.071 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 88 K 0.050 0.228 0.291 0.005 0.032 0.354 0.007 0.001 0.031 0.002 0.001 89 L 0.344 0.113 0.323 0.064 0.019 0.104 0.004 0.001 0.023 0.002 0.001 90 N 0.695 0.028 0.061 0.130 0.025 0.023 0.009 0.007 0.011 0.012 0.001 91 D 0.745 0.015 0.020 0.179 0.024 0.006 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 92 L 0.928 0.019 0.017 0.026 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 93 L 0.930 0.033 0.017 0.009 0.002 0.004 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 94 A 0.870 0.038 0.047 0.010 0.007 0.020 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 95 L 0.972 0.005 0.007 0.011 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 E 0.988 0.003 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 T 0.956 0.003 0.002 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 M 0.930 0.006 0.016 0.041 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 99 L 0.962 0.004 0.009 0.019 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 E 0.969 0.007 0.008 0.010 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 101 E 0.885 0.012 0.011 0.078 0.003 0.005 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 102 W 0.786 0.023 0.038 0.126 0.008 0.006 0.006 0.001 0.007 0.001 0.001 103 D 0.767 0.029 0.070 0.075 0.008 0.016 0.021 0.004 0.009 0.002 0.001 104 R 0.889 0.012 0.018 0.067 0.004 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 105 R 0.636 0.033 0.044 0.250 0.006 0.014 0.011 0.001 0.004 0.001 0.001 106 V 0.445 0.206 0.156 0.115 0.010 0.023 0.021 0.001 0.024 0.001 0.001 107 K 0.435 0.144 0.217 0.111 0.019 0.023 0.032 0.003 0.012 0.003 0.001 108 R 0.216 0.218 0.233 0.130 0.069 0.043 0.040 0.011 0.030 0.007 0.001