# TARGET T0476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0476.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.33036 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.111 0.079 0.036 0.018 0.122 0.024 0.034 0.202 0.149 0.160 0.065 2 A 0.081 0.179 0.034 0.014 0.222 0.023 0.064 0.223 0.098 0.042 0.021 3 K 0.134 0.071 0.036 0.025 0.142 0.031 0.081 0.152 0.079 0.191 0.058 4 C 0.088 0.309 0.129 0.017 0.329 0.007 0.008 0.036 0.021 0.019 0.037 5 P 0.159 0.143 0.037 0.010 0.238 0.015 0.049 0.184 0.086 0.038 0.042 6 I 0.129 0.080 0.049 0.033 0.131 0.058 0.099 0.135 0.074 0.135 0.078 7 C 0.048 0.276 0.120 0.107 0.142 0.053 0.069 0.049 0.029 0.070 0.036 8 G 0.034 0.036 0.070 0.261 0.031 0.060 0.044 0.062 0.061 0.268 0.074 9 S 0.027 0.369 0.353 0.029 0.103 0.010 0.013 0.026 0.020 0.029 0.020 10 P 0.113 0.130 0.023 0.006 0.166 0.007 0.018 0.195 0.177 0.101 0.064 11 L 0.031 0.154 0.087 0.019 0.108 0.057 0.089 0.276 0.102 0.049 0.027 12 K 0.130 0.374 0.093 0.002 0.193 0.003 0.005 0.100 0.016 0.043 0.041 13 W 0.008 0.009 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 0.690 0.259 0.018 0.004 14 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.924 0.069 0.001 0.001 15 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.975 0.020 0.002 0.001 16 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.017 0.002 0.001 17 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.938 0.059 0.001 0.001 18 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.966 0.030 0.001 0.001 19 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.964 0.020 0.005 0.001 20 M 0.004 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.923 0.050 0.007 0.001 21 L 0.002 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.009 0.882 0.089 0.004 0.001 22 I 0.013 0.008 0.004 0.001 0.010 0.002 0.037 0.818 0.066 0.038 0.004 23 I 0.026 0.035 0.010 0.004 0.040 0.006 0.060 0.668 0.100 0.039 0.013 24 E 0.007 0.027 0.024 0.011 0.016 0.035 0.138 0.571 0.111 0.050 0.010 25 N 0.047 0.103 0.037 0.004 0.052 0.005 0.017 0.389 0.074 0.240 0.031 26 F 0.005 0.009 0.003 0.001 0.007 0.001 0.002 0.623 0.315 0.030 0.005 27 E 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.004 0.005 0.860 0.116 0.004 0.001 28 E 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.864 0.093 0.018 0.001 29 I 0.005 0.003 0.002 0.001 0.006 0.002 0.011 0.854 0.082 0.033 0.002 30 V 0.008 0.010 0.003 0.002 0.010 0.005 0.022 0.781 0.126 0.026 0.006 31 K 0.009 0.035 0.024 0.010 0.016 0.023 0.137 0.532 0.097 0.108 0.008 32 D 0.108 0.252 0.086 0.004 0.202 0.003 0.009 0.207 0.020 0.090 0.020 33 R 0.003 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.636 0.324 0.019 0.003 34 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.920 0.071 0.002 0.001 35 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.950 0.035 0.008 0.001 36 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.898 0.068 0.026 0.001 37 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.874 0.112 0.004 0.001 38 A 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.033 0.903 0.048 0.006 0.001 39 Q 0.015 0.006 0.004 0.001 0.006 0.002 0.031 0.823 0.052 0.057 0.003 40 V 0.029 0.018 0.003 0.001 0.033 0.003 0.007 0.648 0.218 0.030 0.009 41 E 0.005 0.009 0.004 0.005 0.009 0.013 0.031 0.752 0.162 0.008 0.002 42 E 0.042 0.014 0.007 0.006 0.043 0.008 0.124 0.516 0.113 0.111 0.015 43 F 0.186 0.154 0.016 0.006 0.350 0.006 0.048 0.154 0.029 0.030 0.020 44 V 0.240 0.091 0.016 0.008 0.316 0.017 0.042 0.125 0.035 0.039 0.071 45 F 0.222 0.135 0.023 0.006 0.444 0.007 0.016 0.066 0.024 0.015 0.041 46 K 0.143 0.106 0.044 0.037 0.197 0.042 0.088 0.134 0.060 0.094 0.055 47 C 0.090 0.254 0.224 0.015 0.310 0.006 0.008 0.026 0.015 0.012 0.041 48 P 0.165 0.127 0.026 0.009 0.207 0.015 0.063 0.200 0.097 0.045 0.046 49 V 0.083 0.064 0.067 0.068 0.083 0.086 0.122 0.172 0.069 0.126 0.061 50 C 0.019 0.205 0.147 0.240 0.044 0.091 0.076 0.075 0.031 0.052 0.020 51 G 0.031 0.034 0.063 0.154 0.026 0.047 0.019 0.113 0.072 0.340 0.102 52 E 0.056 0.266 0.049 0.012 0.238 0.016 0.020 0.184 0.099 0.040 0.020 53 E 0.205 0.099 0.030 0.008 0.252 0.011 0.048 0.199 0.056 0.046 0.047 54 F 0.230 0.066 0.041 0.035 0.163 0.032 0.074 0.148 0.046 0.093 0.073 55 Y 0.060 0.187 0.107 0.140 0.109 0.104 0.073 0.082 0.038 0.065 0.034 56 G 0.064 0.058 0.062 0.170 0.061 0.085 0.035 0.113 0.083 0.194 0.074 57 K 0.081 0.184 0.052 0.020 0.231 0.024 0.049 0.149 0.103 0.081 0.027 58 T 0.174 0.128 0.048 0.012 0.191 0.014 0.046 0.082 0.052 0.156 0.098 59 L 0.038 0.403 0.343 0.012 0.119 0.005 0.007 0.015 0.007 0.011 0.040 60 P 0.035 0.542 0.242 0.016 0.070 0.006 0.008 0.035 0.015 0.015 0.017 61 R 0.036 0.128 0.034 0.006 0.077 0.012 0.041 0.421 0.196 0.033 0.016 62 R 0.009 0.040 0.024 0.005 0.018 0.012 0.028 0.636 0.187 0.034 0.006 63 E 0.012 0.017 0.009 0.003 0.011 0.004 0.025 0.688 0.131 0.090 0.010 64 A 0.013 0.030 0.010 0.003 0.025 0.006 0.006 0.693 0.152 0.050 0.010 65 E 0.006 0.007 0.003 0.002 0.007 0.004 0.009 0.887 0.065 0.007 0.003 66 K 0.006 0.013 0.005 0.001 0.010 0.002 0.010 0.883 0.056 0.013 0.002 67 V 0.018 0.003 0.001 0.001 0.011 0.001 0.005 0.912 0.038 0.009 0.002 68 F 0.008 0.008 0.003 0.002 0.018 0.003 0.007 0.879 0.067 0.003 0.002 69 E 0.010 0.011 0.004 0.002 0.013 0.001 0.028 0.883 0.040 0.004 0.003 70 L 0.026 0.005 0.001 0.002 0.009 0.001 0.024 0.856 0.047 0.026 0.003 71 L 0.016 0.043 0.013 0.008 0.038 0.012 0.032 0.667 0.138 0.025 0.009 72 N 0.013 0.024 0.011 0.006 0.031 0.010 0.030 0.680 0.147 0.035 0.013 73 D 0.027 0.031 0.028 0.005 0.041 0.007 0.068 0.590 0.119 0.069 0.015 74 F 0.066 0.102 0.048 0.022 0.090 0.031 0.093 0.324 0.097 0.086 0.041 75 K 0.039 0.187 0.076 0.079 0.058 0.073 0.106 0.175 0.083 0.085 0.037 76 G 0.026 0.080 0.092 0.150 0.053 0.062 0.043 0.102 0.061 0.249 0.081 77 G 0.194 0.156 0.095 0.028 0.225 0.009 0.014 0.075 0.041 0.102 0.061 78 I 0.078 0.273 0.090 0.016 0.236 0.035 0.051 0.094 0.049 0.040 0.039 79 D 0.182 0.198 0.077 0.003 0.453 0.003 0.003 0.022 0.007 0.006 0.045 80 W 0.043 0.023 0.008 0.003 0.041 0.007 0.009 0.318 0.481 0.051 0.015 81 E 0.011 0.039 0.034 0.014 0.020 0.043 0.197 0.424 0.169 0.045 0.006 82 N 0.184 0.063 0.026 0.014 0.093 0.014 0.024 0.156 0.070 0.258 0.098 83 K 0.052 0.313 0.037 0.024 0.199 0.041 0.052 0.164 0.058 0.034 0.028 84 R 0.306 0.065 0.013 0.007 0.329 0.011 0.015 0.094 0.035 0.051 0.074 85 V 0.169 0.166 0.007 0.002 0.585 0.004 0.005 0.034 0.008 0.004 0.014 86 K 0.230 0.085 0.019 0.002 0.572 0.004 0.008 0.041 0.005 0.003 0.031 87 L 0.303 0.109 0.011 0.003 0.386 0.003 0.011 0.111 0.014 0.009 0.038 88 K 0.162 0.188 0.034 0.009 0.222 0.009 0.041 0.246 0.024 0.017 0.049 89 L 0.052 0.048 0.015 0.006 0.061 0.010 0.014 0.619 0.110 0.034 0.032 90 N 0.009 0.017 0.009 0.008 0.014 0.012 0.013 0.784 0.110 0.016 0.007 91 D 0.005 0.018 0.010 0.003 0.010 0.004 0.013 0.786 0.113 0.033 0.004 92 L 0.008 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.935 0.032 0.006 0.002 93 L 0.002 0.007 0.002 0.001 0.005 0.001 0.006 0.933 0.041 0.002 0.001 94 A 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.954 0.026 0.005 0.001 95 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.910 0.068 0.016 0.001 96 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.923 0.067 0.002 0.001 97 T 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.929 0.047 0.007 0.001 98 M 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.007 0.888 0.069 0.025 0.001 99 L 0.003 0.005 0.001 0.001 0.005 0.002 0.005 0.832 0.133 0.011 0.003 100 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.868 0.094 0.007 0.001 101 E 0.005 0.006 0.004 0.001 0.005 0.001 0.047 0.828 0.054 0.048 0.002 102 W 0.020 0.042 0.012 0.003 0.030 0.006 0.025 0.618 0.149 0.087 0.011 103 D 0.036 0.029 0.008 0.004 0.048 0.008 0.017 0.665 0.146 0.026 0.013 104 R 0.005 0.010 0.005 0.002 0.010 0.006 0.033 0.714 0.184 0.027 0.003 105 R 0.028 0.024 0.012 0.004 0.027 0.007 0.102 0.612 0.086 0.086 0.012 106 V 0.093 0.099 0.022 0.009 0.117 0.012 0.024 0.380 0.103 0.095 0.046 107 K 0.045 0.071 0.032 0.025 0.064 0.036 0.073 0.452 0.118 0.056 0.029 108 R 0.062 0.085 0.046 0.017 0.094 0.021 0.060 0.344 0.104 0.127 0.040