# TARGET T0476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0476.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.33036 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.709 0.163 0.091 0.024 0.009 0.003 0.001 2 A 0.322 0.215 0.183 0.178 0.075 0.025 0.003 3 K 0.527 0.244 0.154 0.053 0.016 0.007 0.001 4 C 0.211 0.199 0.173 0.205 0.143 0.064 0.006 5 P 0.261 0.251 0.201 0.157 0.087 0.038 0.004 6 I 0.178 0.157 0.175 0.202 0.181 0.096 0.012 7 C 0.218 0.186 0.195 0.209 0.132 0.055 0.005 8 G 0.327 0.257 0.199 0.133 0.059 0.022 0.002 9 S 0.477 0.269 0.151 0.069 0.025 0.008 0.001 10 P 0.410 0.331 0.154 0.072 0.025 0.008 0.001 11 L 0.168 0.151 0.197 0.289 0.157 0.035 0.002 12 K 0.366 0.389 0.170 0.060 0.012 0.003 0.001 13 W 0.085 0.127 0.180 0.299 0.236 0.070 0.002 14 E 0.311 0.365 0.189 0.107 0.023 0.005 0.001 15 E 0.287 0.444 0.152 0.083 0.026 0.007 0.001 16 L 0.052 0.080 0.208 0.337 0.244 0.076 0.003 17 I 0.042 0.087 0.155 0.307 0.264 0.133 0.012 18 E 0.332 0.341 0.217 0.082 0.021 0.005 0.001 19 E 0.216 0.299 0.235 0.153 0.073 0.022 0.002 20 M 0.112 0.142 0.180 0.225 0.207 0.124 0.010 21 L 0.113 0.141 0.185 0.259 0.195 0.097 0.010 22 I 0.301 0.270 0.236 0.113 0.059 0.019 0.001 23 I 0.227 0.224 0.212 0.214 0.095 0.027 0.002 24 E 0.635 0.233 0.093 0.028 0.008 0.003 0.001 25 N 0.489 0.260 0.150 0.065 0.028 0.007 0.001 26 F 0.256 0.204 0.207 0.204 0.101 0.027 0.001 27 E 0.603 0.244 0.107 0.038 0.006 0.001 0.001 28 E 0.417 0.361 0.158 0.048 0.014 0.002 0.001 29 I 0.069 0.091 0.193 0.312 0.252 0.080 0.001 30 V 0.099 0.196 0.271 0.261 0.148 0.025 0.001 31 K 0.502 0.377 0.084 0.031 0.005 0.001 0.001 32 D 0.400 0.265 0.187 0.098 0.045 0.006 0.001 33 R 0.315 0.282 0.234 0.129 0.032 0.008 0.001 34 E 0.648 0.229 0.095 0.024 0.004 0.001 0.001 35 R 0.449 0.374 0.129 0.038 0.009 0.001 0.001 36 F 0.074 0.113 0.219 0.285 0.256 0.053 0.001 37 L 0.104 0.185 0.288 0.284 0.119 0.021 0.001 38 A 0.685 0.231 0.066 0.015 0.002 0.001 0.001 39 Q 0.476 0.343 0.133 0.035 0.012 0.002 0.001 40 V 0.092 0.123 0.215 0.348 0.175 0.045 0.001 41 E 0.545 0.282 0.132 0.033 0.006 0.001 0.001 42 E 0.435 0.394 0.111 0.046 0.011 0.002 0.001 43 F 0.063 0.109 0.186 0.304 0.263 0.073 0.002 44 V 0.106 0.192 0.240 0.237 0.153 0.066 0.006 45 F 0.108 0.121 0.168 0.238 0.223 0.126 0.016 46 K 0.264 0.289 0.224 0.144 0.056 0.019 0.003 47 C 0.158 0.154 0.154 0.210 0.190 0.116 0.017 48 P 0.359 0.231 0.183 0.120 0.063 0.036 0.007 49 V 0.336 0.227 0.174 0.130 0.078 0.044 0.010 50 C 0.263 0.187 0.166 0.178 0.123 0.068 0.015 51 G 0.389 0.214 0.162 0.112 0.068 0.046 0.010 52 E 0.402 0.209 0.157 0.120 0.066 0.039 0.008 53 E 0.357 0.226 0.181 0.121 0.072 0.036 0.006 54 F 0.256 0.148 0.147 0.167 0.160 0.103 0.019 55 Y 0.324 0.192 0.160 0.164 0.100 0.051 0.009 56 G 0.461 0.226 0.152 0.094 0.046 0.018 0.003 57 K 0.543 0.232 0.128 0.066 0.022 0.008 0.001 58 T 0.503 0.223 0.148 0.074 0.036 0.014 0.001 59 L 0.265 0.163 0.193 0.207 0.122 0.047 0.003 60 P 0.469 0.280 0.152 0.066 0.025 0.007 0.001 61 R 0.453 0.269 0.152 0.088 0.031 0.006 0.001 62 R 0.663 0.234 0.067 0.027 0.007 0.002 0.001 63 E 0.317 0.280 0.177 0.140 0.067 0.018 0.001 64 A 0.203 0.202 0.228 0.207 0.112 0.044 0.003 65 E 0.169 0.243 0.242 0.218 0.096 0.029 0.003 66 K 0.114 0.227 0.276 0.225 0.113 0.039 0.006 67 V 0.029 0.049 0.085 0.157 0.264 0.355 0.061 68 F 0.036 0.064 0.103 0.215 0.254 0.261 0.067 69 E 0.091 0.190 0.260 0.223 0.133 0.077 0.027 70 L 0.041 0.066 0.091 0.157 0.235 0.299 0.111 71 L 0.035 0.060 0.105 0.214 0.256 0.260 0.071 72 N 0.201 0.280 0.240 0.145 0.075 0.047 0.012 73 D 0.112 0.163 0.220 0.234 0.175 0.081 0.014 74 F 0.086 0.095 0.106 0.188 0.265 0.218 0.041 75 K 0.282 0.262 0.229 0.151 0.053 0.019 0.003 76 G 0.349 0.303 0.177 0.104 0.049 0.016 0.002 77 G 0.219 0.269 0.240 0.160 0.078 0.031 0.002 78 I 0.109 0.094 0.144 0.270 0.269 0.107 0.007 79 D 0.278 0.411 0.198 0.081 0.025 0.006 0.001 80 W 0.178 0.177 0.226 0.264 0.127 0.027 0.001 81 E 0.518 0.320 0.111 0.038 0.010 0.002 0.001 82 N 0.542 0.301 0.090 0.052 0.012 0.003 0.001 83 K 0.374 0.281 0.183 0.108 0.044 0.008 0.001 84 R 0.213 0.306 0.272 0.150 0.044 0.014 0.001 85 V 0.047 0.095 0.161 0.310 0.295 0.088 0.004 86 K 0.105 0.268 0.315 0.205 0.076 0.029 0.002 87 L 0.043 0.088 0.129 0.250 0.295 0.180 0.016 88 K 0.107 0.242 0.295 0.221 0.095 0.035 0.006 89 L 0.046 0.068 0.093 0.222 0.291 0.232 0.047 90 N 0.134 0.210 0.241 0.219 0.121 0.063 0.013 91 D 0.159 0.237 0.274 0.173 0.088 0.057 0.013 92 L 0.059 0.098 0.135 0.211 0.243 0.211 0.044 93 L 0.064 0.104 0.130 0.194 0.226 0.233 0.049 94 A 0.087 0.138 0.184 0.235 0.198 0.130 0.028 95 L 0.076 0.093 0.121 0.215 0.255 0.201 0.039 96 E 0.188 0.286 0.255 0.174 0.066 0.025 0.004 97 T 0.303 0.337 0.188 0.110 0.041 0.019 0.003 98 M 0.068 0.105 0.205 0.270 0.256 0.091 0.005 99 L 0.080 0.104 0.169 0.275 0.242 0.122 0.008 100 E 0.342 0.329 0.207 0.091 0.026 0.005 0.001 101 E 0.434 0.371 0.134 0.047 0.012 0.003 0.001 102 W 0.107 0.126 0.194 0.301 0.206 0.064 0.002 103 D 0.391 0.313 0.187 0.082 0.021 0.005 0.001 104 R 0.427 0.337 0.129 0.082 0.021 0.004 0.001 105 R 0.502 0.267 0.163 0.050 0.017 0.002 0.001 106 V 0.200 0.197 0.242 0.264 0.086 0.013 0.001 107 K 0.815 0.140 0.038 0.006 0.001 0.001 0.001 108 R 0.808 0.157 0.027 0.007 0.001 0.001 0.001