# TARGET T0476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0476.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.33036 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.331 0.183 0.139 0.107 0.083 0.067 0.041 0.019 0.015 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 2 A 0.116 0.068 0.072 0.104 0.131 0.149 0.118 0.098 0.060 0.038 0.025 0.013 0.006 0.002 3 K 0.123 0.115 0.130 0.166 0.163 0.116 0.074 0.053 0.032 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 4 C 0.112 0.060 0.073 0.105 0.130 0.120 0.114 0.099 0.073 0.049 0.037 0.018 0.008 0.003 5 P 0.152 0.114 0.111 0.139 0.148 0.117 0.080 0.057 0.038 0.021 0.013 0.005 0.002 0.001 6 I 0.110 0.068 0.086 0.109 0.146 0.131 0.108 0.102 0.058 0.038 0.022 0.012 0.006 0.003 7 C 0.092 0.078 0.075 0.119 0.165 0.153 0.113 0.089 0.062 0.030 0.014 0.006 0.002 0.001 8 G 0.228 0.173 0.158 0.151 0.108 0.080 0.048 0.027 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 9 S 0.452 0.141 0.150 0.083 0.062 0.050 0.032 0.012 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 10 P 0.135 0.144 0.247 0.163 0.125 0.093 0.046 0.019 0.021 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 11 L 0.256 0.149 0.090 0.159 0.153 0.092 0.048 0.033 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 12 K 0.308 0.281 0.242 0.088 0.036 0.028 0.008 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 W 0.029 0.029 0.052 0.147 0.211 0.191 0.171 0.094 0.057 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 14 E 0.133 0.182 0.254 0.191 0.126 0.065 0.027 0.007 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 E 0.626 0.235 0.110 0.016 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 L 0.041 0.071 0.079 0.232 0.250 0.168 0.091 0.047 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 17 I 0.013 0.023 0.035 0.128 0.214 0.214 0.198 0.111 0.052 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 18 E 0.429 0.258 0.196 0.059 0.026 0.022 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 E 0.503 0.213 0.177 0.052 0.024 0.022 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 M 0.042 0.061 0.087 0.192 0.232 0.192 0.114 0.052 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 21 L 0.089 0.089 0.086 0.175 0.207 0.152 0.108 0.068 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 22 I 0.295 0.159 0.151 0.139 0.121 0.067 0.035 0.017 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 23 I 0.174 0.111 0.133 0.180 0.180 0.109 0.056 0.031 0.017 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 24 E 0.554 0.178 0.130 0.065 0.036 0.021 0.010 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 N 0.290 0.189 0.187 0.134 0.098 0.061 0.025 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 F 0.067 0.064 0.065 0.156 0.214 0.181 0.135 0.068 0.038 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 27 E 0.340 0.246 0.184 0.104 0.057 0.041 0.017 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.506 0.253 0.154 0.045 0.018 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 I 0.028 0.050 0.070 0.191 0.251 0.189 0.117 0.069 0.024 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 30 V 0.046 0.071 0.078 0.209 0.223 0.172 0.105 0.058 0.029 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 31 K 0.577 0.221 0.128 0.040 0.018 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 D 0.460 0.169 0.229 0.064 0.038 0.025 0.009 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 R 0.080 0.090 0.180 0.234 0.192 0.125 0.071 0.013 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 34 E 0.572 0.221 0.111 0.046 0.022 0.018 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 R 0.554 0.209 0.180 0.033 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 F 0.031 0.048 0.055 0.176 0.248 0.197 0.115 0.085 0.033 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 37 L 0.025 0.065 0.081 0.246 0.238 0.172 0.096 0.047 0.023 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 38 A 0.701 0.157 0.105 0.021 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 Q 0.256 0.234 0.283 0.115 0.054 0.041 0.010 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 V 0.020 0.029 0.045 0.146 0.220 0.230 0.176 0.090 0.031 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 41 E 0.246 0.231 0.220 0.135 0.077 0.055 0.022 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 E 0.541 0.183 0.135 0.059 0.033 0.029 0.010 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 F 0.051 0.040 0.047 0.116 0.195 0.196 0.170 0.097 0.041 0.022 0.014 0.008 0.003 0.001 44 V 0.081 0.066 0.109 0.143 0.167 0.148 0.110 0.088 0.043 0.023 0.012 0.006 0.003 0.002 45 F 0.201 0.061 0.044 0.077 0.094 0.104 0.105 0.108 0.076 0.056 0.032 0.026 0.013 0.003 46 K 0.163 0.108 0.103 0.131 0.135 0.118 0.090 0.068 0.040 0.021 0.015 0.006 0.002 0.002 47 C 0.107 0.052 0.079 0.088 0.138 0.125 0.125 0.094 0.067 0.049 0.048 0.015 0.008 0.004 48 P 0.187 0.117 0.116 0.138 0.152 0.103 0.070 0.049 0.032 0.019 0.010 0.003 0.002 0.001 49 V 0.197 0.102 0.102 0.123 0.142 0.107 0.079 0.061 0.040 0.025 0.012 0.007 0.003 0.001 50 C 0.130 0.077 0.078 0.104 0.148 0.130 0.114 0.089 0.061 0.037 0.018 0.009 0.003 0.001 51 G 0.236 0.131 0.146 0.126 0.112 0.092 0.061 0.039 0.029 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 52 E 0.307 0.129 0.118 0.107 0.100 0.083 0.064 0.039 0.025 0.014 0.010 0.003 0.001 0.001 53 E 0.277 0.143 0.132 0.126 0.112 0.086 0.052 0.032 0.021 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 54 F 0.158 0.074 0.083 0.115 0.151 0.134 0.102 0.086 0.043 0.026 0.014 0.008 0.004 0.001 55 Y 0.162 0.101 0.099 0.141 0.155 0.121 0.084 0.062 0.038 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 56 G 0.287 0.131 0.127 0.126 0.107 0.083 0.057 0.034 0.023 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 57 K 0.418 0.149 0.156 0.095 0.067 0.047 0.032 0.016 0.011 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 58 T 0.336 0.139 0.137 0.119 0.107 0.068 0.043 0.022 0.015 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 59 L 0.231 0.116 0.093 0.137 0.149 0.107 0.078 0.050 0.021 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 60 P 0.306 0.133 0.124 0.130 0.125 0.071 0.053 0.026 0.017 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 61 R 0.436 0.150 0.131 0.098 0.076 0.045 0.030 0.015 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 62 R 0.526 0.169 0.116 0.073 0.050 0.029 0.020 0.007 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 63 E 0.310 0.139 0.119 0.117 0.111 0.094 0.057 0.024 0.017 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 64 A 0.173 0.109 0.096 0.155 0.163 0.139 0.082 0.043 0.022 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 65 E 0.360 0.188 0.131 0.112 0.080 0.064 0.032 0.015 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 66 K 0.142 0.123 0.134 0.168 0.171 0.118 0.068 0.039 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 67 V 0.048 0.034 0.047 0.081 0.128 0.163 0.166 0.154 0.085 0.041 0.033 0.011 0.006 0.002 68 F 0.074 0.060 0.071 0.117 0.154 0.151 0.144 0.107 0.052 0.032 0.019 0.010 0.006 0.002 69 E 0.258 0.159 0.148 0.135 0.100 0.077 0.047 0.033 0.022 0.010 0.006 0.004 0.001 0.001 70 L 0.079 0.051 0.064 0.109 0.150 0.153 0.142 0.108 0.063 0.037 0.023 0.013 0.006 0.002 71 L 0.050 0.045 0.062 0.102 0.146 0.169 0.165 0.134 0.061 0.028 0.023 0.007 0.005 0.002 72 N 0.199 0.135 0.123 0.143 0.150 0.108 0.066 0.037 0.021 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 73 D 0.235 0.162 0.150 0.150 0.113 0.090 0.045 0.026 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 74 F 0.086 0.045 0.062 0.108 0.182 0.175 0.144 0.098 0.047 0.027 0.015 0.007 0.003 0.001 75 K 0.197 0.139 0.168 0.146 0.126 0.096 0.056 0.034 0.022 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 76 G 0.269 0.100 0.095 0.118 0.130 0.099 0.078 0.053 0.027 0.016 0.009 0.003 0.001 0.001 77 G 0.223 0.145 0.147 0.145 0.123 0.085 0.060 0.033 0.024 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 78 I 0.200 0.080 0.095 0.122 0.152 0.119 0.089 0.067 0.034 0.021 0.013 0.005 0.003 0.001 79 D 0.259 0.179 0.157 0.144 0.118 0.061 0.039 0.020 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 80 W 0.168 0.105 0.105 0.149 0.170 0.115 0.080 0.058 0.027 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 81 E 0.444 0.180 0.149 0.082 0.055 0.038 0.029 0.008 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 82 N 0.411 0.187 0.140 0.097 0.064 0.051 0.030 0.008 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 83 K 0.287 0.163 0.135 0.138 0.109 0.082 0.048 0.018 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 84 R 0.150 0.136 0.146 0.167 0.164 0.110 0.060 0.035 0.020 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 85 V 0.059 0.031 0.032 0.073 0.122 0.161 0.183 0.151 0.084 0.050 0.031 0.014 0.006 0.002 86 K 0.091 0.100 0.118 0.170 0.168 0.157 0.081 0.057 0.035 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 87 L 0.127 0.053 0.055 0.086 0.112 0.109 0.134 0.105 0.073 0.061 0.041 0.026 0.013 0.003 88 K 0.111 0.123 0.139 0.163 0.158 0.130 0.076 0.051 0.030 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 89 L 0.057 0.033 0.043 0.066 0.109 0.134 0.174 0.165 0.095 0.055 0.043 0.013 0.010 0.003 90 N 0.067 0.084 0.074 0.146 0.184 0.164 0.137 0.078 0.039 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 91 D 0.143 0.131 0.156 0.179 0.143 0.129 0.056 0.029 0.020 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 92 L 0.065 0.064 0.067 0.149 0.203 0.162 0.140 0.086 0.033 0.017 0.007 0.003 0.002 0.001 93 L 0.158 0.104 0.109 0.128 0.152 0.131 0.091 0.068 0.029 0.014 0.008 0.004 0.002 0.001 94 A 0.122 0.098 0.091 0.123 0.148 0.139 0.121 0.093 0.038 0.015 0.008 0.003 0.002 0.001 95 L 0.061 0.052 0.058 0.130 0.180 0.178 0.157 0.096 0.053 0.019 0.010 0.003 0.002 0.001 96 E 0.229 0.184 0.229 0.153 0.093 0.069 0.024 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 97 T 0.414 0.184 0.177 0.102 0.062 0.039 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 M 0.076 0.076 0.078 0.173 0.239 0.168 0.104 0.055 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 99 L 0.076 0.070 0.075 0.146 0.210 0.163 0.139 0.074 0.033 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 100 E 0.515 0.179 0.154 0.070 0.043 0.021 0.009 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 E 0.507 0.238 0.125 0.059 0.030 0.026 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 W 0.070 0.056 0.082 0.163 0.225 0.202 0.118 0.048 0.023 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 103 D 0.245 0.185 0.176 0.144 0.117 0.070 0.038 0.012 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 104 R 0.554 0.175 0.086 0.071 0.047 0.039 0.015 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 R 0.232 0.180 0.147 0.159 0.131 0.085 0.037 0.013 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 106 V 0.106 0.071 0.087 0.144 0.195 0.167 0.103 0.073 0.031 0.013 0.006 0.004 0.002 0.001 107 K 0.445 0.189 0.164 0.086 0.052 0.031 0.018 0.006 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 108 R 0.531 0.162 0.128 0.074 0.045 0.030 0.016 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001