# TARGET T0475 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0475.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 61.0761 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.119 0.014 0.002 0.015 0.026 0.026 0.123 0.003 0.001 0.046 0.626 2 N 0.023 0.030 0.002 0.008 0.010 0.013 0.076 0.001 0.001 0.038 0.799 3 S 0.030 0.061 0.001 0.011 0.017 0.023 0.098 0.002 0.001 0.039 0.717 4 E 0.051 0.223 0.001 0.011 0.014 0.014 0.068 0.005 0.001 0.107 0.505 5 I 0.006 0.719 0.001 0.006 0.012 0.016 0.025 0.002 0.001 0.036 0.178 6 E 0.003 0.885 0.001 0.001 0.003 0.004 0.005 0.001 0.001 0.040 0.057 7 L 0.003 0.954 0.001 0.002 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.020 0.010 8 P 0.004 0.913 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.060 0.013 9 V 0.022 0.952 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 0.004 10 Q 0.042 0.832 0.003 0.001 0.002 0.005 0.004 0.005 0.001 0.074 0.032 11 K 0.026 0.869 0.003 0.001 0.001 0.002 0.006 0.004 0.001 0.031 0.056 12 Q 0.012 0.893 0.007 0.001 0.001 0.002 0.007 0.007 0.001 0.030 0.040 13 L 0.042 0.530 0.035 0.002 0.005 0.005 0.015 0.012 0.004 0.287 0.064 14 E 0.135 0.652 0.004 0.002 0.002 0.003 0.021 0.012 0.005 0.043 0.121 15 A 0.089 0.234 0.031 0.007 0.004 0.006 0.061 0.023 0.012 0.159 0.373 16 Y 0.051 0.109 0.090 0.026 0.004 0.007 0.086 0.021 0.025 0.199 0.384 17 N 0.349 0.298 0.003 0.004 0.001 0.001 0.036 0.009 0.001 0.029 0.268 18 A 0.093 0.164 0.002 0.007 0.001 0.001 0.063 0.008 0.001 0.070 0.591 19 R 0.007 0.520 0.003 0.005 0.001 0.002 0.081 0.003 0.001 0.042 0.335 20 D 0.008 0.906 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.023 0.050 21 I 0.014 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.013 0.010 22 D 0.009 0.949 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.023 0.010 23 A 0.040 0.795 0.014 0.003 0.001 0.003 0.007 0.021 0.009 0.077 0.032 24 F 0.191 0.576 0.034 0.006 0.003 0.006 0.014 0.027 0.015 0.078 0.049 25 M 0.176 0.410 0.010 0.009 0.009 0.015 0.032 0.015 0.004 0.055 0.266 26 A 0.052 0.092 0.012 0.014 0.011 0.021 0.099 0.004 0.005 0.177 0.513 27 W 0.014 0.073 0.044 0.060 0.034 0.041 0.154 0.005 0.006 0.124 0.445 28 W 0.227 0.165 0.011 0.017 0.016 0.017 0.089 0.026 0.005 0.056 0.372 29 A 0.620 0.077 0.003 0.007 0.007 0.007 0.047 0.014 0.002 0.049 0.167 30 D 0.039 0.117 0.004 0.013 0.007 0.018 0.115 0.004 0.001 0.042 0.640 31 D 0.044 0.077 0.008 0.047 0.018 0.071 0.123 0.006 0.001 0.105 0.499 32 C 0.050 0.039 0.006 0.085 0.072 0.104 0.136 0.006 0.002 0.092 0.408 33 Q 0.045 0.027 0.003 0.122 0.127 0.190 0.072 0.006 0.001 0.063 0.344 34 Y 0.032 0.006 0.002 0.070 0.088 0.148 0.078 0.002 0.001 0.073 0.500 35 Y 0.011 0.003 0.001 0.137 0.150 0.167 0.106 0.001 0.001 0.048 0.374 36 A 0.015 0.004 0.003 0.062 0.092 0.108 0.100 0.001 0.001 0.054 0.560 37 F 0.179 0.016 0.003 0.043 0.072 0.050 0.115 0.006 0.001 0.058 0.458 38 P 0.190 0.068 0.001 0.012 0.015 0.019 0.095 0.006 0.001 0.030 0.562 39 A 0.039 0.071 0.001 0.012 0.011 0.032 0.089 0.003 0.001 0.019 0.725 40 T 0.038 0.061 0.004 0.027 0.029 0.067 0.107 0.004 0.001 0.057 0.606 41 L 0.027 0.034 0.004 0.079 0.087 0.118 0.094 0.003 0.001 0.219 0.333 42 L 0.085 0.191 0.001 0.063 0.053 0.064 0.061 0.006 0.001 0.067 0.406 43 A 0.065 0.215 0.001 0.033 0.034 0.035 0.061 0.004 0.001 0.091 0.461 44 G 0.006 0.355 0.003 0.025 0.017 0.033 0.056 0.004 0.001 0.096 0.405 45 N 0.014 0.908 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.003 0.001 0.025 0.036 46 A 0.019 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.022 0.008 47 A 0.005 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.017 0.011 48 E 0.011 0.922 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.035 0.017 49 I 0.022 0.845 0.016 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 0.003 0.071 0.023 50 R 0.031 0.892 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.023 0.038 51 V 0.029 0.838 0.005 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.001 0.038 0.072 52 R 0.019 0.762 0.030 0.001 0.001 0.003 0.019 0.011 0.011 0.036 0.106 53 H 0.177 0.611 0.019 0.001 0.002 0.003 0.018 0.024 0.010 0.024 0.111 54 I 0.380 0.259 0.016 0.003 0.002 0.002 0.023 0.024 0.016 0.023 0.252 55 E 0.175 0.077 0.015 0.006 0.006 0.010 0.061 0.010 0.007 0.035 0.599 56 R 0.096 0.014 0.006 0.007 0.004 0.009 0.080 0.003 0.003 0.044 0.735 57 F 0.015 0.005 0.003 0.015 0.009 0.010 0.145 0.001 0.001 0.027 0.770 58 K 0.022 0.012 0.001 0.007 0.005 0.007 0.079 0.001 0.001 0.010 0.856 59 E 0.228 0.049 0.002 0.009 0.004 0.005 0.067 0.008 0.001 0.024 0.605 60 P 0.057 0.101 0.002 0.013 0.006 0.008 0.077 0.004 0.001 0.023 0.709 61 D 0.054 0.142 0.002 0.024 0.011 0.025 0.066 0.003 0.001 0.041 0.633 62 L 0.035 0.221 0.001 0.047 0.030 0.057 0.074 0.002 0.001 0.042 0.491 63 Y 0.038 0.322 0.002 0.070 0.022 0.061 0.053 0.006 0.001 0.064 0.361 64 G 0.037 0.061 0.009 0.051 0.066 0.099 0.058 0.003 0.001 0.341 0.275 65 E 0.036 0.106 0.007 0.199 0.113 0.150 0.051 0.003 0.001 0.124 0.211 66 L 0.095 0.170 0.006 0.050 0.088 0.130 0.061 0.009 0.001 0.080 0.310 67 L 0.058 0.077 0.004 0.041 0.109 0.208 0.091 0.006 0.001 0.051 0.354 68 T 0.029 0.065 0.003 0.052 0.086 0.250 0.069 0.003 0.001 0.054 0.389 69 R 0.018 0.013 0.006 0.076 0.169 0.265 0.071 0.002 0.001 0.062 0.316 70 V 0.039 0.006 0.009 0.085 0.228 0.222 0.086 0.002 0.001 0.079 0.243 71 I 0.110 0.008 0.003 0.073 0.123 0.159 0.076 0.003 0.001 0.071 0.374 72 V 0.092 0.009 0.001 0.085 0.043 0.078 0.110 0.003 0.001 0.050 0.529 73 G 0.005 0.004 0.001 0.041 0.059 0.113 0.148 0.001 0.001 0.027 0.600 74 N 0.006 0.007 0.001 0.062 0.198 0.214 0.081 0.001 0.001 0.041 0.388 75 V 0.008 0.010 0.001 0.101 0.298 0.314 0.049 0.001 0.001 0.062 0.156 76 V 0.007 0.008 0.002 0.080 0.193 0.255 0.061 0.001 0.001 0.076 0.317 77 I 0.024 0.007 0.002 0.098 0.235 0.258 0.052 0.002 0.001 0.106 0.215 78 D 0.056 0.021 0.002 0.084 0.134 0.217 0.073 0.003 0.001 0.067 0.342 79 H 0.036 0.009 0.002 0.023 0.081 0.119 0.110 0.002 0.001 0.121 0.497 80 E 0.006 0.006 0.002 0.067 0.216 0.293 0.085 0.001 0.001 0.058 0.265 81 T 0.016 0.007 0.003 0.040 0.105 0.257 0.084 0.002 0.001 0.091 0.396 82 V 0.014 0.002 0.001 0.054 0.271 0.268 0.078 0.001 0.001 0.033 0.278 83 T 0.029 0.002 0.001 0.039 0.129 0.254 0.059 0.001 0.001 0.061 0.425 84 R 0.001 0.001 0.001 0.015 0.134 0.216 0.102 0.001 0.001 0.017 0.514 85 N 0.098 0.003 0.002 0.025 0.059 0.073 0.076 0.002 0.001 0.040 0.624 86 F 0.607 0.002 0.001 0.004 0.019 0.011 0.041 0.003 0.001 0.027 0.286 87 P 0.049 0.003 0.001 0.007 0.008 0.010 0.087 0.001 0.001 0.022 0.813 88 E 0.019 0.002 0.001 0.005 0.013 0.016 0.059 0.001 0.001 0.015 0.870 89 G 0.032 0.006 0.001 0.016 0.088 0.075 0.094 0.001 0.001 0.032 0.654 90 K 0.019 0.014 0.001 0.007 0.058 0.070 0.083 0.001 0.001 0.043 0.704 91 G 0.018 0.026 0.001 0.017 0.216 0.258 0.058 0.001 0.001 0.037 0.369 92 E 0.015 0.066 0.001 0.018 0.119 0.272 0.054 0.001 0.001 0.041 0.413 93 V 0.009 0.031 0.001 0.029 0.286 0.391 0.034 0.001 0.001 0.057 0.162 94 D 0.014 0.048 0.002 0.067 0.220 0.464 0.023 0.002 0.001 0.064 0.097 95 V 0.011 0.025 0.002 0.104 0.206 0.466 0.029 0.001 0.001 0.057 0.098 96 A 0.004 0.009 0.001 0.106 0.257 0.491 0.022 0.001 0.001 0.032 0.077 97 C 0.002 0.008 0.001 0.068 0.280 0.572 0.012 0.001 0.001 0.017 0.040 98 I 0.002 0.005 0.001 0.048 0.330 0.478 0.019 0.001 0.001 0.027 0.089 99 Y 0.001 0.002 0.001 0.044 0.529 0.365 0.008 0.001 0.001 0.024 0.027 100 E 0.010 0.003 0.005 0.047 0.326 0.430 0.019 0.001 0.001 0.068 0.091 101 V 0.224 0.005 0.003 0.054 0.199 0.158 0.049 0.003 0.001 0.087 0.218 102 E 0.179 0.016 0.001 0.026 0.038 0.049 0.064 0.005 0.001 0.030 0.591 103 N 0.017 0.028 0.001 0.009 0.023 0.026 0.056 0.001 0.001 0.016 0.823 104 G 0.014 0.086 0.003 0.009 0.118 0.058 0.050 0.002 0.001 0.029 0.632 105 R 0.025 0.239 0.002 0.018 0.280 0.235 0.024 0.003 0.001 0.054 0.120 106 I 0.022 0.264 0.002 0.019 0.122 0.209 0.032 0.007 0.001 0.073 0.251 107 A 0.022 0.138 0.002 0.014 0.292 0.376 0.017 0.003 0.001 0.038 0.099 108 K 0.036 0.136 0.002 0.008 0.170 0.421 0.017 0.002 0.001 0.052 0.155 109 A 0.028 0.119 0.002 0.013 0.277 0.322 0.030 0.003 0.001 0.027 0.178 110 W 0.069 0.088 0.016 0.020 0.173 0.337 0.036 0.010 0.006 0.044 0.200 111 F 0.061 0.009 0.012 0.024 0.249 0.287 0.046 0.004 0.005 0.051 0.251 112 K 0.104 0.004 0.004 0.022 0.164 0.159 0.048 0.002 0.001 0.044 0.448 113 I 0.033 0.002 0.001 0.011 0.089 0.077 0.097 0.001 0.001 0.021 0.667 114 G 0.008 0.002 0.001 0.011 0.033 0.041 0.089 0.001 0.001 0.012 0.802 115 E 0.026 0.005 0.001 0.011 0.040 0.046 0.079 0.001 0.001 0.013 0.777 116 P 0.007 0.001 0.001 0.015 0.092 0.094 0.106 0.001 0.001 0.028 0.656 117 R 0.007 0.002 0.001 0.075 0.148 0.213 0.065 0.001 0.001 0.040 0.450 118 I 0.013 0.002 0.001 0.065 0.103 0.152 0.077 0.001 0.001 0.044 0.543 119 V 0.008 0.001 0.001 0.052 0.098 0.113 0.080 0.001 0.001 0.024 0.623 120 S 0.045 0.003 0.001 0.057 0.075 0.116 0.067 0.001 0.001 0.032 0.602 121 Q 0.024 0.002 0.001 0.020 0.023 0.032 0.096 0.001 0.001 0.018 0.785 122 K 0.016 0.003 0.001 0.028 0.040 0.054 0.120 0.001 0.001 0.020 0.718