# TARGET T0475 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0475.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 61.0761 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.076 0.016 0.012 0.016 0.018 0.122 0.033 0.707 2 N 0.041 0.049 0.011 0.011 0.018 0.104 0.032 0.735 3 S 0.028 0.080 0.009 0.010 0.014 0.098 0.046 0.716 4 E 0.061 0.514 0.006 0.007 0.007 0.047 0.148 0.210 5 I 0.016 0.871 0.002 0.001 0.002 0.014 0.021 0.073 6 E 0.009 0.931 0.001 0.001 0.001 0.005 0.021 0.032 7 L 0.004 0.947 0.001 0.001 0.001 0.003 0.030 0.013 8 P 0.003 0.942 0.002 0.001 0.001 0.002 0.041 0.009 9 V 0.005 0.979 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 10 Q 0.012 0.961 0.002 0.001 0.001 0.002 0.009 0.013 11 K 0.007 0.956 0.002 0.001 0.001 0.003 0.011 0.020 12 Q 0.011 0.923 0.006 0.001 0.001 0.006 0.026 0.025 13 L 0.098 0.447 0.054 0.003 0.003 0.025 0.296 0.074 14 E 0.184 0.561 0.013 0.003 0.003 0.026 0.047 0.162 15 A 0.064 0.267 0.018 0.002 0.004 0.059 0.049 0.537 16 Y 0.032 0.215 0.054 0.003 0.004 0.110 0.101 0.481 17 N 0.122 0.449 0.010 0.002 0.003 0.048 0.082 0.284 18 A 0.059 0.357 0.014 0.002 0.003 0.057 0.056 0.453 19 R 0.012 0.651 0.009 0.002 0.004 0.045 0.019 0.258 20 D 0.016 0.903 0.004 0.001 0.001 0.010 0.019 0.046 21 I 0.021 0.882 0.008 0.001 0.002 0.012 0.029 0.044 22 D 0.036 0.813 0.010 0.003 0.005 0.016 0.062 0.056 23 A 0.039 0.755 0.023 0.003 0.007 0.020 0.086 0.067 24 F 0.065 0.598 0.051 0.007 0.016 0.032 0.117 0.113 25 M 0.123 0.308 0.063 0.021 0.030 0.057 0.176 0.221 26 A 0.092 0.137 0.063 0.025 0.042 0.103 0.080 0.458 27 W 0.039 0.075 0.051 0.026 0.037 0.122 0.073 0.577 28 W 0.100 0.121 0.042 0.022 0.034 0.126 0.089 0.466 29 A 0.205 0.069 0.015 0.009 0.013 0.108 0.101 0.481 30 D 0.048 0.072 0.038 0.026 0.033 0.139 0.085 0.558 31 D 0.021 0.050 0.065 0.032 0.136 0.107 0.093 0.495 32 C 0.030 0.021 0.116 0.109 0.147 0.108 0.080 0.388 33 Q 0.027 0.008 0.127 0.217 0.320 0.049 0.058 0.195 34 Y 0.030 0.003 0.063 0.111 0.165 0.068 0.077 0.482 35 Y 0.010 0.001 0.111 0.155 0.276 0.088 0.024 0.335 36 A 0.009 0.001 0.052 0.095 0.176 0.085 0.030 0.552 37 F 0.102 0.006 0.021 0.060 0.046 0.102 0.092 0.572 38 P 0.170 0.024 0.011 0.010 0.013 0.104 0.093 0.575 39 A 0.035 0.021 0.014 0.019 0.046 0.099 0.033 0.732 40 T 0.027 0.025 0.035 0.097 0.172 0.084 0.062 0.496 41 L 0.023 0.015 0.068 0.157 0.193 0.075 0.094 0.376 42 L 0.037 0.028 0.076 0.129 0.118 0.073 0.078 0.461 43 A 0.055 0.076 0.053 0.079 0.124 0.080 0.041 0.492 44 G 0.019 0.118 0.044 0.042 0.063 0.091 0.065 0.558 45 N 0.044 0.666 0.009 0.011 0.015 0.029 0.081 0.145 46 A 0.032 0.858 0.003 0.004 0.003 0.012 0.027 0.060 47 A 0.009 0.924 0.002 0.003 0.004 0.006 0.017 0.035 48 E 0.009 0.919 0.003 0.002 0.004 0.006 0.029 0.028 49 I 0.018 0.857 0.007 0.003 0.004 0.007 0.075 0.029 50 R 0.019 0.916 0.004 0.003 0.004 0.005 0.019 0.029 51 V 0.018 0.884 0.005 0.003 0.005 0.008 0.014 0.064 52 R 0.036 0.731 0.030 0.007 0.010 0.020 0.066 0.100 53 H 0.124 0.553 0.028 0.012 0.016 0.033 0.099 0.137 54 I 0.190 0.205 0.025 0.010 0.015 0.059 0.082 0.414 55 E 0.115 0.090 0.030 0.016 0.024 0.087 0.046 0.592 56 R 0.077 0.023 0.016 0.007 0.014 0.088 0.045 0.729 57 F 0.033 0.012 0.018 0.011 0.013 0.134 0.035 0.744 58 K 0.031 0.035 0.010 0.005 0.010 0.089 0.024 0.796 59 E 0.201 0.124 0.007 0.004 0.006 0.067 0.102 0.489 60 P 0.060 0.193 0.019 0.010 0.016 0.106 0.050 0.546 61 D 0.050 0.200 0.024 0.015 0.036 0.086 0.087 0.501 62 L 0.034 0.391 0.041 0.036 0.056 0.069 0.069 0.303 63 Y 0.033 0.462 0.030 0.037 0.076 0.048 0.075 0.240 64 G 0.031 0.060 0.059 0.059 0.080 0.041 0.504 0.165 65 E 0.051 0.105 0.076 0.105 0.148 0.067 0.233 0.216 66 L 0.068 0.090 0.058 0.109 0.134 0.079 0.118 0.346 67 L 0.036 0.067 0.061 0.095 0.162 0.081 0.089 0.410 68 T 0.023 0.058 0.056 0.089 0.249 0.073 0.070 0.383 69 R 0.012 0.015 0.135 0.166 0.213 0.063 0.086 0.309 70 V 0.025 0.007 0.148 0.212 0.182 0.068 0.060 0.296 71 I 0.144 0.006 0.124 0.093 0.129 0.076 0.074 0.354 72 V 0.055 0.007 0.075 0.061 0.096 0.099 0.072 0.534 73 G 0.014 0.007 0.047 0.023 0.083 0.139 0.037 0.650 74 N 0.011 0.008 0.100 0.125 0.206 0.105 0.072 0.372 75 V 0.003 0.008 0.240 0.222 0.251 0.050 0.039 0.186 76 V 0.008 0.011 0.154 0.177 0.234 0.067 0.057 0.293 77 I 0.013 0.007 0.183 0.230 0.174 0.055 0.140 0.199 78 D 0.149 0.102 0.054 0.045 0.114 0.073 0.213 0.250 79 H 0.124 0.046 0.057 0.066 0.093 0.091 0.157 0.366 80 E 0.014 0.026 0.082 0.173 0.274 0.077 0.084 0.270 81 T 0.037 0.020 0.051 0.112 0.215 0.103 0.117 0.345 82 V 0.032 0.009 0.040 0.228 0.277 0.071 0.086 0.257 83 T 0.045 0.008 0.018 0.161 0.224 0.096 0.070 0.378 84 R 0.003 0.001 0.016 0.122 0.230 0.084 0.017 0.527 85 N 0.033 0.002 0.016 0.058 0.086 0.080 0.064 0.661 86 F 0.644 0.004 0.003 0.010 0.005 0.033 0.104 0.197 87 P 0.069 0.005 0.003 0.004 0.009 0.059 0.034 0.816 88 E 0.038 0.003 0.005 0.007 0.014 0.084 0.017 0.832 89 G 0.019 0.005 0.034 0.145 0.187 0.083 0.045 0.483 90 K 0.020 0.005 0.018 0.080 0.072 0.081 0.062 0.662 91 G 0.010 0.012 0.043 0.263 0.265 0.068 0.034 0.306 92 E 0.007 0.017 0.057 0.094 0.274 0.077 0.063 0.412 93 V 0.005 0.011 0.070 0.354 0.260 0.059 0.039 0.202 94 D 0.001 0.014 0.121 0.217 0.524 0.020 0.030 0.073 95 V 0.002 0.006 0.080 0.226 0.501 0.021 0.074 0.091 96 A 0.001 0.005 0.073 0.314 0.521 0.010 0.034 0.042 97 C 0.001 0.002 0.038 0.318 0.595 0.005 0.018 0.023 98 I 0.002 0.002 0.032 0.337 0.512 0.011 0.032 0.072 99 Y 0.001 0.001 0.047 0.417 0.480 0.007 0.013 0.034 100 E 0.005 0.001 0.055 0.322 0.351 0.024 0.080 0.162 101 V 0.316 0.002 0.018 0.156 0.120 0.050 0.054 0.285 102 E 0.425 0.004 0.011 0.028 0.028 0.059 0.047 0.398 103 N 0.016 0.003 0.004 0.008 0.050 0.073 0.018 0.828 104 G 0.018 0.006 0.016 0.077 0.173 0.087 0.032 0.592 105 R 0.002 0.004 0.015 0.428 0.410 0.020 0.019 0.102 106 I 0.009 0.018 0.035 0.245 0.254 0.043 0.078 0.317 107 A 0.004 0.010 0.014 0.346 0.551 0.011 0.019 0.046 108 K 0.007 0.025 0.026 0.240 0.487 0.020 0.052 0.143 109 A 0.005 0.013 0.013 0.381 0.514 0.010 0.015 0.047 110 W 0.009 0.010 0.054 0.405 0.345 0.027 0.042 0.108 111 F 0.033 0.004 0.061 0.277 0.413 0.031 0.033 0.147 112 K 0.127 0.002 0.031 0.140 0.182 0.054 0.067 0.397 113 I 0.032 0.001 0.010 0.037 0.053 0.121 0.020 0.726 114 G 0.004 0.001 0.011 0.015 0.033 0.089 0.010 0.837 115 E 0.134 0.016 0.010 0.020 0.024 0.090 0.119 0.587 116 P 0.038 0.009 0.024 0.051 0.054 0.116 0.047 0.659 117 R 0.019 0.009 0.063 0.080 0.124 0.071 0.050 0.583 118 I 0.028 0.005 0.062 0.089 0.148 0.100 0.060 0.508 119 V 0.024 0.003 0.089 0.124 0.101 0.087 0.039 0.532 120 S 0.072 0.007 0.052 0.068 0.117 0.081 0.070 0.534 121 Q 0.034 0.003 0.039 0.029 0.045 0.112 0.052 0.686 122 K 0.017 0.003 0.054 0.039 0.050 0.124 0.038 0.675