# TARGET T0475 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0475.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 61.0761 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.142 0.087 0.047 0.085 0.093 0.093 0.156 0.117 0.087 0.058 0.033 2 N 0.315 0.191 0.103 0.148 0.086 0.053 0.053 0.025 0.015 0.008 0.004 3 S 0.255 0.148 0.121 0.156 0.100 0.069 0.072 0.039 0.023 0.012 0.006 4 E 0.218 0.292 0.084 0.176 0.097 0.046 0.041 0.024 0.012 0.007 0.003 5 I 0.051 0.050 0.030 0.074 0.091 0.111 0.202 0.160 0.117 0.079 0.035 6 E 0.207 0.170 0.193 0.200 0.098 0.061 0.037 0.017 0.009 0.005 0.002 7 L 0.059 0.053 0.113 0.164 0.143 0.146 0.159 0.088 0.042 0.022 0.010 8 P 0.030 0.053 0.055 0.102 0.121 0.112 0.183 0.137 0.105 0.066 0.035 9 V 0.002 0.003 0.008 0.013 0.028 0.044 0.145 0.170 0.236 0.218 0.133 10 Q 0.017 0.030 0.317 0.232 0.172 0.110 0.067 0.028 0.015 0.008 0.003 11 K 0.013 0.031 0.231 0.168 0.151 0.138 0.167 0.062 0.024 0.012 0.004 12 Q 0.001 0.003 0.012 0.015 0.026 0.056 0.136 0.153 0.245 0.229 0.123 13 L 0.001 0.001 0.005 0.007 0.017 0.060 0.203 0.155 0.240 0.222 0.089 14 E 0.009 0.041 0.612 0.215 0.073 0.028 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 15 A 0.006 0.005 0.057 0.036 0.079 0.145 0.298 0.187 0.090 0.061 0.036 16 Y 0.005 0.010 0.019 0.022 0.029 0.057 0.121 0.140 0.239 0.232 0.126 17 N 0.010 0.021 0.042 0.065 0.096 0.110 0.250 0.167 0.120 0.079 0.042 18 A 0.042 0.053 0.324 0.195 0.137 0.097 0.068 0.037 0.023 0.016 0.009 19 R 0.083 0.074 0.123 0.139 0.134 0.139 0.180 0.076 0.031 0.014 0.007 20 D 0.020 0.073 0.044 0.085 0.097 0.093 0.176 0.160 0.113 0.087 0.052 21 I 0.003 0.004 0.006 0.013 0.031 0.066 0.145 0.135 0.218 0.198 0.181 22 D 0.250 0.123 0.256 0.198 0.081 0.037 0.030 0.012 0.007 0.004 0.002 23 A 0.003 0.007 0.027 0.048 0.071 0.177 0.306 0.138 0.120 0.071 0.032 24 F 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.009 0.024 0.053 0.195 0.273 0.434 25 M 0.001 0.001 0.004 0.010 0.028 0.050 0.130 0.161 0.223 0.219 0.174 26 A 0.006 0.021 0.189 0.155 0.148 0.133 0.115 0.081 0.068 0.052 0.032 27 W 0.003 0.003 0.012 0.021 0.048 0.086 0.199 0.221 0.171 0.146 0.090 28 W 0.003 0.007 0.009 0.019 0.028 0.043 0.106 0.151 0.225 0.236 0.174 29 A 0.007 0.008 0.015 0.036 0.063 0.090 0.165 0.148 0.184 0.148 0.135 30 D 0.100 0.086 0.145 0.183 0.148 0.108 0.115 0.056 0.034 0.017 0.010 31 D 0.017 0.036 0.045 0.124 0.145 0.130 0.222 0.130 0.077 0.047 0.028 32 C 0.001 0.002 0.002 0.003 0.005 0.014 0.030 0.049 0.181 0.289 0.424 33 Q 0.037 0.078 0.066 0.219 0.219 0.131 0.124 0.058 0.035 0.020 0.011 34 Y 0.005 0.007 0.023 0.028 0.036 0.079 0.114 0.116 0.201 0.242 0.149 35 Y 0.009 0.012 0.012 0.038 0.059 0.147 0.206 0.129 0.172 0.135 0.081 36 A 0.054 0.068 0.053 0.115 0.096 0.107 0.167 0.115 0.105 0.080 0.040 37 F 0.018 0.025 0.020 0.046 0.062 0.137 0.176 0.125 0.162 0.135 0.093 38 P 0.264 0.241 0.050 0.137 0.084 0.057 0.067 0.040 0.029 0.019 0.010 39 A 0.327 0.136 0.035 0.121 0.086 0.078 0.088 0.057 0.036 0.022 0.013 40 T 0.448 0.192 0.045 0.123 0.074 0.040 0.033 0.021 0.012 0.008 0.005 41 L 0.058 0.061 0.025 0.088 0.100 0.130 0.157 0.131 0.111 0.084 0.055 42 L 0.050 0.080 0.038 0.114 0.129 0.135 0.154 0.112 0.086 0.061 0.041 43 A 0.092 0.074 0.061 0.101 0.105 0.125 0.170 0.100 0.084 0.057 0.031 44 G 0.276 0.186 0.086 0.211 0.121 0.048 0.036 0.019 0.009 0.005 0.003 45 N 0.120 0.181 0.041 0.088 0.079 0.073 0.125 0.098 0.084 0.072 0.038 46 A 0.058 0.071 0.034 0.147 0.185 0.174 0.164 0.085 0.048 0.024 0.011 47 A 0.545 0.107 0.150 0.105 0.040 0.022 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 48 E 0.030 0.058 0.107 0.258 0.190 0.169 0.128 0.037 0.014 0.005 0.003 49 I 0.001 0.002 0.004 0.003 0.006 0.009 0.036 0.074 0.206 0.288 0.371 50 R 0.003 0.010 0.056 0.109 0.206 0.219 0.219 0.096 0.047 0.027 0.007 51 V 0.009 0.031 0.767 0.126 0.039 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 52 R 0.012 0.016 0.070 0.102 0.138 0.217 0.261 0.114 0.041 0.020 0.009 53 H 0.008 0.012 0.020 0.020 0.025 0.040 0.126 0.164 0.232 0.221 0.131 54 I 0.019 0.021 0.100 0.123 0.165 0.164 0.201 0.103 0.056 0.033 0.014 55 E 0.063 0.078 0.564 0.163 0.070 0.028 0.020 0.008 0.003 0.002 0.001 56 R 0.026 0.038 0.079 0.094 0.107 0.146 0.244 0.128 0.074 0.042 0.021 57 F 0.037 0.037 0.031 0.044 0.056 0.091 0.177 0.151 0.158 0.135 0.083 58 K 0.156 0.251 0.196 0.203 0.097 0.040 0.029 0.015 0.007 0.004 0.002 59 E 0.251 0.131 0.112 0.144 0.111 0.074 0.078 0.047 0.026 0.016 0.009 60 P 0.315 0.131 0.049 0.098 0.077 0.072 0.112 0.069 0.042 0.024 0.012 61 D 0.194 0.177 0.089 0.204 0.125 0.079 0.062 0.034 0.019 0.010 0.006 62 L 0.027 0.026 0.028 0.040 0.057 0.100 0.154 0.149 0.167 0.145 0.108 63 Y 0.071 0.117 0.080 0.215 0.180 0.103 0.108 0.063 0.036 0.018 0.009 64 G 0.049 0.021 0.037 0.056 0.065 0.101 0.191 0.153 0.147 0.115 0.066 65 E 0.061 0.123 0.138 0.278 0.178 0.093 0.065 0.032 0.018 0.009 0.005 66 L 0.009 0.013 0.018 0.033 0.048 0.056 0.129 0.162 0.197 0.188 0.146 67 L 0.013 0.019 0.026 0.074 0.112 0.136 0.185 0.148 0.128 0.101 0.057 68 T 0.087 0.126 0.198 0.220 0.113 0.078 0.075 0.043 0.032 0.021 0.008 69 R 0.016 0.018 0.030 0.076 0.097 0.173 0.223 0.139 0.111 0.075 0.041 70 V 0.022 0.021 0.024 0.040 0.048 0.060 0.120 0.131 0.189 0.181 0.166 71 I 0.017 0.028 0.039 0.067 0.090 0.118 0.171 0.125 0.140 0.118 0.087 72 V 0.039 0.079 0.084 0.131 0.136 0.113 0.138 0.094 0.086 0.060 0.039 73 G 0.221 0.115 0.053 0.127 0.094 0.080 0.117 0.074 0.061 0.039 0.021 74 N 0.231 0.146 0.067 0.161 0.099 0.080 0.082 0.052 0.041 0.026 0.016 75 V 0.047 0.061 0.036 0.116 0.121 0.150 0.172 0.123 0.084 0.056 0.034 76 V 0.020 0.025 0.023 0.053 0.072 0.089 0.136 0.150 0.163 0.140 0.127 77 I 0.013 0.015 0.019 0.037 0.057 0.070 0.130 0.148 0.183 0.179 0.148 78 D 0.023 0.057 0.076 0.147 0.138 0.110 0.139 0.101 0.100 0.071 0.037 79 H 0.051 0.040 0.050 0.129 0.141 0.147 0.180 0.108 0.081 0.049 0.026 80 E 0.096 0.065 0.069 0.125 0.102 0.112 0.157 0.111 0.083 0.052 0.029 81 T 0.041 0.062 0.050 0.149 0.144 0.123 0.167 0.114 0.078 0.046 0.027 82 V 0.010 0.008 0.010 0.015 0.022 0.038 0.091 0.110 0.215 0.257 0.223 83 T 0.051 0.134 0.139 0.242 0.166 0.103 0.076 0.038 0.026 0.017 0.007 84 R 0.088 0.074 0.098 0.144 0.125 0.132 0.136 0.085 0.060 0.038 0.019 85 N 0.174 0.136 0.060 0.131 0.098 0.097 0.113 0.077 0.055 0.038 0.021 86 F 0.051 0.049 0.021 0.063 0.069 0.122 0.195 0.137 0.137 0.100 0.057 87 P 0.399 0.234 0.074 0.133 0.071 0.030 0.027 0.016 0.008 0.005 0.003 88 E 0.395 0.156 0.057 0.135 0.086 0.055 0.052 0.030 0.018 0.011 0.006 89 G 0.247 0.145 0.039 0.097 0.082 0.073 0.100 0.075 0.059 0.047 0.034 90 K 0.103 0.148 0.049 0.180 0.165 0.119 0.098 0.063 0.036 0.024 0.014 91 G 0.173 0.105 0.055 0.116 0.110 0.112 0.126 0.087 0.056 0.039 0.021 92 E 0.120 0.141 0.065 0.208 0.148 0.095 0.102 0.056 0.034 0.020 0.011 93 V 0.008 0.008 0.009 0.026 0.038 0.071 0.132 0.144 0.214 0.199 0.150 94 D 0.030 0.070 0.066 0.202 0.197 0.141 0.138 0.073 0.046 0.023 0.014 95 V 0.002 0.004 0.013 0.024 0.039 0.050 0.113 0.142 0.204 0.201 0.207 96 A 0.001 0.001 0.003 0.006 0.013 0.025 0.046 0.072 0.203 0.284 0.346 97 C 0.002 0.006 0.010 0.034 0.063 0.083 0.180 0.168 0.194 0.170 0.089 98 I 0.001 0.002 0.009 0.019 0.039 0.059 0.094 0.131 0.201 0.239 0.206 99 Y 0.005 0.004 0.009 0.016 0.032 0.057 0.136 0.165 0.222 0.212 0.143 100 E 0.010 0.037 0.048 0.167 0.162 0.135 0.194 0.108 0.076 0.041 0.022 101 V 0.002 0.002 0.004 0.005 0.011 0.020 0.051 0.070 0.182 0.232 0.422 102 E 0.088 0.263 0.104 0.209 0.145 0.075 0.064 0.026 0.014 0.008 0.004 103 N 0.174 0.164 0.095 0.190 0.123 0.096 0.078 0.038 0.023 0.012 0.008 104 G 0.550 0.104 0.035 0.069 0.051 0.048 0.061 0.037 0.022 0.014 0.010 105 R 0.096 0.167 0.056 0.231 0.148 0.108 0.102 0.047 0.025 0.011 0.007 106 I 0.004 0.004 0.007 0.009 0.016 0.022 0.045 0.080 0.169 0.237 0.405 107 A 0.012 0.054 0.082 0.186 0.217 0.152 0.131 0.080 0.045 0.028 0.013 108 K 0.032 0.046 0.127 0.186 0.163 0.143 0.133 0.081 0.049 0.028 0.012 109 A 0.048 0.032 0.056 0.103 0.102 0.128 0.193 0.137 0.095 0.068 0.038 110 W 0.013 0.029 0.035 0.107 0.105 0.129 0.195 0.134 0.126 0.082 0.046 111 F 0.016 0.010 0.020 0.023 0.039 0.054 0.117 0.127 0.196 0.204 0.193 112 K 0.055 0.134 0.205 0.232 0.163 0.085 0.066 0.029 0.017 0.009 0.005 113 I 0.060 0.092 0.079 0.112 0.109 0.120 0.170 0.099 0.074 0.053 0.031 114 G 0.372 0.222 0.051 0.122 0.075 0.047 0.049 0.029 0.017 0.010 0.006 115 E 0.469 0.250 0.050 0.111 0.044 0.024 0.022 0.014 0.008 0.004 0.002 116 P 0.165 0.082 0.050 0.126 0.118 0.113 0.125 0.090 0.061 0.044 0.026 117 R 0.154 0.204 0.103 0.174 0.119 0.096 0.075 0.040 0.020 0.010 0.005 118 I 0.065 0.080 0.054 0.119 0.128 0.136 0.165 0.116 0.072 0.040 0.025 119 V 0.102 0.058 0.039 0.064 0.072 0.069 0.144 0.135 0.134 0.110 0.074 120 S 0.213 0.231 0.114 0.208 0.101 0.047 0.042 0.021 0.013 0.007 0.003 121 Q 0.273 0.232 0.117 0.170 0.086 0.046 0.038 0.020 0.010 0.006 0.003 122 K 0.391 0.195 0.059 0.132 0.084 0.046 0.043 0.027 0.012 0.006 0.003