# TARGET T0475 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0475.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 61.0761 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.093 0.105 0.013 0.135 0.073 0.154 0.082 0.004 0.001 0.006 0.335 2 N 0.041 0.068 0.004 0.051 0.055 0.115 0.145 0.007 0.001 0.007 0.507 3 S 0.138 0.047 0.015 0.038 0.027 0.051 0.069 0.005 0.001 0.015 0.596 4 E 0.103 0.051 0.007 0.024 0.022 0.024 0.178 0.003 0.001 0.006 0.583 5 I 0.013 0.023 0.004 0.009 0.005 0.014 0.067 0.001 0.001 0.003 0.861 6 E 0.052 0.079 0.005 0.021 0.016 0.061 0.264 0.003 0.001 0.007 0.492 7 L 0.104 0.157 0.004 0.007 0.014 0.018 0.138 0.001 0.001 0.003 0.554 8 P 0.004 0.077 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.893 9 V 0.031 0.477 0.001 0.004 0.009 0.020 0.090 0.001 0.001 0.001 0.366 10 Q 0.004 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.030 11 K 0.006 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.014 12 Q 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 13 L 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 14 E 0.020 0.950 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.016 15 A 0.007 0.981 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 16 Y 0.079 0.856 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.030 0.001 0.001 0.024 17 N 0.099 0.733 0.015 0.002 0.001 0.002 0.010 0.073 0.001 0.001 0.065 18 A 0.159 0.592 0.056 0.005 0.001 0.003 0.009 0.035 0.001 0.001 0.138 19 R 0.150 0.232 0.027 0.008 0.004 0.004 0.150 0.052 0.001 0.002 0.371 20 D 0.100 0.134 0.056 0.008 0.002 0.003 0.111 0.009 0.001 0.007 0.572 21 I 0.043 0.395 0.033 0.015 0.005 0.012 0.078 0.004 0.001 0.002 0.412 22 D 0.011 0.346 0.003 0.007 0.005 0.006 0.222 0.001 0.001 0.002 0.398 23 A 0.027 0.581 0.002 0.006 0.002 0.002 0.141 0.002 0.001 0.002 0.234 24 F 0.036 0.911 0.001 0.002 0.002 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.037 25 M 0.008 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 26 A 0.018 0.950 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.021 27 W 0.065 0.875 0.004 0.001 0.001 0.002 0.003 0.022 0.001 0.001 0.027 28 W 0.182 0.644 0.008 0.002 0.002 0.003 0.007 0.079 0.001 0.001 0.071 29 A 0.147 0.461 0.086 0.010 0.009 0.018 0.029 0.054 0.001 0.002 0.184 30 D 0.049 0.173 0.025 0.014 0.013 0.015 0.044 0.021 0.001 0.003 0.643 31 D 0.177 0.075 0.012 0.029 0.012 0.020 0.101 0.037 0.001 0.010 0.528 32 C 0.362 0.077 0.052 0.056 0.030 0.029 0.077 0.009 0.001 0.007 0.300 33 Q 0.041 0.044 0.025 0.301 0.124 0.117 0.104 0.003 0.001 0.006 0.235 34 Y 0.015 0.018 0.008 0.134 0.075 0.096 0.039 0.001 0.001 0.002 0.611 35 Y 0.017 0.015 0.001 0.391 0.109 0.207 0.032 0.001 0.001 0.002 0.225 36 A 0.013 0.009 0.002 0.083 0.035 0.064 0.065 0.002 0.001 0.004 0.722 37 F 0.031 0.010 0.004 0.137 0.093 0.179 0.104 0.001 0.001 0.004 0.438 38 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.992 39 A 0.009 0.002 0.001 0.017 0.011 0.031 0.049 0.001 0.001 0.004 0.876 40 T 0.217 0.008 0.002 0.024 0.014 0.020 0.106 0.001 0.001 0.010 0.598 41 L 0.304 0.026 0.010 0.041 0.024 0.029 0.095 0.001 0.001 0.006 0.464 42 L 0.103 0.065 0.005 0.076 0.049 0.094 0.161 0.002 0.001 0.006 0.440 43 A 0.104 0.085 0.003 0.071 0.037 0.072 0.102 0.002 0.001 0.005 0.517 44 G 0.062 0.117 0.005 0.038 0.018 0.031 0.123 0.005 0.001 0.005 0.596 45 N 0.084 0.070 0.006 0.011 0.007 0.017 0.259 0.007 0.001 0.007 0.532 46 A 0.025 0.058 0.004 0.007 0.003 0.006 0.044 0.001 0.001 0.001 0.852 47 A 0.003 0.112 0.001 0.002 0.002 0.005 0.236 0.001 0.001 0.001 0.637 48 E 0.054 0.113 0.001 0.002 0.001 0.002 0.545 0.002 0.001 0.003 0.279 49 I 0.049 0.909 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.034 50 R 0.009 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.023 51 V 0.009 0.957 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.025 52 R 0.011 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 53 H 0.018 0.959 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.012 54 I 0.015 0.936 0.011 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.001 0.001 0.027 55 E 0.029 0.890 0.007 0.001 0.002 0.002 0.008 0.011 0.001 0.001 0.050 56 R 0.109 0.786 0.004 0.001 0.002 0.002 0.006 0.034 0.001 0.001 0.056 57 F 0.178 0.669 0.013 0.003 0.003 0.004 0.006 0.046 0.001 0.001 0.077 58 K 0.210 0.280 0.110 0.010 0.004 0.007 0.036 0.080 0.001 0.003 0.259 59 E 0.177 0.112 0.083 0.013 0.008 0.014 0.045 0.025 0.001 0.003 0.519 60 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 61 D 0.023 0.010 0.005 0.017 0.021 0.046 0.092 0.002 0.001 0.007 0.776 62 L 0.312 0.024 0.037 0.046 0.022 0.034 0.066 0.001 0.001 0.005 0.452 63 Y 0.075 0.051 0.003 0.060 0.044 0.076 0.202 0.001 0.001 0.003 0.485 64 G 0.108 0.061 0.006 0.085 0.083 0.117 0.103 0.001 0.001 0.006 0.429 65 E 0.052 0.146 0.001 0.084 0.106 0.115 0.087 0.001 0.001 0.003 0.405 66 L 0.042 0.192 0.004 0.069 0.081 0.111 0.068 0.001 0.001 0.003 0.429 67 L 0.040 0.327 0.003 0.115 0.082 0.177 0.057 0.003 0.001 0.004 0.191 68 T 0.046 0.362 0.006 0.062 0.116 0.171 0.048 0.006 0.001 0.005 0.178 69 R 0.129 0.335 0.009 0.057 0.084 0.124 0.031 0.009 0.001 0.005 0.218 70 V 0.099 0.216 0.011 0.070 0.160 0.198 0.026 0.006 0.001 0.005 0.209 71 I 0.044 0.167 0.017 0.091 0.191 0.210 0.035 0.007 0.001 0.007 0.230 72 V 0.037 0.115 0.013 0.106 0.123 0.253 0.045 0.007 0.001 0.004 0.297 73 G 0.040 0.044 0.009 0.139 0.089 0.154 0.054 0.009 0.001 0.008 0.453 74 N 0.142 0.019 0.019 0.103 0.080 0.077 0.089 0.004 0.001 0.021 0.446 75 V 0.089 0.013 0.016 0.180 0.082 0.077 0.169 0.002 0.001 0.009 0.362 76 V 0.033 0.008 0.004 0.225 0.111 0.185 0.069 0.001 0.001 0.007 0.358 77 I 0.012 0.008 0.005 0.294 0.148 0.283 0.052 0.001 0.001 0.007 0.191 78 D 0.007 0.007 0.001 0.126 0.120 0.276 0.069 0.001 0.001 0.003 0.389 79 H 0.007 0.005 0.002 0.089 0.061 0.137 0.061 0.001 0.001 0.004 0.633 80 E 0.016 0.008 0.001 0.043 0.047 0.057 0.482 0.001 0.001 0.009 0.337 81 T 0.191 0.016 0.002 0.050 0.041 0.071 0.258 0.002 0.001 0.020 0.350 82 V 0.222 0.082 0.002 0.094 0.135 0.171 0.041 0.002 0.001 0.005 0.245 83 T 0.050 0.076 0.006 0.060 0.204 0.197 0.092 0.004 0.001 0.006 0.306 84 R 0.052 0.051 0.012 0.064 0.123 0.160 0.065 0.003 0.001 0.005 0.463 85 N 0.039 0.028 0.005 0.032 0.095 0.142 0.192 0.007 0.001 0.011 0.449 86 F 0.093 0.019 0.013 0.019 0.052 0.060 0.152 0.003 0.001 0.018 0.571 87 P 0.003 0.002 0.001 0.003 0.002 0.003 0.021 0.001 0.001 0.001 0.965 88 E 0.030 0.006 0.002 0.009 0.010 0.019 0.220 0.002 0.001 0.019 0.683 89 G 0.592 0.010 0.005 0.013 0.010 0.016 0.067 0.001 0.001 0.018 0.267 90 K 0.132 0.021 0.015 0.024 0.039 0.049 0.093 0.002 0.001 0.008 0.617 91 G 0.029 0.009 0.008 0.039 0.109 0.149 0.072 0.001 0.001 0.006 0.577 92 E 0.017 0.003 0.001 0.027 0.049 0.098 0.036 0.001 0.001 0.002 0.767 93 V 0.022 0.004 0.002 0.057 0.204 0.258 0.029 0.001 0.001 0.003 0.421 94 D 0.011 0.002 0.001 0.075 0.287 0.437 0.044 0.001 0.001 0.004 0.139 95 V 0.015 0.003 0.002 0.101 0.289 0.389 0.024 0.001 0.001 0.001 0.174 96 A 0.002 0.001 0.001 0.079 0.439 0.449 0.007 0.001 0.001 0.001 0.022 97 C 0.002 0.001 0.001 0.078 0.327 0.541 0.008 0.001 0.001 0.001 0.042 98 I 0.005 0.001 0.001 0.071 0.322 0.537 0.003 0.001 0.001 0.001 0.061 99 Y 0.001 0.001 0.001 0.038 0.467 0.473 0.003 0.001 0.001 0.001 0.017 100 E 0.001 0.001 0.001 0.015 0.371 0.490 0.008 0.001 0.001 0.001 0.113 101 V 0.004 0.001 0.001 0.024 0.296 0.637 0.003 0.001 0.001 0.001 0.034 102 E 0.003 0.008 0.001 0.017 0.269 0.431 0.075 0.001 0.001 0.006 0.191 103 N 0.018 0.006 0.001 0.014 0.060 0.136 0.106 0.002 0.001 0.011 0.645 104 G 0.258 0.007 0.006 0.015 0.036 0.046 0.055 0.003 0.001 0.076 0.499 105 R 0.498 0.002 0.100 0.007 0.018 0.022 0.164 0.001 0.001 0.047 0.141 106 I 0.005 0.003 0.006 0.014 0.042 0.074 0.106 0.001 0.001 0.005 0.746 107 A 0.002 0.001 0.001 0.011 0.282 0.664 0.006 0.001 0.001 0.002 0.031 108 K 0.004 0.010 0.001 0.021 0.232 0.442 0.042 0.001 0.001 0.001 0.246 109 A 0.012 0.004 0.001 0.021 0.358 0.499 0.008 0.001 0.001 0.001 0.097 110 W 0.009 0.011 0.001 0.028 0.348 0.492 0.012 0.001 0.001 0.002 0.098 111 F 0.009 0.026 0.001 0.037 0.488 0.350 0.010 0.001 0.001 0.001 0.078 112 K 0.014 0.028 0.001 0.053 0.269 0.499 0.022 0.001 0.001 0.001 0.113 113 I 0.022 0.040 0.003 0.053 0.155 0.439 0.034 0.003 0.001 0.003 0.249 114 G 0.044 0.023 0.003 0.030 0.069 0.139 0.069 0.011 0.001 0.011 0.601 115 E 0.217 0.012 0.028 0.025 0.021 0.039 0.099 0.005 0.001 0.013 0.542 116 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 117 R 0.010 0.002 0.002 0.047 0.044 0.086 0.055 0.001 0.001 0.005 0.749 118 I 0.102 0.006 0.003 0.100 0.033 0.063 0.065 0.001 0.001 0.005 0.622 119 V 0.081 0.018 0.005 0.200 0.081 0.158 0.071 0.001 0.001 0.003 0.383 120 S 0.027 0.016 0.001 0.109 0.064 0.109 0.157 0.001 0.001 0.005 0.510 121 Q 0.018 0.009 0.001 0.041 0.021 0.035 0.038 0.001 0.001 0.002 0.835 122 K 0.023 0.014 0.001 0.042 0.023 0.043 0.232 0.001 0.001 0.005 0.615