# TARGET T0475 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0475.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 61.0761 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.105 0.042 0.048 0.025 0.054 0.079 0.012 0.635 2 N 0.041 0.027 0.022 0.011 0.025 0.184 0.013 0.678 3 S 0.201 0.024 0.036 0.010 0.021 0.102 0.029 0.577 4 E 0.099 0.060 0.019 0.009 0.011 0.191 0.007 0.603 5 I 0.045 0.059 0.015 0.006 0.013 0.263 0.006 0.594 6 E 0.093 0.174 0.019 0.007 0.025 0.119 0.008 0.555 7 L 0.097 0.328 0.015 0.007 0.020 0.090 0.007 0.437 8 P 0.021 0.398 0.005 0.002 0.004 0.024 0.003 0.544 9 V 0.010 0.847 0.003 0.001 0.005 0.019 0.002 0.113 10 Q 0.008 0.890 0.003 0.001 0.002 0.019 0.001 0.076 11 K 0.007 0.942 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.035 12 Q 0.016 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 13 L 0.006 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 14 E 0.028 0.925 0.003 0.001 0.001 0.003 0.012 0.026 15 A 0.034 0.907 0.010 0.001 0.002 0.004 0.011 0.030 16 Y 0.065 0.842 0.024 0.004 0.003 0.010 0.018 0.034 17 N 0.145 0.604 0.031 0.004 0.005 0.036 0.051 0.125 18 A 0.149 0.410 0.197 0.005 0.008 0.027 0.031 0.173 19 R 0.067 0.145 0.033 0.003 0.003 0.243 0.042 0.463 20 D 0.209 0.087 0.032 0.003 0.004 0.329 0.039 0.298 21 I 0.096 0.506 0.051 0.003 0.007 0.067 0.006 0.265 22 D 0.019 0.582 0.011 0.002 0.006 0.110 0.003 0.267 23 A 0.053 0.583 0.013 0.002 0.006 0.122 0.008 0.213 24 F 0.038 0.889 0.004 0.001 0.002 0.011 0.004 0.051 25 M 0.032 0.910 0.005 0.002 0.003 0.009 0.004 0.034 26 A 0.034 0.901 0.006 0.002 0.002 0.008 0.008 0.038 27 W 0.123 0.757 0.010 0.002 0.003 0.006 0.020 0.078 28 W 0.110 0.750 0.013 0.006 0.007 0.008 0.021 0.085 29 A 0.111 0.538 0.098 0.016 0.015 0.038 0.027 0.157 30 D 0.061 0.248 0.049 0.016 0.012 0.053 0.029 0.529 31 D 0.243 0.169 0.074 0.012 0.016 0.108 0.035 0.343 32 C 0.210 0.270 0.139 0.030 0.028 0.055 0.020 0.249 33 Q 0.028 0.065 0.586 0.083 0.070 0.062 0.006 0.100 34 Y 0.031 0.083 0.226 0.089 0.100 0.045 0.009 0.417 35 Y 0.026 0.030 0.362 0.129 0.255 0.024 0.006 0.168 36 A 0.022 0.030 0.141 0.083 0.101 0.077 0.011 0.535 37 F 0.026 0.015 0.178 0.088 0.119 0.111 0.007 0.455 38 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 0.001 0.989 39 A 0.014 0.003 0.015 0.010 0.028 0.099 0.005 0.826 40 T 0.242 0.013 0.022 0.016 0.023 0.124 0.013 0.548 41 L 0.195 0.046 0.030 0.023 0.027 0.096 0.008 0.575 42 L 0.115 0.078 0.067 0.068 0.114 0.106 0.008 0.444 43 A 0.095 0.148 0.061 0.044 0.094 0.104 0.008 0.446 44 G 0.083 0.138 0.040 0.018 0.043 0.118 0.016 0.543 45 N 0.140 0.169 0.051 0.012 0.039 0.117 0.022 0.451 46 A 0.032 0.164 0.028 0.005 0.015 0.092 0.006 0.656 47 A 0.006 0.114 0.006 0.002 0.005 0.200 0.003 0.664 48 E 0.047 0.383 0.004 0.001 0.003 0.279 0.005 0.278 49 I 0.029 0.898 0.001 0.001 0.001 0.021 0.002 0.048 50 R 0.009 0.963 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.022 51 V 0.008 0.965 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.021 52 R 0.014 0.958 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.018 53 H 0.017 0.959 0.002 0.001 0.001 0.004 0.005 0.012 54 I 0.018 0.947 0.006 0.001 0.001 0.004 0.004 0.020 55 E 0.049 0.863 0.005 0.002 0.002 0.009 0.020 0.050 56 R 0.175 0.707 0.006 0.003 0.003 0.008 0.039 0.060 57 F 0.195 0.637 0.014 0.006 0.004 0.013 0.041 0.089 58 K 0.223 0.285 0.045 0.009 0.008 0.030 0.066 0.334 59 E 0.107 0.070 0.033 0.010 0.008 0.032 0.017 0.723 60 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 61 D 0.034 0.011 0.022 0.010 0.014 0.139 0.006 0.764 62 L 0.411 0.029 0.076 0.017 0.025 0.050 0.012 0.380 63 Y 0.110 0.043 0.135 0.080 0.102 0.159 0.009 0.362 64 G 0.040 0.028 0.146 0.099 0.139 0.117 0.006 0.424 65 E 0.024 0.029 0.146 0.241 0.262 0.073 0.004 0.221 66 L 0.018 0.072 0.088 0.125 0.195 0.075 0.005 0.421 67 L 0.019 0.106 0.124 0.204 0.341 0.045 0.005 0.156 68 T 0.026 0.135 0.065 0.190 0.265 0.051 0.012 0.255 69 R 0.059 0.168 0.065 0.166 0.246 0.027 0.016 0.253 70 V 0.057 0.104 0.104 0.210 0.270 0.041 0.013 0.200 71 I 0.026 0.084 0.100 0.197 0.285 0.044 0.010 0.254 72 V 0.022 0.055 0.109 0.150 0.332 0.033 0.009 0.290 73 G 0.044 0.040 0.090 0.092 0.179 0.085 0.015 0.454 74 N 0.065 0.024 0.067 0.063 0.089 0.069 0.015 0.607 75 V 0.067 0.024 0.119 0.092 0.132 0.071 0.011 0.485 76 V 0.055 0.019 0.136 0.124 0.168 0.079 0.007 0.410 77 I 0.021 0.012 0.206 0.244 0.289 0.040 0.003 0.186 78 D 0.010 0.019 0.077 0.230 0.340 0.055 0.003 0.266 79 H 0.020 0.023 0.081 0.081 0.254 0.051 0.006 0.484 80 E 0.026 0.017 0.078 0.113 0.122 0.386 0.014 0.246 81 T 0.128 0.018 0.052 0.070 0.082 0.178 0.044 0.428 82 V 0.063 0.064 0.107 0.167 0.318 0.053 0.008 0.219 83 T 0.018 0.052 0.075 0.215 0.280 0.086 0.005 0.269 84 R 0.040 0.041 0.033 0.143 0.262 0.048 0.010 0.423 85 N 0.058 0.031 0.035 0.119 0.222 0.113 0.021 0.402 86 F 0.117 0.018 0.031 0.107 0.151 0.094 0.017 0.465 87 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.991 88 E 0.018 0.004 0.012 0.015 0.037 0.114 0.006 0.794 89 G 0.404 0.009 0.016 0.016 0.027 0.110 0.026 0.392 90 K 0.254 0.018 0.036 0.048 0.060 0.091 0.017 0.476 91 G 0.080 0.012 0.055 0.087 0.108 0.116 0.009 0.533 92 E 0.048 0.005 0.023 0.051 0.058 0.106 0.005 0.704 93 V 0.020 0.005 0.069 0.164 0.305 0.040 0.003 0.395 94 D 0.013 0.005 0.071 0.352 0.347 0.051 0.003 0.159 95 V 0.011 0.005 0.092 0.286 0.376 0.040 0.002 0.187 96 A 0.001 0.002 0.087 0.430 0.459 0.005 0.001 0.016 97 C 0.003 0.003 0.099 0.367 0.478 0.012 0.002 0.037 98 I 0.002 0.002 0.100 0.340 0.517 0.005 0.001 0.034 99 Y 0.001 0.001 0.034 0.476 0.477 0.002 0.001 0.010 100 E 0.001 0.001 0.024 0.380 0.517 0.009 0.001 0.067 101 V 0.002 0.002 0.034 0.340 0.565 0.012 0.001 0.045 102 E 0.004 0.008 0.022 0.281 0.344 0.078 0.005 0.258 103 N 0.028 0.010 0.017 0.060 0.164 0.261 0.030 0.430 104 G 0.492 0.009 0.025 0.035 0.102 0.041 0.105 0.190 105 R 0.203 0.006 0.068 0.114 0.092 0.378 0.014 0.124 106 I 0.003 0.002 0.042 0.147 0.184 0.118 0.001 0.502 107 A 0.001 0.001 0.023 0.312 0.639 0.005 0.001 0.019 108 K 0.005 0.005 0.042 0.139 0.396 0.063 0.001 0.348 109 A 0.006 0.006 0.101 0.305 0.488 0.021 0.002 0.071 110 W 0.008 0.008 0.060 0.292 0.465 0.018 0.003 0.145 111 F 0.010 0.007 0.075 0.391 0.396 0.013 0.003 0.104 112 K 0.009 0.010 0.048 0.322 0.457 0.026 0.004 0.123 113 I 0.021 0.020 0.041 0.171 0.466 0.030 0.006 0.246 114 G 0.033 0.015 0.043 0.108 0.212 0.075 0.014 0.500 115 E 0.051 0.006 0.041 0.053 0.088 0.071 0.010 0.680 116 P 0.004 0.001 0.003 0.002 0.005 0.011 0.001 0.973 117 R 0.034 0.003 0.038 0.038 0.063 0.191 0.005 0.628 118 I 0.136 0.007 0.121 0.072 0.114 0.076 0.011 0.463 119 V 0.062 0.020 0.185 0.137 0.174 0.059 0.005 0.358 120 S 0.025 0.017 0.170 0.104 0.186 0.100 0.003 0.395 121 Q 0.013 0.008 0.038 0.030 0.058 0.039 0.003 0.811 122 K 0.023 0.010 0.051 0.042 0.092 0.157 0.009 0.615