# TARGET T0475 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0475.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 61.0761 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.288 0.271 0.190 0.144 0.036 0.031 0.016 0.002 0.019 0.002 0.001 2 N 0.188 0.085 0.160 0.199 0.082 0.075 0.148 0.021 0.022 0.020 0.001 3 S 0.363 0.167 0.178 0.141 0.058 0.026 0.025 0.009 0.024 0.007 0.002 4 E 0.507 0.092 0.244 0.079 0.018 0.031 0.010 0.001 0.013 0.002 0.001 5 I 0.603 0.109 0.171 0.062 0.017 0.023 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 6 E 0.835 0.050 0.052 0.033 0.013 0.009 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 7 L 0.861 0.028 0.076 0.005 0.009 0.006 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 8 P 0.977 0.001 0.017 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 V 0.990 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 Q 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 K 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 Q 0.985 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 L 0.989 0.002 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 E 0.985 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 A 0.916 0.005 0.004 0.066 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 16 Y 0.691 0.021 0.028 0.236 0.007 0.006 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 17 N 0.515 0.038 0.152 0.145 0.014 0.061 0.045 0.002 0.025 0.003 0.001 18 A 0.881 0.003 0.026 0.070 0.002 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 19 R 0.762 0.005 0.016 0.184 0.003 0.011 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 20 D 0.585 0.025 0.051 0.242 0.008 0.046 0.026 0.002 0.015 0.001 0.001 21 I 0.973 0.004 0.011 0.007 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 22 D 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 F 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 M 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 A 0.994 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 W 0.910 0.003 0.003 0.076 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 28 W 0.677 0.029 0.038 0.221 0.006 0.006 0.007 0.001 0.015 0.001 0.001 29 A 0.714 0.020 0.106 0.102 0.009 0.018 0.019 0.002 0.008 0.002 0.001 30 D 0.759 0.007 0.033 0.169 0.004 0.006 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 31 D 0.336 0.042 0.053 0.417 0.025 0.040 0.067 0.006 0.012 0.001 0.001 32 C 0.220 0.404 0.223 0.056 0.034 0.026 0.017 0.002 0.017 0.001 0.001 33 Q 0.182 0.530 0.180 0.023 0.021 0.050 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 34 Y 0.148 0.537 0.184 0.037 0.028 0.044 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 35 Y 0.133 0.514 0.126 0.086 0.072 0.022 0.008 0.001 0.036 0.001 0.001 36 A 0.059 0.309 0.290 0.070 0.091 0.076 0.057 0.006 0.035 0.005 0.001 37 F 0.009 0.290 0.485 0.004 0.020 0.023 0.005 0.001 0.160 0.002 0.001 38 P 0.294 0.004 0.601 0.015 0.003 0.017 0.001 0.001 0.003 0.002 0.060 39 A 0.422 0.062 0.143 0.242 0.044 0.025 0.029 0.021 0.007 0.004 0.001 40 T 0.222 0.173 0.228 0.159 0.080 0.035 0.045 0.014 0.034 0.009 0.001 41 L 0.238 0.179 0.450 0.044 0.023 0.032 0.008 0.001 0.023 0.001 0.004 42 L 0.289 0.263 0.273 0.068 0.019 0.055 0.004 0.001 0.027 0.001 0.002 43 A 0.178 0.325 0.239 0.103 0.071 0.026 0.010 0.001 0.044 0.001 0.001 44 G 0.114 0.075 0.229 0.132 0.172 0.030 0.049 0.075 0.013 0.111 0.001 45 N 0.054 0.035 0.299 0.022 0.154 0.064 0.042 0.022 0.056 0.251 0.001 46 A 0.972 0.001 0.019 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 A 0.986 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 E 0.955 0.004 0.002 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 I 0.988 0.004 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 R 0.995 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 V 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 R 0.965 0.003 0.002 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 H 0.920 0.009 0.008 0.054 0.002 0.002 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 54 I 0.957 0.007 0.010 0.021 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 E 0.930 0.007 0.010 0.044 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 56 R 0.687 0.018 0.022 0.246 0.005 0.006 0.010 0.001 0.006 0.001 0.001 57 F 0.378 0.055 0.090 0.307 0.018 0.016 0.113 0.005 0.015 0.002 0.001 58 K 0.304 0.107 0.189 0.180 0.027 0.042 0.120 0.011 0.012 0.007 0.001 59 E 0.043 0.224 0.477 0.017 0.025 0.031 0.012 0.001 0.166 0.003 0.001 60 P 0.445 0.004 0.479 0.021 0.002 0.015 0.001 0.001 0.003 0.001 0.030 61 D 0.284 0.085 0.259 0.146 0.049 0.097 0.030 0.021 0.023 0.005 0.001 62 L 0.494 0.170 0.197 0.088 0.018 0.015 0.005 0.001 0.009 0.001 0.002 63 Y 0.345 0.258 0.141 0.138 0.064 0.016 0.017 0.002 0.017 0.001 0.001 64 G 0.223 0.191 0.154 0.053 0.289 0.027 0.020 0.011 0.019 0.012 0.001 65 E 0.223 0.426 0.225 0.029 0.042 0.031 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 66 L 0.329 0.202 0.358 0.021 0.017 0.058 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 67 L 0.651 0.119 0.128 0.049 0.020 0.017 0.005 0.001 0.011 0.001 0.001 68 T 0.469 0.166 0.081 0.125 0.096 0.015 0.030 0.002 0.014 0.001 0.001 69 R 0.212 0.441 0.094 0.078 0.111 0.016 0.014 0.001 0.030 0.001 0.001 70 V 0.089 0.652 0.164 0.017 0.035 0.024 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 71 I 0.107 0.445 0.289 0.023 0.023 0.089 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 72 V 0.104 0.382 0.268 0.116 0.046 0.026 0.021 0.001 0.033 0.001 0.001 73 G 0.020 0.021 0.045 0.023 0.136 0.009 0.098 0.382 0.005 0.260 0.001 74 N 0.071 0.200 0.288 0.133 0.172 0.036 0.056 0.010 0.021 0.012 0.001 75 V 0.058 0.592 0.164 0.050 0.081 0.024 0.007 0.002 0.019 0.002 0.001 76 V 0.046 0.615 0.205 0.024 0.041 0.052 0.003 0.001 0.012 0.001 0.002 77 I 0.037 0.679 0.153 0.023 0.051 0.033 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 78 D 0.038 0.216 0.370 0.046 0.094 0.137 0.037 0.001 0.056 0.003 0.002 79 H 0.290 0.304 0.158 0.086 0.107 0.013 0.011 0.002 0.023 0.003 0.002 80 E 0.188 0.428 0.137 0.056 0.133 0.026 0.010 0.002 0.017 0.002 0.001 81 T 0.052 0.639 0.197 0.019 0.031 0.043 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 82 V 0.091 0.536 0.246 0.023 0.028 0.054 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 83 T 0.074 0.536 0.173 0.067 0.054 0.046 0.011 0.001 0.038 0.001 0.001 84 R 0.124 0.249 0.199 0.115 0.144 0.055 0.053 0.007 0.040 0.011 0.002 85 N 0.095 0.209 0.244 0.203 0.061 0.084 0.045 0.009 0.034 0.014 0.002 86 F 0.052 0.166 0.414 0.025 0.053 0.033 0.024 0.002 0.198 0.032 0.002 87 P 0.661 0.004 0.211 0.051 0.003 0.008 0.002 0.001 0.004 0.003 0.053 88 E 0.199 0.024 0.118 0.432 0.030 0.019 0.089 0.065 0.005 0.018 0.001 89 G 0.094 0.034 0.143 0.071 0.056 0.024 0.115 0.311 0.010 0.141 0.001 90 K 0.169 0.218 0.374 0.176 0.023 0.013 0.012 0.002 0.010 0.002 0.001 91 G 0.084 0.128 0.269 0.038 0.159 0.037 0.054 0.073 0.028 0.130 0.001 92 E 0.170 0.248 0.415 0.058 0.048 0.034 0.006 0.001 0.014 0.001 0.007 93 V 0.071 0.566 0.228 0.025 0.063 0.015 0.003 0.001 0.026 0.001 0.001 94 D 0.087 0.306 0.411 0.037 0.074 0.063 0.009 0.001 0.010 0.001 0.003 95 V 0.024 0.820 0.036 0.011 0.083 0.005 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 96 A 0.011 0.777 0.110 0.005 0.069 0.020 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 97 C 0.012 0.743 0.157 0.005 0.031 0.043 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 98 I 0.022 0.854 0.059 0.005 0.038 0.013 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 99 Y 0.005 0.779 0.028 0.003 0.165 0.006 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 100 E 0.006 0.635 0.194 0.003 0.027 0.128 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 101 V 0.020 0.550 0.353 0.003 0.009 0.057 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 102 E 0.488 0.250 0.132 0.028 0.023 0.039 0.008 0.001 0.029 0.002 0.003 103 N 0.044 0.015 0.062 0.341 0.019 0.010 0.490 0.005 0.007 0.005 0.001 104 G 0.003 0.001 0.004 0.002 0.005 0.001 0.114 0.812 0.001 0.057 0.001 105 R 0.030 0.353 0.543 0.020 0.025 0.014 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 106 I 0.077 0.433 0.385 0.022 0.022 0.034 0.004 0.001 0.019 0.001 0.002 107 A 0.113 0.476 0.251 0.035 0.082 0.020 0.003 0.001 0.016 0.001 0.002 108 K 0.072 0.630 0.132 0.020 0.110 0.016 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 109 A 0.035 0.757 0.107 0.008 0.068 0.015 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 110 W 0.036 0.785 0.104 0.006 0.035 0.022 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 111 F 0.049 0.693 0.119 0.010 0.079 0.027 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 112 K 0.095 0.534 0.210 0.025 0.036 0.059 0.004 0.001 0.036 0.001 0.001 113 I 0.160 0.236 0.328 0.128 0.052 0.021 0.044 0.002 0.027 0.003 0.001 114 G 0.025 0.017 0.044 0.058 0.089 0.013 0.139 0.426 0.003 0.186 0.001 115 E 0.022 0.276 0.487 0.027 0.064 0.017 0.019 0.002 0.079 0.007 0.001 116 P 0.096 0.033 0.792 0.010 0.007 0.020 0.002 0.001 0.013 0.002 0.025 117 R 0.208 0.137 0.522 0.048 0.025 0.039 0.003 0.001 0.013 0.001 0.006 118 I 0.063 0.408 0.392 0.035 0.034 0.047 0.003 0.001 0.016 0.001 0.002 119 V 0.053 0.685 0.160 0.028 0.039 0.011 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 120 S 0.033 0.291 0.348 0.023 0.161 0.059 0.014 0.001 0.066 0.004 0.001 121 Q 0.276 0.202 0.341 0.059 0.054 0.026 0.005 0.001 0.024 0.003 0.008 122 K 0.242 0.263 0.274 0.084 0.064 0.032 0.011 0.002 0.022 0.003 0.001