# TARGET T0475 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0475.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 61.0761 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.074 0.151 0.053 0.026 0.139 0.037 0.066 0.197 0.113 0.101 0.043 2 N 0.098 0.101 0.074 0.043 0.140 0.034 0.049 0.136 0.077 0.176 0.071 3 S 0.064 0.186 0.105 0.028 0.118 0.024 0.031 0.189 0.105 0.113 0.037 4 E 0.052 0.245 0.121 0.014 0.140 0.013 0.031 0.221 0.080 0.056 0.028 5 I 0.039 0.074 0.020 0.003 0.060 0.006 0.020 0.489 0.210 0.055 0.025 6 E 0.019 0.033 0.009 0.004 0.026 0.007 0.015 0.720 0.099 0.051 0.015 7 L 0.010 0.081 0.025 0.003 0.027 0.003 0.005 0.781 0.053 0.009 0.004 8 P 0.004 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.942 0.030 0.011 0.001 9 V 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.915 0.069 0.007 0.002 10 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.961 0.034 0.001 0.001 11 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.967 0.024 0.004 0.001 12 Q 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.897 0.067 0.024 0.001 13 L 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.858 0.126 0.003 0.001 14 E 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.776 0.132 0.016 0.001 15 A 0.015 0.055 0.012 0.001 0.026 0.002 0.037 0.650 0.111 0.083 0.007 16 Y 0.027 0.066 0.026 0.014 0.055 0.025 0.093 0.470 0.118 0.083 0.024 17 N 0.107 0.071 0.030 0.005 0.160 0.006 0.029 0.330 0.147 0.088 0.027 18 A 0.022 0.017 0.007 0.002 0.031 0.004 0.040 0.563 0.232 0.064 0.017 19 R 0.016 0.088 0.047 0.019 0.044 0.036 0.092 0.484 0.071 0.091 0.013 20 D 0.076 0.175 0.066 0.006 0.129 0.004 0.008 0.303 0.065 0.119 0.049 21 I 0.003 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.788 0.190 0.005 0.003 22 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.934 0.054 0.002 0.001 23 A 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.026 0.011 0.001 24 F 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.958 0.026 0.009 0.001 25 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.860 0.126 0.005 0.001 26 A 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 0.798 0.160 0.011 0.001 27 W 0.013 0.049 0.028 0.002 0.024 0.005 0.121 0.588 0.089 0.075 0.007 28 W 0.086 0.140 0.074 0.009 0.102 0.012 0.042 0.141 0.072 0.256 0.066 29 A 0.088 0.240 0.118 0.026 0.152 0.013 0.024 0.154 0.094 0.051 0.041 30 D 0.013 0.032 0.024 0.025 0.025 0.048 0.149 0.397 0.223 0.051 0.012 31 D 0.086 0.101 0.041 0.012 0.140 0.009 0.042 0.149 0.079 0.279 0.060 32 C 0.270 0.114 0.011 0.001 0.481 0.004 0.012 0.039 0.029 0.014 0.024 33 Q 0.197 0.109 0.016 0.006 0.464 0.017 0.028 0.070 0.024 0.020 0.049 34 Y 0.339 0.062 0.011 0.005 0.359 0.010 0.018 0.050 0.027 0.045 0.074 35 Y 0.124 0.175 0.071 0.025 0.331 0.033 0.053 0.049 0.025 0.051 0.062 36 A 0.236 0.123 0.076 0.024 0.283 0.014 0.023 0.031 0.018 0.096 0.077 37 F 0.059 0.320 0.233 0.055 0.155 0.025 0.026 0.032 0.029 0.038 0.027 38 P 0.064 0.207 0.138 0.059 0.123 0.035 0.063 0.130 0.098 0.055 0.027 39 A 0.046 0.083 0.062 0.058 0.064 0.053 0.066 0.167 0.182 0.176 0.043 40 T 0.082 0.187 0.112 0.026 0.179 0.021 0.033 0.083 0.075 0.140 0.062 41 L 0.141 0.210 0.042 0.006 0.377 0.007 0.016 0.078 0.049 0.039 0.035 42 L 0.193 0.132 0.037 0.011 0.299 0.020 0.032 0.062 0.043 0.089 0.082 43 A 0.101 0.184 0.138 0.062 0.150 0.038 0.035 0.098 0.039 0.076 0.080 44 G 0.017 0.083 0.084 0.222 0.028 0.153 0.162 0.096 0.038 0.091 0.025 45 N 0.024 0.308 0.447 0.029 0.066 0.003 0.003 0.027 0.016 0.059 0.018 46 A 0.004 0.011 0.003 0.001 0.007 0.001 0.005 0.515 0.442 0.007 0.005 47 A 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.003 0.014 0.842 0.125 0.006 0.001 48 E 0.004 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.922 0.030 0.029 0.002 49 I 0.004 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.906 0.069 0.010 0.001 50 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.936 0.057 0.003 0.001 51 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.956 0.036 0.003 0.001 52 R 0.001 0.007 0.002 0.001 0.002 0.001 0.014 0.897 0.055 0.020 0.001 53 H 0.012 0.017 0.002 0.001 0.011 0.001 0.005 0.800 0.095 0.050 0.006 54 I 0.005 0.005 0.001 0.001 0.006 0.002 0.014 0.750 0.194 0.019 0.003 55 E 0.005 0.008 0.003 0.001 0.008 0.002 0.067 0.684 0.202 0.018 0.002 56 R 0.029 0.030 0.013 0.002 0.036 0.006 0.128 0.428 0.173 0.138 0.017 57 F 0.067 0.248 0.093 0.013 0.139 0.018 0.054 0.171 0.065 0.092 0.039 58 K 0.069 0.061 0.050 0.057 0.074 0.052 0.085 0.123 0.072 0.269 0.087 59 E 0.084 0.255 0.206 0.031 0.206 0.012 0.017 0.058 0.034 0.071 0.027 60 P 0.055 0.146 0.060 0.016 0.132 0.022 0.060 0.244 0.194 0.047 0.023 61 D 0.101 0.094 0.046 0.014 0.157 0.016 0.036 0.250 0.126 0.104 0.057 62 L 0.077 0.116 0.024 0.005 0.136 0.013 0.037 0.341 0.137 0.070 0.042 63 Y 0.088 0.068 0.023 0.019 0.117 0.021 0.033 0.374 0.075 0.118 0.064 64 G 0.097 0.149 0.049 0.014 0.180 0.014 0.018 0.337 0.088 0.032 0.022 65 E 0.078 0.101 0.014 0.002 0.145 0.006 0.016 0.519 0.056 0.044 0.018 66 L 0.140 0.039 0.003 0.001 0.105 0.003 0.023 0.473 0.116 0.047 0.050 67 L 0.089 0.027 0.006 0.007 0.083 0.029 0.101 0.448 0.145 0.022 0.043 68 T 0.067 0.044 0.021 0.012 0.088 0.036 0.077 0.492 0.093 0.039 0.030 69 R 0.121 0.200 0.036 0.003 0.326 0.005 0.020 0.186 0.029 0.053 0.021 70 V 0.248 0.159 0.020 0.002 0.399 0.003 0.013 0.087 0.012 0.027 0.030 71 I 0.197 0.080 0.057 0.061 0.172 0.051 0.034 0.155 0.036 0.056 0.102 72 V 0.015 0.070 0.039 0.300 0.025 0.221 0.215 0.064 0.025 0.017 0.009 73 G 0.036 0.025 0.067 0.263 0.036 0.046 0.028 0.028 0.023 0.382 0.067 74 N 0.076 0.273 0.111 0.031 0.212 0.017 0.027 0.039 0.077 0.097 0.041 75 V 0.167 0.198 0.019 0.003 0.560 0.004 0.010 0.011 0.008 0.008 0.011 76 V 0.375 0.050 0.006 0.002 0.503 0.003 0.005 0.007 0.005 0.011 0.033 77 I 0.128 0.281 0.111 0.031 0.308 0.030 0.022 0.020 0.011 0.014 0.044 78 D 0.224 0.162 0.053 0.014 0.337 0.014 0.019 0.048 0.027 0.039 0.063 79 H 0.162 0.127 0.028 0.008 0.240 0.009 0.019 0.154 0.141 0.063 0.050 80 E 0.122 0.140 0.025 0.007 0.274 0.020 0.048 0.192 0.100 0.044 0.027 81 T 0.206 0.154 0.019 0.003 0.310 0.006 0.023 0.129 0.046 0.061 0.042 82 V 0.234 0.127 0.019 0.005 0.287 0.010 0.027 0.121 0.048 0.058 0.063 83 T 0.130 0.139 0.057 0.043 0.206 0.056 0.066 0.116 0.056 0.059 0.071 84 R 0.114 0.117 0.073 0.042 0.179 0.033 0.053 0.138 0.066 0.123 0.063 85 N 0.101 0.119 0.106 0.042 0.173 0.027 0.053 0.071 0.053 0.191 0.063 86 F 0.083 0.248 0.263 0.033 0.176 0.016 0.018 0.049 0.036 0.049 0.029 87 P 0.038 0.131 0.091 0.067 0.062 0.068 0.107 0.185 0.184 0.043 0.025 88 E 0.045 0.079 0.082 0.099 0.052 0.069 0.093 0.113 0.102 0.219 0.048 89 G 0.061 0.130 0.114 0.071 0.112 0.031 0.031 0.059 0.064 0.248 0.078 90 K 0.142 0.120 0.080 0.059 0.174 0.041 0.041 0.059 0.055 0.142 0.088 91 G 0.032 0.305 0.297 0.077 0.101 0.038 0.025 0.040 0.025 0.041 0.019 92 E 0.333 0.066 0.013 0.005 0.435 0.005 0.012 0.033 0.026 0.036 0.037 93 V 0.274 0.109 0.021 0.005 0.486 0.011 0.018 0.020 0.020 0.008 0.028 94 D 0.213 0.150 0.025 0.008 0.456 0.028 0.027 0.024 0.009 0.019 0.042 95 V 0.351 0.070 0.004 0.001 0.513 0.002 0.004 0.006 0.004 0.009 0.033 96 A 0.289 0.056 0.005 0.002 0.595 0.007 0.014 0.005 0.003 0.003 0.020 97 C 0.245 0.104 0.009 0.002 0.587 0.007 0.007 0.005 0.002 0.004 0.029 98 I 0.435 0.030 0.002 0.001 0.495 0.002 0.004 0.002 0.002 0.002 0.025 99 Y 0.089 0.187 0.016 0.001 0.691 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.006 100 E 0.269 0.059 0.002 0.001 0.649 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.016 101 V 0.382 0.084 0.047 0.008 0.276 0.009 0.009 0.019 0.006 0.018 0.142 102 E 0.009 0.012 0.025 0.411 0.009 0.422 0.052 0.034 0.007 0.008 0.010 103 N 0.012 0.233 0.125 0.404 0.026 0.072 0.090 0.012 0.006 0.014 0.005 104 G 0.012 0.009 0.019 0.083 0.008 0.016 0.006 0.009 0.038 0.616 0.182 105 R 0.032 0.639 0.068 0.004 0.183 0.004 0.009 0.017 0.013 0.017 0.015 106 I 0.546 0.041 0.003 0.003 0.325 0.004 0.011 0.014 0.008 0.008 0.037 107 A 0.124 0.165 0.067 0.055 0.238 0.096 0.101 0.058 0.027 0.019 0.050 108 K 0.359 0.062 0.009 0.004 0.500 0.009 0.006 0.018 0.004 0.008 0.021 109 A 0.291 0.091 0.008 0.001 0.534 0.003 0.006 0.028 0.011 0.006 0.023 110 W 0.237 0.113 0.011 0.003 0.487 0.008 0.016 0.043 0.014 0.016 0.051 111 F 0.286 0.139 0.017 0.002 0.381 0.004 0.009 0.076 0.017 0.022 0.047 112 K 0.173 0.046 0.033 0.037 0.151 0.054 0.075 0.181 0.050 0.099 0.100 113 I 0.020 0.371 0.112 0.148 0.051 0.103 0.133 0.028 0.014 0.012 0.008 114 G 0.034 0.019 0.038 0.186 0.025 0.041 0.017 0.015 0.018 0.459 0.150 115 E 0.090 0.317 0.156 0.019 0.265 0.010 0.014 0.023 0.031 0.049 0.027 116 P 0.122 0.326 0.079 0.018 0.277 0.017 0.029 0.031 0.041 0.030 0.030 117 R 0.120 0.316 0.084 0.014 0.288 0.015 0.024 0.034 0.037 0.030 0.038 118 I 0.255 0.085 0.026 0.006 0.368 0.011 0.023 0.059 0.044 0.057 0.064 119 V 0.124 0.220 0.077 0.033 0.261 0.038 0.037 0.034 0.026 0.095 0.055 120 S 0.099 0.363 0.167 0.010 0.315 0.004 0.004 0.008 0.005 0.010 0.015 121 Q 0.097 0.092 0.036 0.010 0.146 0.016 0.034 0.200 0.265 0.061 0.043 122 K 0.061 0.197 0.087 0.028 0.141 0.034 0.070 0.141 0.113 0.095 0.033