# TARGET T0475 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0475.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 61.0761 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.563 0.172 0.131 0.096 0.033 0.005 0.001 2 N 0.782 0.178 0.029 0.008 0.002 0.001 0.001 3 S 0.778 0.188 0.025 0.007 0.001 0.001 0.001 4 E 0.605 0.294 0.072 0.022 0.005 0.001 0.001 5 I 0.242 0.214 0.238 0.205 0.084 0.016 0.001 6 E 0.367 0.327 0.187 0.082 0.032 0.006 0.001 7 L 0.290 0.348 0.211 0.112 0.032 0.006 0.001 8 P 0.054 0.104 0.206 0.271 0.243 0.111 0.011 9 V 0.038 0.063 0.107 0.209 0.311 0.241 0.030 10 Q 0.122 0.261 0.282 0.204 0.097 0.031 0.002 11 K 0.104 0.247 0.265 0.232 0.111 0.037 0.004 12 Q 0.026 0.049 0.093 0.198 0.282 0.298 0.055 13 L 0.032 0.055 0.109 0.226 0.319 0.225 0.035 14 E 0.196 0.373 0.237 0.117 0.050 0.023 0.003 15 A 0.059 0.083 0.143 0.267 0.267 0.155 0.026 16 Y 0.053 0.073 0.109 0.172 0.287 0.252 0.054 17 N 0.070 0.146 0.205 0.232 0.196 0.124 0.027 18 A 0.209 0.266 0.229 0.160 0.091 0.039 0.007 19 R 0.175 0.241 0.233 0.206 0.101 0.039 0.006 20 D 0.064 0.095 0.142 0.213 0.237 0.193 0.055 21 I 0.032 0.031 0.049 0.127 0.251 0.362 0.149 22 D 0.104 0.230 0.230 0.197 0.141 0.081 0.016 23 A 0.032 0.070 0.125 0.210 0.258 0.220 0.084 24 F 0.005 0.008 0.014 0.037 0.105 0.392 0.438 25 M 0.003 0.007 0.014 0.038 0.123 0.392 0.422 26 A 0.026 0.070 0.120 0.198 0.218 0.214 0.155 27 W 0.009 0.022 0.048 0.103 0.253 0.366 0.199 28 W 0.003 0.008 0.013 0.034 0.093 0.405 0.444 29 A 0.011 0.024 0.063 0.140 0.236 0.305 0.221 30 D 0.046 0.163 0.276 0.255 0.138 0.094 0.029 31 D 0.029 0.070 0.120 0.199 0.258 0.243 0.081 32 C 0.013 0.013 0.021 0.074 0.190 0.453 0.236 33 Q 0.033 0.136 0.192 0.260 0.209 0.145 0.025 34 Y 0.028 0.061 0.088 0.154 0.274 0.314 0.080 35 Y 0.031 0.088 0.153 0.221 0.263 0.211 0.033 36 A 0.069 0.158 0.222 0.252 0.189 0.097 0.013 37 F 0.084 0.115 0.190 0.267 0.230 0.101 0.013 38 P 0.310 0.281 0.191 0.127 0.063 0.024 0.002 39 A 0.427 0.298 0.146 0.084 0.032 0.012 0.001 40 T 0.408 0.345 0.144 0.070 0.025 0.007 0.001 41 L 0.115 0.193 0.211 0.247 0.169 0.060 0.005 42 L 0.048 0.114 0.173 0.259 0.257 0.139 0.009 43 A 0.058 0.116 0.239 0.293 0.199 0.090 0.006 44 G 0.153 0.283 0.281 0.186 0.078 0.018 0.001 45 N 0.181 0.248 0.191 0.191 0.139 0.047 0.004 46 A 0.063 0.150 0.241 0.323 0.161 0.058 0.003 47 A 0.381 0.385 0.139 0.062 0.026 0.007 0.001 48 E 0.090 0.259 0.333 0.236 0.065 0.016 0.001 49 I 0.037 0.042 0.066 0.168 0.394 0.263 0.029 50 R 0.027 0.128 0.252 0.350 0.178 0.062 0.002 51 V 0.184 0.348 0.234 0.141 0.069 0.023 0.001 52 R 0.061 0.134 0.237 0.320 0.185 0.060 0.004 53 H 0.044 0.080 0.125 0.218 0.334 0.185 0.013 54 I 0.124 0.218 0.304 0.214 0.107 0.030 0.002 55 E 0.363 0.374 0.159 0.074 0.024 0.006 0.001 56 R 0.180 0.230 0.227 0.217 0.114 0.031 0.001 57 F 0.149 0.145 0.254 0.265 0.150 0.037 0.001 58 K 0.540 0.308 0.100 0.037 0.012 0.003 0.001 59 E 0.547 0.256 0.111 0.059 0.020 0.005 0.001 60 P 0.370 0.261 0.177 0.125 0.052 0.013 0.001 61 D 0.382 0.362 0.164 0.065 0.020 0.006 0.001 62 L 0.106 0.109 0.170 0.264 0.241 0.098 0.012 63 Y 0.123 0.239 0.240 0.199 0.129 0.064 0.007 64 G 0.083 0.096 0.152 0.240 0.232 0.169 0.027 65 E 0.187 0.305 0.233 0.153 0.084 0.033 0.005 66 L 0.045 0.070 0.102 0.197 0.261 0.258 0.067 67 L 0.053 0.115 0.190 0.250 0.222 0.140 0.030 68 T 0.146 0.265 0.209 0.191 0.116 0.062 0.010 69 R 0.045 0.090 0.153 0.235 0.269 0.175 0.034 70 V 0.046 0.066 0.092 0.183 0.243 0.295 0.075 71 I 0.057 0.080 0.143 0.246 0.244 0.182 0.048 72 V 0.122 0.183 0.221 0.217 0.141 0.092 0.023 73 G 0.170 0.234 0.212 0.192 0.119 0.061 0.012 74 N 0.208 0.278 0.189 0.162 0.104 0.050 0.009 75 V 0.040 0.101 0.156 0.233 0.270 0.171 0.028 76 V 0.040 0.049 0.086 0.183 0.244 0.293 0.105 77 I 0.030 0.042 0.079 0.161 0.222 0.311 0.156 78 D 0.036 0.071 0.106 0.142 0.221 0.288 0.136 79 H 0.045 0.110 0.179 0.243 0.212 0.155 0.056 80 E 0.033 0.095 0.127 0.188 0.286 0.226 0.045 81 T 0.020 0.081 0.149 0.263 0.294 0.167 0.025 82 V 0.016 0.030 0.056 0.148 0.370 0.340 0.041 83 T 0.058 0.205 0.302 0.241 0.142 0.049 0.002 84 R 0.111 0.195 0.289 0.247 0.121 0.034 0.001 85 N 0.175 0.248 0.297 0.209 0.058 0.013 0.001 86 F 0.271 0.200 0.255 0.198 0.065 0.011 0.001 87 P 0.796 0.174 0.022 0.006 0.002 0.001 0.001 88 E 0.770 0.201 0.021 0.006 0.001 0.001 0.001 89 G 0.418 0.273 0.181 0.099 0.025 0.004 0.001 90 K 0.312 0.351 0.227 0.086 0.021 0.004 0.001 91 G 0.161 0.260 0.269 0.207 0.084 0.017 0.001 92 E 0.048 0.196 0.265 0.251 0.172 0.062 0.005 93 V 0.008 0.021 0.043 0.134 0.350 0.389 0.054 94 D 0.005 0.041 0.130 0.264 0.291 0.236 0.033 95 V 0.001 0.003 0.009 0.028 0.119 0.488 0.352 96 A 0.001 0.001 0.006 0.017 0.073 0.332 0.571 97 C 0.001 0.002 0.005 0.015 0.078 0.389 0.510 98 I 0.001 0.006 0.022 0.054 0.137 0.345 0.435 99 Y 0.001 0.004 0.010 0.026 0.136 0.592 0.232 100 E 0.008 0.084 0.211 0.322 0.261 0.103 0.010 101 V 0.006 0.021 0.073 0.270 0.372 0.242 0.015 102 E 0.209 0.417 0.192 0.104 0.067 0.012 0.001 103 N 0.422 0.411 0.108 0.043 0.012 0.003 0.001 104 G 0.239 0.347 0.239 0.135 0.035 0.005 0.001 105 R 0.111 0.306 0.316 0.210 0.048 0.010 0.001 106 I 0.052 0.060 0.123 0.229 0.356 0.167 0.013 107 A 0.081 0.228 0.278 0.260 0.119 0.032 0.002 108 K 0.141 0.302 0.280 0.182 0.071 0.021 0.002 109 A 0.049 0.143 0.227 0.284 0.223 0.070 0.004 110 W 0.033 0.131 0.211 0.313 0.219 0.088 0.005 111 F 0.037 0.063 0.135 0.259 0.303 0.186 0.016 112 K 0.104 0.272 0.296 0.214 0.089 0.024 0.001 113 I 0.142 0.165 0.229 0.257 0.159 0.046 0.002 114 G 0.429 0.341 0.140 0.063 0.022 0.005 0.001 115 E 0.522 0.300 0.097 0.056 0.020 0.005 0.001 116 P 0.388 0.262 0.179 0.112 0.048 0.011 0.001 117 R 0.357 0.342 0.175 0.089 0.029 0.008 0.001 118 I 0.137 0.163 0.250 0.251 0.143 0.053 0.003 119 V 0.174 0.137 0.210 0.246 0.168 0.062 0.004 120 S 0.520 0.283 0.115 0.054 0.022 0.006 0.001 121 Q 0.669 0.220 0.066 0.032 0.011 0.003 0.001 122 K 0.702 0.196 0.061 0.029 0.009 0.003 0.001