# TARGET T0475 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0475.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 61.0761 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.133 0.061 0.088 0.143 0.204 0.159 0.099 0.058 0.030 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 2 N 0.339 0.177 0.145 0.128 0.096 0.055 0.036 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 3 S 0.593 0.167 0.094 0.064 0.038 0.021 0.011 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 4 E 0.370 0.181 0.129 0.120 0.091 0.050 0.033 0.013 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 5 I 0.117 0.067 0.091 0.145 0.180 0.164 0.115 0.062 0.034 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 6 E 0.237 0.179 0.164 0.151 0.122 0.074 0.041 0.017 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 7 L 0.402 0.206 0.136 0.099 0.067 0.042 0.022 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 8 P 0.082 0.054 0.080 0.146 0.209 0.183 0.112 0.075 0.035 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 9 V 0.057 0.038 0.048 0.091 0.160 0.179 0.165 0.133 0.071 0.037 0.013 0.005 0.002 0.001 10 Q 0.246 0.194 0.162 0.166 0.102 0.061 0.034 0.017 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 11 K 0.245 0.172 0.186 0.166 0.093 0.065 0.038 0.017 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 12 Q 0.059 0.044 0.069 0.122 0.194 0.193 0.148 0.095 0.047 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 13 L 0.083 0.071 0.080 0.118 0.170 0.163 0.134 0.090 0.050 0.023 0.010 0.004 0.002 0.001 14 E 0.318 0.254 0.171 0.098 0.064 0.039 0.031 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 15 A 0.129 0.041 0.066 0.099 0.154 0.144 0.112 0.102 0.074 0.037 0.020 0.015 0.006 0.002 16 Y 0.079 0.052 0.073 0.138 0.184 0.174 0.137 0.090 0.041 0.019 0.009 0.003 0.001 0.001 17 N 0.129 0.084 0.077 0.117 0.143 0.141 0.114 0.088 0.053 0.032 0.014 0.006 0.002 0.001 18 A 0.141 0.142 0.155 0.171 0.161 0.103 0.059 0.033 0.018 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 19 R 0.221 0.130 0.133 0.149 0.123 0.103 0.069 0.037 0.020 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 20 D 0.075 0.074 0.100 0.148 0.193 0.168 0.124 0.066 0.033 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 21 I 0.055 0.036 0.044 0.086 0.139 0.183 0.189 0.139 0.076 0.034 0.012 0.004 0.001 0.001 22 D 0.227 0.242 0.206 0.143 0.076 0.052 0.030 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.160 0.107 0.147 0.157 0.137 0.124 0.078 0.049 0.024 0.009 0.004 0.003 0.002 0.001 24 F 0.026 0.021 0.029 0.069 0.126 0.196 0.216 0.180 0.084 0.033 0.013 0.005 0.002 0.001 25 M 0.047 0.054 0.075 0.113 0.158 0.178 0.160 0.120 0.058 0.023 0.008 0.003 0.001 0.001 26 A 0.232 0.193 0.183 0.137 0.102 0.068 0.045 0.022 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 27 W 0.056 0.042 0.078 0.160 0.199 0.182 0.124 0.082 0.041 0.018 0.009 0.006 0.002 0.001 28 W 0.023 0.021 0.042 0.084 0.140 0.212 0.192 0.157 0.076 0.033 0.013 0.005 0.002 0.001 29 A 0.051 0.063 0.078 0.118 0.172 0.170 0.135 0.107 0.058 0.027 0.013 0.005 0.002 0.001 30 D 0.112 0.127 0.126 0.144 0.139 0.115 0.089 0.061 0.040 0.023 0.013 0.007 0.003 0.001 31 D 0.057 0.058 0.088 0.157 0.195 0.144 0.118 0.076 0.052 0.026 0.014 0.008 0.005 0.002 32 C 0.031 0.021 0.033 0.033 0.061 0.093 0.135 0.133 0.151 0.131 0.084 0.053 0.032 0.009 33 Q 0.089 0.076 0.095 0.140 0.156 0.137 0.111 0.093 0.053 0.026 0.014 0.006 0.003 0.001 34 Y 0.062 0.039 0.051 0.081 0.111 0.120 0.116 0.125 0.110 0.088 0.052 0.026 0.011 0.006 35 Y 0.057 0.065 0.082 0.128 0.164 0.150 0.116 0.099 0.058 0.039 0.023 0.011 0.004 0.003 36 A 0.100 0.104 0.121 0.140 0.134 0.127 0.101 0.070 0.048 0.027 0.015 0.007 0.004 0.001 37 F 0.074 0.069 0.098 0.124 0.165 0.157 0.119 0.088 0.052 0.027 0.014 0.007 0.003 0.001 38 P 0.256 0.194 0.143 0.126 0.101 0.067 0.051 0.027 0.019 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 39 A 0.267 0.152 0.126 0.128 0.111 0.081 0.057 0.034 0.024 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 40 T 0.340 0.186 0.126 0.111 0.093 0.055 0.041 0.021 0.016 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 41 L 0.151 0.084 0.115 0.143 0.151 0.126 0.087 0.061 0.042 0.021 0.011 0.005 0.003 0.001 42 L 0.092 0.075 0.105 0.143 0.172 0.152 0.106 0.076 0.040 0.022 0.011 0.004 0.002 0.001 43 A 0.133 0.087 0.106 0.121 0.158 0.131 0.093 0.070 0.048 0.028 0.015 0.006 0.003 0.001 44 G 0.259 0.200 0.146 0.142 0.103 0.063 0.040 0.021 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 45 N 0.190 0.132 0.131 0.142 0.140 0.103 0.079 0.037 0.025 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 46 A 0.122 0.130 0.158 0.186 0.162 0.114 0.063 0.032 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 47 A 0.564 0.219 0.092 0.051 0.034 0.018 0.011 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 E 0.185 0.201 0.176 0.158 0.135 0.071 0.035 0.020 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 49 I 0.053 0.035 0.060 0.106 0.189 0.181 0.155 0.115 0.062 0.027 0.009 0.004 0.002 0.001 50 R 0.124 0.156 0.168 0.196 0.155 0.097 0.053 0.028 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 51 V 0.479 0.191 0.109 0.082 0.056 0.034 0.023 0.012 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 52 R 0.138 0.143 0.151 0.196 0.173 0.101 0.048 0.027 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 53 H 0.073 0.054 0.090 0.138 0.192 0.177 0.127 0.087 0.036 0.017 0.005 0.003 0.001 0.001 54 I 0.198 0.154 0.149 0.181 0.137 0.086 0.047 0.025 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 55 E 0.663 0.173 0.075 0.045 0.022 0.010 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 R 0.218 0.155 0.157 0.176 0.135 0.081 0.047 0.016 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 57 F 0.159 0.102 0.153 0.179 0.166 0.118 0.071 0.030 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 58 K 0.588 0.197 0.094 0.054 0.034 0.015 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 E 0.390 0.191 0.131 0.118 0.077 0.043 0.023 0.012 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 60 P 0.220 0.111 0.122 0.134 0.146 0.112 0.082 0.036 0.021 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 61 D 0.219 0.199 0.154 0.125 0.113 0.072 0.056 0.031 0.017 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 62 L 0.077 0.043 0.059 0.092 0.156 0.148 0.116 0.118 0.088 0.049 0.029 0.017 0.007 0.002 63 Y 0.079 0.075 0.093 0.149 0.177 0.141 0.106 0.083 0.045 0.027 0.015 0.006 0.003 0.001 64 G 0.076 0.038 0.041 0.062 0.105 0.114 0.115 0.124 0.120 0.086 0.063 0.037 0.015 0.006 65 E 0.178 0.133 0.137 0.146 0.116 0.093 0.082 0.049 0.031 0.017 0.011 0.006 0.002 0.001 66 L 0.059 0.034 0.055 0.090 0.124 0.137 0.122 0.125 0.099 0.067 0.043 0.028 0.012 0.005 67 L 0.067 0.064 0.079 0.129 0.155 0.160 0.126 0.100 0.056 0.032 0.018 0.008 0.004 0.002 68 T 0.209 0.180 0.158 0.130 0.097 0.078 0.061 0.035 0.024 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 69 R 0.118 0.089 0.109 0.130 0.148 0.130 0.093 0.078 0.054 0.025 0.014 0.007 0.004 0.001 70 V 0.111 0.058 0.074 0.100 0.138 0.145 0.128 0.100 0.061 0.037 0.024 0.014 0.006 0.002 71 I 0.090 0.055 0.078 0.108 0.145 0.141 0.116 0.112 0.064 0.043 0.026 0.015 0.006 0.003 72 V 0.121 0.099 0.109 0.135 0.132 0.112 0.088 0.074 0.053 0.036 0.023 0.011 0.005 0.003 73 G 0.183 0.126 0.119 0.132 0.118 0.100 0.087 0.053 0.038 0.020 0.012 0.007 0.003 0.002 74 N 0.143 0.099 0.106 0.123 0.135 0.122 0.100 0.066 0.047 0.026 0.016 0.009 0.005 0.003 75 V 0.066 0.048 0.072 0.099 0.125 0.141 0.127 0.114 0.080 0.055 0.038 0.020 0.009 0.004 76 V 0.055 0.037 0.048 0.071 0.116 0.129 0.129 0.132 0.096 0.078 0.057 0.033 0.014 0.007 77 I 0.043 0.035 0.042 0.056 0.084 0.102 0.107 0.126 0.124 0.112 0.086 0.048 0.023 0.011 78 D 0.067 0.051 0.065 0.102 0.119 0.117 0.119 0.111 0.090 0.066 0.047 0.028 0.011 0.007 79 H 0.038 0.032 0.041 0.063 0.095 0.109 0.109 0.116 0.124 0.111 0.078 0.047 0.022 0.014 80 E 0.060 0.049 0.060 0.077 0.095 0.114 0.118 0.118 0.103 0.088 0.060 0.034 0.016 0.008 81 T 0.054 0.049 0.071 0.104 0.117 0.123 0.111 0.114 0.093 0.074 0.046 0.024 0.013 0.006 82 V 0.028 0.026 0.041 0.058 0.095 0.123 0.145 0.161 0.117 0.099 0.058 0.031 0.013 0.006 83 T 0.081 0.085 0.112 0.146 0.147 0.132 0.109 0.083 0.048 0.031 0.015 0.007 0.003 0.001 84 R 0.173 0.134 0.135 0.139 0.123 0.100 0.072 0.052 0.037 0.020 0.010 0.004 0.002 0.001 85 N 0.200 0.142 0.130 0.146 0.139 0.102 0.068 0.035 0.022 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 86 F 0.221 0.146 0.162 0.151 0.126 0.089 0.054 0.025 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 87 P 0.569 0.182 0.093 0.066 0.045 0.021 0.013 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 E 0.530 0.224 0.098 0.068 0.039 0.019 0.012 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 G 0.324 0.164 0.151 0.129 0.096 0.066 0.039 0.015 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 90 K 0.213 0.196 0.154 0.146 0.115 0.076 0.055 0.024 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 91 G 0.045 0.075 0.111 0.177 0.184 0.159 0.100 0.076 0.039 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 92 E 0.027 0.047 0.084 0.150 0.209 0.174 0.125 0.095 0.050 0.021 0.011 0.004 0.002 0.001 93 V 0.004 0.007 0.013 0.029 0.056 0.106 0.156 0.185 0.155 0.122 0.091 0.046 0.023 0.008 94 D 0.003 0.007 0.014 0.041 0.075 0.098 0.123 0.171 0.191 0.126 0.085 0.038 0.017 0.012 95 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.014 0.035 0.055 0.113 0.203 0.225 0.201 0.082 0.061 96 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.014 0.030 0.086 0.181 0.224 0.223 0.163 0.069 97 C 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.015 0.037 0.076 0.138 0.192 0.183 0.186 0.106 0.052 98 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.011 0.024 0.053 0.122 0.215 0.233 0.157 0.086 0.088 99 Y 0.003 0.008 0.011 0.017 0.034 0.049 0.089 0.128 0.158 0.146 0.142 0.109 0.065 0.040 100 E 0.011 0.022 0.045 0.109 0.162 0.139 0.125 0.133 0.117 0.067 0.038 0.018 0.010 0.005 101 V 0.006 0.010 0.023 0.045 0.091 0.124 0.174 0.180 0.161 0.101 0.048 0.022 0.010 0.005 102 E 0.103 0.129 0.155 0.191 0.130 0.121 0.073 0.044 0.031 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 103 N 0.233 0.237 0.183 0.128 0.077 0.055 0.044 0.016 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 104 G 0.201 0.148 0.152 0.152 0.137 0.094 0.058 0.028 0.018 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 105 R 0.132 0.137 0.167 0.165 0.166 0.103 0.064 0.033 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 106 I 0.061 0.038 0.062 0.095 0.157 0.163 0.135 0.130 0.077 0.042 0.022 0.011 0.005 0.002 107 A 0.142 0.095 0.097 0.125 0.139 0.123 0.100 0.075 0.046 0.028 0.017 0.008 0.003 0.002 108 K 0.151 0.096 0.095 0.122 0.130 0.106 0.090 0.075 0.057 0.034 0.024 0.011 0.006 0.002 109 A 0.092 0.059 0.069 0.097 0.141 0.131 0.110 0.102 0.080 0.054 0.034 0.020 0.008 0.003 110 W 0.099 0.081 0.103 0.143 0.164 0.134 0.094 0.078 0.049 0.029 0.015 0.007 0.004 0.001 111 F 0.099 0.055 0.067 0.101 0.144 0.144 0.114 0.105 0.079 0.048 0.025 0.011 0.005 0.002 112 K 0.151 0.132 0.148 0.178 0.148 0.102 0.068 0.035 0.021 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 113 I 0.181 0.110 0.126 0.162 0.139 0.110 0.080 0.039 0.029 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 114 G 0.307 0.211 0.159 0.134 0.077 0.049 0.038 0.012 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 115 E 0.317 0.231 0.152 0.106 0.078 0.048 0.036 0.015 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 116 P 0.114 0.094 0.118 0.146 0.170 0.145 0.093 0.064 0.034 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 117 R 0.188 0.112 0.109 0.136 0.150 0.103 0.074 0.052 0.040 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 118 I 0.074 0.038 0.064 0.112 0.151 0.146 0.121 0.116 0.072 0.049 0.031 0.017 0.007 0.002 119 V 0.066 0.060 0.076 0.084 0.122 0.126 0.103 0.100 0.098 0.076 0.047 0.023 0.013 0.004 120 S 0.206 0.142 0.136 0.142 0.117 0.086 0.078 0.041 0.027 0.012 0.007 0.004 0.001 0.001 121 Q 0.275 0.165 0.121 0.122 0.103 0.071 0.060 0.030 0.025 0.014 0.007 0.004 0.002 0.001 122 K 0.259 0.164 0.142 0.128 0.119 0.076 0.053 0.027 0.016 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001