# TARGET T0475 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0475.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1478 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.001 0.021 0.819 0.001 0.004 0.012 0.001 0.001 0.016 0.090 0.005 0.022 0.010 2 N 0.001 0.010 0.840 0.001 0.010 0.022 0.001 0.001 0.007 0.067 0.022 0.002 0.018 3 S 0.001 0.010 0.240 0.002 0.093 0.329 0.001 0.001 0.004 0.119 0.195 0.005 0.003 4 E 0.001 0.007 0.183 0.001 0.114 0.529 0.001 0.001 0.003 0.052 0.102 0.002 0.006 5 I 0.001 0.004 0.097 0.001 0.052 0.782 0.001 0.001 0.002 0.026 0.031 0.002 0.003 6 E 0.001 0.002 0.041 0.001 0.009 0.925 0.001 0.001 0.001 0.009 0.010 0.001 0.001 7 L 0.001 0.001 0.013 0.001 0.003 0.972 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 8 P 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 9 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 12 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 14 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 15 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 0.875 0.001 0.001 0.001 0.004 0.106 0.001 0.001 16 Y 0.001 0.001 0.029 0.001 0.039 0.757 0.001 0.001 0.001 0.039 0.130 0.001 0.001 17 N 0.001 0.004 0.138 0.001 0.080 0.360 0.001 0.001 0.005 0.133 0.271 0.002 0.005 18 A 0.001 0.006 0.168 0.001 0.073 0.275 0.001 0.001 0.004 0.130 0.340 0.001 0.002 19 R 0.001 0.014 0.178 0.001 0.040 0.201 0.001 0.001 0.004 0.236 0.323 0.002 0.002 20 D 0.001 0.008 0.589 0.001 0.028 0.202 0.001 0.001 0.002 0.143 0.024 0.001 0.002 21 I 0.001 0.001 0.008 0.001 0.042 0.942 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 22 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 23 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 24 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 25 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 26 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.054 0.852 0.001 0.001 0.001 0.002 0.087 0.001 0.001 27 W 0.001 0.001 0.010 0.001 0.046 0.760 0.001 0.001 0.001 0.022 0.153 0.001 0.004 28 W 0.003 0.009 0.159 0.002 0.022 0.334 0.001 0.001 0.005 0.142 0.303 0.005 0.014 29 A 0.001 0.006 0.635 0.004 0.017 0.059 0.001 0.001 0.010 0.115 0.139 0.009 0.005 30 D 0.001 0.003 0.171 0.012 0.083 0.114 0.001 0.001 0.013 0.140 0.456 0.003 0.004 31 D 0.001 0.004 0.084 0.012 0.071 0.063 0.001 0.003 0.024 0.240 0.486 0.005 0.005 32 C 0.026 0.011 0.220 0.017 0.055 0.051 0.016 0.061 0.168 0.187 0.067 0.034 0.087 33 Q 0.096 0.014 0.075 0.019 0.013 0.024 0.073 0.144 0.304 0.034 0.013 0.110 0.082 34 Y 0.139 0.027 0.047 0.010 0.008 0.012 0.086 0.165 0.270 0.015 0.009 0.064 0.147 35 Y 0.093 0.040 0.175 0.033 0.009 0.014 0.052 0.087 0.220 0.051 0.024 0.111 0.090 36 A 0.014 0.019 0.501 0.010 0.006 0.007 0.007 0.008 0.079 0.127 0.027 0.048 0.149 37 F 0.003 0.008 0.426 0.014 0.016 0.015 0.001 0.002 0.014 0.245 0.206 0.019 0.032 38 P 0.002 0.009 0.194 0.011 0.054 0.033 0.001 0.001 0.004 0.185 0.486 0.011 0.009 39 A 0.003 0.012 0.220 0.008 0.075 0.040 0.001 0.001 0.004 0.318 0.289 0.014 0.015 40 T 0.009 0.027 0.411 0.007 0.069 0.078 0.002 0.002 0.008 0.189 0.135 0.026 0.038 41 L 0.031 0.060 0.309 0.011 0.113 0.120 0.009 0.005 0.016 0.100 0.087 0.026 0.113 42 L 0.030 0.042 0.333 0.011 0.084 0.081 0.009 0.004 0.037 0.110 0.069 0.114 0.076 43 A 0.009 0.030 0.336 0.011 0.081 0.104 0.003 0.001 0.016 0.112 0.169 0.019 0.109 44 G 0.002 0.020 0.302 0.004 0.017 0.074 0.001 0.001 0.007 0.320 0.193 0.049 0.011 45 N 0.001 0.015 0.626 0.001 0.008 0.141 0.001 0.001 0.003 0.147 0.033 0.003 0.021 46 A 0.001 0.001 0.020 0.001 0.005 0.965 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 47 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 48 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 52 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 53 H 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 54 I 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 55 E 0.001 0.001 0.005 0.001 0.013 0.907 0.001 0.001 0.001 0.006 0.067 0.001 0.001 56 R 0.001 0.001 0.019 0.001 0.022 0.714 0.001 0.001 0.001 0.018 0.222 0.001 0.002 57 F 0.001 0.006 0.170 0.001 0.042 0.310 0.001 0.001 0.002 0.093 0.361 0.008 0.006 58 K 0.001 0.024 0.270 0.002 0.034 0.091 0.001 0.001 0.004 0.278 0.272 0.007 0.016 59 E 0.001 0.007 0.696 0.001 0.007 0.009 0.001 0.001 0.003 0.225 0.042 0.006 0.004 60 P 0.001 0.006 0.302 0.007 0.111 0.028 0.001 0.001 0.006 0.120 0.408 0.002 0.009 61 D 0.001 0.010 0.236 0.011 0.072 0.012 0.001 0.001 0.013 0.177 0.446 0.014 0.008 62 L 0.010 0.018 0.426 0.018 0.060 0.021 0.006 0.005 0.086 0.167 0.043 0.034 0.105 63 Y 0.038 0.033 0.220 0.044 0.016 0.023 0.024 0.017 0.210 0.073 0.035 0.133 0.134 64 G 0.098 0.017 0.100 0.036 0.010 0.009 0.052 0.052 0.179 0.026 0.010 0.079 0.333 65 E 0.106 0.008 0.068 0.092 0.004 0.007 0.027 0.033 0.127 0.024 0.006 0.385 0.113 66 L 0.148 0.004 0.040 0.020 0.004 0.007 0.057 0.020 0.142 0.009 0.007 0.048 0.495 67 L 0.140 0.003 0.096 0.298 0.008 0.010 0.032 0.015 0.084 0.022 0.013 0.217 0.063 68 T 0.286 0.002 0.052 0.037 0.005 0.009 0.037 0.010 0.067 0.017 0.008 0.200 0.270 69 R 0.361 0.003 0.044 0.022 0.005 0.010 0.043 0.017 0.037 0.012 0.005 0.109 0.330 70 V 0.389 0.006 0.027 0.015 0.004 0.010 0.057 0.019 0.039 0.007 0.004 0.276 0.148 71 I 0.211 0.008 0.065 0.012 0.006 0.007 0.032 0.017 0.050 0.014 0.012 0.113 0.452 72 V 0.044 0.006 0.187 0.103 0.013 0.011 0.010 0.004 0.019 0.100 0.214 0.145 0.144 73 G 0.005 0.001 0.076 0.027 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.291 0.540 0.029 0.020 74 N 0.028 0.006 0.223 0.030 0.006 0.004 0.002 0.001 0.004 0.395 0.145 0.066 0.091 75 V 0.227 0.009 0.117 0.012 0.005 0.010 0.021 0.007 0.019 0.066 0.021 0.155 0.331 76 V 0.442 0.005 0.024 0.013 0.002 0.008 0.075 0.020 0.017 0.007 0.004 0.100 0.282 77 I 0.620 0.002 0.010 0.039 0.002 0.004 0.081 0.015 0.009 0.002 0.002 0.104 0.110 78 D 0.616 0.001 0.012 0.048 0.002 0.003 0.040 0.007 0.008 0.003 0.003 0.140 0.118 79 H 0.577 0.001 0.017 0.036 0.003 0.005 0.027 0.003 0.009 0.004 0.006 0.097 0.214 80 E 0.517 0.001 0.021 0.049 0.004 0.004 0.023 0.002 0.013 0.006 0.007 0.174 0.179 81 T 0.504 0.002 0.020 0.034 0.004 0.004 0.019 0.002 0.010 0.006 0.008 0.149 0.237 82 V 0.412 0.003 0.032 0.013 0.004 0.005 0.007 0.001 0.009 0.007 0.006 0.270 0.230 83 T 0.344 0.003 0.040 0.021 0.005 0.006 0.009 0.001 0.007 0.010 0.009 0.195 0.350 84 R 0.242 0.010 0.047 0.005 0.003 0.002 0.006 0.001 0.008 0.013 0.009 0.451 0.203 85 N 0.156 0.041 0.119 0.009 0.005 0.003 0.009 0.002 0.009 0.027 0.011 0.102 0.507 86 F 0.018 0.020 0.516 0.007 0.005 0.002 0.002 0.001 0.008 0.076 0.032 0.168 0.145 87 P 0.002 0.003 0.130 0.010 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.142 0.649 0.013 0.032 88 E 0.001 0.001 0.027 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.122 0.829 0.005 0.002 89 G 0.001 0.006 0.156 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.455 0.354 0.007 0.010 90 K 0.007 0.040 0.630 0.004 0.007 0.002 0.001 0.001 0.003 0.173 0.024 0.075 0.034 91 G 0.020 0.075 0.344 0.009 0.009 0.006 0.007 0.001 0.012 0.101 0.042 0.047 0.327 92 E 0.040 0.033 0.325 0.060 0.005 0.004 0.006 0.001 0.013 0.067 0.025 0.263 0.157 93 V 0.101 0.008 0.212 0.070 0.002 0.002 0.009 0.001 0.016 0.033 0.006 0.157 0.383 94 D 0.198 0.003 0.068 0.045 0.002 0.002 0.016 0.002 0.012 0.023 0.004 0.344 0.282 95 V 0.379 0.001 0.012 0.010 0.001 0.001 0.034 0.004 0.011 0.003 0.002 0.075 0.468 96 A 0.738 0.001 0.006 0.024 0.001 0.001 0.031 0.004 0.005 0.001 0.001 0.109 0.079 97 C 0.703 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.023 0.002 0.006 0.001 0.001 0.181 0.072 98 I 0.775 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.017 0.001 0.003 0.001 0.001 0.039 0.153 99 Y 0.852 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.105 0.028 100 E 0.752 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.182 101 V 0.527 0.002 0.027 0.006 0.001 0.002 0.006 0.001 0.002 0.001 0.003 0.142 0.281 102 E 0.118 0.001 0.061 0.060 0.007 0.004 0.002 0.001 0.002 0.048 0.248 0.334 0.115 103 N 0.003 0.001 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.837 0.010 0.059 104 G 0.002 0.001 0.040 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.350 0.546 0.049 0.008 105 R 0.065 0.023 0.344 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.057 0.006 0.318 0.177 106 I 0.086 0.009 0.036 0.002 0.001 0.007 0.013 0.001 0.006 0.004 0.003 0.022 0.809 107 A 0.249 0.005 0.021 0.309 0.003 0.017 0.017 0.002 0.003 0.005 0.003 0.325 0.042 108 K 0.455 0.001 0.006 0.027 0.002 0.014 0.024 0.001 0.004 0.001 0.002 0.081 0.381 109 A 0.599 0.001 0.007 0.034 0.004 0.014 0.021 0.001 0.004 0.001 0.002 0.172 0.140 110 W 0.584 0.001 0.013 0.031 0.009 0.032 0.028 0.003 0.006 0.003 0.006 0.106 0.178 111 F 0.462 0.003 0.031 0.014 0.019 0.051 0.019 0.002 0.009 0.010 0.024 0.159 0.197 112 K 0.250 0.011 0.091 0.015 0.044 0.105 0.011 0.002 0.011 0.030 0.091 0.111 0.227 113 I 0.038 0.016 0.300 0.012 0.033 0.073 0.004 0.002 0.017 0.135 0.142 0.111 0.117 114 G 0.003 0.011 0.346 0.006 0.010 0.027 0.001 0.001 0.005 0.346 0.181 0.028 0.038 115 E 0.001 0.012 0.513 0.003 0.017 0.091 0.001 0.001 0.003 0.235 0.102 0.009 0.014 116 P 0.001 0.011 0.278 0.006 0.123 0.343 0.001 0.001 0.004 0.089 0.124 0.008 0.012 117 R 0.003 0.011 0.161 0.005 0.224 0.395 0.001 0.001 0.007 0.061 0.095 0.018 0.019 118 I 0.007 0.014 0.150 0.006 0.256 0.396 0.002 0.001 0.009 0.031 0.073 0.008 0.046 119 V 0.013 0.021 0.148 0.011 0.177 0.381 0.003 0.001 0.010 0.043 0.135 0.035 0.022 120 S 0.008 0.026 0.213 0.005 0.124 0.278 0.002 0.001 0.008 0.058 0.215 0.015 0.049 121 Q 0.005 0.025 0.364 0.005 0.064 0.178 0.001 0.001 0.009 0.150 0.136 0.024 0.037 122 K 0.001 0.009 0.691 0.003 0.018 0.047 0.001 0.001 0.006 0.131 0.059 0.013 0.021