# TARGET T0475 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0475.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1478 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.091 0.076 0.207 0.225 0.012 0.057 0.032 0.014 0.011 0.015 0.043 0.046 0.102 0.012 0.010 0.048 2 N 0.028 0.041 0.086 0.050 0.004 0.558 0.007 0.011 0.004 0.006 0.029 0.052 0.104 0.001 0.013 0.007 3 S 0.011 0.051 0.033 0.040 0.001 0.031 0.002 0.005 0.004 0.004 0.648 0.049 0.107 0.001 0.002 0.012 4 E 0.012 0.026 0.011 0.019 0.001 0.042 0.002 0.001 0.002 0.001 0.019 0.751 0.107 0.001 0.001 0.003 5 I 0.001 0.003 0.019 0.006 0.001 0.057 0.002 0.001 0.001 0.001 0.121 0.033 0.751 0.001 0.002 0.003 6 E 0.001 0.059 0.015 0.012 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.274 0.606 0.001 0.001 0.004 7 L 0.002 0.001 0.004 0.014 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.022 0.932 0.001 0.001 0.001 8 P 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.015 0.957 0.001 0.001 0.001 9 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.018 0.968 0.001 0.001 0.001 10 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.978 0.001 0.001 0.001 11 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 12 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 13 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 14 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.002 15 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.015 0.002 0.009 16 Y 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.888 0.016 0.043 0.023 17 N 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 0.006 0.039 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.685 0.168 0.015 0.063 18 A 0.023 0.016 0.015 0.002 0.001 0.006 0.012 0.007 0.001 0.001 0.058 0.012 0.588 0.022 0.174 0.063 19 R 0.016 0.039 0.101 0.007 0.001 0.002 0.004 0.003 0.005 0.005 0.023 0.071 0.419 0.004 0.037 0.265 20 D 0.021 0.001 0.008 0.001 0.001 0.191 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.044 0.717 0.001 0.001 0.004 21 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.577 0.017 0.381 0.001 0.001 0.001 22 D 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.845 0.141 0.001 0.001 0.001 23 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.992 0.001 0.001 0.001 24 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 25 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 26 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.005 0.001 0.005 27 W 0.001 0.001 0.017 0.003 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.847 0.026 0.018 0.076 28 W 0.002 0.004 0.075 0.005 0.001 0.005 0.043 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.737 0.030 0.034 0.058 29 A 0.008 0.006 0.022 0.003 0.010 0.095 0.120 0.004 0.001 0.001 0.021 0.004 0.522 0.133 0.022 0.029 30 D 0.013 0.239 0.015 0.013 0.001 0.010 0.008 0.050 0.005 0.001 0.220 0.031 0.190 0.013 0.151 0.040 31 D 0.043 0.137 0.087 0.031 0.001 0.004 0.009 0.001 0.098 0.003 0.003 0.110 0.088 0.004 0.023 0.359 32 C 0.147 0.005 0.710 0.042 0.001 0.007 0.008 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.049 0.001 0.002 0.020 33 Q 0.009 0.033 0.725 0.171 0.003 0.021 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.020 0.001 0.001 0.004 34 Y 0.006 0.016 0.032 0.544 0.102 0.191 0.022 0.004 0.002 0.002 0.024 0.005 0.029 0.014 0.001 0.004 35 Y 0.004 0.186 0.063 0.504 0.019 0.041 0.007 0.071 0.008 0.002 0.026 0.019 0.029 0.002 0.013 0.006 36 A 0.011 0.101 0.057 0.392 0.034 0.125 0.028 0.009 0.054 0.036 0.018 0.034 0.041 0.005 0.003 0.052 37 F 0.081 0.060 0.264 0.251 0.053 0.083 0.038 0.026 0.004 0.006 0.057 0.023 0.030 0.005 0.008 0.009 38 P 0.013 0.128 0.122 0.198 0.020 0.245 0.010 0.065 0.013 0.018 0.060 0.042 0.030 0.004 0.015 0.016 39 A 0.035 0.192 0.062 0.328 0.008 0.053 0.007 0.018 0.063 0.018 0.105 0.045 0.030 0.004 0.008 0.025 40 T 0.066 0.078 0.099 0.150 0.012 0.224 0.022 0.006 0.020 0.008 0.034 0.185 0.075 0.003 0.007 0.012 41 L 0.026 0.109 0.247 0.133 0.012 0.098 0.013 0.012 0.006 0.003 0.154 0.053 0.100 0.005 0.006 0.022 42 L 0.024 0.045 0.092 0.117 0.144 0.051 0.128 0.013 0.008 0.005 0.053 0.153 0.059 0.082 0.006 0.018 43 A 0.022 0.074 0.140 0.131 0.012 0.052 0.016 0.129 0.011 0.005 0.036 0.024 0.120 0.006 0.192 0.030 44 G 0.020 0.079 0.121 0.188 0.002 0.012 0.004 0.019 0.055 0.148 0.032 0.031 0.079 0.002 0.007 0.202 45 N 0.021 0.001 0.002 0.002 0.001 0.863 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.038 0.061 0.001 0.001 0.001 46 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.949 0.006 0.036 0.001 0.001 0.001 47 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.973 0.021 0.001 0.001 0.001 48 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.991 0.001 0.001 0.001 49 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 50 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 51 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 52 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 53 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 54 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.004 0.001 0.001 55 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.952 0.016 0.012 0.012 56 R 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.804 0.046 0.028 0.071 57 F 0.007 0.005 0.065 0.005 0.001 0.006 0.055 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.742 0.020 0.029 0.054 58 K 0.019 0.084 0.212 0.042 0.002 0.006 0.039 0.007 0.002 0.001 0.009 0.007 0.309 0.038 0.030 0.192 59 E 0.060 0.042 0.235 0.107 0.014 0.090 0.083 0.006 0.010 0.006 0.008 0.013 0.193 0.024 0.034 0.075 60 P 0.037 0.068 0.244 0.066 0.009 0.122 0.038 0.024 0.003 0.005 0.183 0.011 0.140 0.007 0.018 0.025 61 D 0.025 0.443 0.055 0.142 0.002 0.056 0.004 0.009 0.019 0.004 0.034 0.142 0.038 0.002 0.006 0.017 62 L 0.084 0.038 0.152 0.239 0.021 0.087 0.037 0.007 0.010 0.006 0.132 0.061 0.082 0.018 0.004 0.021 63 Y 0.017 0.177 0.499 0.205 0.001 0.009 0.003 0.015 0.003 0.001 0.004 0.019 0.022 0.001 0.019 0.007 64 G 0.012 0.007 0.106 0.777 0.001 0.020 0.001 0.002 0.007 0.007 0.014 0.003 0.023 0.001 0.001 0.020 65 E 0.040 0.046 0.153 0.626 0.010 0.080 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 0.022 0.001 0.001 0.002 66 L 0.003 0.010 0.023 0.449 0.015 0.411 0.001 0.005 0.001 0.001 0.052 0.005 0.023 0.001 0.001 0.001 67 L 0.001 0.592 0.024 0.300 0.002 0.022 0.001 0.005 0.001 0.001 0.005 0.034 0.012 0.001 0.001 0.001 68 T 0.002 0.009 0.015 0.881 0.001 0.020 0.001 0.004 0.004 0.001 0.022 0.003 0.033 0.001 0.001 0.004 69 R 0.015 0.022 0.451 0.379 0.012 0.017 0.006 0.002 0.002 0.001 0.015 0.008 0.060 0.001 0.001 0.008 70 V 0.011 0.022 0.070 0.647 0.064 0.092 0.007 0.005 0.002 0.002 0.006 0.009 0.052 0.004 0.001 0.006 71 I 0.001 0.005 0.004 0.029 0.843 0.026 0.047 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.030 0.001 0.001 72 V 0.001 0.043 0.004 0.029 0.021 0.020 0.005 0.769 0.003 0.002 0.012 0.004 0.005 0.004 0.076 0.002 73 G 0.004 0.019 0.008 0.026 0.001 0.015 0.002 0.037 0.469 0.282 0.030 0.011 0.011 0.001 0.013 0.070 74 N 0.749 0.069 0.034 0.027 0.001 0.008 0.003 0.002 0.023 0.006 0.009 0.039 0.012 0.001 0.003 0.017 75 V 0.125 0.049 0.581 0.157 0.001 0.014 0.002 0.002 0.003 0.001 0.015 0.017 0.014 0.001 0.003 0.016 76 V 0.014 0.012 0.574 0.297 0.005 0.066 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.012 0.001 0.001 0.003 77 I 0.005 0.117 0.091 0.718 0.004 0.036 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.004 0.011 0.001 0.001 0.001 78 D 0.002 0.040 0.025 0.842 0.004 0.064 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 79 H 0.006 0.029 0.107 0.625 0.013 0.127 0.002 0.012 0.002 0.001 0.044 0.005 0.023 0.001 0.001 0.002 80 E 0.004 0.127 0.071 0.679 0.005 0.035 0.001 0.007 0.003 0.001 0.025 0.019 0.018 0.001 0.001 0.003 81 T 0.009 0.036 0.049 0.784 0.010 0.056 0.002 0.002 0.003 0.001 0.007 0.010 0.021 0.001 0.001 0.006 82 V 0.011 0.037 0.167 0.457 0.083 0.138 0.026 0.008 0.001 0.002 0.022 0.006 0.028 0.007 0.002 0.005 83 T 0.004 0.188 0.069 0.550 0.010 0.061 0.005 0.050 0.005 0.003 0.015 0.012 0.015 0.001 0.008 0.006 84 R 0.010 0.055 0.046 0.706 0.008 0.033 0.003 0.007 0.043 0.014 0.020 0.008 0.015 0.001 0.002 0.027 85 N 0.055 0.068 0.162 0.606 0.011 0.035 0.007 0.004 0.004 0.003 0.007 0.012 0.015 0.001 0.002 0.008 86 F 0.009 0.018 0.055 0.127 0.080 0.626 0.008 0.006 0.002 0.006 0.021 0.013 0.025 0.001 0.001 0.002 87 P 0.002 0.027 0.006 0.025 0.537 0.019 0.055 0.013 0.001 0.002 0.207 0.008 0.005 0.091 0.001 0.001 88 E 0.002 0.089 0.008 0.053 0.003 0.012 0.001 0.366 0.015 0.003 0.006 0.073 0.008 0.001 0.357 0.002 89 G 0.007 0.004 0.018 0.011 0.030 0.010 0.047 0.002 0.233 0.271 0.020 0.006 0.021 0.020 0.001 0.297 90 K 0.688 0.063 0.051 0.040 0.002 0.005 0.005 0.053 0.003 0.001 0.013 0.024 0.012 0.001 0.038 0.003 91 G 0.017 0.027 0.321 0.169 0.005 0.106 0.008 0.012 0.069 0.108 0.021 0.033 0.033 0.002 0.004 0.064 92 E 0.147 0.172 0.122 0.474 0.007 0.019 0.004 0.003 0.007 0.001 0.010 0.011 0.014 0.001 0.001 0.008 93 V 0.019 0.019 0.170 0.666 0.003 0.082 0.001 0.005 0.003 0.001 0.010 0.008 0.009 0.001 0.001 0.002 94 D 0.005 0.172 0.180 0.583 0.002 0.037 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.006 0.005 0.001 0.001 0.002 95 V 0.003 0.008 0.021 0.926 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 96 A 0.004 0.053 0.228 0.692 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 97 C 0.001 0.010 0.020 0.950 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 I 0.001 0.011 0.034 0.947 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 Y 0.001 0.003 0.021 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 E 0.001 0.002 0.016 0.930 0.027 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 V 0.001 0.001 0.001 0.020 0.762 0.212 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 E 0.001 0.040 0.001 0.007 0.573 0.011 0.010 0.194 0.001 0.001 0.133 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 103 N 0.001 0.022 0.001 0.006 0.001 0.003 0.001 0.594 0.108 0.014 0.003 0.024 0.001 0.001 0.222 0.002 104 G 0.042 0.006 0.018 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.414 0.105 0.004 0.003 0.003 0.001 0.001 0.396 105 R 0.913 0.005 0.054 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 106 I 0.006 0.002 0.228 0.046 0.001 0.694 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.011 0.001 0.001 0.001 107 A 0.001 0.845 0.008 0.110 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 108 K 0.001 0.004 0.005 0.957 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 0.011 0.001 0.001 0.001 109 A 0.002 0.008 0.507 0.295 0.004 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.145 0.001 0.001 0.002 110 W 0.001 0.015 0.021 0.821 0.011 0.030 0.002 0.002 0.001 0.001 0.007 0.003 0.082 0.002 0.001 0.002 111 F 0.001 0.034 0.015 0.650 0.017 0.128 0.003 0.005 0.001 0.001 0.007 0.006 0.124 0.001 0.004 0.003 112 K 0.006 0.039 0.019 0.237 0.228 0.093 0.064 0.010 0.006 0.008 0.039 0.006 0.068 0.140 0.002 0.036 113 I 0.019 0.153 0.063 0.294 0.008 0.026 0.009 0.163 0.007 0.003 0.024 0.027 0.045 0.003 0.146 0.009 114 G 0.012 0.073 0.081 0.138 0.009 0.128 0.019 0.008 0.062 0.131 0.022 0.027 0.098 0.005 0.004 0.182 115 E 0.278 0.112 0.097 0.213 0.005 0.059 0.007 0.011 0.004 0.002 0.082 0.031 0.077 0.002 0.007 0.012 116 P 0.019 0.047 0.225 0.197 0.005 0.172 0.006 0.011 0.006 0.009 0.086 0.114 0.085 0.003 0.005 0.010 117 R 0.013 0.082 0.055 0.258 0.004 0.174 0.003 0.009 0.004 0.003 0.087 0.115 0.181 0.002 0.004 0.006 118 I 0.007 0.050 0.025 0.167 0.006 0.119 0.010 0.003 0.005 0.001 0.135 0.106 0.350 0.006 0.002 0.009 119 V 0.005 0.071 0.126 0.173 0.006 0.025 0.020 0.007 0.002 0.001 0.037 0.118 0.381 0.005 0.012 0.009 120 S 0.010 0.029 0.129 0.207 0.015 0.041 0.025 0.012 0.009 0.004 0.014 0.025 0.373 0.027 0.014 0.067 121 Q 0.020 0.022 0.146 0.104 0.090 0.080 0.127 0.012 0.005 0.006 0.039 0.014 0.214 0.073 0.020 0.030 122 K 0.014 0.099 0.105 0.082 0.044 0.065 0.070 0.088 0.006 0.005 0.080 0.032 0.155 0.040 0.081 0.035