# TARGET T0475 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0475.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1478 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.035 0.085 0.003 0.032 0.015 0.018 0.124 0.005 0.001 0.037 0.644 2 N 0.242 0.335 0.006 0.010 0.008 0.008 0.050 0.029 0.002 0.069 0.241 3 S 0.115 0.372 0.002 0.009 0.006 0.009 0.062 0.006 0.001 0.032 0.387 4 E 0.030 0.242 0.004 0.006 0.007 0.009 0.049 0.002 0.001 0.297 0.353 5 I 0.012 0.670 0.002 0.006 0.004 0.004 0.052 0.005 0.001 0.099 0.146 6 E 0.009 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.008 0.018 7 L 0.004 0.957 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.012 0.019 8 P 0.003 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.039 0.014 9 V 0.007 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.017 0.004 10 Q 0.005 0.964 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.015 0.009 11 K 0.004 0.959 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 0.020 12 Q 0.012 0.935 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.001 0.019 0.015 13 L 0.018 0.502 0.011 0.005 0.002 0.004 0.023 0.006 0.003 0.378 0.048 14 E 0.043 0.707 0.012 0.005 0.003 0.004 0.029 0.006 0.003 0.068 0.122 15 A 0.104 0.533 0.027 0.010 0.003 0.004 0.048 0.016 0.006 0.032 0.217 16 Y 0.158 0.210 0.118 0.016 0.006 0.009 0.080 0.022 0.029 0.077 0.274 17 N 0.271 0.135 0.002 0.006 0.001 0.003 0.046 0.008 0.001 0.017 0.511 18 A 0.041 0.110 0.001 0.010 0.002 0.004 0.073 0.003 0.001 0.010 0.746 19 R 0.008 0.144 0.003 0.024 0.007 0.007 0.088 0.001 0.001 0.027 0.692 20 D 0.020 0.905 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.001 0.017 0.041 21 I 0.041 0.931 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.006 0.009 22 D 0.015 0.936 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.018 0.022 23 A 0.032 0.896 0.004 0.002 0.001 0.003 0.006 0.005 0.001 0.016 0.035 24 F 0.096 0.700 0.030 0.004 0.003 0.004 0.020 0.029 0.004 0.046 0.062 25 M 0.144 0.457 0.016 0.014 0.011 0.030 0.039 0.016 0.005 0.076 0.193 26 A 0.089 0.135 0.005 0.012 0.011 0.016 0.088 0.003 0.002 0.056 0.584 27 W 0.028 0.054 0.029 0.066 0.029 0.062 0.176 0.007 0.006 0.099 0.444 28 W 0.101 0.065 0.011 0.029 0.024 0.044 0.137 0.016 0.004 0.075 0.494 29 A 0.352 0.028 0.005 0.017 0.010 0.012 0.093 0.013 0.002 0.089 0.378 30 D 0.031 0.016 0.002 0.072 0.019 0.038 0.141 0.003 0.001 0.052 0.625 31 D 0.014 0.011 0.001 0.115 0.019 0.105 0.098 0.003 0.001 0.064 0.569 32 C 0.010 0.006 0.002 0.159 0.141 0.170 0.072 0.003 0.001 0.072 0.366 33 Q 0.011 0.003 0.001 0.296 0.148 0.196 0.042 0.001 0.001 0.074 0.227 34 Y 0.011 0.002 0.001 0.174 0.130 0.164 0.057 0.001 0.001 0.073 0.388 35 Y 0.004 0.002 0.001 0.325 0.083 0.161 0.079 0.001 0.001 0.037 0.308 36 A 0.059 0.010 0.002 0.087 0.046 0.093 0.120 0.004 0.001 0.091 0.489 37 F 0.112 0.013 0.001 0.041 0.027 0.032 0.144 0.007 0.001 0.077 0.544 38 P 0.071 0.026 0.001 0.025 0.015 0.029 0.139 0.007 0.001 0.041 0.644 39 A 0.052 0.031 0.002 0.031 0.022 0.040 0.153 0.004 0.001 0.045 0.619 40 T 0.047 0.041 0.003 0.054 0.052 0.086 0.142 0.005 0.001 0.073 0.496 41 L 0.075 0.040 0.002 0.052 0.058 0.093 0.120 0.005 0.001 0.107 0.447 42 L 0.065 0.045 0.002 0.067 0.038 0.053 0.117 0.004 0.001 0.069 0.540 43 A 0.019 0.074 0.001 0.060 0.025 0.064 0.133 0.002 0.001 0.019 0.603 44 G 0.010 0.150 0.003 0.023 0.017 0.018 0.088 0.002 0.001 0.036 0.651 45 N 0.030 0.919 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 0.001 0.013 0.018 46 A 0.031 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.008 0.009 47 A 0.006 0.941 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.023 0.022 48 E 0.009 0.879 0.002 0.002 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.062 0.034 49 I 0.006 0.890 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.001 0.074 0.014 50 R 0.006 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.019 0.015 51 V 0.009 0.905 0.002 0.002 0.002 0.002 0.008 0.001 0.001 0.024 0.045 52 R 0.017 0.798 0.012 0.004 0.004 0.005 0.019 0.009 0.002 0.069 0.061 53 H 0.070 0.765 0.016 0.004 0.002 0.005 0.017 0.029 0.004 0.039 0.048 54 I 0.235 0.378 0.026 0.004 0.005 0.005 0.034 0.021 0.011 0.048 0.233 55 E 0.223 0.105 0.019 0.010 0.010 0.013 0.063 0.012 0.005 0.042 0.497 56 R 0.121 0.015 0.005 0.010 0.006 0.011 0.094 0.004 0.002 0.051 0.681 57 F 0.034 0.006 0.004 0.016 0.010 0.018 0.147 0.002 0.001 0.043 0.720 58 K 0.016 0.007 0.001 0.007 0.006 0.009 0.080 0.001 0.001 0.011 0.861 59 E 0.223 0.012 0.002 0.006 0.007 0.005 0.095 0.004 0.001 0.028 0.618 60 P 0.069 0.017 0.002 0.013 0.009 0.014 0.129 0.004 0.001 0.026 0.717 61 D 0.032 0.020 0.001 0.024 0.007 0.021 0.125 0.002 0.001 0.029 0.740 62 L 0.031 0.035 0.002 0.074 0.069 0.074 0.116 0.003 0.001 0.060 0.535 63 Y 0.034 0.064 0.001 0.094 0.046 0.076 0.102 0.005 0.001 0.068 0.509 64 G 0.013 0.029 0.002 0.172 0.084 0.140 0.076 0.002 0.001 0.173 0.309 65 E 0.013 0.043 0.003 0.147 0.131 0.242 0.062 0.003 0.001 0.135 0.220 66 L 0.054 0.048 0.003 0.077 0.102 0.142 0.078 0.009 0.001 0.122 0.365 67 L 0.029 0.029 0.003 0.109 0.136 0.240 0.079 0.005 0.001 0.079 0.289 68 T 0.018 0.016 0.001 0.076 0.104 0.309 0.064 0.002 0.001 0.064 0.345 69 R 0.012 0.006 0.002 0.081 0.193 0.328 0.059 0.001 0.001 0.077 0.238 70 V 0.017 0.006 0.004 0.082 0.176 0.215 0.078 0.002 0.002 0.085 0.335 71 I 0.130 0.013 0.003 0.068 0.079 0.108 0.101 0.004 0.001 0.083 0.410 72 V 0.102 0.014 0.002 0.019 0.028 0.044 0.112 0.005 0.001 0.057 0.616 73 G 0.015 0.016 0.001 0.012 0.012 0.040 0.149 0.002 0.001 0.020 0.733 74 N 0.009 0.029 0.001 0.038 0.129 0.275 0.098 0.002 0.001 0.053 0.366 75 V 0.007 0.017 0.001 0.043 0.240 0.408 0.043 0.001 0.001 0.048 0.191 76 V 0.007 0.014 0.002 0.048 0.321 0.343 0.033 0.002 0.001 0.045 0.184 77 I 0.009 0.009 0.003 0.061 0.306 0.351 0.032 0.001 0.001 0.072 0.155 78 D 0.011 0.013 0.002 0.046 0.282 0.397 0.033 0.002 0.001 0.064 0.149 79 H 0.021 0.011 0.003 0.047 0.170 0.285 0.073 0.004 0.001 0.121 0.264 80 E 0.005 0.005 0.002 0.040 0.276 0.466 0.032 0.002 0.001 0.048 0.123 81 T 0.018 0.006 0.002 0.030 0.202 0.321 0.050 0.003 0.001 0.072 0.295 82 V 0.015 0.004 0.001 0.042 0.260 0.398 0.047 0.004 0.001 0.039 0.190 83 T 0.031 0.002 0.001 0.038 0.126 0.248 0.074 0.002 0.001 0.081 0.396 84 R 0.002 0.001 0.001 0.045 0.152 0.328 0.085 0.001 0.001 0.035 0.351 85 N 0.005 0.003 0.001 0.029 0.072 0.164 0.106 0.001 0.001 0.051 0.567 86 F 0.437 0.005 0.001 0.013 0.037 0.037 0.069 0.010 0.001 0.097 0.294 87 P 0.316 0.003 0.001 0.004 0.007 0.010 0.074 0.004 0.001 0.059 0.521 88 E 0.007 0.002 0.001 0.003 0.002 0.007 0.067 0.001 0.001 0.008 0.904 89 G 0.032 0.006 0.001 0.008 0.023 0.024 0.095 0.001 0.001 0.030 0.779 90 K 0.048 0.009 0.001 0.013 0.085 0.051 0.139 0.002 0.001 0.063 0.587 91 G 0.019 0.011 0.001 0.016 0.056 0.076 0.111 0.001 0.001 0.033 0.675 92 E 0.035 0.016 0.001 0.018 0.093 0.161 0.093 0.003 0.001 0.041 0.539 93 V 0.022 0.012 0.002 0.024 0.183 0.200 0.101 0.002 0.001 0.039 0.415 94 D 0.011 0.010 0.002 0.047 0.154 0.380 0.082 0.001 0.001 0.031 0.281 95 V 0.002 0.004 0.001 0.035 0.159 0.688 0.018 0.001 0.001 0.016 0.076 96 A 0.005 0.005 0.001 0.023 0.281 0.432 0.025 0.001 0.001 0.045 0.180 97 C 0.003 0.003 0.001 0.018 0.407 0.479 0.011 0.001 0.001 0.015 0.064 98 I 0.007 0.004 0.001 0.031 0.291 0.414 0.025 0.001 0.001 0.041 0.186 99 Y 0.001 0.001 0.001 0.024 0.393 0.534 0.006 0.001 0.001 0.010 0.031 100 E 0.007 0.003 0.005 0.026 0.283 0.411 0.031 0.001 0.005 0.069 0.160 101 V 0.192 0.005 0.001 0.038 0.174 0.173 0.050 0.006 0.001 0.066 0.294 102 E 0.653 0.004 0.001 0.004 0.016 0.012 0.028 0.003 0.001 0.024 0.256 103 N 0.002 0.003 0.001 0.003 0.002 0.013 0.083 0.001 0.001 0.005 0.889 104 G 0.005 0.028 0.001 0.018 0.061 0.113 0.083 0.001 0.001 0.026 0.665 105 R 0.004 0.018 0.001 0.013 0.536 0.322 0.016 0.001 0.001 0.016 0.073 106 I 0.018 0.049 0.002 0.037 0.179 0.201 0.053 0.003 0.001 0.036 0.422 107 A 0.017 0.055 0.002 0.025 0.333 0.350 0.024 0.003 0.001 0.032 0.158 108 K 0.028 0.051 0.004 0.030 0.215 0.345 0.036 0.004 0.001 0.056 0.231 109 A 0.041 0.047 0.004 0.032 0.216 0.315 0.049 0.006 0.002 0.060 0.229 110 W 0.027 0.017 0.010 0.039 0.216 0.312 0.043 0.005 0.006 0.070 0.253 111 F 0.054 0.006 0.001 0.038 0.207 0.230 0.048 0.002 0.001 0.034 0.379 112 K 0.070 0.004 0.001 0.031 0.084 0.108 0.087 0.001 0.001 0.040 0.574 113 I 0.003 0.003 0.001 0.046 0.035 0.047 0.130 0.001 0.001 0.009 0.724 114 G 0.097 0.108 0.001 0.012 0.018 0.025 0.081 0.010 0.001 0.036 0.612 115 E 0.239 0.346 0.001 0.004 0.019 0.010 0.053 0.032 0.001 0.035 0.259 116 P 0.093 0.250 0.003 0.010 0.012 0.015 0.065 0.008 0.001 0.089 0.455 117 R 0.103 0.204 0.015 0.020 0.027 0.053 0.068 0.011 0.005 0.107 0.386 118 I 0.262 0.057 0.015 0.018 0.025 0.026 0.082 0.020 0.008 0.065 0.423 119 V 0.338 0.015 0.008 0.020 0.025 0.032 0.062 0.007 0.005 0.049 0.438 120 S 0.042 0.006 0.001 0.017 0.006 0.017 0.072 0.001 0.001 0.018 0.819 121 Q 0.030 0.006 0.001 0.018 0.007 0.013 0.105 0.001 0.001 0.023 0.796 122 K 0.046 0.009 0.002 0.017 0.018 0.016 0.146 0.003 0.001 0.038 0.705