# TARGET T0475 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0475.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1478 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.049 0.035 0.011 0.016 0.017 0.103 0.035 0.734 2 N 0.256 0.253 0.011 0.013 0.013 0.051 0.157 0.246 3 S 0.119 0.327 0.008 0.007 0.012 0.073 0.039 0.417 4 E 0.075 0.240 0.012 0.009 0.011 0.076 0.125 0.453 5 I 0.021 0.743 0.003 0.003 0.003 0.026 0.059 0.142 6 E 0.011 0.870 0.002 0.001 0.002 0.015 0.028 0.072 7 L 0.006 0.891 0.003 0.002 0.002 0.007 0.063 0.025 8 P 0.005 0.951 0.001 0.001 0.001 0.002 0.034 0.005 9 V 0.005 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.002 10 Q 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 11 K 0.003 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.008 12 Q 0.014 0.894 0.005 0.001 0.001 0.003 0.077 0.007 13 L 0.013 0.596 0.012 0.001 0.001 0.005 0.356 0.017 14 E 0.026 0.825 0.010 0.001 0.001 0.009 0.052 0.075 15 A 0.194 0.404 0.058 0.003 0.003 0.049 0.122 0.166 16 Y 0.146 0.252 0.057 0.006 0.003 0.063 0.155 0.318 17 N 0.165 0.236 0.005 0.001 0.001 0.034 0.088 0.471 18 A 0.036 0.249 0.008 0.001 0.001 0.079 0.047 0.579 19 R 0.013 0.303 0.012 0.003 0.002 0.092 0.129 0.447 20 D 0.013 0.959 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.014 21 I 0.013 0.963 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.008 22 D 0.007 0.926 0.012 0.001 0.001 0.003 0.035 0.016 23 A 0.042 0.837 0.013 0.001 0.001 0.008 0.075 0.024 24 F 0.125 0.635 0.037 0.001 0.001 0.015 0.149 0.036 25 M 0.132 0.550 0.021 0.003 0.003 0.024 0.086 0.182 26 A 0.029 0.161 0.019 0.003 0.004 0.050 0.074 0.661 27 W 0.012 0.050 0.097 0.010 0.010 0.143 0.265 0.414 28 W 0.298 0.076 0.072 0.011 0.009 0.098 0.176 0.260 29 A 0.412 0.022 0.017 0.002 0.003 0.070 0.046 0.428 30 D 0.012 0.012 0.038 0.003 0.009 0.126 0.023 0.777 31 D 0.013 0.009 0.175 0.013 0.055 0.143 0.093 0.499 32 C 0.012 0.006 0.232 0.086 0.082 0.089 0.102 0.390 33 Q 0.017 0.004 0.383 0.115 0.109 0.058 0.046 0.269 34 Y 0.014 0.003 0.206 0.111 0.129 0.076 0.054 0.408 35 Y 0.015 0.003 0.172 0.093 0.124 0.114 0.041 0.438 36 A 0.046 0.003 0.064 0.039 0.063 0.129 0.068 0.589 37 F 0.068 0.007 0.028 0.026 0.025 0.157 0.062 0.627 38 P 0.093 0.015 0.020 0.016 0.027 0.119 0.051 0.660 39 A 0.082 0.011 0.021 0.017 0.040 0.133 0.071 0.625 40 T 0.056 0.012 0.044 0.054 0.088 0.125 0.068 0.554 41 L 0.024 0.005 0.036 0.035 0.065 0.132 0.033 0.669 42 L 0.035 0.022 0.049 0.039 0.057 0.139 0.046 0.613 43 A 0.031 0.066 0.036 0.031 0.046 0.131 0.029 0.630 44 G 0.027 0.149 0.028 0.016 0.019 0.089 0.048 0.625 45 N 0.046 0.902 0.001 0.002 0.002 0.006 0.015 0.025 46 A 0.026 0.930 0.002 0.001 0.001 0.004 0.017 0.020 47 A 0.004 0.957 0.002 0.001 0.002 0.003 0.014 0.017 48 E 0.010 0.901 0.003 0.002 0.003 0.005 0.061 0.016 49 I 0.012 0.879 0.003 0.002 0.002 0.005 0.086 0.011 50 R 0.012 0.942 0.002 0.001 0.002 0.003 0.027 0.012 51 V 0.012 0.888 0.004 0.002 0.003 0.007 0.035 0.050 52 R 0.015 0.798 0.016 0.005 0.006 0.015 0.088 0.055 53 H 0.123 0.536 0.027 0.009 0.007 0.022 0.197 0.079 54 I 0.282 0.226 0.036 0.011 0.008 0.045 0.137 0.255 55 E 0.173 0.068 0.020 0.009 0.010 0.054 0.045 0.623 56 R 0.084 0.015 0.011 0.004 0.006 0.091 0.036 0.753 57 F 0.012 0.004 0.017 0.008 0.008 0.116 0.036 0.798 58 K 0.052 0.005 0.006 0.004 0.005 0.087 0.020 0.822 59 E 0.294 0.015 0.010 0.007 0.006 0.083 0.064 0.522 60 P 0.050 0.013 0.021 0.010 0.022 0.129 0.027 0.728 61 D 0.034 0.011 0.035 0.014 0.049 0.097 0.037 0.722 62 L 0.018 0.020 0.061 0.099 0.099 0.100 0.045 0.559 63 Y 0.014 0.024 0.105 0.092 0.179 0.086 0.054 0.447 64 G 0.011 0.014 0.105 0.136 0.172 0.063 0.147 0.351 65 E 0.024 0.028 0.123 0.211 0.208 0.057 0.149 0.200 66 L 0.042 0.041 0.075 0.125 0.192 0.055 0.109 0.360 67 L 0.020 0.021 0.059 0.167 0.323 0.063 0.054 0.295 68 T 0.012 0.009 0.056 0.221 0.383 0.039 0.069 0.211 69 R 0.007 0.006 0.054 0.244 0.334 0.055 0.051 0.249 70 V 0.012 0.004 0.091 0.226 0.337 0.060 0.045 0.225 71 I 0.095 0.009 0.061 0.127 0.137 0.089 0.070 0.413 72 V 0.115 0.033 0.029 0.060 0.102 0.083 0.049 0.528 73 G 0.026 0.040 0.020 0.027 0.099 0.101 0.025 0.662 74 N 0.014 0.062 0.053 0.139 0.303 0.089 0.058 0.283 75 V 0.007 0.067 0.057 0.302 0.335 0.031 0.048 0.154 76 V 0.008 0.077 0.056 0.276 0.408 0.024 0.042 0.110 77 I 0.007 0.018 0.084 0.295 0.365 0.018 0.145 0.067 78 D 0.016 0.039 0.035 0.276 0.332 0.022 0.214 0.066 79 H 0.015 0.034 0.054 0.161 0.310 0.040 0.179 0.208 80 E 0.009 0.014 0.029 0.213 0.552 0.032 0.067 0.084 81 T 0.022 0.008 0.037 0.189 0.434 0.040 0.075 0.195 82 V 0.024 0.006 0.035 0.257 0.349 0.069 0.032 0.230 83 T 0.014 0.003 0.037 0.147 0.239 0.070 0.035 0.455 84 R 0.008 0.002 0.038 0.149 0.179 0.130 0.036 0.458 85 N 0.017 0.002 0.065 0.063 0.092 0.105 0.061 0.594 86 F 0.506 0.004 0.021 0.055 0.035 0.059 0.064 0.256 87 P 0.197 0.003 0.013 0.017 0.022 0.075 0.040 0.632 88 E 0.014 0.001 0.007 0.007 0.025 0.085 0.009 0.851 89 G 0.034 0.002 0.014 0.022 0.062 0.094 0.029 0.744 90 K 0.038 0.004 0.018 0.091 0.083 0.121 0.047 0.597 91 G 0.019 0.005 0.035 0.085 0.147 0.089 0.030 0.590 92 E 0.024 0.008 0.037 0.103 0.255 0.073 0.053 0.449 93 V 0.015 0.007 0.082 0.179 0.260 0.073 0.057 0.327 94 D 0.009 0.008 0.077 0.234 0.439 0.033 0.030 0.171 95 V 0.004 0.006 0.057 0.189 0.551 0.026 0.034 0.134 96 A 0.003 0.002 0.058 0.248 0.568 0.016 0.018 0.087 97 C 0.003 0.001 0.029 0.433 0.496 0.006 0.009 0.024 98 I 0.002 0.001 0.032 0.317 0.476 0.019 0.009 0.144 99 Y 0.001 0.001 0.032 0.379 0.551 0.007 0.007 0.023 100 E 0.002 0.001 0.037 0.303 0.535 0.017 0.024 0.082 101 V 0.266 0.004 0.047 0.212 0.177 0.047 0.053 0.193 102 E 0.527 0.012 0.009 0.070 0.053 0.033 0.022 0.273 103 N 0.019 0.017 0.006 0.008 0.054 0.082 0.004 0.810 104 G 0.006 0.012 0.037 0.038 0.238 0.074 0.017 0.578 105 R 0.006 0.020 0.013 0.616 0.263 0.018 0.021 0.044 106 I 0.015 0.044 0.045 0.259 0.284 0.031 0.038 0.285 107 A 0.006 0.029 0.040 0.368 0.447 0.013 0.022 0.076 108 K 0.007 0.021 0.046 0.296 0.497 0.012 0.038 0.082 109 A 0.028 0.037 0.040 0.287 0.376 0.024 0.074 0.134 110 W 0.012 0.013 0.037 0.363 0.438 0.017 0.042 0.079 111 F 0.048 0.019 0.030 0.171 0.281 0.063 0.046 0.343 112 K 0.061 0.022 0.030 0.104 0.142 0.094 0.044 0.502 113 I 0.016 0.012 0.013 0.043 0.053 0.102 0.016 0.745 114 G 0.079 0.109 0.011 0.024 0.033 0.085 0.035 0.623 115 E 0.184 0.344 0.006 0.012 0.013 0.061 0.036 0.344 116 P 0.102 0.184 0.033 0.024 0.023 0.077 0.134 0.422 117 R 0.087 0.260 0.026 0.041 0.042 0.070 0.128 0.345 118 I 0.194 0.084 0.046 0.024 0.041 0.084 0.103 0.424 119 V 0.222 0.033 0.030 0.045 0.054 0.090 0.087 0.439 120 S 0.088 0.011 0.008 0.011 0.022 0.060 0.045 0.755 121 Q 0.024 0.006 0.007 0.009 0.018 0.101 0.025 0.810 122 K 0.029 0.008 0.016 0.024 0.045 0.130 0.038 0.709