# TARGET T0475 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0475.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1478 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.064 0.008 0.005 0.019 0.018 0.041 0.103 0.002 0.001 0.002 0.737 2 N 0.015 0.002 0.001 0.007 0.007 0.021 0.079 0.001 0.001 0.002 0.866 3 S 0.008 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.066 0.001 0.001 0.004 0.913 4 E 0.022 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.441 0.001 0.001 0.004 0.526 5 I 0.224 0.047 0.002 0.006 0.005 0.012 0.235 0.001 0.001 0.020 0.449 6 E 0.108 0.182 0.006 0.014 0.005 0.022 0.081 0.002 0.001 0.005 0.575 7 L 0.065 0.269 0.008 0.017 0.022 0.023 0.066 0.001 0.001 0.002 0.527 8 P 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.968 9 V 0.011 0.682 0.001 0.004 0.005 0.033 0.011 0.001 0.001 0.001 0.251 10 Q 0.005 0.961 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.027 11 K 0.012 0.903 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.078 12 Q 0.026 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 13 L 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 14 E 0.004 0.973 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.017 15 A 0.021 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.017 16 Y 0.059 0.902 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.010 17 N 0.090 0.768 0.022 0.002 0.001 0.001 0.003 0.075 0.001 0.001 0.037 18 A 0.226 0.477 0.090 0.010 0.002 0.002 0.006 0.083 0.001 0.001 0.102 19 R 0.202 0.247 0.136 0.017 0.002 0.002 0.052 0.055 0.001 0.005 0.282 20 D 0.087 0.077 0.137 0.014 0.001 0.003 0.332 0.017 0.001 0.006 0.326 21 I 0.037 0.054 0.041 0.050 0.001 0.005 0.045 0.002 0.001 0.007 0.758 22 D 0.003 0.039 0.004 0.005 0.001 0.002 0.621 0.001 0.001 0.005 0.321 23 A 0.064 0.061 0.001 0.002 0.001 0.001 0.771 0.001 0.001 0.005 0.096 24 F 0.054 0.909 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.029 25 M 0.005 0.966 0.006 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 26 A 0.009 0.962 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.019 27 W 0.067 0.865 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.042 0.001 0.001 0.021 28 W 0.220 0.628 0.008 0.001 0.001 0.002 0.003 0.109 0.001 0.001 0.027 29 A 0.220 0.428 0.073 0.020 0.011 0.018 0.022 0.077 0.001 0.001 0.132 30 D 0.042 0.078 0.023 0.022 0.009 0.011 0.027 0.051 0.001 0.004 0.733 31 D 0.170 0.037 0.063 0.100 0.018 0.019 0.143 0.015 0.001 0.018 0.417 32 C 0.250 0.030 0.077 0.160 0.033 0.032 0.204 0.004 0.001 0.009 0.200 33 Q 0.026 0.013 0.009 0.509 0.134 0.125 0.077 0.001 0.001 0.008 0.098 34 Y 0.009 0.011 0.006 0.436 0.105 0.175 0.028 0.001 0.001 0.002 0.228 35 Y 0.013 0.007 0.001 0.440 0.131 0.294 0.013 0.001 0.001 0.002 0.100 36 A 0.005 0.007 0.001 0.107 0.088 0.145 0.078 0.002 0.001 0.002 0.565 37 F 0.009 0.003 0.001 0.085 0.058 0.131 0.094 0.001 0.001 0.002 0.617 38 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.048 0.001 0.001 0.001 0.943 39 A 0.047 0.003 0.001 0.027 0.019 0.037 0.206 0.001 0.001 0.009 0.652 40 T 0.199 0.017 0.002 0.031 0.030 0.041 0.103 0.001 0.001 0.018 0.559 41 L 0.108 0.012 0.003 0.029 0.024 0.041 0.068 0.001 0.001 0.005 0.708 42 L 0.071 0.031 0.005 0.065 0.086 0.110 0.165 0.001 0.001 0.005 0.460 43 A 0.061 0.038 0.001 0.043 0.054 0.095 0.086 0.002 0.001 0.005 0.613 44 G 0.080 0.045 0.005 0.035 0.029 0.051 0.093 0.004 0.001 0.011 0.647 45 N 0.120 0.021 0.016 0.024 0.011 0.024 0.309 0.002 0.001 0.004 0.468 46 A 0.018 0.006 0.001 0.009 0.004 0.014 0.051 0.001 0.001 0.001 0.895 47 A 0.004 0.018 0.001 0.005 0.004 0.013 0.236 0.001 0.001 0.003 0.715 48 E 0.055 0.077 0.001 0.003 0.003 0.005 0.421 0.001 0.001 0.005 0.429 49 I 0.044 0.796 0.001 0.002 0.002 0.006 0.018 0.001 0.001 0.001 0.129 50 R 0.007 0.923 0.002 0.002 0.002 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.054 51 V 0.004 0.950 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.038 52 R 0.012 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.024 53 H 0.012 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.010 54 I 0.011 0.966 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.014 55 E 0.023 0.923 0.004 0.001 0.002 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.033 56 R 0.138 0.758 0.004 0.002 0.001 0.001 0.003 0.040 0.001 0.001 0.052 57 F 0.246 0.520 0.021 0.003 0.002 0.004 0.006 0.079 0.001 0.001 0.118 58 K 0.209 0.210 0.183 0.014 0.006 0.009 0.041 0.055 0.001 0.003 0.269 59 E 0.105 0.068 0.057 0.021 0.011 0.010 0.062 0.025 0.001 0.002 0.639 60 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.989 61 D 0.031 0.006 0.005 0.025 0.024 0.035 0.171 0.001 0.001 0.004 0.696 62 L 0.400 0.014 0.007 0.044 0.046 0.054 0.122 0.001 0.001 0.006 0.306 63 Y 0.089 0.032 0.002 0.174 0.149 0.187 0.107 0.001 0.001 0.010 0.250 64 G 0.034 0.034 0.003 0.166 0.144 0.158 0.075 0.001 0.001 0.005 0.381 65 E 0.017 0.022 0.001 0.169 0.268 0.252 0.066 0.001 0.001 0.003 0.201 66 L 0.014 0.024 0.001 0.090 0.175 0.247 0.070 0.001 0.001 0.003 0.374 67 L 0.022 0.027 0.002 0.105 0.202 0.479 0.042 0.001 0.001 0.004 0.117 68 T 0.056 0.028 0.003 0.116 0.230 0.277 0.073 0.002 0.001 0.006 0.209 69 R 0.040 0.027 0.005 0.114 0.235 0.267 0.038 0.002 0.001 0.003 0.268 70 V 0.016 0.015 0.003 0.119 0.290 0.366 0.031 0.001 0.001 0.002 0.157 71 I 0.013 0.016 0.002 0.087 0.314 0.308 0.037 0.001 0.001 0.002 0.220 72 V 0.012 0.010 0.001 0.049 0.208 0.423 0.031 0.001 0.001 0.002 0.264 73 G 0.025 0.008 0.001 0.049 0.108 0.224 0.079 0.002 0.001 0.006 0.497 74 N 0.127 0.007 0.007 0.048 0.097 0.129 0.160 0.001 0.001 0.009 0.415 75 V 0.089 0.006 0.004 0.046 0.152 0.167 0.107 0.001 0.001 0.006 0.422 76 V 0.016 0.007 0.003 0.053 0.302 0.404 0.059 0.001 0.001 0.003 0.153 77 I 0.009 0.006 0.001 0.038 0.333 0.530 0.019 0.001 0.001 0.002 0.062 78 D 0.004 0.008 0.001 0.019 0.400 0.510 0.010 0.001 0.001 0.001 0.047 79 H 0.003 0.009 0.001 0.018 0.395 0.533 0.007 0.001 0.001 0.001 0.034 80 E 0.002 0.008 0.001 0.010 0.440 0.502 0.008 0.001 0.001 0.001 0.030 81 T 0.008 0.011 0.001 0.014 0.343 0.544 0.015 0.001 0.001 0.001 0.063 82 V 0.014 0.015 0.002 0.022 0.397 0.481 0.011 0.001 0.001 0.002 0.055 83 T 0.013 0.013 0.001 0.020 0.338 0.501 0.017 0.001 0.001 0.001 0.095 84 R 0.019 0.014 0.002 0.024 0.305 0.459 0.016 0.001 0.001 0.002 0.159 85 N 0.029 0.012 0.005 0.022 0.178 0.390 0.048 0.002 0.001 0.002 0.312 86 F 0.071 0.004 0.001 0.022 0.245 0.406 0.032 0.001 0.001 0.002 0.216 87 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.980 88 E 0.008 0.001 0.001 0.010 0.028 0.062 0.254 0.001 0.001 0.003 0.633 89 G 0.420 0.007 0.001 0.016 0.019 0.026 0.047 0.001 0.001 0.082 0.381 90 K 0.312 0.008 0.017 0.018 0.027 0.035 0.212 0.001 0.001 0.008 0.360 91 G 0.031 0.002 0.002 0.017 0.045 0.036 0.106 0.001 0.001 0.004 0.756 92 E 0.036 0.002 0.001 0.019 0.073 0.201 0.055 0.001 0.001 0.001 0.613 93 V 0.055 0.003 0.001 0.064 0.128 0.242 0.070 0.001 0.001 0.002 0.435 94 D 0.018 0.002 0.001 0.080 0.250 0.243 0.066 0.001 0.001 0.003 0.337 95 V 0.011 0.002 0.001 0.067 0.255 0.358 0.034 0.001 0.001 0.002 0.270 96 A 0.006 0.001 0.001 0.096 0.376 0.473 0.013 0.001 0.001 0.003 0.032 97 C 0.004 0.001 0.001 0.037 0.463 0.454 0.011 0.001 0.001 0.001 0.029 98 I 0.004 0.001 0.001 0.055 0.273 0.601 0.010 0.001 0.001 0.001 0.054 99 Y 0.001 0.001 0.001 0.026 0.434 0.530 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 100 E 0.001 0.001 0.001 0.024 0.312 0.568 0.013 0.001 0.001 0.001 0.080 101 V 0.001 0.001 0.001 0.014 0.392 0.572 0.004 0.001 0.001 0.001 0.017 102 E 0.002 0.002 0.001 0.016 0.306 0.406 0.075 0.001 0.001 0.001 0.191 103 N 0.005 0.002 0.001 0.015 0.218 0.367 0.055 0.001 0.001 0.006 0.333 104 G 0.052 0.003 0.002 0.017 0.140 0.292 0.152 0.001 0.001 0.030 0.313 105 R 0.543 0.002 0.006 0.018 0.085 0.078 0.137 0.001 0.001 0.015 0.115 106 I 0.021 0.004 0.003 0.017 0.225 0.262 0.099 0.001 0.001 0.003 0.365 107 A 0.007 0.001 0.001 0.014 0.240 0.709 0.007 0.001 0.001 0.001 0.021 108 K 0.005 0.006 0.001 0.027 0.374 0.449 0.040 0.001 0.001 0.001 0.098 109 A 0.002 0.006 0.001 0.012 0.391 0.539 0.009 0.001 0.001 0.001 0.042 110 W 0.001 0.013 0.001 0.016 0.332 0.596 0.008 0.001 0.001 0.001 0.034 111 F 0.005 0.019 0.001 0.018 0.410 0.447 0.015 0.001 0.001 0.001 0.085 112 K 0.024 0.051 0.001 0.025 0.362 0.382 0.024 0.001 0.001 0.003 0.126 113 I 0.082 0.096 0.004 0.033 0.138 0.269 0.048 0.005 0.001 0.005 0.320 114 G 0.107 0.032 0.009 0.017 0.045 0.106 0.060 0.008 0.001 0.021 0.595 115 E 0.128 0.005 0.015 0.013 0.010 0.016 0.098 0.002 0.001 0.003 0.710 116 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.983 117 R 0.022 0.005 0.001 0.017 0.023 0.053 0.189 0.001 0.001 0.003 0.686 118 I 0.148 0.052 0.002 0.028 0.015 0.033 0.091 0.001 0.001 0.004 0.626 119 V 0.104 0.238 0.002 0.056 0.089 0.130 0.058 0.001 0.001 0.006 0.316 120 S 0.062 0.274 0.001 0.021 0.042 0.053 0.085 0.003 0.001 0.005 0.455 121 Q 0.180 0.329 0.003 0.019 0.035 0.064 0.062 0.007 0.001 0.004 0.297 122 K 0.173 0.191 0.007 0.012 0.019 0.031 0.068 0.013 0.001 0.006 0.480