# TARGET T0475 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0475.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1478 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.083 0.018 0.074 0.024 0.036 0.122 0.012 0.632 2 N 0.062 0.020 0.041 0.020 0.040 0.165 0.009 0.643 3 S 0.032 0.015 0.020 0.007 0.018 0.075 0.004 0.828 4 E 0.021 0.013 0.004 0.003 0.006 0.388 0.004 0.562 5 I 0.122 0.050 0.006 0.002 0.005 0.278 0.008 0.528 6 E 0.081 0.448 0.010 0.005 0.007 0.142 0.009 0.299 7 L 0.045 0.374 0.009 0.007 0.009 0.072 0.005 0.479 8 P 0.005 0.093 0.001 0.001 0.003 0.022 0.001 0.873 9 V 0.023 0.762 0.005 0.007 0.021 0.035 0.003 0.144 10 Q 0.004 0.952 0.002 0.002 0.003 0.004 0.001 0.033 11 K 0.004 0.957 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.033 12 Q 0.014 0.947 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.032 13 L 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 14 E 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 15 A 0.010 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 16 Y 0.026 0.957 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 17 N 0.165 0.732 0.011 0.002 0.002 0.007 0.046 0.036 18 A 0.162 0.603 0.102 0.004 0.004 0.008 0.034 0.082 19 R 0.133 0.257 0.039 0.004 0.005 0.126 0.039 0.398 20 D 0.196 0.092 0.030 0.003 0.003 0.334 0.028 0.315 21 I 0.048 0.379 0.055 0.002 0.007 0.046 0.005 0.458 22 D 0.007 0.200 0.017 0.001 0.004 0.343 0.003 0.424 23 A 0.026 0.218 0.002 0.001 0.002 0.609 0.003 0.140 24 F 0.012 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 25 M 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 26 A 0.008 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 27 W 0.145 0.803 0.003 0.002 0.002 0.001 0.029 0.014 28 W 0.233 0.650 0.015 0.007 0.012 0.004 0.038 0.040 29 A 0.107 0.567 0.080 0.017 0.029 0.020 0.038 0.142 30 D 0.042 0.224 0.049 0.011 0.012 0.039 0.040 0.582 31 D 0.344 0.084 0.057 0.012 0.009 0.068 0.094 0.332 32 C 0.318 0.101 0.265 0.035 0.023 0.062 0.037 0.158 33 Q 0.029 0.038 0.544 0.092 0.089 0.066 0.014 0.129 34 Y 0.020 0.020 0.210 0.098 0.125 0.061 0.007 0.460 35 Y 0.022 0.026 0.344 0.166 0.198 0.036 0.007 0.201 36 A 0.013 0.019 0.163 0.080 0.121 0.049 0.009 0.547 37 F 0.014 0.006 0.110 0.060 0.111 0.055 0.005 0.638 38 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.995 39 A 0.026 0.005 0.030 0.034 0.081 0.123 0.006 0.697 40 T 0.181 0.012 0.029 0.022 0.023 0.077 0.013 0.643 41 L 0.107 0.016 0.050 0.023 0.038 0.051 0.006 0.709 42 L 0.142 0.046 0.096 0.067 0.095 0.143 0.009 0.403 43 A 0.083 0.054 0.084 0.044 0.059 0.119 0.015 0.543 44 G 0.102 0.058 0.061 0.037 0.042 0.093 0.018 0.589 45 N 0.139 0.030 0.032 0.012 0.019 0.195 0.012 0.561 46 A 0.018 0.019 0.016 0.003 0.014 0.062 0.003 0.865 47 A 0.009 0.036 0.004 0.002 0.006 0.164 0.002 0.778 48 E 0.024 0.096 0.001 0.001 0.002 0.437 0.003 0.436 49 I 0.026 0.864 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.093 50 R 0.002 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 51 V 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 52 R 0.007 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 53 H 0.016 0.966 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.009 54 I 0.009 0.962 0.003 0.002 0.003 0.002 0.003 0.016 55 E 0.016 0.931 0.003 0.002 0.002 0.005 0.009 0.034 56 R 0.079 0.816 0.007 0.002 0.002 0.006 0.027 0.061 57 F 0.120 0.695 0.015 0.008 0.008 0.010 0.033 0.111 58 K 0.118 0.320 0.037 0.015 0.021 0.041 0.102 0.345 59 E 0.173 0.120 0.045 0.028 0.027 0.045 0.036 0.525 60 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 61 D 0.017 0.003 0.017 0.024 0.034 0.092 0.008 0.806 62 L 0.243 0.007 0.117 0.054 0.039 0.063 0.016 0.461 63 Y 0.076 0.005 0.177 0.118 0.147 0.083 0.005 0.388 64 G 0.025 0.004 0.137 0.140 0.149 0.046 0.003 0.497 65 E 0.021 0.003 0.303 0.182 0.233 0.055 0.003 0.201 66 L 0.008 0.003 0.123 0.131 0.190 0.064 0.002 0.480 67 L 0.008 0.005 0.173 0.212 0.422 0.055 0.003 0.122 68 T 0.013 0.008 0.094 0.241 0.323 0.064 0.004 0.252 69 R 0.031 0.009 0.102 0.177 0.312 0.055 0.007 0.306 70 V 0.034 0.011 0.109 0.228 0.294 0.070 0.007 0.247 71 I 0.022 0.018 0.079 0.273 0.290 0.071 0.010 0.236 72 V 0.016 0.019 0.067 0.157 0.251 0.062 0.011 0.417 73 G 0.025 0.014 0.045 0.084 0.135 0.090 0.031 0.576 74 N 0.209 0.005 0.027 0.050 0.054 0.182 0.034 0.438 75 V 0.107 0.005 0.056 0.102 0.103 0.193 0.012 0.422 76 V 0.049 0.005 0.047 0.288 0.415 0.088 0.005 0.103 77 I 0.018 0.003 0.062 0.360 0.475 0.028 0.002 0.051 78 D 0.006 0.003 0.036 0.351 0.498 0.020 0.001 0.084 79 H 0.003 0.003 0.048 0.332 0.516 0.017 0.001 0.079 80 E 0.005 0.004 0.034 0.326 0.506 0.034 0.002 0.089 81 T 0.012 0.005 0.028 0.253 0.523 0.040 0.004 0.134 82 V 0.023 0.005 0.038 0.263 0.529 0.049 0.003 0.089 83 T 0.015 0.009 0.022 0.314 0.389 0.051 0.004 0.196 84 R 0.018 0.012 0.031 0.314 0.419 0.027 0.006 0.174 85 N 0.037 0.013 0.021 0.159 0.321 0.067 0.010 0.372 86 F 0.047 0.011 0.025 0.214 0.344 0.066 0.009 0.283 87 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.001 0.988 88 E 0.017 0.006 0.010 0.058 0.093 0.186 0.014 0.615 89 G 0.415 0.008 0.009 0.020 0.016 0.045 0.052 0.436 90 K 0.290 0.005 0.039 0.027 0.050 0.206 0.010 0.373 91 G 0.003 0.001 0.005 0.024 0.018 0.029 0.002 0.918 92 E 0.034 0.002 0.017 0.055 0.133 0.093 0.006 0.661 93 V 0.035 0.002 0.028 0.083 0.102 0.066 0.005 0.679 94 D 0.023 0.001 0.044 0.321 0.263 0.071 0.005 0.272 95 V 0.017 0.001 0.047 0.220 0.360 0.048 0.003 0.304 96 A 0.013 0.001 0.056 0.299 0.579 0.027 0.001 0.025 97 C 0.004 0.001 0.038 0.496 0.442 0.009 0.001 0.010 98 I 0.002 0.001 0.028 0.253 0.600 0.011 0.001 0.106 99 Y 0.001 0.001 0.045 0.532 0.418 0.002 0.001 0.003 100 E 0.001 0.001 0.010 0.249 0.405 0.012 0.001 0.323 101 V 0.001 0.001 0.037 0.307 0.631 0.006 0.001 0.019 102 E 0.004 0.001 0.021 0.186 0.329 0.083 0.002 0.374 103 N 0.007 0.001 0.013 0.051 0.114 0.103 0.014 0.697 104 G 0.141 0.007 0.024 0.103 0.040 0.111 0.077 0.498 105 R 0.606 0.001 0.006 0.010 0.035 0.304 0.004 0.036 106 I 0.011 0.001 0.010 0.244 0.163 0.075 0.001 0.494 107 A 0.005 0.001 0.012 0.297 0.660 0.014 0.001 0.011 108 K 0.006 0.004 0.014 0.358 0.510 0.020 0.001 0.087 109 A 0.003 0.006 0.017 0.291 0.640 0.009 0.001 0.032 110 W 0.005 0.015 0.011 0.294 0.610 0.017 0.001 0.046 111 F 0.013 0.037 0.030 0.347 0.459 0.021 0.006 0.087 112 K 0.054 0.051 0.052 0.191 0.335 0.055 0.017 0.245 113 I 0.092 0.064 0.066 0.152 0.231 0.050 0.021 0.325 114 G 0.047 0.041 0.036 0.054 0.090 0.078 0.031 0.624 115 E 0.055 0.011 0.018 0.017 0.030 0.052 0.010 0.806 116 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 117 R 0.023 0.009 0.014 0.022 0.046 0.210 0.005 0.670 118 I 0.154 0.051 0.025 0.019 0.035 0.116 0.007 0.593 119 V 0.158 0.184 0.030 0.032 0.109 0.090 0.006 0.392 120 S 0.124 0.229 0.019 0.027 0.044 0.105 0.012 0.441 121 Q 0.267 0.234 0.024 0.016 0.031 0.078 0.027 0.324 122 K 0.218 0.223 0.012 0.015 0.020 0.053 0.037 0.422