# TARGET T0475 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0475.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1478 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.164 0.223 0.325 0.123 0.039 0.044 0.031 0.005 0.037 0.006 0.001 2 N 0.168 0.080 0.455 0.102 0.039 0.063 0.043 0.004 0.037 0.006 0.004 3 S 0.593 0.049 0.196 0.086 0.021 0.022 0.012 0.007 0.006 0.006 0.003 4 E 0.542 0.078 0.161 0.138 0.021 0.030 0.010 0.002 0.014 0.003 0.001 5 I 0.732 0.036 0.106 0.075 0.011 0.028 0.005 0.001 0.003 0.001 0.003 6 E 0.891 0.019 0.037 0.037 0.004 0.005 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 7 L 0.800 0.029 0.097 0.004 0.009 0.015 0.002 0.001 0.043 0.001 0.001 8 P 0.940 0.001 0.038 0.008 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 V 0.994 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 Q 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 K 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 Q 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 L 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 E 0.984 0.001 0.001 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 A 0.959 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 Y 0.850 0.007 0.015 0.121 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 17 N 0.598 0.009 0.026 0.195 0.008 0.020 0.133 0.007 0.004 0.001 0.001 18 A 0.555 0.022 0.041 0.348 0.006 0.006 0.017 0.002 0.002 0.001 0.001 19 R 0.537 0.025 0.100 0.257 0.017 0.016 0.024 0.014 0.005 0.005 0.001 20 D 0.226 0.069 0.287 0.094 0.039 0.120 0.060 0.003 0.097 0.004 0.001 21 I 0.978 0.001 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 D 0.990 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.989 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 F 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 M 0.993 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 A 0.963 0.002 0.002 0.028 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 W 0.744 0.008 0.014 0.219 0.002 0.004 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 28 W 0.378 0.041 0.097 0.398 0.011 0.014 0.050 0.003 0.007 0.001 0.001 29 A 0.301 0.119 0.295 0.078 0.055 0.035 0.060 0.007 0.040 0.009 0.001 30 D 0.708 0.014 0.128 0.111 0.008 0.009 0.012 0.006 0.002 0.002 0.002 31 D 0.119 0.053 0.065 0.527 0.025 0.021 0.149 0.025 0.013 0.002 0.001 32 C 0.085 0.450 0.229 0.090 0.065 0.024 0.028 0.007 0.022 0.001 0.001 33 Q 0.047 0.747 0.142 0.012 0.030 0.013 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 34 Y 0.028 0.673 0.183 0.021 0.046 0.032 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 35 Y 0.030 0.639 0.158 0.025 0.078 0.036 0.006 0.001 0.026 0.001 0.001 36 A 0.069 0.301 0.345 0.068 0.050 0.082 0.016 0.003 0.060 0.004 0.002 37 F 0.016 0.286 0.380 0.006 0.068 0.025 0.007 0.001 0.206 0.004 0.001 38 P 0.353 0.006 0.543 0.022 0.002 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 0.047 39 A 0.353 0.108 0.136 0.216 0.057 0.023 0.045 0.034 0.017 0.010 0.001 40 T 0.205 0.171 0.265 0.110 0.092 0.042 0.049 0.013 0.043 0.007 0.002 41 L 0.242 0.126 0.456 0.075 0.021 0.038 0.018 0.003 0.015 0.002 0.002 42 L 0.203 0.303 0.291 0.103 0.020 0.054 0.005 0.001 0.019 0.001 0.001 43 A 0.148 0.281 0.257 0.174 0.071 0.029 0.012 0.001 0.024 0.002 0.001 44 G 0.144 0.065 0.146 0.073 0.287 0.020 0.026 0.081 0.010 0.148 0.001 45 N 0.080 0.086 0.472 0.154 0.047 0.093 0.020 0.001 0.041 0.005 0.001 46 A 0.982 0.001 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 A 0.993 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 E 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 V 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 R 0.978 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 H 0.963 0.002 0.002 0.028 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 54 I 0.984 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 E 0.950 0.002 0.004 0.040 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 R 0.640 0.007 0.013 0.326 0.001 0.003 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 57 F 0.440 0.040 0.121 0.298 0.013 0.010 0.061 0.004 0.011 0.001 0.001 58 K 0.432 0.087 0.196 0.185 0.019 0.030 0.034 0.005 0.008 0.003 0.001 59 E 0.037 0.175 0.491 0.014 0.034 0.028 0.009 0.001 0.210 0.002 0.001 60 P 0.401 0.005 0.509 0.033 0.002 0.014 0.004 0.002 0.002 0.001 0.029 61 D 0.136 0.131 0.220 0.260 0.040 0.038 0.103 0.032 0.035 0.003 0.001 62 L 0.126 0.317 0.381 0.090 0.029 0.032 0.006 0.003 0.014 0.001 0.001 63 Y 0.093 0.562 0.184 0.072 0.053 0.015 0.007 0.001 0.012 0.001 0.001 64 G 0.033 0.193 0.193 0.019 0.384 0.031 0.030 0.048 0.026 0.043 0.001 65 E 0.036 0.592 0.251 0.010 0.070 0.021 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 66 L 0.061 0.321 0.469 0.015 0.018 0.078 0.002 0.001 0.033 0.001 0.003 67 L 0.176 0.410 0.242 0.070 0.054 0.027 0.005 0.001 0.014 0.001 0.001 68 T 0.055 0.552 0.084 0.035 0.224 0.018 0.011 0.002 0.018 0.001 0.001 69 R 0.056 0.677 0.162 0.011 0.057 0.022 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 70 V 0.049 0.700 0.154 0.008 0.033 0.030 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 71 I 0.044 0.779 0.076 0.018 0.048 0.024 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 72 V 0.061 0.397 0.209 0.138 0.085 0.048 0.023 0.001 0.037 0.001 0.001 73 G 0.014 0.006 0.016 0.010 0.097 0.004 0.120 0.524 0.002 0.208 0.001 74 N 0.072 0.194 0.337 0.147 0.093 0.037 0.071 0.010 0.034 0.005 0.001 75 V 0.036 0.707 0.170 0.017 0.042 0.015 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 76 V 0.039 0.716 0.152 0.013 0.032 0.034 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 77 I 0.013 0.833 0.084 0.007 0.043 0.009 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 78 D 0.039 0.567 0.189 0.020 0.102 0.049 0.007 0.001 0.025 0.001 0.001 79 H 0.038 0.605 0.147 0.021 0.104 0.038 0.012 0.002 0.032 0.001 0.001 80 E 0.052 0.591 0.192 0.027 0.087 0.024 0.007 0.001 0.019 0.001 0.001 81 T 0.027 0.687 0.116 0.019 0.097 0.029 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 82 V 0.029 0.719 0.127 0.021 0.061 0.028 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 83 T 0.036 0.681 0.105 0.039 0.100 0.018 0.004 0.001 0.014 0.001 0.001 84 R 0.040 0.448 0.146 0.031 0.255 0.023 0.018 0.006 0.027 0.006 0.001 85 N 0.067 0.348 0.321 0.079 0.037 0.098 0.012 0.003 0.034 0.002 0.001 86 F 0.013 0.305 0.363 0.006 0.054 0.030 0.006 0.001 0.217 0.005 0.001 87 P 0.549 0.006 0.362 0.024 0.002 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.035 88 E 0.088 0.036 0.106 0.584 0.018 0.009 0.123 0.016 0.015 0.004 0.001 89 G 0.009 0.002 0.015 0.008 0.027 0.004 0.068 0.700 0.003 0.166 0.001 90 K 0.105 0.183 0.508 0.136 0.031 0.014 0.008 0.001 0.009 0.004 0.001 91 G 0.083 0.088 0.256 0.038 0.188 0.025 0.032 0.062 0.008 0.219 0.001 92 E 0.109 0.258 0.257 0.109 0.130 0.055 0.041 0.008 0.026 0.006 0.003 93 V 0.039 0.513 0.314 0.035 0.052 0.016 0.007 0.001 0.021 0.001 0.001 94 D 0.068 0.280 0.436 0.047 0.038 0.081 0.016 0.003 0.027 0.001 0.005 95 V 0.017 0.816 0.061 0.014 0.071 0.008 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 96 A 0.012 0.746 0.097 0.009 0.117 0.009 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 97 C 0.009 0.764 0.109 0.007 0.076 0.023 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 98 I 0.006 0.890 0.060 0.003 0.029 0.006 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 99 Y 0.003 0.850 0.036 0.002 0.094 0.005 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 100 E 0.007 0.811 0.087 0.002 0.053 0.029 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 101 V 0.039 0.592 0.251 0.011 0.027 0.056 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 102 E 0.342 0.310 0.112 0.121 0.052 0.035 0.009 0.001 0.013 0.003 0.001 103 N 0.015 0.014 0.017 0.357 0.018 0.010 0.547 0.009 0.009 0.002 0.001 104 G 0.006 0.005 0.009 0.004 0.039 0.002 0.181 0.677 0.003 0.076 0.001 105 R 0.082 0.378 0.436 0.022 0.043 0.026 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 106 I 0.073 0.358 0.433 0.016 0.016 0.075 0.001 0.001 0.026 0.001 0.002 107 A 0.207 0.426 0.217 0.043 0.053 0.035 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 108 K 0.049 0.694 0.033 0.019 0.188 0.009 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 109 A 0.048 0.778 0.058 0.007 0.094 0.009 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 110 W 0.153 0.558 0.147 0.017 0.047 0.051 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 111 F 0.306 0.350 0.140 0.035 0.056 0.070 0.015 0.001 0.026 0.001 0.001 112 K 0.255 0.366 0.103 0.138 0.039 0.051 0.018 0.002 0.026 0.001 0.001 113 I 0.142 0.208 0.251 0.293 0.022 0.027 0.029 0.001 0.025 0.001 0.001 114 G 0.035 0.013 0.068 0.049 0.076 0.031 0.225 0.357 0.013 0.134 0.001 115 E 0.071 0.139 0.618 0.018 0.044 0.022 0.008 0.001 0.072 0.006 0.001 116 P 0.386 0.009 0.522 0.016 0.003 0.017 0.003 0.001 0.003 0.001 0.038 117 R 0.462 0.102 0.277 0.068 0.023 0.032 0.011 0.006 0.015 0.001 0.003 118 I 0.387 0.165 0.274 0.095 0.017 0.040 0.003 0.001 0.017 0.001 0.002 119 V 0.364 0.289 0.231 0.044 0.032 0.019 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 120 S 0.488 0.098 0.205 0.090 0.043 0.042 0.014 0.003 0.012 0.004 0.002 121 Q 0.312 0.199 0.214 0.121 0.049 0.033 0.024 0.005 0.039 0.004 0.001 122 K 0.333 0.084 0.291 0.144 0.030 0.036 0.042 0.013 0.019 0.007 0.002