# TARGET T0475 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0475.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1478 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.069 0.209 0.109 0.040 0.144 0.028 0.037 0.089 0.076 0.152 0.046 2 N 0.091 0.283 0.177 0.017 0.254 0.010 0.009 0.066 0.037 0.031 0.024 3 S 0.010 0.038 0.014 0.004 0.022 0.013 0.049 0.502 0.307 0.033 0.007 4 E 0.020 0.059 0.031 0.006 0.039 0.009 0.040 0.562 0.122 0.097 0.014 5 I 0.020 0.048 0.011 0.002 0.036 0.003 0.008 0.638 0.145 0.074 0.014 6 E 0.007 0.010 0.004 0.001 0.009 0.002 0.005 0.816 0.114 0.025 0.006 7 L 0.003 0.024 0.008 0.001 0.010 0.001 0.005 0.904 0.039 0.004 0.001 8 P 0.004 0.008 0.002 0.001 0.004 0.001 0.006 0.946 0.022 0.005 0.002 9 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.942 0.053 0.001 0.001 10 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.034 0.001 0.001 11 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.977 0.016 0.001 0.001 12 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.967 0.023 0.003 0.001 13 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.909 0.087 0.001 0.001 14 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.921 0.068 0.001 0.001 15 A 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.034 0.894 0.052 0.009 0.001 16 Y 0.020 0.045 0.013 0.005 0.032 0.007 0.067 0.606 0.131 0.060 0.015 17 N 0.043 0.044 0.030 0.011 0.045 0.015 0.037 0.429 0.114 0.153 0.081 18 A 0.016 0.097 0.033 0.005 0.046 0.014 0.071 0.465 0.178 0.061 0.012 19 R 0.020 0.065 0.039 0.013 0.025 0.042 0.157 0.309 0.088 0.213 0.030 20 D 0.090 0.178 0.046 0.007 0.109 0.003 0.006 0.254 0.050 0.189 0.068 21 I 0.003 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.792 0.180 0.011 0.002 22 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.901 0.087 0.003 0.001 23 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.924 0.055 0.014 0.001 24 F 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.929 0.054 0.007 0.001 25 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.825 0.166 0.003 0.001 26 A 0.002 0.004 0.001 0.001 0.004 0.003 0.041 0.824 0.104 0.015 0.001 27 W 0.023 0.030 0.015 0.003 0.034 0.007 0.189 0.549 0.096 0.046 0.008 28 W 0.069 0.078 0.038 0.017 0.079 0.016 0.038 0.165 0.103 0.317 0.081 29 A 0.106 0.198 0.127 0.022 0.237 0.022 0.034 0.117 0.080 0.032 0.025 30 D 0.013 0.027 0.015 0.015 0.017 0.070 0.329 0.237 0.218 0.050 0.010 31 D 0.069 0.073 0.024 0.013 0.095 0.011 0.070 0.060 0.063 0.446 0.076 32 C 0.334 0.067 0.006 0.001 0.497 0.002 0.003 0.010 0.011 0.016 0.055 33 Q 0.151 0.156 0.013 0.003 0.571 0.014 0.025 0.021 0.014 0.010 0.022 34 Y 0.377 0.064 0.008 0.004 0.403 0.007 0.009 0.007 0.007 0.021 0.094 35 Y 0.151 0.138 0.069 0.049 0.305 0.035 0.043 0.022 0.018 0.091 0.079 36 A 0.107 0.283 0.185 0.048 0.231 0.021 0.020 0.016 0.017 0.041 0.031 37 F 0.077 0.309 0.259 0.045 0.202 0.017 0.013 0.018 0.021 0.020 0.019 38 P 0.061 0.105 0.052 0.043 0.099 0.055 0.169 0.127 0.181 0.076 0.031 39 A 0.071 0.172 0.103 0.043 0.102 0.036 0.065 0.064 0.090 0.176 0.078 40 T 0.086 0.304 0.117 0.018 0.226 0.013 0.017 0.041 0.039 0.081 0.059 41 L 0.177 0.196 0.056 0.009 0.330 0.011 0.020 0.059 0.048 0.043 0.051 42 L 0.207 0.120 0.038 0.019 0.252 0.039 0.054 0.085 0.050 0.048 0.088 43 A 0.073 0.104 0.059 0.083 0.091 0.093 0.133 0.090 0.053 0.163 0.058 44 G 0.020 0.161 0.229 0.250 0.039 0.051 0.034 0.068 0.026 0.098 0.023 45 N 0.055 0.467 0.219 0.015 0.119 0.003 0.002 0.036 0.009 0.044 0.030 46 A 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.698 0.284 0.005 0.001 47 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.913 0.081 0.002 0.001 48 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.027 0.010 0.001 49 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.023 0.002 0.001 50 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.944 0.055 0.001 0.001 51 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.971 0.025 0.001 0.001 52 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.947 0.023 0.003 0.001 53 H 0.004 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.863 0.104 0.016 0.003 54 I 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.839 0.137 0.006 0.001 55 E 0.004 0.008 0.004 0.001 0.008 0.003 0.065 0.764 0.125 0.015 0.003 56 R 0.026 0.026 0.012 0.004 0.033 0.008 0.071 0.483 0.173 0.138 0.024 57 F 0.058 0.066 0.017 0.006 0.086 0.009 0.039 0.390 0.173 0.119 0.038 58 K 0.033 0.050 0.034 0.015 0.040 0.032 0.119 0.217 0.155 0.266 0.039 59 E 0.065 0.291 0.319 0.020 0.194 0.012 0.016 0.029 0.017 0.021 0.015 60 P 0.031 0.274 0.079 0.032 0.081 0.057 0.100 0.139 0.135 0.050 0.021 61 D 0.100 0.065 0.041 0.028 0.091 0.017 0.048 0.073 0.065 0.345 0.127 62 L 0.124 0.219 0.057 0.011 0.337 0.016 0.018 0.058 0.043 0.063 0.055 63 Y 0.184 0.158 0.044 0.028 0.238 0.044 0.063 0.062 0.040 0.062 0.077 64 G 0.165 0.234 0.091 0.020 0.353 0.017 0.012 0.024 0.017 0.031 0.036 65 E 0.150 0.223 0.039 0.007 0.500 0.007 0.012 0.021 0.008 0.010 0.022 66 L 0.466 0.078 0.010 0.005 0.278 0.006 0.007 0.030 0.020 0.013 0.086 67 L 0.129 0.156 0.048 0.034 0.279 0.093 0.087 0.070 0.035 0.026 0.042 68 T 0.232 0.163 0.042 0.009 0.458 0.006 0.010 0.016 0.009 0.014 0.039 69 R 0.235 0.153 0.020 0.005 0.503 0.005 0.007 0.014 0.008 0.013 0.037 70 V 0.258 0.149 0.029 0.009 0.414 0.014 0.021 0.023 0.011 0.013 0.058 71 I 0.218 0.099 0.102 0.083 0.164 0.085 0.071 0.044 0.022 0.028 0.084 72 V 0.024 0.075 0.079 0.296 0.039 0.172 0.166 0.067 0.043 0.026 0.012 73 G 0.029 0.037 0.064 0.253 0.025 0.060 0.027 0.029 0.039 0.373 0.065 74 N 0.083 0.265 0.116 0.034 0.202 0.016 0.020 0.036 0.040 0.118 0.069 75 V 0.152 0.239 0.041 0.005 0.409 0.012 0.020 0.029 0.026 0.025 0.041 76 V 0.272 0.152 0.020 0.008 0.420 0.012 0.021 0.023 0.015 0.013 0.044 77 I 0.299 0.128 0.026 0.013 0.429 0.018 0.011 0.014 0.009 0.013 0.041 78 D 0.208 0.169 0.061 0.026 0.369 0.034 0.022 0.024 0.012 0.025 0.049 79 H 0.284 0.119 0.036 0.020 0.263 0.017 0.023 0.042 0.040 0.058 0.099 80 E 0.114 0.226 0.093 0.023 0.326 0.028 0.044 0.043 0.029 0.044 0.031 81 T 0.258 0.151 0.018 0.005 0.455 0.005 0.012 0.019 0.014 0.017 0.045 82 V 0.289 0.131 0.021 0.009 0.368 0.016 0.017 0.023 0.021 0.021 0.082 83 T 0.193 0.148 0.046 0.026 0.347 0.040 0.049 0.034 0.019 0.031 0.067 84 R 0.180 0.203 0.076 0.022 0.304 0.014 0.020 0.034 0.029 0.052 0.066 85 N 0.114 0.207 0.070 0.037 0.310 0.038 0.037 0.035 0.027 0.080 0.045 86 F 0.095 0.294 0.305 0.022 0.180 0.008 0.011 0.029 0.018 0.015 0.023 87 P 0.021 0.020 0.024 0.032 0.021 0.073 0.175 0.346 0.216 0.045 0.027 88 E 0.016 0.288 0.189 0.166 0.038 0.059 0.099 0.048 0.035 0.052 0.010 89 G 0.026 0.021 0.041 0.158 0.021 0.036 0.015 0.028 0.030 0.443 0.183 90 K 0.066 0.290 0.170 0.068 0.144 0.020 0.029 0.037 0.047 0.090 0.039 91 G 0.086 0.219 0.161 0.069 0.164 0.066 0.032 0.036 0.045 0.063 0.058 92 E 0.259 0.139 0.056 0.041 0.263 0.018 0.034 0.033 0.033 0.058 0.068 93 V 0.282 0.170 0.038 0.007 0.412 0.011 0.009 0.013 0.013 0.013 0.032 94 D 0.180 0.206 0.051 0.011 0.405 0.033 0.034 0.018 0.012 0.016 0.036 95 V 0.416 0.063 0.008 0.002 0.446 0.004 0.010 0.008 0.006 0.009 0.029 96 A 0.243 0.140 0.011 0.007 0.512 0.014 0.013 0.008 0.005 0.008 0.038 97 C 0.235 0.064 0.005 0.003 0.656 0.007 0.011 0.003 0.001 0.003 0.011 98 I 0.442 0.023 0.002 0.002 0.489 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 99 Y 0.153 0.196 0.028 0.003 0.589 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 100 E 0.168 0.106 0.004 0.001 0.695 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 101 V 0.307 0.123 0.112 0.059 0.106 0.013 0.007 0.017 0.017 0.025 0.214 102 E 0.004 0.004 0.020 0.090 0.004 0.253 0.429 0.153 0.037 0.004 0.003 103 N 0.011 0.231 0.114 0.348 0.021 0.056 0.107 0.038 0.035 0.033 0.007 104 G 0.008 0.008 0.025 0.133 0.005 0.022 0.002 0.008 0.010 0.599 0.180 105 R 0.015 0.623 0.149 0.004 0.170 0.002 0.009 0.007 0.005 0.010 0.007 106 I 0.615 0.043 0.005 0.002 0.257 0.003 0.003 0.005 0.006 0.003 0.059 107 A 0.100 0.240 0.059 0.068 0.313 0.082 0.041 0.043 0.018 0.009 0.026 108 K 0.323 0.095 0.017 0.004 0.495 0.004 0.007 0.018 0.005 0.007 0.026 109 A 0.281 0.139 0.034 0.008 0.350 0.009 0.009 0.054 0.029 0.023 0.065 110 W 0.185 0.154 0.025 0.008 0.409 0.020 0.031 0.068 0.038 0.022 0.041 111 F 0.157 0.200 0.050 0.010 0.325 0.013 0.032 0.082 0.053 0.033 0.044 112 K 0.167 0.093 0.037 0.021 0.202 0.028 0.068 0.122 0.054 0.104 0.105 113 I 0.058 0.373 0.131 0.047 0.154 0.037 0.064 0.038 0.026 0.043 0.027 114 G 0.065 0.138 0.220 0.154 0.087 0.052 0.026 0.032 0.028 0.130 0.069 115 E 0.063 0.231 0.141 0.039 0.151 0.015 0.021 0.141 0.111 0.060 0.027 116 P 0.047 0.140 0.049 0.013 0.097 0.025 0.042 0.292 0.192 0.077 0.027 117 R 0.058 0.109 0.040 0.007 0.126 0.010 0.036 0.366 0.146 0.073 0.028 118 I 0.115 0.057 0.013 0.004 0.131 0.007 0.024 0.395 0.157 0.061 0.037 119 V 0.052 0.093 0.030 0.012 0.108 0.034 0.052 0.391 0.148 0.057 0.023 120 S 0.074 0.081 0.039 0.015 0.119 0.022 0.063 0.346 0.101 0.106 0.036 121 Q 0.059 0.138 0.073 0.020 0.129 0.020 0.052 0.217 0.111 0.145 0.035 122 K 0.084 0.251 0.137 0.024 0.184 0.022 0.038 0.110 0.050 0.063 0.038