# TARGET T0475 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0475.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1478 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.509 0.219 0.137 0.092 0.036 0.007 0.001 2 N 0.647 0.247 0.073 0.024 0.007 0.001 0.001 3 S 0.690 0.236 0.054 0.016 0.003 0.001 0.001 4 E 0.634 0.295 0.055 0.013 0.003 0.001 0.001 5 I 0.135 0.145 0.291 0.295 0.115 0.018 0.001 6 E 0.334 0.387 0.196 0.064 0.016 0.003 0.001 7 L 0.272 0.394 0.194 0.107 0.027 0.005 0.001 8 P 0.029 0.088 0.213 0.309 0.262 0.093 0.006 9 V 0.014 0.038 0.073 0.161 0.349 0.328 0.038 10 Q 0.039 0.190 0.335 0.288 0.115 0.030 0.002 11 K 0.028 0.149 0.295 0.314 0.166 0.044 0.005 12 Q 0.004 0.017 0.036 0.108 0.289 0.472 0.075 13 L 0.006 0.029 0.093 0.259 0.351 0.239 0.023 14 E 0.043 0.269 0.371 0.222 0.068 0.026 0.002 15 A 0.011 0.039 0.109 0.271 0.380 0.176 0.015 16 Y 0.019 0.040 0.083 0.197 0.372 0.261 0.029 17 N 0.094 0.284 0.300 0.199 0.089 0.031 0.003 18 A 0.241 0.359 0.226 0.120 0.042 0.011 0.001 19 R 0.147 0.254 0.269 0.232 0.076 0.020 0.002 20 D 0.055 0.123 0.187 0.246 0.242 0.132 0.014 21 I 0.033 0.055 0.106 0.215 0.329 0.228 0.034 22 D 0.146 0.316 0.249 0.159 0.091 0.035 0.004 23 A 0.035 0.117 0.221 0.289 0.214 0.099 0.023 24 F 0.006 0.011 0.020 0.051 0.170 0.457 0.285 25 M 0.006 0.028 0.075 0.163 0.292 0.333 0.105 26 A 0.029 0.118 0.183 0.254 0.212 0.153 0.051 27 W 0.005 0.015 0.044 0.118 0.319 0.378 0.121 28 W 0.002 0.007 0.014 0.041 0.127 0.462 0.346 29 A 0.008 0.032 0.103 0.197 0.262 0.253 0.144 30 D 0.031 0.151 0.305 0.299 0.124 0.071 0.018 31 D 0.017 0.060 0.131 0.240 0.269 0.221 0.062 32 C 0.005 0.005 0.007 0.032 0.136 0.504 0.312 33 Q 0.019 0.082 0.133 0.251 0.207 0.229 0.078 34 Y 0.014 0.026 0.039 0.079 0.186 0.388 0.269 35 Y 0.023 0.064 0.096 0.152 0.217 0.292 0.156 36 A 0.038 0.067 0.088 0.142 0.248 0.282 0.134 37 F 0.076 0.121 0.144 0.186 0.198 0.181 0.094 38 P 0.136 0.162 0.168 0.193 0.158 0.134 0.049 39 A 0.219 0.188 0.173 0.169 0.127 0.092 0.032 40 T 0.289 0.262 0.166 0.132 0.087 0.051 0.014 41 L 0.176 0.182 0.158 0.179 0.160 0.114 0.029 42 L 0.126 0.114 0.130 0.186 0.236 0.177 0.030 43 A 0.196 0.282 0.255 0.151 0.076 0.036 0.005 44 G 0.144 0.177 0.202 0.241 0.165 0.064 0.008 45 N 0.204 0.239 0.218 0.170 0.116 0.048 0.005 46 A 0.206 0.207 0.194 0.217 0.124 0.048 0.004 47 A 0.648 0.286 0.046 0.013 0.005 0.001 0.001 48 E 0.130 0.269 0.316 0.223 0.049 0.012 0.002 49 I 0.035 0.041 0.076 0.167 0.391 0.259 0.031 50 R 0.034 0.144 0.264 0.337 0.163 0.056 0.003 51 V 0.172 0.339 0.249 0.144 0.071 0.024 0.001 52 R 0.036 0.108 0.232 0.345 0.207 0.067 0.005 53 H 0.025 0.048 0.076 0.158 0.375 0.290 0.028 54 I 0.094 0.237 0.330 0.224 0.091 0.023 0.001 55 E 0.269 0.398 0.204 0.099 0.024 0.006 0.001 56 R 0.070 0.149 0.264 0.302 0.170 0.044 0.001 57 F 0.078 0.092 0.212 0.313 0.242 0.060 0.002 58 K 0.546 0.356 0.072 0.019 0.006 0.001 0.001 59 E 0.555 0.287 0.100 0.046 0.010 0.002 0.001 60 P 0.514 0.278 0.119 0.063 0.023 0.004 0.001 61 D 0.521 0.345 0.094 0.030 0.008 0.002 0.001 62 L 0.150 0.163 0.243 0.264 0.141 0.037 0.003 63 Y 0.146 0.275 0.273 0.187 0.085 0.032 0.003 64 G 0.086 0.090 0.148 0.246 0.234 0.169 0.027 65 E 0.143 0.249 0.238 0.191 0.117 0.054 0.009 66 L 0.055 0.085 0.116 0.204 0.249 0.230 0.060 67 L 0.065 0.143 0.197 0.243 0.206 0.121 0.026 68 T 0.115 0.228 0.220 0.213 0.137 0.072 0.014 69 R 0.043 0.081 0.131 0.225 0.279 0.197 0.043 70 V 0.047 0.088 0.120 0.219 0.258 0.223 0.046 71 I 0.065 0.095 0.158 0.243 0.244 0.161 0.035 72 V 0.174 0.259 0.230 0.181 0.095 0.050 0.012 73 G 0.148 0.205 0.211 0.213 0.135 0.070 0.018 74 N 0.112 0.174 0.201 0.223 0.173 0.096 0.021 75 V 0.044 0.097 0.152 0.227 0.245 0.195 0.041 76 V 0.032 0.034 0.057 0.138 0.214 0.360 0.164 77 I 0.026 0.033 0.056 0.128 0.175 0.323 0.259 78 D 0.020 0.037 0.063 0.118 0.206 0.320 0.235 79 H 0.048 0.124 0.198 0.235 0.190 0.140 0.064 80 E 0.044 0.118 0.157 0.225 0.239 0.179 0.039 81 T 0.052 0.146 0.201 0.255 0.201 0.120 0.025 82 V 0.027 0.038 0.067 0.178 0.346 0.301 0.043 83 T 0.096 0.245 0.273 0.218 0.115 0.049 0.004 84 R 0.110 0.167 0.250 0.249 0.161 0.061 0.003 85 N 0.210 0.327 0.243 0.154 0.053 0.013 0.001 86 F 0.113 0.131 0.240 0.297 0.176 0.042 0.001 87 P 0.628 0.272 0.067 0.023 0.008 0.001 0.001 88 E 0.769 0.201 0.023 0.006 0.001 0.001 0.001 89 G 0.496 0.258 0.143 0.078 0.022 0.003 0.001 90 K 0.475 0.309 0.146 0.055 0.012 0.002 0.001 91 G 0.361 0.310 0.187 0.103 0.032 0.007 0.001 92 E 0.175 0.287 0.246 0.173 0.087 0.029 0.003 93 V 0.044 0.063 0.125 0.235 0.306 0.201 0.025 94 D 0.042 0.142 0.245 0.246 0.198 0.108 0.019 95 V 0.009 0.028 0.062 0.120 0.236 0.379 0.166 96 A 0.005 0.011 0.028 0.067 0.168 0.383 0.338 97 C 0.003 0.017 0.040 0.086 0.212 0.411 0.230 98 I 0.005 0.021 0.056 0.121 0.225 0.346 0.226 99 Y 0.002 0.008 0.017 0.046 0.165 0.552 0.209 100 E 0.010 0.094 0.210 0.341 0.242 0.094 0.009 101 V 0.009 0.036 0.107 0.288 0.372 0.176 0.012 102 E 0.182 0.379 0.216 0.134 0.075 0.015 0.001 103 N 0.451 0.395 0.097 0.040 0.013 0.004 0.001 104 G 0.229 0.298 0.254 0.167 0.044 0.007 0.001 105 R 0.105 0.271 0.331 0.220 0.057 0.015 0.001 106 I 0.046 0.052 0.089 0.191 0.321 0.260 0.041 107 A 0.063 0.150 0.245 0.300 0.173 0.064 0.005 108 K 0.127 0.245 0.243 0.200 0.121 0.055 0.009 109 A 0.042 0.098 0.133 0.214 0.293 0.183 0.037 110 W 0.046 0.106 0.155 0.251 0.256 0.158 0.027 111 F 0.078 0.147 0.213 0.232 0.189 0.122 0.021 112 K 0.110 0.185 0.234 0.238 0.149 0.073 0.010 113 I 0.122 0.104 0.151 0.232 0.226 0.142 0.022 114 G 0.306 0.273 0.196 0.132 0.064 0.026 0.003 115 E 0.458 0.267 0.141 0.088 0.032 0.013 0.002 116 P 0.468 0.229 0.135 0.101 0.050 0.016 0.002 117 R 0.392 0.344 0.148 0.076 0.029 0.010 0.001 118 I 0.137 0.130 0.192 0.255 0.196 0.084 0.006 119 V 0.235 0.224 0.229 0.185 0.097 0.028 0.002 120 S 0.550 0.261 0.117 0.050 0.017 0.005 0.001 121 Q 0.672 0.190 0.079 0.041 0.013 0.004 0.001 122 K 0.725 0.191 0.053 0.022 0.007 0.002 0.001