# TARGET T0475 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0475.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1478 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.226 0.118 0.119 0.160 0.147 0.104 0.055 0.029 0.024 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 2 N 0.345 0.200 0.164 0.128 0.080 0.040 0.021 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 3 S 0.694 0.181 0.068 0.032 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 4 E 0.405 0.263 0.165 0.080 0.049 0.022 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 I 0.060 0.044 0.073 0.131 0.213 0.208 0.132 0.082 0.039 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 6 E 0.225 0.228 0.198 0.151 0.114 0.048 0.021 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 L 0.462 0.264 0.136 0.072 0.037 0.016 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 P 0.030 0.039 0.064 0.159 0.206 0.204 0.164 0.102 0.023 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 9 V 0.009 0.014 0.040 0.088 0.160 0.210 0.243 0.135 0.071 0.022 0.006 0.001 0.001 0.001 10 Q 0.375 0.313 0.170 0.077 0.035 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 K 0.226 0.301 0.233 0.115 0.068 0.035 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 Q 0.009 0.010 0.023 0.078 0.160 0.210 0.237 0.183 0.070 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 13 L 0.024 0.065 0.124 0.195 0.227 0.175 0.115 0.046 0.019 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 14 E 0.499 0.286 0.136 0.042 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 A 0.051 0.059 0.104 0.198 0.219 0.165 0.121 0.056 0.016 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 16 Y 0.032 0.036 0.079 0.128 0.203 0.206 0.181 0.076 0.040 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 17 N 0.266 0.219 0.155 0.142 0.107 0.058 0.029 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 18 A 0.347 0.205 0.166 0.123 0.075 0.043 0.022 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 19 R 0.297 0.165 0.162 0.136 0.114 0.072 0.028 0.012 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 20 D 0.136 0.120 0.119 0.168 0.194 0.121 0.065 0.041 0.026 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 21 I 0.053 0.043 0.065 0.134 0.183 0.210 0.147 0.088 0.044 0.021 0.007 0.002 0.001 0.001 22 D 0.354 0.262 0.177 0.094 0.059 0.027 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.137 0.132 0.167 0.172 0.158 0.108 0.064 0.038 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 24 F 0.021 0.017 0.029 0.077 0.149 0.206 0.211 0.159 0.092 0.028 0.007 0.003 0.001 0.001 25 M 0.041 0.063 0.099 0.181 0.204 0.164 0.124 0.066 0.034 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 26 A 0.337 0.267 0.182 0.092 0.057 0.032 0.017 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 27 W 0.045 0.054 0.101 0.177 0.214 0.169 0.115 0.074 0.029 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 28 W 0.021 0.023 0.051 0.097 0.157 0.183 0.218 0.146 0.064 0.027 0.007 0.003 0.001 0.001 29 A 0.069 0.076 0.087 0.131 0.176 0.162 0.118 0.090 0.049 0.027 0.008 0.004 0.002 0.001 30 D 0.136 0.114 0.131 0.158 0.141 0.109 0.079 0.045 0.036 0.022 0.016 0.007 0.004 0.002 31 D 0.043 0.039 0.064 0.129 0.186 0.165 0.128 0.061 0.078 0.057 0.025 0.015 0.004 0.005 32 C 0.031 0.015 0.023 0.037 0.055 0.097 0.126 0.166 0.161 0.106 0.092 0.050 0.032 0.009 33 Q 0.040 0.040 0.048 0.099 0.117 0.128 0.130 0.141 0.098 0.062 0.042 0.028 0.017 0.010 34 Y 0.031 0.016 0.019 0.032 0.047 0.076 0.095 0.115 0.137 0.150 0.137 0.093 0.038 0.014 35 Y 0.046 0.043 0.061 0.095 0.126 0.134 0.133 0.112 0.103 0.065 0.043 0.023 0.011 0.006 36 A 0.077 0.067 0.076 0.108 0.128 0.123 0.113 0.087 0.080 0.059 0.043 0.023 0.009 0.007 37 F 0.079 0.057 0.075 0.095 0.126 0.143 0.120 0.110 0.083 0.055 0.031 0.015 0.007 0.003 38 P 0.134 0.110 0.102 0.135 0.138 0.113 0.088 0.061 0.052 0.032 0.020 0.009 0.004 0.002 39 A 0.130 0.100 0.119 0.135 0.135 0.120 0.097 0.062 0.047 0.028 0.015 0.006 0.002 0.001 40 T 0.246 0.154 0.130 0.122 0.110 0.080 0.058 0.043 0.026 0.014 0.011 0.003 0.002 0.001 41 L 0.143 0.119 0.130 0.141 0.136 0.117 0.091 0.053 0.032 0.018 0.013 0.004 0.002 0.001 42 L 0.096 0.068 0.083 0.121 0.164 0.164 0.118 0.082 0.050 0.030 0.014 0.006 0.002 0.001 43 A 0.238 0.150 0.139 0.144 0.125 0.079 0.054 0.033 0.020 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 44 G 0.307 0.154 0.136 0.126 0.101 0.070 0.045 0.028 0.017 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 45 N 0.228 0.153 0.152 0.153 0.132 0.080 0.046 0.024 0.019 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 46 A 0.204 0.155 0.168 0.161 0.129 0.080 0.048 0.026 0.017 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 47 A 0.542 0.192 0.103 0.066 0.044 0.026 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 E 0.204 0.174 0.167 0.171 0.150 0.064 0.034 0.020 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 49 I 0.027 0.020 0.037 0.087 0.152 0.225 0.192 0.135 0.076 0.035 0.009 0.003 0.002 0.001 50 R 0.097 0.129 0.168 0.206 0.190 0.106 0.056 0.026 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 51 V 0.541 0.202 0.115 0.067 0.037 0.018 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 R 0.106 0.123 0.148 0.201 0.175 0.120 0.071 0.035 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 53 H 0.026 0.025 0.050 0.084 0.151 0.186 0.185 0.168 0.093 0.022 0.008 0.002 0.001 0.001 54 I 0.154 0.185 0.164 0.214 0.136 0.073 0.036 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 55 E 0.662 0.225 0.080 0.020 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 R 0.112 0.113 0.162 0.197 0.214 0.110 0.052 0.023 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 57 F 0.085 0.075 0.111 0.186 0.211 0.147 0.106 0.052 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 58 K 0.552 0.259 0.105 0.050 0.019 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 E 0.559 0.202 0.128 0.055 0.030 0.014 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 P 0.364 0.186 0.151 0.118 0.097 0.047 0.019 0.009 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 61 D 0.366 0.221 0.149 0.095 0.083 0.040 0.022 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 62 L 0.062 0.038 0.054 0.118 0.183 0.191 0.128 0.102 0.053 0.046 0.015 0.006 0.003 0.001 63 Y 0.075 0.073 0.096 0.152 0.198 0.137 0.105 0.061 0.046 0.027 0.015 0.010 0.003 0.002 64 G 0.056 0.025 0.034 0.066 0.085 0.131 0.116 0.106 0.103 0.134 0.074 0.044 0.018 0.006 65 E 0.109 0.099 0.107 0.151 0.130 0.104 0.097 0.066 0.061 0.028 0.025 0.016 0.005 0.003 66 L 0.026 0.018 0.028 0.046 0.067 0.113 0.118 0.175 0.148 0.116 0.087 0.038 0.017 0.005 67 L 0.044 0.052 0.064 0.098 0.131 0.144 0.125 0.134 0.087 0.058 0.032 0.018 0.008 0.003 68 T 0.108 0.107 0.119 0.131 0.140 0.099 0.085 0.071 0.055 0.042 0.025 0.011 0.004 0.003 69 R 0.050 0.057 0.087 0.129 0.164 0.150 0.121 0.096 0.069 0.042 0.020 0.009 0.003 0.002 70 V 0.047 0.049 0.070 0.113 0.138 0.161 0.149 0.108 0.078 0.043 0.025 0.012 0.006 0.003 71 I 0.044 0.058 0.073 0.126 0.149 0.154 0.136 0.119 0.072 0.039 0.018 0.008 0.004 0.001 72 V 0.095 0.105 0.118 0.138 0.143 0.127 0.088 0.079 0.048 0.028 0.018 0.008 0.004 0.001 73 G 0.095 0.101 0.119 0.133 0.163 0.120 0.089 0.058 0.052 0.034 0.022 0.009 0.004 0.002 74 N 0.048 0.059 0.076 0.126 0.154 0.129 0.116 0.080 0.085 0.062 0.037 0.015 0.007 0.005 75 V 0.034 0.028 0.047 0.074 0.099 0.138 0.146 0.122 0.117 0.078 0.062 0.028 0.015 0.011 76 V 0.015 0.011 0.016 0.033 0.062 0.086 0.095 0.139 0.149 0.145 0.112 0.073 0.047 0.020 77 I 0.015 0.011 0.014 0.029 0.042 0.064 0.096 0.147 0.147 0.141 0.120 0.099 0.058 0.018 78 D 0.022 0.026 0.034 0.067 0.079 0.095 0.119 0.138 0.137 0.113 0.091 0.046 0.019 0.011 79 H 0.020 0.026 0.038 0.056 0.086 0.108 0.127 0.125 0.140 0.107 0.090 0.048 0.017 0.011 80 E 0.038 0.042 0.054 0.080 0.103 0.118 0.116 0.135 0.110 0.098 0.062 0.024 0.012 0.007 81 T 0.044 0.059 0.081 0.101 0.141 0.122 0.116 0.104 0.100 0.067 0.033 0.019 0.006 0.006 82 V 0.023 0.017 0.028 0.049 0.082 0.130 0.131 0.174 0.131 0.127 0.059 0.029 0.015 0.005 83 T 0.063 0.089 0.108 0.151 0.156 0.114 0.103 0.086 0.060 0.034 0.020 0.010 0.004 0.003 84 R 0.087 0.062 0.072 0.108 0.123 0.132 0.109 0.108 0.078 0.064 0.034 0.014 0.005 0.002 85 N 0.145 0.131 0.123 0.149 0.139 0.102 0.079 0.060 0.038 0.017 0.010 0.004 0.002 0.001 86 F 0.126 0.096 0.110 0.140 0.142 0.135 0.095 0.066 0.047 0.025 0.012 0.004 0.002 0.001 87 P 0.311 0.174 0.151 0.131 0.101 0.060 0.032 0.017 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 88 E 0.476 0.206 0.153 0.075 0.044 0.021 0.012 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 G 0.338 0.172 0.139 0.123 0.101 0.062 0.031 0.016 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 90 K 0.260 0.206 0.156 0.142 0.107 0.056 0.034 0.021 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 91 G 0.163 0.136 0.129 0.150 0.130 0.108 0.077 0.054 0.025 0.016 0.009 0.002 0.001 0.001 92 E 0.068 0.093 0.115 0.136 0.166 0.139 0.113 0.079 0.043 0.024 0.015 0.006 0.003 0.002 93 V 0.009 0.013 0.024 0.050 0.087 0.141 0.154 0.146 0.113 0.127 0.071 0.035 0.021 0.009 94 D 0.010 0.013 0.023 0.047 0.070 0.102 0.140 0.133 0.140 0.117 0.100 0.064 0.021 0.019 95 V 0.002 0.002 0.004 0.008 0.013 0.028 0.042 0.077 0.135 0.167 0.245 0.165 0.072 0.040 96 A 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.016 0.040 0.106 0.159 0.149 0.182 0.184 0.102 0.047 97 C 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.017 0.038 0.146 0.146 0.202 0.203 0.109 0.079 0.047 98 I 0.001 0.002 0.003 0.005 0.015 0.029 0.046 0.116 0.144 0.178 0.167 0.135 0.085 0.073 99 Y 0.006 0.005 0.009 0.018 0.032 0.054 0.069 0.099 0.126 0.179 0.150 0.125 0.080 0.049 100 E 0.017 0.042 0.059 0.152 0.169 0.122 0.145 0.092 0.106 0.047 0.026 0.012 0.004 0.005 101 V 0.015 0.024 0.035 0.085 0.101 0.205 0.172 0.134 0.114 0.055 0.044 0.011 0.005 0.002 102 E 0.163 0.250 0.190 0.145 0.108 0.061 0.038 0.023 0.014 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 103 N 0.244 0.246 0.205 0.117 0.092 0.042 0.025 0.015 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 104 G 0.283 0.217 0.173 0.111 0.100 0.058 0.027 0.015 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 105 R 0.169 0.125 0.134 0.153 0.168 0.109 0.067 0.036 0.020 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 106 I 0.041 0.030 0.040 0.082 0.157 0.159 0.149 0.144 0.101 0.057 0.022 0.011 0.005 0.002 107 A 0.097 0.071 0.082 0.129 0.130 0.142 0.114 0.091 0.057 0.038 0.028 0.014 0.006 0.002 108 K 0.203 0.144 0.135 0.117 0.108 0.079 0.066 0.051 0.040 0.024 0.018 0.010 0.003 0.002 109 A 0.055 0.036 0.051 0.080 0.121 0.142 0.136 0.131 0.100 0.077 0.039 0.021 0.008 0.003 110 W 0.059 0.069 0.101 0.138 0.155 0.136 0.121 0.089 0.062 0.036 0.020 0.009 0.003 0.002 111 F 0.129 0.091 0.100 0.131 0.134 0.128 0.094 0.071 0.054 0.038 0.018 0.008 0.003 0.002 112 K 0.109 0.094 0.107 0.143 0.161 0.130 0.098 0.070 0.045 0.022 0.011 0.005 0.002 0.001 113 I 0.081 0.063 0.080 0.117 0.146 0.154 0.128 0.096 0.062 0.041 0.019 0.008 0.004 0.001 114 G 0.245 0.174 0.154 0.136 0.108 0.077 0.049 0.028 0.016 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 115 E 0.240 0.137 0.152 0.133 0.130 0.081 0.053 0.027 0.025 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 116 P 0.207 0.120 0.114 0.146 0.136 0.105 0.070 0.044 0.028 0.018 0.010 0.003 0.001 0.001 117 R 0.329 0.213 0.153 0.113 0.079 0.049 0.030 0.018 0.008 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 118 I 0.149 0.082 0.103 0.136 0.159 0.137 0.102 0.066 0.036 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 119 V 0.174 0.110 0.118 0.157 0.158 0.125 0.077 0.042 0.021 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 120 S 0.447 0.202 0.135 0.091 0.061 0.028 0.017 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 121 Q 0.333 0.147 0.140 0.134 0.101 0.067 0.038 0.017 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 122 K 0.470 0.181 0.143 0.081 0.057 0.033 0.017 0.008 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001