# TARGET T0475 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0475.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1280 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.001 0.013 0.838 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.007 0.108 0.006 0.008 0.014 2 N 0.001 0.004 0.926 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.002 0.041 0.003 0.003 0.010 3 S 0.001 0.008 0.187 0.002 0.415 0.167 0.001 0.001 0.003 0.079 0.132 0.003 0.004 4 E 0.001 0.005 0.223 0.001 0.476 0.161 0.001 0.001 0.002 0.040 0.083 0.002 0.007 5 I 0.001 0.005 0.093 0.001 0.227 0.606 0.001 0.001 0.001 0.024 0.039 0.001 0.004 6 E 0.001 0.001 0.045 0.001 0.011 0.908 0.001 0.001 0.001 0.016 0.017 0.001 0.001 7 L 0.001 0.001 0.015 0.001 0.012 0.944 0.001 0.001 0.001 0.017 0.008 0.001 0.001 8 P 0.001 0.001 0.012 0.001 0.004 0.972 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.002 9 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 10 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 14 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 15 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 16 Y 0.001 0.001 0.003 0.001 0.026 0.860 0.001 0.001 0.001 0.003 0.107 0.001 0.001 17 N 0.001 0.002 0.049 0.001 0.030 0.601 0.001 0.001 0.001 0.033 0.284 0.001 0.001 18 A 0.001 0.002 0.049 0.001 0.028 0.358 0.001 0.001 0.001 0.053 0.509 0.001 0.001 19 R 0.001 0.005 0.068 0.001 0.012 0.123 0.001 0.001 0.001 0.219 0.571 0.001 0.001 20 D 0.001 0.008 0.672 0.001 0.014 0.125 0.001 0.001 0.002 0.152 0.025 0.001 0.002 21 I 0.001 0.001 0.038 0.001 0.017 0.925 0.001 0.001 0.001 0.011 0.008 0.001 0.001 22 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.973 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.001 0.001 23 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.046 0.946 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 24 F 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 25 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 26 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 27 W 0.001 0.001 0.004 0.001 0.021 0.875 0.001 0.001 0.001 0.003 0.094 0.001 0.001 28 W 0.001 0.006 0.049 0.002 0.032 0.648 0.001 0.001 0.002 0.023 0.231 0.002 0.006 29 A 0.001 0.003 0.333 0.004 0.033 0.232 0.001 0.001 0.006 0.112 0.260 0.009 0.007 30 D 0.001 0.002 0.135 0.006 0.027 0.075 0.001 0.001 0.008 0.203 0.537 0.002 0.004 31 D 0.001 0.005 0.241 0.009 0.038 0.032 0.001 0.004 0.024 0.223 0.403 0.007 0.012 32 C 0.014 0.016 0.431 0.009 0.027 0.028 0.016 0.044 0.165 0.127 0.039 0.022 0.062 33 Q 0.067 0.014 0.095 0.007 0.018 0.022 0.090 0.150 0.341 0.022 0.011 0.103 0.058 34 Y 0.117 0.011 0.040 0.012 0.012 0.011 0.125 0.213 0.227 0.009 0.010 0.050 0.163 35 Y 0.143 0.013 0.130 0.051 0.008 0.012 0.077 0.072 0.123 0.035 0.022 0.186 0.127 36 A 0.068 0.019 0.342 0.018 0.006 0.007 0.016 0.016 0.096 0.115 0.025 0.078 0.192 37 F 0.004 0.008 0.716 0.006 0.009 0.005 0.002 0.001 0.020 0.122 0.023 0.038 0.045 38 P 0.003 0.008 0.308 0.013 0.066 0.028 0.001 0.001 0.012 0.167 0.354 0.014 0.027 39 A 0.002 0.012 0.128 0.008 0.084 0.029 0.001 0.001 0.005 0.268 0.442 0.011 0.010 40 T 0.004 0.017 0.358 0.006 0.084 0.044 0.001 0.001 0.006 0.316 0.128 0.011 0.025 41 L 0.008 0.032 0.383 0.005 0.100 0.093 0.002 0.001 0.017 0.177 0.103 0.032 0.048 42 L 0.012 0.072 0.272 0.006 0.080 0.172 0.004 0.004 0.032 0.102 0.145 0.023 0.076 43 A 0.011 0.044 0.244 0.007 0.067 0.220 0.003 0.002 0.013 0.137 0.185 0.034 0.034 44 G 0.004 0.024 0.181 0.005 0.034 0.208 0.001 0.001 0.007 0.204 0.301 0.014 0.018 45 N 0.001 0.008 0.247 0.001 0.015 0.365 0.001 0.001 0.003 0.170 0.175 0.003 0.010 46 A 0.001 0.001 0.031 0.001 0.006 0.946 0.001 0.001 0.001 0.008 0.008 0.001 0.001 47 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 48 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 50 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 52 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 53 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 54 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 55 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.017 0.894 0.001 0.001 0.001 0.003 0.082 0.001 0.001 56 R 0.001 0.002 0.026 0.001 0.052 0.691 0.001 0.001 0.001 0.016 0.208 0.001 0.003 57 F 0.001 0.008 0.197 0.001 0.033 0.247 0.001 0.001 0.004 0.118 0.380 0.005 0.006 58 K 0.001 0.009 0.498 0.001 0.017 0.051 0.001 0.001 0.005 0.186 0.220 0.006 0.006 59 E 0.001 0.010 0.634 0.001 0.016 0.014 0.001 0.001 0.004 0.214 0.095 0.005 0.007 60 P 0.001 0.011 0.444 0.005 0.059 0.027 0.001 0.001 0.007 0.166 0.268 0.004 0.009 61 D 0.001 0.014 0.351 0.008 0.088 0.022 0.001 0.001 0.017 0.220 0.253 0.013 0.013 62 L 0.005 0.022 0.493 0.014 0.074 0.031 0.003 0.003 0.063 0.135 0.064 0.023 0.072 63 Y 0.025 0.035 0.318 0.022 0.023 0.033 0.018 0.008 0.123 0.087 0.044 0.128 0.137 64 G 0.082 0.030 0.214 0.027 0.011 0.020 0.030 0.017 0.102 0.041 0.017 0.092 0.317 65 E 0.117 0.010 0.159 0.034 0.006 0.020 0.024 0.020 0.127 0.033 0.007 0.340 0.104 66 L 0.105 0.007 0.110 0.040 0.011 0.019 0.031 0.018 0.110 0.017 0.017 0.039 0.476 67 L 0.099 0.004 0.153 0.261 0.015 0.027 0.031 0.011 0.095 0.031 0.036 0.151 0.087 68 T 0.207 0.006 0.092 0.058 0.023 0.026 0.048 0.015 0.093 0.042 0.023 0.169 0.198 69 R 0.286 0.009 0.043 0.024 0.010 0.024 0.075 0.022 0.058 0.015 0.017 0.087 0.328 70 V 0.316 0.018 0.045 0.019 0.007 0.018 0.074 0.046 0.053 0.011 0.012 0.262 0.120 71 I 0.289 0.014 0.099 0.022 0.007 0.011 0.031 0.031 0.041 0.029 0.028 0.118 0.280 72 V 0.050 0.005 0.218 0.073 0.008 0.009 0.005 0.003 0.018 0.138 0.245 0.143 0.082 73 G 0.009 0.002 0.078 0.041 0.005 0.003 0.001 0.001 0.005 0.215 0.609 0.013 0.019 74 N 0.029 0.007 0.269 0.019 0.008 0.004 0.002 0.001 0.007 0.318 0.169 0.090 0.079 75 V 0.170 0.017 0.166 0.013 0.006 0.006 0.014 0.002 0.022 0.045 0.017 0.131 0.390 76 V 0.474 0.005 0.018 0.010 0.002 0.003 0.033 0.004 0.011 0.003 0.004 0.224 0.209 77 I 0.596 0.001 0.008 0.038 0.001 0.001 0.030 0.004 0.005 0.001 0.002 0.090 0.222 78 D 0.607 0.001 0.006 0.030 0.001 0.001 0.017 0.002 0.004 0.002 0.002 0.242 0.086 79 H 0.627 0.001 0.006 0.011 0.001 0.001 0.016 0.002 0.005 0.002 0.002 0.036 0.292 80 E 0.648 0.001 0.006 0.012 0.001 0.001 0.014 0.001 0.004 0.002 0.002 0.253 0.056 81 T 0.669 0.001 0.009 0.011 0.001 0.001 0.022 0.002 0.006 0.002 0.003 0.074 0.198 82 V 0.528 0.002 0.022 0.031 0.003 0.003 0.029 0.003 0.009 0.006 0.007 0.224 0.134 83 T 0.463 0.004 0.043 0.033 0.004 0.004 0.022 0.003 0.014 0.015 0.012 0.119 0.263 84 R 0.248 0.010 0.069 0.018 0.008 0.006 0.017 0.002 0.014 0.033 0.022 0.299 0.254 85 N 0.110 0.030 0.226 0.015 0.008 0.006 0.008 0.002 0.020 0.072 0.044 0.114 0.345 86 F 0.010 0.024 0.461 0.013 0.012 0.004 0.001 0.001 0.006 0.200 0.084 0.114 0.070 87 P 0.001 0.005 0.171 0.004 0.016 0.004 0.001 0.001 0.002 0.182 0.582 0.010 0.022 88 E 0.001 0.007 0.033 0.002 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.205 0.731 0.003 0.002 89 G 0.002 0.028 0.270 0.003 0.018 0.005 0.001 0.001 0.002 0.453 0.175 0.030 0.015 90 K 0.007 0.053 0.510 0.009 0.013 0.008 0.002 0.001 0.009 0.099 0.042 0.018 0.230 91 G 0.027 0.047 0.254 0.035 0.012 0.015 0.005 0.001 0.025 0.071 0.024 0.402 0.082 92 E 0.069 0.015 0.163 0.051 0.008 0.013 0.012 0.002 0.025 0.032 0.019 0.079 0.512 93 V 0.198 0.005 0.093 0.072 0.005 0.003 0.011 0.002 0.012 0.022 0.010 0.307 0.260 94 D 0.308 0.002 0.041 0.060 0.003 0.003 0.013 0.003 0.015 0.012 0.007 0.280 0.252 95 V 0.596 0.001 0.007 0.013 0.002 0.001 0.016 0.004 0.009 0.002 0.004 0.102 0.243 96 A 0.800 0.001 0.004 0.020 0.001 0.001 0.013 0.003 0.004 0.001 0.001 0.047 0.106 97 C 0.787 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.016 0.001 0.003 0.001 0.001 0.153 0.029 98 I 0.887 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.079 99 Y 0.794 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.147 0.028 100 E 0.711 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.074 0.199 101 V 0.306 0.002 0.011 0.009 0.001 0.001 0.009 0.001 0.002 0.002 0.002 0.098 0.558 102 E 0.140 0.002 0.027 0.124 0.005 0.002 0.003 0.001 0.003 0.046 0.247 0.339 0.063 103 N 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.968 0.002 0.004 104 G 0.020 0.007 0.071 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.482 0.361 0.027 0.026 105 R 0.070 0.016 0.118 0.005 0.001 0.004 0.003 0.001 0.003 0.038 0.005 0.639 0.098 106 I 0.219 0.005 0.010 0.005 0.001 0.004 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.020 0.723 107 A 0.324 0.002 0.008 0.174 0.001 0.010 0.009 0.001 0.003 0.001 0.001 0.411 0.056 108 K 0.398 0.001 0.004 0.009 0.001 0.007 0.022 0.001 0.003 0.002 0.001 0.101 0.451 109 A 0.674 0.001 0.003 0.006 0.001 0.011 0.037 0.001 0.002 0.001 0.002 0.122 0.139 110 W 0.621 0.003 0.007 0.038 0.006 0.025 0.031 0.003 0.005 0.003 0.007 0.155 0.095 111 F 0.514 0.003 0.013 0.026 0.019 0.041 0.017 0.002 0.004 0.008 0.023 0.184 0.148 112 K 0.304 0.011 0.058 0.023 0.039 0.122 0.018 0.004 0.015 0.024 0.081 0.090 0.210 113 I 0.087 0.022 0.183 0.035 0.038 0.123 0.008 0.003 0.016 0.116 0.171 0.108 0.090 114 G 0.008 0.009 0.509 0.006 0.010 0.038 0.001 0.001 0.008 0.230 0.096 0.047 0.038 115 E 0.002 0.007 0.462 0.002 0.038 0.095 0.001 0.001 0.003 0.249 0.112 0.007 0.022 116 P 0.002 0.012 0.206 0.006 0.125 0.249 0.001 0.001 0.005 0.158 0.217 0.010 0.011 117 R 0.003 0.013 0.207 0.004 0.306 0.243 0.001 0.001 0.007 0.079 0.104 0.008 0.026 118 I 0.002 0.009 0.131 0.005 0.379 0.327 0.001 0.001 0.007 0.025 0.084 0.005 0.024 119 V 0.005 0.015 0.108 0.006 0.295 0.336 0.003 0.001 0.016 0.041 0.108 0.030 0.034 120 S 0.009 0.024 0.217 0.005 0.110 0.238 0.002 0.001 0.019 0.096 0.159 0.024 0.094 121 Q 0.006 0.033 0.509 0.004 0.028 0.091 0.001 0.001 0.013 0.187 0.059 0.039 0.028 122 K 0.001 0.004 0.855 0.001 0.006 0.014 0.001 0.001 0.003 0.084 0.010 0.008 0.014