# TARGET T0475 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0475.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1280 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.080 0.092 0.249 0.246 0.007 0.065 0.015 0.013 0.010 0.009 0.031 0.040 0.089 0.003 0.010 0.039 2 N 0.027 0.022 0.049 0.034 0.004 0.648 0.004 0.005 0.004 0.005 0.038 0.041 0.107 0.001 0.002 0.008 3 S 0.006 0.023 0.008 0.026 0.002 0.034 0.001 0.003 0.001 0.001 0.779 0.037 0.077 0.001 0.001 0.002 4 E 0.002 0.031 0.009 0.016 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.815 0.070 0.001 0.002 0.002 5 I 0.002 0.002 0.020 0.009 0.001 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001 0.043 0.062 0.827 0.001 0.005 0.005 6 E 0.001 0.004 0.007 0.008 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.057 0.885 0.001 0.001 0.004 7 L 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.021 0.960 0.001 0.001 0.001 8 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.978 0.001 0.001 0.001 9 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.987 0.001 0.001 0.001 10 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.993 0.001 0.001 0.001 11 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 12 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 13 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 14 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.001 0.002 15 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.947 0.020 0.004 0.022 16 Y 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.902 0.007 0.044 0.022 17 N 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 0.019 0.037 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.751 0.087 0.005 0.075 18 A 0.024 0.014 0.010 0.003 0.001 0.011 0.012 0.008 0.001 0.001 0.102 0.022 0.604 0.038 0.126 0.026 19 R 0.006 0.130 0.068 0.009 0.001 0.005 0.008 0.002 0.006 0.004 0.014 0.246 0.279 0.004 0.033 0.185 20 D 0.010 0.001 0.004 0.001 0.001 0.140 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 0.020 0.807 0.001 0.001 0.004 21 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.702 0.009 0.285 0.001 0.001 0.001 22 D 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.882 0.111 0.001 0.001 0.001 23 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 24 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 25 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 0.001 26 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.011 0.003 0.017 27 W 0.001 0.001 0.011 0.003 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.848 0.024 0.018 0.080 28 W 0.011 0.011 0.150 0.019 0.002 0.004 0.034 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.461 0.027 0.028 0.248 29 A 0.023 0.012 0.077 0.018 0.008 0.205 0.073 0.005 0.002 0.003 0.011 0.005 0.382 0.088 0.020 0.069 30 D 0.026 0.191 0.050 0.045 0.002 0.040 0.012 0.032 0.005 0.002 0.260 0.024 0.212 0.014 0.051 0.034 31 D 0.028 0.341 0.077 0.175 0.001 0.018 0.006 0.003 0.032 0.002 0.017 0.153 0.043 0.003 0.010 0.091 32 C 0.082 0.006 0.679 0.089 0.002 0.020 0.013 0.001 0.001 0.001 0.010 0.010 0.062 0.003 0.004 0.018 33 Q 0.009 0.092 0.498 0.267 0.007 0.042 0.007 0.003 0.001 0.001 0.006 0.013 0.040 0.002 0.002 0.012 34 Y 0.006 0.024 0.046 0.739 0.021 0.070 0.010 0.005 0.002 0.002 0.017 0.006 0.039 0.004 0.002 0.007 35 Y 0.007 0.097 0.130 0.541 0.020 0.087 0.007 0.021 0.005 0.003 0.014 0.018 0.032 0.003 0.005 0.010 36 A 0.014 0.080 0.077 0.566 0.014 0.118 0.005 0.013 0.018 0.006 0.023 0.016 0.030 0.001 0.003 0.017 37 F 0.036 0.055 0.094 0.230 0.088 0.274 0.024 0.014 0.009 0.008 0.072 0.035 0.042 0.009 0.002 0.008 38 P 0.018 0.145 0.056 0.151 0.040 0.182 0.014 0.090 0.007 0.004 0.185 0.045 0.032 0.010 0.016 0.005 39 A 0.012 0.196 0.052 0.205 0.010 0.074 0.014 0.035 0.044 0.017 0.106 0.137 0.045 0.009 0.019 0.024 40 T 0.081 0.042 0.120 0.079 0.006 0.079 0.013 0.014 0.022 0.015 0.074 0.140 0.251 0.004 0.024 0.035 41 L 0.042 0.048 0.169 0.095 0.017 0.054 0.013 0.011 0.009 0.005 0.111 0.070 0.283 0.009 0.010 0.053 42 L 0.025 0.038 0.094 0.098 0.109 0.047 0.149 0.012 0.005 0.008 0.046 0.117 0.104 0.119 0.010 0.019 43 A 0.006 0.035 0.073 0.046 0.064 0.095 0.193 0.085 0.005 0.003 0.031 0.030 0.128 0.063 0.123 0.022 44 G 0.015 0.090 0.108 0.238 0.001 0.024 0.003 0.104 0.041 0.043 0.044 0.042 0.088 0.001 0.040 0.119 45 N 0.054 0.001 0.002 0.002 0.001 0.521 0.001 0.001 0.007 0.058 0.032 0.080 0.238 0.001 0.001 0.004 46 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.927 0.010 0.061 0.001 0.001 0.001 47 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.936 0.056 0.001 0.001 0.001 48 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.987 0.001 0.001 0.001 49 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 50 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 51 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 0.001 52 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.002 0.002 53 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.003 0.001 0.003 54 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.971 0.011 0.005 0.003 55 E 0.001 0.003 0.004 0.004 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.867 0.045 0.018 0.037 56 R 0.006 0.007 0.029 0.006 0.003 0.003 0.075 0.002 0.002 0.001 0.007 0.007 0.516 0.181 0.038 0.118 57 F 0.022 0.018 0.115 0.015 0.005 0.011 0.090 0.013 0.003 0.001 0.007 0.008 0.283 0.055 0.247 0.108 58 K 0.041 0.082 0.210 0.057 0.002 0.013 0.022 0.009 0.021 0.007 0.011 0.006 0.104 0.007 0.030 0.376 59 E 0.225 0.032 0.112 0.066 0.015 0.170 0.042 0.005 0.015 0.012 0.028 0.029 0.173 0.023 0.008 0.043 60 P 0.056 0.108 0.169 0.113 0.006 0.107 0.006 0.048 0.003 0.002 0.192 0.037 0.117 0.004 0.021 0.009 61 D 0.014 0.247 0.055 0.213 0.011 0.094 0.012 0.006 0.044 0.007 0.034 0.180 0.043 0.006 0.004 0.029 62 L 0.068 0.026 0.138 0.144 0.097 0.041 0.208 0.010 0.004 0.002 0.074 0.032 0.069 0.067 0.012 0.010 63 Y 0.006 0.124 0.339 0.307 0.001 0.009 0.003 0.080 0.005 0.001 0.005 0.020 0.022 0.001 0.059 0.020 64 G 0.020 0.011 0.103 0.608 0.004 0.020 0.005 0.001 0.062 0.040 0.006 0.005 0.037 0.001 0.001 0.077 65 E 0.175 0.041 0.163 0.465 0.009 0.069 0.002 0.004 0.001 0.001 0.016 0.010 0.037 0.001 0.001 0.005 66 L 0.003 0.021 0.048 0.390 0.011 0.454 0.002 0.006 0.002 0.001 0.030 0.012 0.015 0.002 0.001 0.002 67 L 0.002 0.379 0.036 0.480 0.003 0.041 0.002 0.007 0.003 0.001 0.011 0.019 0.013 0.001 0.002 0.002 68 T 0.006 0.037 0.040 0.815 0.002 0.025 0.003 0.002 0.006 0.002 0.009 0.008 0.037 0.001 0.001 0.006 69 R 0.017 0.020 0.396 0.473 0.004 0.027 0.002 0.002 0.001 0.001 0.007 0.007 0.036 0.001 0.001 0.005 70 V 0.006 0.026 0.144 0.629 0.044 0.090 0.006 0.004 0.002 0.001 0.008 0.008 0.026 0.001 0.001 0.004 71 I 0.001 0.009 0.010 0.072 0.788 0.014 0.050 0.006 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.037 0.001 0.001 72 V 0.001 0.021 0.007 0.071 0.019 0.036 0.003 0.756 0.002 0.002 0.006 0.003 0.003 0.002 0.068 0.001 73 G 0.004 0.026 0.013 0.049 0.003 0.036 0.003 0.018 0.501 0.244 0.029 0.007 0.006 0.001 0.003 0.056 74 N 0.718 0.116 0.029 0.057 0.001 0.010 0.001 0.005 0.015 0.003 0.014 0.021 0.005 0.001 0.003 0.005 75 V 0.083 0.037 0.587 0.213 0.001 0.033 0.001 0.001 0.005 0.002 0.011 0.013 0.006 0.001 0.001 0.008 76 V 0.014 0.028 0.518 0.385 0.003 0.034 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.004 0.001 0.001 0.002 77 I 0.001 0.028 0.053 0.893 0.005 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 78 D 0.001 0.022 0.028 0.820 0.011 0.097 0.002 0.005 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 79 H 0.003 0.055 0.048 0.790 0.003 0.069 0.001 0.007 0.004 0.001 0.011 0.004 0.005 0.001 0.001 0.002 80 E 0.009 0.062 0.040 0.788 0.004 0.062 0.001 0.002 0.004 0.002 0.008 0.010 0.005 0.001 0.001 0.002 81 T 0.006 0.075 0.132 0.734 0.005 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.001 0.001 0.003 82 V 0.004 0.021 0.061 0.815 0.017 0.062 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 83 T 0.003 0.136 0.085 0.653 0.014 0.072 0.003 0.010 0.002 0.001 0.007 0.004 0.007 0.001 0.001 0.002 84 R 0.004 0.026 0.030 0.770 0.033 0.061 0.003 0.014 0.005 0.005 0.028 0.005 0.010 0.001 0.002 0.003 85 N 0.016 0.148 0.095 0.369 0.070 0.169 0.005 0.032 0.012 0.006 0.019 0.026 0.016 0.002 0.003 0.010 86 F 0.011 0.030 0.023 0.088 0.427 0.139 0.061 0.019 0.011 0.014 0.098 0.020 0.022 0.028 0.004 0.005 87 P 0.005 0.074 0.016 0.024 0.274 0.053 0.068 0.283 0.005 0.006 0.056 0.028 0.014 0.048 0.042 0.003 88 E 0.012 0.118 0.038 0.092 0.004 0.013 0.005 0.266 0.174 0.029 0.034 0.030 0.012 0.002 0.109 0.062 89 G 0.263 0.009 0.047 0.025 0.016 0.024 0.087 0.002 0.207 0.175 0.023 0.037 0.023 0.018 0.004 0.041 90 K 0.271 0.056 0.375 0.107 0.002 0.012 0.002 0.078 0.002 0.001 0.020 0.011 0.020 0.001 0.037 0.004 91 G 0.015 0.044 0.108 0.599 0.006 0.040 0.004 0.003 0.048 0.068 0.008 0.017 0.012 0.001 0.001 0.026 92 E 0.087 0.040 0.140 0.677 0.005 0.022 0.002 0.003 0.003 0.001 0.006 0.003 0.007 0.001 0.001 0.004 93 V 0.003 0.030 0.126 0.770 0.003 0.049 0.001 0.004 0.002 0.001 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 94 D 0.004 0.107 0.061 0.795 0.002 0.019 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 95 V 0.005 0.012 0.020 0.905 0.002 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 A 0.002 0.092 0.178 0.711 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 97 C 0.001 0.009 0.019 0.921 0.002 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 I 0.001 0.054 0.052 0.882 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 Y 0.001 0.008 0.010 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 E 0.001 0.003 0.048 0.889 0.013 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 V 0.001 0.001 0.001 0.028 0.847 0.111 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 E 0.001 0.039 0.001 0.010 0.762 0.005 0.008 0.134 0.001 0.001 0.021 0.004 0.001 0.016 0.001 0.001 103 N 0.001 0.004 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.541 0.017 0.018 0.003 0.005 0.001 0.001 0.402 0.001 104 G 0.006 0.011 0.027 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.533 0.036 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.367 105 R 0.991 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 I 0.003 0.001 0.756 0.006 0.001 0.228 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 107 A 0.001 0.606 0.014 0.360 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 108 K 0.001 0.010 0.005 0.945 0.002 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 109 A 0.003 0.014 0.357 0.448 0.005 0.092 0.001 0.002 0.001 0.001 0.016 0.012 0.047 0.001 0.001 0.002 110 W 0.001 0.038 0.028 0.775 0.005 0.064 0.002 0.004 0.002 0.001 0.010 0.019 0.049 0.001 0.001 0.001 111 F 0.004 0.048 0.028 0.676 0.028 0.078 0.006 0.006 0.003 0.002 0.019 0.012 0.079 0.002 0.002 0.007 112 K 0.007 0.067 0.057 0.280 0.203 0.117 0.039 0.024 0.006 0.004 0.039 0.021 0.060 0.056 0.005 0.015 113 I 0.011 0.074 0.056 0.249 0.009 0.110 0.010 0.168 0.007 0.004 0.036 0.025 0.086 0.004 0.135 0.016 114 G 0.020 0.157 0.101 0.128 0.004 0.086 0.008 0.010 0.093 0.061 0.047 0.034 0.083 0.002 0.007 0.157 115 E 0.338 0.051 0.042 0.100 0.007 0.123 0.008 0.005 0.007 0.002 0.135 0.050 0.114 0.004 0.004 0.010 116 P 0.022 0.063 0.257 0.130 0.003 0.080 0.005 0.010 0.002 0.001 0.164 0.132 0.113 0.004 0.007 0.007 117 R 0.009 0.102 0.073 0.239 0.003 0.066 0.010 0.003 0.006 0.002 0.045 0.197 0.212 0.004 0.010 0.020 118 I 0.010 0.023 0.063 0.175 0.006 0.056 0.024 0.003 0.003 0.001 0.044 0.053 0.502 0.008 0.008 0.022 119 V 0.008 0.063 0.100 0.151 0.012 0.049 0.025 0.012 0.003 0.002 0.020 0.046 0.457 0.015 0.014 0.022 120 S 0.009 0.065 0.126 0.287 0.023 0.033 0.028 0.018 0.014 0.003 0.021 0.019 0.241 0.020 0.018 0.075 121 Q 0.028 0.023 0.148 0.145 0.073 0.075 0.100 0.021 0.010 0.008 0.024 0.017 0.176 0.081 0.022 0.050 122 K 0.041 0.090 0.157 0.131 0.020 0.084 0.026 0.109 0.013 0.009 0.057 0.020 0.113 0.013 0.074 0.042