# TARGET T0475 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0475.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1280 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.057 0.051 0.010 0.012 0.015 0.100 0.024 0.729 2 N 0.239 0.225 0.005 0.010 0.008 0.068 0.083 0.362 3 S 0.091 0.169 0.006 0.007 0.005 0.087 0.049 0.586 4 E 0.087 0.224 0.009 0.004 0.009 0.067 0.142 0.459 5 I 0.010 0.748 0.004 0.003 0.004 0.026 0.040 0.165 6 E 0.009 0.924 0.002 0.002 0.002 0.007 0.021 0.035 7 L 0.003 0.944 0.002 0.002 0.001 0.002 0.035 0.010 8 P 0.007 0.939 0.002 0.001 0.001 0.001 0.039 0.010 9 V 0.006 0.952 0.002 0.001 0.001 0.001 0.034 0.004 10 Q 0.008 0.916 0.003 0.001 0.001 0.003 0.058 0.010 11 K 0.007 0.928 0.002 0.001 0.001 0.003 0.032 0.026 12 Q 0.006 0.945 0.003 0.001 0.001 0.003 0.031 0.010 13 L 0.024 0.641 0.013 0.003 0.002 0.012 0.274 0.032 14 E 0.051 0.625 0.012 0.005 0.003 0.029 0.098 0.177 15 A 0.161 0.358 0.053 0.005 0.004 0.059 0.093 0.267 16 Y 0.206 0.173 0.077 0.004 0.004 0.060 0.175 0.300 17 N 0.235 0.080 0.009 0.001 0.001 0.049 0.032 0.592 18 A 0.023 0.083 0.022 0.002 0.003 0.119 0.034 0.715 19 R 0.005 0.223 0.019 0.002 0.002 0.065 0.013 0.671 20 D 0.080 0.842 0.001 0.001 0.001 0.007 0.041 0.028 21 I 0.031 0.897 0.001 0.001 0.001 0.007 0.030 0.032 22 D 0.018 0.875 0.008 0.001 0.002 0.005 0.042 0.049 23 A 0.040 0.809 0.020 0.002 0.005 0.010 0.045 0.070 24 F 0.100 0.606 0.067 0.013 0.018 0.023 0.120 0.054 25 M 0.157 0.259 0.047 0.034 0.046 0.055 0.135 0.268 26 A 0.113 0.045 0.031 0.018 0.068 0.098 0.062 0.566 27 W 0.016 0.025 0.141 0.055 0.117 0.169 0.082 0.394 28 W 0.087 0.020 0.064 0.021 0.037 0.161 0.062 0.548 29 A 0.438 0.039 0.013 0.009 0.010 0.089 0.094 0.309 30 D 0.014 0.013 0.034 0.010 0.015 0.173 0.039 0.702 31 D 0.009 0.019 0.074 0.031 0.086 0.154 0.064 0.563 32 C 0.009 0.016 0.143 0.109 0.156 0.121 0.062 0.385 33 Q 0.013 0.012 0.255 0.136 0.189 0.078 0.049 0.271 34 Y 0.008 0.004 0.114 0.102 0.200 0.105 0.058 0.410 35 Y 0.010 0.004 0.197 0.087 0.205 0.108 0.057 0.334 36 A 0.034 0.007 0.062 0.055 0.082 0.142 0.076 0.542 37 F 0.122 0.032 0.034 0.030 0.040 0.138 0.120 0.485 38 P 0.116 0.052 0.012 0.013 0.016 0.126 0.062 0.603 39 A 0.056 0.080 0.013 0.018 0.024 0.114 0.039 0.656 40 T 0.100 0.116 0.023 0.024 0.041 0.109 0.058 0.528 41 L 0.108 0.103 0.029 0.034 0.046 0.087 0.172 0.420 42 L 0.101 0.071 0.014 0.030 0.036 0.098 0.067 0.582 43 A 0.129 0.153 0.009 0.017 0.042 0.080 0.037 0.534 44 G 0.022 0.268 0.008 0.010 0.023 0.066 0.026 0.578 45 N 0.023 0.889 0.001 0.003 0.004 0.009 0.036 0.036 46 A 0.013 0.937 0.001 0.002 0.002 0.004 0.029 0.013 47 A 0.006 0.944 0.002 0.002 0.003 0.003 0.024 0.016 48 E 0.008 0.907 0.003 0.002 0.005 0.004 0.056 0.015 49 I 0.004 0.925 0.005 0.003 0.003 0.003 0.052 0.005 50 R 0.009 0.924 0.003 0.003 0.004 0.004 0.041 0.012 51 V 0.013 0.889 0.004 0.005 0.004 0.006 0.048 0.031 52 R 0.024 0.761 0.014 0.009 0.010 0.017 0.097 0.069 53 H 0.125 0.543 0.039 0.020 0.012 0.035 0.115 0.110 54 I 0.429 0.125 0.014 0.011 0.010 0.041 0.072 0.297 55 E 0.159 0.046 0.013 0.009 0.013 0.058 0.022 0.680 56 R 0.090 0.009 0.014 0.006 0.014 0.088 0.020 0.759 57 F 0.026 0.006 0.030 0.014 0.024 0.141 0.026 0.734 58 K 0.038 0.005 0.010 0.006 0.007 0.080 0.008 0.846 59 E 0.270 0.013 0.007 0.009 0.008 0.076 0.040 0.578 60 P 0.046 0.010 0.018 0.008 0.010 0.105 0.043 0.759 61 D 0.043 0.015 0.041 0.015 0.033 0.099 0.052 0.703 62 L 0.024 0.019 0.058 0.040 0.079 0.114 0.033 0.633 63 Y 0.024 0.034 0.103 0.097 0.177 0.096 0.047 0.422 64 G 0.015 0.013 0.055 0.111 0.190 0.083 0.146 0.388 65 E 0.011 0.030 0.142 0.304 0.242 0.043 0.118 0.111 66 L 0.114 0.034 0.073 0.091 0.230 0.056 0.068 0.334 67 L 0.019 0.031 0.067 0.269 0.214 0.064 0.071 0.263 68 T 0.015 0.018 0.056 0.170 0.404 0.055 0.052 0.229 69 R 0.011 0.007 0.074 0.229 0.332 0.054 0.061 0.233 70 V 0.035 0.005 0.070 0.238 0.200 0.071 0.091 0.290 71 I 0.189 0.008 0.043 0.100 0.155 0.075 0.061 0.369 72 V 0.084 0.010 0.027 0.030 0.079 0.106 0.031 0.633 73 G 0.007 0.004 0.011 0.029 0.048 0.134 0.023 0.744 74 N 0.007 0.019 0.030 0.197 0.288 0.084 0.081 0.293 75 V 0.011 0.025 0.073 0.226 0.411 0.041 0.055 0.158 76 V 0.011 0.016 0.081 0.281 0.352 0.042 0.053 0.163 77 I 0.005 0.006 0.093 0.264 0.390 0.042 0.091 0.110 78 D 0.010 0.012 0.097 0.258 0.437 0.030 0.067 0.089 79 H 0.021 0.010 0.061 0.217 0.316 0.059 0.101 0.215 80 E 0.007 0.008 0.068 0.318 0.330 0.055 0.056 0.157 81 T 0.014 0.007 0.063 0.201 0.343 0.069 0.073 0.231 82 V 0.017 0.005 0.055 0.261 0.320 0.055 0.053 0.235 83 T 0.019 0.002 0.043 0.165 0.345 0.062 0.036 0.328 84 R 0.005 0.001 0.062 0.164 0.303 0.091 0.036 0.339 85 N 0.012 0.001 0.018 0.073 0.095 0.093 0.027 0.682 86 F 0.293 0.001 0.020 0.043 0.062 0.076 0.065 0.439 87 P 0.082 0.001 0.006 0.013 0.018 0.092 0.016 0.773 88 E 0.006 0.001 0.002 0.008 0.013 0.094 0.005 0.872 89 G 0.021 0.003 0.014 0.102 0.147 0.118 0.038 0.557 90 K 0.020 0.003 0.017 0.131 0.140 0.088 0.034 0.569 91 G 0.016 0.004 0.030 0.162 0.214 0.080 0.038 0.456 92 E 0.015 0.006 0.028 0.199 0.279 0.079 0.044 0.349 93 V 0.013 0.007 0.039 0.248 0.386 0.048 0.039 0.218 94 D 0.015 0.019 0.041 0.239 0.469 0.036 0.051 0.130 95 V 0.007 0.012 0.050 0.240 0.532 0.029 0.043 0.088 96 A 0.003 0.005 0.055 0.257 0.540 0.025 0.048 0.067 97 C 0.002 0.006 0.037 0.320 0.563 0.010 0.031 0.030 98 I 0.002 0.002 0.037 0.310 0.575 0.010 0.017 0.047 99 Y 0.001 0.001 0.058 0.560 0.318 0.011 0.025 0.026 100 E 0.007 0.001 0.052 0.303 0.380 0.039 0.062 0.156 101 V 0.325 0.002 0.036 0.134 0.144 0.057 0.074 0.227 102 E 0.188 0.004 0.009 0.021 0.039 0.100 0.022 0.617 103 N 0.003 0.001 0.001 0.008 0.010 0.115 0.004 0.859 104 G 0.003 0.008 0.004 0.088 0.101 0.109 0.028 0.657 105 R 0.015 0.075 0.032 0.395 0.284 0.026 0.086 0.086 106 I 0.047 0.063 0.025 0.266 0.233 0.041 0.055 0.270 107 A 0.013 0.040 0.036 0.330 0.392 0.029 0.046 0.115 108 K 0.027 0.045 0.027 0.245 0.494 0.019 0.047 0.096 109 A 0.043 0.052 0.038 0.241 0.406 0.030 0.038 0.152 110 W 0.059 0.049 0.083 0.189 0.241 0.056 0.116 0.208 111 F 0.060 0.020 0.042 0.140 0.199 0.067 0.064 0.407 112 K 0.074 0.020 0.044 0.056 0.104 0.100 0.061 0.541 113 I 0.019 0.017 0.031 0.032 0.040 0.099 0.032 0.730 114 G 0.077 0.126 0.015 0.018 0.031 0.093 0.040 0.600 115 E 0.179 0.259 0.010 0.017 0.021 0.073 0.058 0.383 116 P 0.083 0.053 0.015 0.018 0.026 0.087 0.172 0.546 117 R 0.034 0.081 0.048 0.058 0.080 0.093 0.178 0.427 118 I 0.140 0.033 0.097 0.044 0.066 0.080 0.147 0.391 119 V 0.207 0.014 0.024 0.054 0.032 0.072 0.071 0.526 120 S 0.090 0.004 0.009 0.009 0.017 0.077 0.016 0.778 121 Q 0.044 0.005 0.018 0.012 0.022 0.097 0.017 0.787 122 K 0.043 0.005 0.007 0.013 0.015 0.099 0.019 0.799