# TARGET T0475 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0475.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1280 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.201 0.044 0.009 0.017 0.013 0.029 0.069 0.003 0.001 0.003 0.611 2 N 0.017 0.010 0.001 0.009 0.005 0.008 0.080 0.001 0.001 0.001 0.869 3 S 0.023 0.005 0.001 0.002 0.002 0.005 0.019 0.001 0.001 0.001 0.942 4 E 0.019 0.011 0.001 0.003 0.002 0.003 0.279 0.001 0.001 0.002 0.679 5 I 0.173 0.038 0.005 0.002 0.001 0.003 0.299 0.001 0.001 0.004 0.475 6 E 0.058 0.305 0.008 0.005 0.003 0.006 0.191 0.002 0.001 0.003 0.420 7 L 0.022 0.423 0.005 0.002 0.003 0.004 0.101 0.002 0.001 0.001 0.437 8 P 0.011 0.486 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.001 0.001 0.001 0.458 9 V 0.013 0.843 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.002 0.001 0.001 0.115 10 Q 0.004 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.019 11 K 0.003 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.021 12 Q 0.008 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.014 13 L 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 14 E 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 15 A 0.019 0.951 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.014 16 Y 0.027 0.938 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.005 17 N 0.035 0.894 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.001 0.001 0.013 18 A 0.123 0.693 0.059 0.002 0.001 0.001 0.003 0.061 0.001 0.001 0.057 19 R 0.170 0.539 0.025 0.007 0.002 0.003 0.033 0.066 0.001 0.002 0.153 20 D 0.343 0.146 0.040 0.003 0.001 0.002 0.173 0.019 0.001 0.003 0.270 21 I 0.053 0.135 0.048 0.016 0.001 0.002 0.076 0.003 0.001 0.002 0.665 22 D 0.004 0.059 0.004 0.004 0.002 0.005 0.344 0.001 0.001 0.004 0.573 23 A 0.048 0.109 0.001 0.009 0.001 0.001 0.627 0.001 0.001 0.002 0.201 24 F 0.013 0.954 0.002 0.003 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.019 25 M 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 26 A 0.018 0.928 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.039 27 W 0.180 0.702 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.053 0.001 0.001 0.054 28 W 0.271 0.544 0.023 0.002 0.002 0.003 0.005 0.081 0.001 0.001 0.068 29 A 0.135 0.297 0.268 0.018 0.006 0.009 0.020 0.049 0.001 0.001 0.196 30 D 0.068 0.072 0.024 0.029 0.011 0.013 0.043 0.018 0.001 0.002 0.719 31 D 0.272 0.050 0.036 0.040 0.017 0.020 0.087 0.011 0.001 0.011 0.457 32 C 0.270 0.034 0.051 0.244 0.030 0.041 0.076 0.004 0.001 0.007 0.243 33 Q 0.014 0.013 0.008 0.378 0.152 0.154 0.112 0.002 0.001 0.003 0.164 34 Y 0.009 0.008 0.005 0.459 0.076 0.097 0.041 0.001 0.001 0.003 0.301 35 Y 0.009 0.007 0.003 0.660 0.074 0.118 0.024 0.001 0.001 0.003 0.101 36 A 0.010 0.002 0.003 0.264 0.056 0.111 0.067 0.001 0.001 0.003 0.483 37 F 0.008 0.001 0.001 0.182 0.081 0.098 0.071 0.001 0.001 0.001 0.556 38 P 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.979 39 A 0.022 0.002 0.001 0.055 0.031 0.083 0.113 0.001 0.001 0.003 0.691 40 T 0.182 0.008 0.001 0.024 0.016 0.025 0.120 0.001 0.001 0.022 0.602 41 L 0.314 0.024 0.006 0.036 0.032 0.045 0.115 0.001 0.001 0.011 0.416 42 L 0.111 0.037 0.007 0.060 0.061 0.090 0.196 0.002 0.001 0.007 0.427 43 A 0.104 0.052 0.005 0.056 0.067 0.112 0.077 0.003 0.001 0.007 0.518 44 G 0.130 0.115 0.008 0.061 0.039 0.083 0.123 0.005 0.001 0.013 0.423 45 N 0.116 0.049 0.006 0.015 0.009 0.019 0.257 0.002 0.001 0.009 0.518 46 A 0.082 0.059 0.010 0.015 0.006 0.015 0.193 0.001 0.001 0.003 0.615 47 A 0.006 0.040 0.001 0.004 0.002 0.007 0.250 0.001 0.001 0.002 0.688 48 E 0.064 0.118 0.002 0.004 0.002 0.003 0.430 0.001 0.001 0.002 0.374 49 I 0.040 0.886 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 0.002 0.001 0.001 0.051 50 R 0.003 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.019 51 V 0.007 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.041 52 R 0.026 0.929 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.033 53 H 0.027 0.926 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.027 54 I 0.017 0.919 0.023 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.026 55 E 0.057 0.782 0.010 0.003 0.001 0.002 0.007 0.022 0.001 0.001 0.117 56 R 0.275 0.569 0.010 0.002 0.001 0.002 0.005 0.045 0.001 0.001 0.089 57 F 0.265 0.457 0.064 0.006 0.004 0.007 0.009 0.056 0.001 0.001 0.130 58 K 0.130 0.118 0.093 0.010 0.005 0.011 0.034 0.033 0.001 0.002 0.563 59 E 0.074 0.022 0.021 0.012 0.007 0.007 0.036 0.005 0.001 0.001 0.813 60 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 61 D 0.045 0.004 0.005 0.028 0.016 0.029 0.139 0.001 0.001 0.002 0.731 62 L 0.316 0.017 0.009 0.032 0.024 0.027 0.087 0.001 0.001 0.012 0.474 63 Y 0.099 0.035 0.005 0.086 0.057 0.078 0.163 0.001 0.001 0.007 0.468 64 G 0.074 0.020 0.011 0.103 0.109 0.171 0.075 0.001 0.001 0.012 0.424 65 E 0.031 0.019 0.002 0.133 0.167 0.166 0.130 0.001 0.001 0.005 0.345 66 L 0.015 0.015 0.002 0.088 0.117 0.228 0.049 0.001 0.001 0.002 0.484 67 L 0.013 0.031 0.003 0.153 0.199 0.412 0.065 0.001 0.001 0.003 0.120 68 T 0.024 0.025 0.002 0.095 0.166 0.296 0.074 0.001 0.001 0.006 0.310 69 R 0.069 0.042 0.006 0.096 0.188 0.255 0.036 0.002 0.001 0.004 0.302 70 V 0.035 0.027 0.006 0.111 0.233 0.350 0.046 0.003 0.001 0.002 0.188 71 I 0.018 0.024 0.007 0.089 0.225 0.298 0.067 0.003 0.001 0.003 0.265 72 V 0.026 0.026 0.010 0.077 0.157 0.312 0.068 0.002 0.001 0.006 0.315 73 G 0.038 0.007 0.003 0.051 0.041 0.085 0.118 0.001 0.001 0.011 0.644 74 N 0.300 0.006 0.008 0.028 0.047 0.057 0.132 0.001 0.001 0.013 0.408 75 V 0.104 0.011 0.006 0.064 0.064 0.086 0.122 0.001 0.001 0.003 0.539 76 V 0.021 0.013 0.005 0.074 0.268 0.445 0.055 0.001 0.001 0.002 0.116 77 I 0.011 0.016 0.002 0.111 0.283 0.391 0.040 0.001 0.001 0.002 0.144 78 D 0.007 0.012 0.001 0.088 0.365 0.435 0.015 0.001 0.001 0.001 0.074 79 H 0.008 0.012 0.002 0.085 0.261 0.424 0.036 0.001 0.001 0.001 0.172 80 E 0.009 0.009 0.001 0.069 0.301 0.471 0.035 0.001 0.001 0.002 0.102 81 T 0.011 0.010 0.002 0.061 0.212 0.413 0.053 0.001 0.001 0.002 0.235 82 V 0.012 0.016 0.003 0.061 0.301 0.449 0.029 0.001 0.001 0.002 0.125 83 T 0.011 0.016 0.003 0.071 0.251 0.430 0.048 0.002 0.001 0.003 0.165 84 R 0.021 0.013 0.004 0.047 0.218 0.386 0.049 0.002 0.001 0.006 0.255 85 N 0.017 0.006 0.007 0.036 0.124 0.298 0.108 0.002 0.001 0.009 0.392 86 F 0.062 0.004 0.014 0.027 0.145 0.167 0.100 0.002 0.001 0.011 0.469 87 P 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.985 88 E 0.004 0.001 0.001 0.014 0.004 0.008 0.086 0.001 0.001 0.001 0.882 89 G 0.442 0.001 0.002 0.007 0.024 0.018 0.078 0.001 0.001 0.015 0.412 90 K 0.075 0.002 0.001 0.013 0.017 0.021 0.085 0.001 0.001 0.002 0.784 91 G 0.040 0.004 0.005 0.025 0.181 0.345 0.060 0.001 0.001 0.004 0.336 92 E 0.025 0.005 0.002 0.034 0.142 0.245 0.104 0.001 0.001 0.004 0.440 93 V 0.016 0.005 0.001 0.040 0.192 0.403 0.030 0.001 0.001 0.002 0.311 94 D 0.013 0.004 0.001 0.047 0.291 0.389 0.057 0.001 0.001 0.002 0.195 95 V 0.022 0.006 0.002 0.071 0.252 0.359 0.046 0.001 0.001 0.003 0.238 96 A 0.012 0.006 0.001 0.070 0.317 0.463 0.029 0.001 0.001 0.002 0.100 97 C 0.004 0.003 0.001 0.030 0.449 0.479 0.012 0.001 0.001 0.001 0.022 98 I 0.003 0.004 0.001 0.042 0.272 0.603 0.008 0.001 0.001 0.001 0.067 99 Y 0.001 0.001 0.001 0.039 0.484 0.455 0.003 0.001 0.001 0.001 0.016 100 E 0.001 0.001 0.001 0.011 0.364 0.427 0.012 0.001 0.001 0.001 0.183 101 V 0.001 0.001 0.002 0.018 0.345 0.585 0.007 0.001 0.001 0.001 0.042 102 E 0.001 0.001 0.001 0.018 0.189 0.446 0.082 0.001 0.001 0.001 0.261 103 N 0.002 0.001 0.001 0.016 0.008 0.012 0.081 0.001 0.001 0.002 0.877 104 G 0.307 0.001 0.004 0.016 0.034 0.042 0.137 0.001 0.001 0.091 0.369 105 R 0.611 0.003 0.003 0.009 0.028 0.012 0.181 0.001 0.001 0.011 0.142 106 I 0.012 0.008 0.002 0.024 0.179 0.358 0.070 0.001 0.001 0.001 0.345 107 A 0.001 0.002 0.001 0.009 0.264 0.695 0.011 0.001 0.001 0.001 0.018 108 K 0.003 0.010 0.001 0.023 0.309 0.523 0.021 0.001 0.001 0.001 0.110 109 A 0.006 0.014 0.001 0.021 0.336 0.510 0.013 0.001 0.001 0.001 0.098 110 W 0.016 0.032 0.001 0.022 0.248 0.572 0.023 0.001 0.001 0.001 0.084 111 F 0.019 0.044 0.002 0.030 0.248 0.544 0.022 0.001 0.001 0.001 0.089 112 K 0.048 0.113 0.005 0.031 0.190 0.392 0.034 0.007 0.001 0.002 0.178 113 I 0.114 0.164 0.018 0.038 0.106 0.220 0.051 0.017 0.001 0.007 0.267 114 G 0.225 0.056 0.027 0.019 0.032 0.078 0.077 0.017 0.001 0.013 0.456 115 E 0.138 0.015 0.016 0.013 0.014 0.017 0.117 0.003 0.001 0.003 0.664 116 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.994 117 R 0.026 0.008 0.002 0.020 0.021 0.046 0.274 0.001 0.001 0.002 0.599 118 I 0.261 0.053 0.002 0.015 0.009 0.015 0.095 0.001 0.001 0.007 0.543 119 V 0.153 0.262 0.006 0.037 0.035 0.068 0.074 0.003 0.001 0.003 0.359 120 S 0.149 0.223 0.012 0.036 0.030 0.064 0.064 0.008 0.001 0.006 0.408 121 Q 0.252 0.198 0.007 0.034 0.042 0.079 0.036 0.012 0.001 0.005 0.335 122 K 0.100 0.057 0.004 0.022 0.024 0.040 0.040 0.008 0.001 0.002 0.703